View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: F9346-LTR4-TNT-insertion-2 (Length: 712)
Name: F9346-LTR4-TNT-insertion-2
Description: F9346-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] F9346-LTR4-TNT-insertion-2 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 703
Target Start/End: Original strand, 27428659 - 27429353
Alignment:
| Q |
9 |
gtatgagagcatgtctcacaggtgcagccaataactttgtaatgacaccattagaaggcaaatcgttgggattcttgcatggtattaactgggttgccac |
108 |
Q |
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27428659 |
gtatgagagcatgtctcacaggtgcagccaataactttgtaatgacaccattagaaggcaaatcgttgggattcttgcatggtattaactgggttgccac |
27428758 |
T |
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| Q |
109 |
aatgtgatgtttgagttggattgcaagatggtagttgaagatgtttacaaagtcaaattagatcgctcggagtattgtttattgttacatgaatatcaaa |
208 |
Q |
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| T |
27428759 |
aatgtgatgtttgagttggattgcaagatggtagttgaagatgtttacaaagacaaattagatcgctcggagtattgtttattgttacatgaatatcaaa |
27428858 |
T |
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| Q |
209 |
ccttacttcattatgccgttgttttctctaagcgtcaaacaaataatagcgctcatgttctcgcacatacttatcgcagttattttaatgtcattcctta |
308 |
Q |
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ccttacttcattatgccgttgttttctctaagcgtcaaacaaataatagcgctcatgttctcgcacatacttatcgcagttattttaatgtcattcctta |
27428958 |
T |
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| Q |
309 |
ttgtattgctactatttgtatgaatgttgtaatgctaaatttttgaaagtggatatgaccaaacaacatgagaagaatgaaggataggataggataggat |
408 |
Q |
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| T |
27428959 |
ttgtattgctactatttgtatgaatgttgtaatgctaaatttttgaaagtggatatgaccaaacaacatgagaagaatgaaggataggataggataggat |
27429058 |
T |
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| Q |
409 |
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508 |
Q |
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| T |
27429059 |
atctttgtcctttgcaggccataggtatgtctcaaaaatgaaaggctttagagtaggagccaaggattatggacccattacaccttgcattgagacaaac |
27429158 |
T |
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| Q |
509 |
actgcaactaaaacaatgatgattagtgtaataaagctttacctccactacctttaccatttaattattggtattannnnnnncaaaatccgatagataa |
608 |
Q |
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actgcaactaaaacaatgatgattagtgtaataaagctttacctccactacctttaccatttaattattggtattatttttttcaaaatccgatagataa |
27429258 |
T |
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| Q |
609 |
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703 |
Q |
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27429259 |
tctttgagattgcttcaaaatataacatgagtatcataaaaaatattcaaatgggtcaaattaaatatgacactttcattttagtttatggaatt |
27429353 |
T |
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