View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: F9345-LTR4-TNT-insertion-9 (Length: 753)

Name: F9345-LTR4-TNT-insertion-9
Description: F9345-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] F9345-LTR4-TNT-insertion-9
F9345-LTR4-TNT-insertion-9
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-743)||(7970362-7971095)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 743
Target Start/End: Original strand, 7970362 - 7971095
Alignment:
Q  10 tgtatggttctaaattgtggttatggccgcgttgtgatttttaatattacggcaaaatgtgactgatgcggtcataattgttgttgcggtgccttcaaaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970362 tgtatggttctaaattgtggttatggccgcgttgtgatttttaatattacggcaaaatgtgactgatgcggtcataattgttgttgcggtgccttcaaaa 7970461  T
Q  110 tcatttacattccgaccataaatgcagttagactgcaatttagaacacgatacatgattagtaagtatggtaatgctatattttgtgtttgaatagttgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970462 tcatttacattccgaccataaatgcagttagactgcaatttagaacacgatacatgattagtaagtatggtaatgctatattttgtgtttgaatagttgt 7970561  T
Q  210 gattttttatacgcaaatgttaacgatagtatgttatcttaagtagttaaagattcagggtttgaaccctaaacctctttctgagactccttcatgtgcc 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7970562 gattttttatacgcaaatgttaacgatagtatgttatcttaagtagttaaagattcagggtttgaaccctaaacctctttctgagactccttcatgtgtc 7970661  T
Q  310 ccgactcaacgatctgacctattggagacaaatctttgtgattttatttatatttgtacctcgatatgacaaaccattgttgtaaaactttgaataagtt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970662 ccgactcaacgatctgacctattggagacaaatctttgtgattttatttatatttgtacctcgatatgacaaaccattgttgtaaaactttgaataagtt 7970761  T
Q  410 tttactgccttcacattttatttattgtagtcatatatgaattatgccataaattatttaaatttcttgcacnnnnnnntattatgttgttgattctgta 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  7970762 tttactgccttcacattttatttattgtagtcatatatgaattatgccataaattatttaaatttcttgcacaaaaaaatattatgttgttgattctgta 7970861  T
Q  510 tatactctatagcaaggtatgtatagtacgtaattccattatccaagctagtcaaagcaacaattcaaaaaacgtacacaacttggaagagttgtttgag 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970862 tatactctatagcaaggtatgtatagtacgtaattccattatccaagctagtcaaagcaacaattcaaaaaacgtacacaacttggaagagttgtttgag 7970961  T
Q  610 ttttaattttgattattcaaatagcttaattacacttctataaatgcacatgctagctataaggtcaatgaatggtcatattgttcaacttgagtggtta 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7970962 ttttaattttgattattcaaatagcttaattacacttctataaatgcacatgctagctataaggtcaatgaatggtcatattgttcaacttgagtggtta 7971061  T
Q  710 atagctaggagaagtgcagctcttatagtcatta 743  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7971062 atagctaggagaagtgcagctcttatagtcatta 7971095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 388 times since January 2019
Visitors: 971