View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: F9354-LTR4-TNT-insertion-5 (Length: 836)

Name: F9354-LTR4-TNT-insertion-5
Description: F9354-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] F9354-LTR4-TNT-insertion-5
F9354-LTR4-TNT-insertion-5
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-826)||(14842368-14843186)
chr2 (8-688)||(37516318-37517016)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 807; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 807; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 826
Target Start/End: Complemental strand, 14843186 - 14842368
Alignment:
Q  8 atagaaccattcacatgtcttcagcatggcttaagcttttggaaggaattggttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14843186 atagaaccattcacatgtcttcagcatggcttaagcttttggaaggaattggttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaac 14843087  T
Q  108 ctatgattactttcaaagaatgctgattatagttgataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtctatttagcaagcagtctt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14843086 ctatgattactttcaaagaatgctgattatagttgataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtctatttagcaagcagtctt 14842987  T
Q  208 aattgaacctcttgataggctagagttcgtatcaattcttcaaagcagtgttatgagactctatcagtttgaaacttagttgcatgctgcgttcattctt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14842986 aattgaacctcttgataggctagagtttgtatcaattcttcaaagcagtgttatgagactctatcagtttgaaacttagttgcatgctgcgttcattctt 14842887  T
Q  308 caagctctcttgtttgttacccaagtatagcagtctagattattttcataatctgctgttagtacaataattttactctcatttgctcagatgtaaattg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14842886 caagctctcttgtttgttacccaagtttagcagtctagattattttcataatctgctgttagtacaataattttactctcatttgctcagatgtaaattg 14842787  T
Q  408 taatagccatgctaagctagacgatatacttgttctattaaatttctcttgttataatgaacatcgtgattcatgggtaagtatctacccattcagggag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14842786 taatagccatgctaagctagacgatatacttgttctattaaatttctcttgttataatgaacatcgtgattcatgggtaagtatctacccattcagggag 14842687  T
Q  508 atcaaaactggatatttgaggtgatttgatcaaaataattgaggctaaattatagacaaatattgcttctgttattctgattctattttcttctaatgtt 607  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14842686 atcaaaactggatatttgagttgatttgatcaaaataattgaggctaaattatagacaaatattgcttctgttattctgattctattttcttctaatgtt 14842587  T
Q  608 ggctaggtttaggataaatgtataatttacacgtaggagattgatattagaaagacattttaattttgaagtccattgctatagtgaatcaatatgattg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14842586 ggctaggtttaggataaatgtataatttacacgtaggagattgatattagaaagacattttaattttgaagtccattgctatagtgaatcaatatgattg 14842487  T
Q  708 ttatattttattatgacctaagcttcttttgtaagcttcgagttaaatatagtaaaaacgcagtgtcgcaagagtagataataacagtatagtgttatat 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14842486 ttatattttattatgacctaagcttcttttgtaagcttcgagttaaatatagtaaaaacgcagtgtcgcaagagtagataataacagtatagtgttatat 14842387  T
Q  808 tatgaatttgtgtgtatta 826  Q
    |||||||||||||||||||    
T  14842386 tatgaatttgtgtgtatta 14842368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 37517016 - 37516318
Alignment:
Q  8 atagaaccattcacatgtcttcagcatggcttaagcttttggaaggaattggttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37517016 atagaaccattcacatgtcttcagcatggcttaagcttttggaaggaattggttcatgacatggtatgaccacttcaactatgcttgatatggtttaaac 37516917  T
Q  108 ctatgattactttcaaaga------------------atgctgattatagttgataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtc 189  Q
    |||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37516916 ctatgattactttcaaagatatatcattattaacaaaatgctgattatagttgataactgatacatttccagtatgcactgggagtaatatatgtttgtc 37516817  T
Q  190 tatttagcaagcagtcttaattgaacctcttgataggctagagttcgtatcaattcttcaaagcagtgttatgagactctatcagtttgaaacttagttg 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37516816 tatttagcaagcagtcttaattgaacctcttgataggctagagtttgtatcaattcttcaaagcagtgttatgagactctatcagtttgaaacttagttg 37516717  T
Q  290 catgctgcgttcattcttcaagctctcttgtttgttacccaagtatagcagtctagattattttcataatctgctgttagtacaataattttactctcat 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37516716 catgctgcgttcattcttcaagctctcttgtttgttacccaagtctagcagtctagattattttcataatctgctgttagtacaataattttactctcat 37516617  T
Q  390 ttgctcagatgtaaattgtaatagccatgctaagctagacgatatacttgttctattaaatttctcttgttataatgaacatcgtgattcatgggtaagt 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37516616 ttgctcagatgtaaattgtaatagccatgctaagctagacgatatacttgttctattaaatttctcttgttataatgaacatcgtgattcatgggtaagt 37516517  T
Q  490 atctacccattcagggagatcaaaactggatatttgaggtgatttgatcaaaataattgaggctaaattatagacaaatattgcttctgttattctgatt 589  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37516516 atctacccattcagggagatcaaaacaggatatttgagttgatttgatcaaaataattgaggctaaattatagacaaatattgcttctgttattctgatt 37516417  T
Q  590 ctattttcttctaatgttggctaggtttaggataaatgtataatttacacgtaggagattgatattagaaagacattttaattttgaagtccattgcta 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37516416 ctattttcttctaatgttggctaggtttaggataaatgtataatttacacgtaggagattgatattagaaagacattttaattttgaagtccattgcta 37516318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3295 times since January 2019
Visitors: 5602