View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: F9468H-LTR4-TNT-insertion-5 (Length: 684)
Name: F9468H-LTR4-TNT-insertion-5
Description: F9468H-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] F9468H-LTR4-TNT-insertion-5 |
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| [»] scaffold1902 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold1374 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0590 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold1902 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1902
Description:
Target: scaffold1902; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 1136 - 470
Alignment:
| Q |
9 |
gtggcgctgactgataaataattgagccggcttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtgtttctctct |
108 |
Q |
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| T |
1136 |
gtggcgctgactgataaataattgagccggcttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtgtttctctct |
1037 |
T |
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| Q |
109 |
attcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttgagggcatctagttga |
208 |
Q |
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| T |
1036 |
attcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttgagggcatctagttga |
937 |
T |
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| Q |
209 |
tttagaattttgacaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaatttaaactttttcaagtgaagta |
308 |
Q |
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| T |
936 |
tttagaattttgacaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaatttaaactttttcaagtgaagta |
837 |
T |
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| Q |
309 |
ataatgaataacaagtgaagtaaatgaagcagcatatgtacagctcaatctcaaaatatg-tttcttttgtggctaattcaatgtaacattcttaacagt |
407 |
Q |
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| T |
836 |
ataatgaataacaagtgaagtaaatgaagcagcatatttacagctcaatctcaaaaaatgttttcttttgtggctaattcaatgtaacattcttaacagt |
737 |
T |
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| Q |
408 |
gaatcctttaattaacagcttcaaaaatcatacaacacacaggcaagcaaagcagcctaacaagtcaaattgtttgtctcattttcggaactagcaatga |
507 |
Q |
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| T |
736 |
gaatcctttaattaacagcttcaaaaatcatacaacacacaggcaagcaaagcagcctaacaagtcaaattgtttgtctcattttcggaactagcaatga |
637 |
T |
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| Q |
508 |
cttatttctctctgtcaaaaccttgtggcaacaaacgcttagcttctatctcactacacaacatcaatgcatattgttttctcccacacctgcaaagtct |
607 |
Q |
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| T |
636 |
cttatttctctctgtcaaaaccttgtggcaacaaacgcttagcttctatctcacttcacaacatcaatgcatattgttttctcccacacctgcaaagtct |
537 |
T |
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| Q |
608 |
acttcaaacctcagataaaatccacaggcacgcgagtaaaatgtcaaattatcgaagtctttgatta |
674 |
Q |
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| T |
536 |
acttcaaacctcagataaaatccacaggcacgcgagtaaaatgtcaaattatcgaagtctttgatta |
470 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1374 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1374
Description:
Target: scaffold1374; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 1317 - 651
Alignment:
| Q |
9 |
gtggcgctgactgataaataattgagccggcttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtgtttctctct |
108 |
Q |
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| T |
1317 |
gtggcgctgactgataaataattgagccggcttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtgtttctctct |
1218 |
T |
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| Q |
109 |
attcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttgagggcatctagttga |
208 |
Q |
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| T |
1217 |
attcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttgagggcatctagttga |
1118 |
T |
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| Q |
209 |
tttagaattttgacaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaatttaaactttttcaagtgaagta |
308 |
Q |
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| T |
1117 |
tttagaattttgacaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaatttaaactttttcaagtgaagta |
1018 |
T |
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| Q |
309 |
ataatgaataacaagtgaagtaaatgaagcagcatatgtacagctcaatctcaaaatatg-tttcttttgtggctaattcaatgtaacattcttaacagt |
407 |
Q |
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| T |
1017 |
ataatgaataacaagtgaagtaaatgaagcagcatatttacagctcaatctcaaaaaatgttttcttttgtggctaattcaatgtaacattcttaacagt |
918 |
T |
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| Q |
408 |
gaatcctttaattaacagcttcaaaaatcatacaacacacaggcaagcaaagcagcctaacaagtcaaattgtttgtctcattttcggaactagcaatga |
507 |
Q |
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| T |
917 |
gaatcctttaattaacagcttcaaaaatcatacaacacacaggcaagcaaagcagcctaacaagtcaaattgtttgtctcattttcggaactagcaatga |
818 |
T |
|
| Q |
508 |
cttatttctctctgtcaaaaccttgtggcaacaaacgcttagcttctatctcactacacaacatcaatgcatattgttttctcccacacctgcaaagtct |
607 |
Q |
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| T |
817 |
cttatttctctctgtcaaaaccttgtggcaacaaacgcttagcttctatctcacttcacaacatcaatgcatattgttttctcccacacctgcaaagtct |
718 |
T |
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| Q |
608 |
acttcaaacctcagataaaatccacaggcacgcgagtaaaatgtcaaattatcgaagtctttgatta |
674 |
Q |
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| T |
717 |
acttcaaacctcagataaaatccacaggcacgcgagtaaaatgtcaaattatcgaagtctttgatta |
651 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0590 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0590
Description:
Target: scaffold0590; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 674
Target Start/End: Original strand, 2527 - 3193
Alignment:
| Q |
9 |
gtggcgctgactgataaataattgagccggcttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtgtttctctct |
108 |
Q |
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| T |
2527 |
gtggcgctgactgataaataattgagccggcttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtgtttctctct |
2626 |
T |
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| Q |
109 |
attcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttgagggcatctagttga |
208 |
Q |
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| T |
2627 |
attcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttgagggcatctagttga |
2726 |
T |
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| Q |
209 |
tttagaattttgacaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaatttaaactttttcaagtgaagta |
308 |
Q |
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| T |
2727 |
tttagaattttgacaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaatttaaactttttcaagtgaagta |
2826 |
T |
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| Q |
309 |
ataatgaataacaagtgaagtaaatgaagcagcatatgtacagctcaatctcaaaatatg-tttcttttgtggctaattcaatgtaacattcttaacagt |
407 |
Q |
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| T |
2827 |
ataatgaataacaagtgaagtaaatgaagcagcatatttacagctcaatctcaaaaaatgttttcttttgtggctaattcaatgtaacattcttaacagt |
2926 |
T |
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| Q |
408 |
gaatcctttaattaacagcttcaaaaatcatacaacacacaggcaagcaaagcagcctaacaagtcaaattgtttgtctcattttcggaactagcaatga |
507 |
Q |
| |
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| T |
2927 |
gaatcctttaattaacagcttcaaaaatcatacaacacacaggcaagcaaagcagcctaacaagtcaaattgttcgtctcattttcggaactagcaatga |
3026 |
T |
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| Q |
508 |
cttatttctctctgtcaaaaccttgtggcaacaaacgcttagcttctatctcactacacaacatcaatgcatattgttttctcccacacctgcaaagtct |
607 |
Q |
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| T |
3027 |
cttatttctctctgtcaaaaccttgtggcaacaaacgcttagcttctatctcactgcacaacatcaacgcatattgttttctcccacacctgcaaagtct |
3126 |
T |
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| Q |
608 |
acttcaaacctcagataaaatccacaggcacgcgagtaaaatgtcaaattatcgaagtctttgatta |
674 |
Q |
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| T |
3127 |
acttcaaacctcagataaaatccacaggcacgcgagtaaaatgtcaaattatcgaagtctttgatta |
3193 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 9 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4963165 - 4962890
Alignment:
| Q |
9 |
gtggcgctgactgataaataattgagccggcttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtgtt--tctct |
106 |
Q |
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| T |
4963165 |
gtggcgatgactgataaataaccgagccgtcttatgattataagcatatacattatcaatttcatatttagtcttataggatagttttgtgtttgtctca |
4963066 |
T |
|
| Q |
107 |
ctattcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttgagggcatctagtt |
206 |
Q |
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| T |
4963065 |
ctattcattgtaagaagaaaatttcgtgtagaataatagcatgcattgttatgttctatatcttgcacttgtcgtgc------tttgagggcatctagtt |
4962972 |
T |
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| Q |
207 |
gatttagaattttgacaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaattt |
288 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4962971 |
gatttagaattttaacaaaatcatctatacctatatttgaagaggataccaactttttgtatatcaatttttcttctaattt |
4962890 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 221 - 288
Target Start/End: Original strand, 45447839 - 45447906
Alignment:
| Q |
221 |
acaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaattt |
288 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45447839 |
acaaaatcatatatgcctatatttaaagaagatgccaactttttgtatagcaatttttcttctaattt |
45447906 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 7e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 288
Target Start/End: Original strand, 33608495 - 33608755
Alignment:
| Q |
39 |
cttatgattataagcatatacattatcaatttcgtatttagtcttataggatagttttgtg--tttctctctattcattgtaagaagaaaatttcgtgta |
136 |
Q |
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| T |
33608495 |
cttatgattataagcatatacattatcagtttcatatttagatttataggatagttttgtgctttcctcactattcattttaagaagaatatttcatgta |
33608594 |
T |
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| Q |
137 |
gaataatagcatacattattatgttctatgtcttgcacttgttgtgctttgagtttga---------gggcatctagttgatttagaattttgacaaaat |
227 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33608595 |
gaataatagcagaatttatcatgtactatatcttgcacttgcggtgcttttagttggagggggcgaggggcatctagttgatttagaattataacaaaat |
33608694 |
T |
|
| Q |
228 |
catctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaattt |
288 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33608695 |
catatatgcctatatttaaagaagatgccaactttttgtatagcaatttttcttctaattt |
33608755 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 347 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 35535825 - 35535544
Alignment:
| Q |
347 |
tacagctcaatctcaaaatatgtttcttttgtggctaattcaatgtaacattcttaacagtgaatcctttaattaacagcttcaaaaatcatacaacaca |
446 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
35535825 |
tacagatcaatctcaaaatatgtatcttatgtggttagtttaatgtaatgttctttacagtgaagcatgtaattgatagcttcaaaaatcatacaagcta |
35535726 |
T |
|
| Q |
447 |
caggcaagcaaagcagcctaacaagtcaaattgtttgtctcattttcggaactagcaatgacttatttctctctgtcaaaaccttgtggcaacaaacgct |
546 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||| ||| |||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
35535725 |
tagtcaagcaaagcaacctaacaagttgaattgcttgtatcatgttctgaaccagtgatgactattttttctctgtcaaaaccttgtggcaataaacgct |
35535626 |
T |
|
| Q |
547 |
tagcttctatctcactacacaacatcaatgcatattgttttctcccacacctgcaaagtctacttcaaacctcagataaaat |
628 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
35535625 |
tagcttcaatctcactacacaacatcaacgcaaactgcttcctcccacacctgcaaagtccactataaacttcagataaaat |
35535544 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 221 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 46605148 - 46605081
Alignment:
| Q |
221 |
acaaaatcatctatacctatatttaaagaggatgccaactttttgtatatcaatttttcttctaattt |
288 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46605148 |
acaaaatcatatatgcctatatttaaagaagatgccaaatttttgtatagcaatttttcttctaattt |
46605081 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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