View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: F9630H-LTR4-TNT-insertion-8 (Length: 183)

Name: F9630H-LTR4-TNT-insertion-8
Description: F9630H-LTR4
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] F9630H-LTR4-TNT-insertion-8
F9630H-LTR4-TNT-insertion-8
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (8-168)||(29854594-29854754)
chr5 (8-168)||(29873457-29873617)
chr5 (8-168)||(30675951-30676111)
chr5 (8-168)||(30337188-30337348)
chr5 (8-168)||(30484684-30484844)
chr5 (10-168)||(30401360-30401518)
chr5 (8-168)||(30061655-30061815)
chr5 (8-168)||(30750929-30751089)
chr5 (8-168)||(30712091-30712251)
chr5 (14-168)||(17417337-17417491)
chr5 (8-168)||(30207805-30207965)
chr5 (8-117)||(30241056-30241165)
chr5 (8-148)||(30329504-30329644)
chr5 (11-88)||(30437161-30437238)
chr5 (8-165)||(30476661-30476818)
chr5 (18-168)||(17984170-17984323)
chr5 (8-78)||(30520288-30520358)
chr5 (8-78)||(30560628-30560698)
chr5 (8-70)||(29608190-29608255)
chr5 (133-168)||(30241166-30241201)
chr5 (133-168)||(30437096-30437131)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-168)||(25292610-25292770)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-168)||(20295245-20295405)
chr4 (8-165)||(52353247-52353404)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-88)||(26708680-26708758)
chr7 (133-168)||(26708615-26708650)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-85)||(7100772-7100839)
chr1 (29-84)||(7580412-7580467)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 4e-86; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 29854754 - 29854594
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29854754 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 29854655  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29854654 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 29854594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 29873617 - 29873457
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29873617 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgttgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgctcgatcaagtctggtcaacttagaggatcaa 29873518  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29873517 tctcttttaaaccaaataacatcatgtttcgccttgagatcggcaacaggttgaaagagat 29873457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Original strand, 30675951 - 30676111
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  30675951 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtattcaatcaagtctggtcaacttagaggatcat 30676050  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30676051 cctctctcaaaccaaagaacatcatgtttcgcagtgagatcggcaacaggttaaaagagat 30676111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Original strand, 30337188 - 30337348
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||| ||| ||| |||||||| |    
T  30337188 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggattta 30337287  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30337288 cctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagat 30337348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30484844 - 30484684
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||| ||| ||| |||||||| |    
T  30484844 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactcagaggattta 30484745  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  30484744 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttgaaagagat 30484684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30401518 - 30401360
Alignment:
Q  10 tattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaacc 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||| |||| | |  |    
T  30401518 tattaaggtatggctccaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcgatcgagtctgctcgacttggaggctcattc 30401419  T
Q  110 tctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30401418 tctttcaacccaaagaacatcgtgtttcgccgtcagatcggcaacaggttgaaagagat 30401360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30061815 - 30061655
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||| ||| |||||||| |    
T  30061815 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatggtgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcaagtcttgtcgactgagaggattta 30061716  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  30061715 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttcaaagagat 30061655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30751089 - 30750929
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||| ||| ||| |||||||  |    
T  30751089 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgattaagtcttgtcgactgagaggatgta 30750990  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  30750989 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttaaaagagat 30750929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Original strand, 30712091 - 30712251
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||  || ||| |||||||| |    
T  30712091 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttttcgactgagaggattta 30712190  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  30712191 cctctttcaaactaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttcaaagagat 30712251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 168
Target Start/End: Original strand, 17417337 - 17417491
Alignment:
Q  14 aaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaacctctt 113  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||| | | ||| ||    
T  17417337 aaggtatggcttcaacaactcaaagatgttgtttatgtgctagatgatattcttgatgagtgctcaatcgagtctggtcggcttagaggctcatcctatt 17417436  T
Q  114 tcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| |||||||    
T  17417437 tcaaaccaaagaacatcatatttcgccgtgagatcggccaaaggttggaagagat 17417491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30207965 - 30207805
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| || |||||  |  | |     
T  30207965 tctataaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgctcgatcgagtctgctcgacttattgcctcat 30207866  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||| ||||| || |||||||||||    
T  30207865 catctttcaaaccaaagaacatcattttttgtcgtgagattggcaaaagattgaaagagat 30207805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 117
Target Start/End: Original strand, 30241056 - 30241165
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  30241056 tctattaaggtatggctgcaacaactcaaagatgttgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgctcgatcaagtctagtcgactgagaggattaa 30241155  T
Q  108 cctctttcaa 117  Q
    ||||| ||||    
T  30241156 cctctctcaa 30241165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 148
Target Start/End: Original strand, 30329504 - 30329644
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| | ||||||| | |     
T  30329504 tctattaagatatggcttcaacaaatcaaagatgatatatatgtgcttgatgatatccttgatgagtgcttgatcgagtctggtcgaattagaggctcat 30329603  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatc 148  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  30329604 cctctttcaaaccaaagaacattgtatttcgccatgagatc 30329644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 30437238 - 30437161
Alignment:
Q  11 attaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtct 88  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  30437238 attaaggtatggctacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgacatccttgatgagtgttcgatcaagtct 30437161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 8 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 30476818 - 30476661
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||  | ||| ||  ||||| ||  |       
T  30476818 tctattaaggtatggctccaacaactcaaagatgctgtatatgtgcttgatgatattcttgatgaatgttccattgaatctagtagacttaaagcctcgt 30476719  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaaga 165  Q
    ||| |||||| | |||||||||  ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  30476718 cctgtttcaacctaaagaacattgtgtttcgccgtgacatcggcaaaaggttgaaaga 30476661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 17984323 - 17984170
Alignment:
Q  18 tatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaacctctt---t 114  Q
    ||||||| || |||||||||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||   |||| |||   | | | ||||||   |    
T  17984323 tatggctgcagcaactcaaagatgcggtgtttgtgcttgatgatatcctagatgaatgttcgatcaaatccactcaatttaagagttcatcctctttcat 17984224  T
Q  115 caaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||| ||| || ||||  ||||||||||||||    
T  17984223 caatccaaagaacttcatgtttcgccgtgacataggcagtaggttgaaagagat 17984170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 78
Target Start/End: Original strand, 30520288 - 30520358
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttc 78  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  | || |||||||| ||||||||||||||    
T  30520288 tctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcaatctacatactagatgatattcttgatgagtgttc 30520358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 78
Target Start/End: Original strand, 30560628 - 30560698
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttc 78  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  | || |||||||| ||||||||||||||    
T  30560628 tctataaaggtatggcttcaacaactcaaagatgcaatctacatactagatgatattcttgatgagtgttc 30560698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 28; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 70
Target Start/End: Original strand, 29608190 - 29608255
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgttta---tgtgctcgatgatatccttgat 70  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    |||||||||||||| ||||||    
T  29608190 tctataaaggtatggctacaacaattcaaggatgcagtttacgtagtgctcgatgatattcttgat 29608255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 28; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 133 - 168
Target Start/End: Original strand, 30241166 - 30241201
Alignment:
Q  133 gtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  30241166 gtttcgccatgagatcggtaacaggttggaagagat 30241201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 28; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 133 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30437131 - 30437096
Alignment:
Q  133 gtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  30437131 gtttcgccataagatcggtaacaggttgaaagagat 30437096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 97; Significance: 6e-48; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Original strand, 25292610 - 25292770
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||| ||||||||| | |     
T  25292610 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgttgtatatgtgctcgatgatatccttgatgagtgattgatcaaatctagtcgacttagaggctcat 25292709  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||| ||||||||||||    
T  25292710 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcaccattacattggcaacaagttgaaagagat 25292770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 2e-38; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 8 - 168
Target Start/End: Original strand, 20295245 - 20295405
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    |||||||||  |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||| ||| |||||||| |    
T  20295245 tctattaagcaatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcggtgatatccttgatgagtactcgatcgagtctggtcgactgagaggattta 20295344  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
     |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  20295345 actctttcaaaccaatgaacatcgcgtttcgccatgagatcggtagcaggtttaaagagat 20295405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 8 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 52353404 - 52353247
Alignment:
Q  8 tctattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaa 107  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| |||||  || |||     
T  52353404 tctattaaagtatggcttcagcaactcaaagatgctgtttacgttctcgatgatatccttgatgaatgttcgatcaaatctagtcgacttatgggtttat 52353305  T
Q  108 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaaga 165  Q
    | || ||||||||||| || ||  ||||||| ||||| || || ||||| ||||||||    
T  52353304 cgtcattcaaaccaaaaaatattgtgtttcgtcatgatattggaaacagattgaaaga 52353247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 4e-18; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 26708758 - 26708680
Alignment:
Q  10 tattaaggtatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtct 88  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||    
T  26708758 tattaaggtatggctacaagacctcaaagatgttgtatatgtgctcgatgacatccttgatgaatgctcgatcaagtct 26708680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 28; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 133 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 26708650 - 26708615
Alignment:
Q  133 gtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagat 168  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  26708650 gtttcgccataagatcggtaacaggttgaaagagat 26708615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 7100839 - 7100772
Alignment:
Q  18 tatggctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaag 85  Q
    ||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7100839 tatggctgcagcaactcaaagatgcggtgtatgtgcttgatgatatccttgatgaatgttccatcaag 7100772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 29 - 84
Target Start/End: Original strand, 7580412 - 7580467
Alignment:
Q  29 caactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaa 84  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7580412 caactcaaagatgcggtgtatgtgcttgatgatatccttgatgagtgtttaatcaa 7580467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 921 times since January 2019
Visitors: 1114