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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: F9326-LTR4-TNT-insertion-6 (Length: 795)

Name: F9326-LTR4-TNT-insertion-6
Description: F9326-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] F9326-LTR4-TNT-insertion-6
F9326-LTR4-TNT-insertion-6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-746)||(10103221-10103957)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 716; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 716; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 746
Target Start/End: Original strand, 10103221 - 10103957
Alignment:
Q  10 taatacgttttgtttcacggtacactaccgccgtgtgaaaaatagagaggtatgaattagattcattctagattaattaacacatcttatgtaaaagaaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103221 taatacgttttgtttcacggtacactaccgccgtgtgaaaaatagagaggtatgaattagattcattctagattaattaacacatcttatgtaaaagaaa 10103320  T
Q  110 ttatatacacttatatatgttgttgcttctctatattataggatgttgaagttctcaaagaaattgttgagtctattatgaaagattaccctgattttct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103321 ttatatacacttatatatgttgttgcttctctatattataggatgttgaagttctcaaagaaattgttgagtctattatgaaagattaccctgattttct 10103420  T
Q  210 catatcaggagggaaagaggtacaataattctaatggttgctattgttatagattcnnnnnnnaaaaaccactacttgaaagaaaaataattaatgacgg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103421 catatcaggagggaaagaggtacaataattctaatggttgctattgttatagattctttttttaaaaaccactacttgaaagaaaaataattaatgacgg 10103520  T
Q  310 agaaaatgaaatctctttcttatttatcagtctttaaattagtgaccaattttatggtttccttctctaaatttgtcttgttaatttaacttcttttagt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103521 agaaaatgaaatctctttcttatttatcagtctttaaattagtgaccaattttatggtttccttctctaaatttgtcttgttaatttaacttcttttagt 10103620  T
Q  410 agtgaaaattagtatatggattcttaaacttaacataagttgaatgttttatattagattatggagatacgcccaaatgtgaactggaataaaggcgatg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103621 agtgaaaattagtatatggattcttaaacttaacataagttgaatgttttatattagattatggagatacgcccaaatgtgaactggaataaaggcgatg 10103720  T
Q  510 ctctaatgtattttcttgacactcttggatataacacctttgatgatgttctaccaatatacattggagatgatagaacagatgaagatgcttttaaggt 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103721 ctctaatgtattttcttgacactcttggatataacacctttgatgatgttctaccaatatacattggagatgatagaacagatgaagatgcttttaaggt 10103820  T
Q  610 atgtttggttaaaatagaaaactcattttgaagagatgttgatttcaaagaataatatttccttacgatatttatttattaactactccatctattctaa 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103821 atgtttggttaaaatagaaaactcattttgaagagatgttgatttcaaagaataatatttccttacgatatttatttattaactactccatctattctaa 10103920  T
Q  710 aataagatcatgctaccgactgcgacacttgttcaag 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10103921 aataagatcatgctaccgactgcgacacttgttcaag 10103957  T

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