View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0025-Insertion-8 (Length: 820)

Name: NF0025-Insertion-8
Description: NF0025
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0025-Insertion-8
NF0025-Insertion-8
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (7-820)||(7716549-7717361)
chr4 (7-802)||(7495635-7496427)
chr4 (7-804)||(7521291-7522085)
chr4 (7-820)||(7720379-7721192)
chr4 (7-804)||(7483234-7484028)
chr4 (38-802)||(7529358-7530122)
chr4 (53-802)||(7127159-7127899)
chr4 (527-571)||(7130267-7130311)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 820
Target Start/End: Original strand, 7716549 - 7717361
Alignment:
7 acaccatcctttaagattatttaactcggaaagaaatatatctgtaagtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7716549 acaccatcctttaagattatttaactcggaaagaaatatatctgtaagtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaac 7716648  T
107 tctaggcgaggcaaattatccatccggaggcacttgacatgcaacagtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaacaattcaataagttcaattgaacca 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
7716649 tctaggcgagccaaattatccatccggaggcacttgacatgcaacagtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaaccaatcaataagttcaattgaacca 7716748  T
207 aatttgttaataaattggctaaactagaaaatttcacaccaccaaatccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaat 306  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7716749 aatttgttaataaattggctgaactagaaaatttcacaccaccaaatccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaat 7716848  T
307 tatatcatctttttccaagtcactggcgtcaccaacagtgtgtacattccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgcgc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
7716849 tatatcatctttttccaagtcactggcatcaccaacagtgtgtacattccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgtgc 7716948  T
407 ttagcttctgttggacaatgcctcaaattttccaagccatttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7716949 ttagcttctgttggacaatgcctcaaattttccaagccatttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgt 7717048  T
507 ctctggaggttgtattgaacacaaactgtgtcagtgtttgaagcttagtcatctttcctattccaagtgtcatagaagttaagttattacaatcatccaa 606  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
7717049 ctctggaggtcgtatcgaacacaaactgtgtcagtgtttgaagcttagtcatctttcctattccaagtggcatagaagttaagttattacaatcatccaa 7717148  T
607 ctcaagatgtctaagacttaccaacttccagatatctttgggcaactctctcaagtgaatacacgaattgagcaaacgagtctccaagttaaataattga 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
7717149 ctcaagatgtctaagacttaccaacttccaaatatctttgggcaactctctcaagtgactacacgaattgagcaaaagagtctccaagttaaataattga 7717248  T
707 gttattgaccttgggagctcttcaaccttataacaatgagaaagatcaagatagcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgttgact 806  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7717249 gttatagacctt-ggagctcttcaaccttataacaatgagaaagatcacaatatcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgttgact 7717347  T
807 ttgtgttggtaaga 820  Q
    ||||||||||||||    
7717348 ttgtgttggtaaga 7717361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 7496427 - 7495635
Alignment:
7 acaccatcctttaagattatttaactcggaaagaaatatatctgtaagtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   | |||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||    
7496427 acaccatcctttaagattatttaactgaaagagagctatatctgtgagtgacgcacaaaatgatgatgagttatcactattgctatcattcactatgtac 7496328  T
107 tctaggcgaggcaaattatccatccggaggcacttgacatgcaacagtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaacaattcaataagttcaattgaacca 206  Q
    || |||| |||||| |||| |||  ||||||  ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||  || ||  |||  | ||||| |||||    
7496327 tccaggcaaggcaacttatacatttggaggcgtttgacatgcaacagtgagagtttgaaatattgcaatcttgtgcatttggatacatacaattcaacca 7496228  T
207 aatttgttaataaattggctaaactagaaaatttcacaccaccaaatccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaat 306  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| ||||   ||||| |||||||    
7496227 aatttgtacataaattggccgaactagacaatgtcacaccaccaaatccatttatttctaaatccttgatattggagtgtagaa---tgtcatgtagaat 7496131  T
307 tatatcatctttttccaagtcactggcgtcaccaacagtgtgtacattccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgcgc 406  Q
     |||||||||||||| || ||| || | ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||  |     
7496130 catatcatctttttcaaaatcattgccatcaccaacagtgtcttccttccaattcaatgtcaatcgatgaagatgtgacttccctattaaattcatatgt 7496031  T
407 ttagcttctgttggacaatgcctcaaattttccaagccatttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgt 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
7496030 ttagcttctgttggacaatgcctcaaatgttccaagccttttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatccccctagttcactagttttagcactgt 7495931  T
507 ctctggaggttgtattgaacacaaactgtgtcagtgtttgaagcttagtcatctttcctattccaagtgtcatagaagttaagttattacaatcatccaa 606  Q
    || | || |||||||  |||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||    
7495930 ctttagaagttgtatctaacacaaagtgtgtcaatctttgaagattagtcatctttcctattccacgtggcatagaagttaagttatgacaaagatccaa 7495831  T
607 ctcaagatgtctaagacttaccaacttccagatatctttgggcaactctctcaagtgaatacacgaattgagcaaacgagtctccaagttaaataattga 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |  ||||  |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |    
7495830 ctcaagatgtctaagacttaccaacttccaaagatctttgggcaactctctcaatttagaacacctattgagtaaaagagtctccaagttaactaattca 7495731  T
707 gttattgaccttgggagctcttcaaccttataacaatgagaaagatcaagatagcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgtt 802  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||    
7495730 gttatagaccttgggagctcttcaaccataaaacaacaagaaagatcaagataccttagctgtttcattctaccaatacaagatggaatattcgtt 7495635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 7522085 - 7521291
Alignment:
7 acaccatcctttaagattatttaactcggaaagaaatatatctgtaagtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaac 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   | |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
7522085 acaccatcctttaagattagttaactgaaagagaactatatatgtgagtgacgcacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattcactatgtac 7521986  T
107 tctaggcgaggcaaattatccatccggaggcacttgacatgcaacagtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaacaattcaataagttcaattgaacca 206  Q
    || || | ||||||||||| |||    ||||  ||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||  ||||   |||| ||||||| |||||    
7521985 tccagacaaggcaaattatacatgttaaggcgtttgacatgcaacattgagagtttaaaatattgtaatcttgtgcaatcggataacttcaattcaacca 7521886  T
207 aatttgttaataaattggctaaactagaaaatttcacaccaccaaatccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaat 306  Q
    |||||||  ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||| ||||||||||||||||   ||||| |||||||    
7521885 aatttgtatataaattggctgaattagacaatttcacaccaccgaatccacttatttccaagtccttgatattggagtgcagaa---tgtcatgtagaat 7521789  T
307 tatatcatctttttccaagtcactggcgtcaccaacagtgtgtacattccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgcgc 406  Q
    ||||||||||||||| || ||| || | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||   |  |||||||||||||||||||||||||||  ||    
7521788 tatatcatctttttcaaactcattgccatcaccaacagtctgttcattccatttcaatgataaccaatcaagatgtgacttccctattaaattcatatgc 7521689  T
407 ttagcttctgttggacaatgcctcaaattttccaagccatttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgt 506  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
7521688 ttagcttctgttggacaaggcctcagatgttccaagccttttatctcgagtcgtcccctcaaattatgtaatcctcctagctcactagttttagcactgt 7521589  T
507 ctctggaggttgtattgaacacaaactgtgtcagtgtttgaagcttagtcatctttcctattccaagtgtcatagaagttaagttattacaatcatccaa 606  Q
    || | || |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
7521588 ctttagaagttgtatctaacacaaagtgtgtcagtgtttgaagattagtcatctttcctattccaagtggcatagaagttaagttatcacaatcatccaa 7521489  T
607 ctcaagatgtctaagacttaccaacttccagatatctttgggcaactctctcaagtgaatacacgaattgagcaaacgagtctccaagttaaataattga 706  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |  ||||  |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |    
7521488 ctcaagatgtctaagaattaccaacttccaaagatctttgggcaactctctcaatttagaacacctattgagtaaaagagtctccaagttaactaattca 7521389  T
707 gttattgaccttgggagctcttcaaccttataacaatgagaaagatcaagatagcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgttga 804  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||    
7521388 gttatagaccttgggagctcttcaaccttaaaacaacaagaaagatcaagataccttagctgtttcattctaccaatacaagatggaatattcgttga 7521291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 820
Target Start/End: Original strand, 7720379 - 7721192
Alignment:
7 acaccatcctttaagattatttaactcggaaagaaatatatctgtaagtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaac 106  Q
    |||||||||||| |||||  ||||| |  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||    
7720379 acaccatccttttagatttgttaacccaaaaagaaatatatctttaagtgacgcacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattaacaatgtac 7720478  T
107 tctaggcgaggcaaattatccatccggaggcacttgacatgcaacagtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaacaattcaataagttcaattgaacca 206  Q
    |||||||  ||||||| |  |||   ||||    | |||||||||| ||||||||  ||| |||| |||||||  |||    |||| | ||||| |||||    
7720479 tctaggcatggcaaatcaaacatgtagaggtgtctaacatgcaacattgagagtttgaaatattgtaatcttgtgcaaccggataactccaattcaacca 7720578  T
207 aatttgttaataaattggctaaactagaaaatttcacaccaccaaatccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaat 306  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||| |  ||||||    
7720579 aatttgtatataaattggccgaactagacaatgtcacaccaccgaatccacttatttctaaggccttgatattggagtgcagaactatgtgatttagaat 7720678  T
307 tatatcatctttttccaagtcactggcgtcaccaacagtgtgtacattccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgcgc 406  Q
    ||||||||||||||| || ||| || | |||| |||| |||||   ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
7720679 tatatcatctttttcaaactcattgtcatcactaacaatgtgttgtttccaattcaatgtcaatcgacgaagatgtgacttccctattaaattcatatgc 7720778  T
407 ttagcttctgttggacaatgcctcaaattttccaagccatttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||   |||    
7720779 ttagcttctgttggacaatgcctcagatgttccaagccatttatctcgagttgtcccctcaaattatttaatcctcctagctcacttgttttagatttgt 7720878  T
507 ctctggaggttgtattgaacacaaactgtgtcagtgtttgaagcttagtcatctttcctattccaagtgtcatagaagttaagttattacaatcatccaa 606  Q
    |||| || || ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  |||| ||||||    
7720879 ctctagaagtcgtatctaacacaaactgtgtcagtgtttgaagattagtcatctttcctattccaattggcatagaagttaagtcatggcaataatccaa 7720978  T
607 ctcaagatgtctaagacttaccaacttccagatatctttgggcaactctctcaagtgaatacacgaattgagcaaacgagtctccaagttaaataattga 706  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| | |  |||  ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |    
7720979 ctcaagatgtcgaagacttaccaacttctaaagatctttgggcaactctctcaatttagaacaaaaattgagtaaaagagtctccaagttaattaattca 7721078  T
707 gttattgaccttgggagctcttcaaccttataacaatgagaaagatcaagatagcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgttgact 806  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7721079 gttatagaccttgggagctcctcaaccatatcacaacaagaaaggtcaagatatcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgttgact 7721178  T
807 ttgtgttggtaaga 820  Q
    ||||||||||||||    
7721179 ttgtgttggtaaga 7721192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 7484028 - 7483234
Alignment:
7 acaccatcctttaagattatttaactcggaaagaaatatatctgtaagtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   | |||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||    
7484028 acaccatcctttaagattatttaactgaaagagaactatatatgtgagtgacgcacaaaatgatgatgagttatcactattgctatcattgattatgtac 7483929  T
107 tctaggcgaggcaaattatccatccggaggcacttgacatgcaacagtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaacaattcaataagttcaattgaacca 206  Q
    || |||| ||||||||||| |||    ||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| || | ||||  ||||| |||||    
7483928 tccaggcaaggcaaattatacatgtcaaggcgtttgacatgcatcagtgagagttcaaaatattgcaatctcgaacagttgactaagcccaattcaacca 7483829  T
207 aatttgttaataaattggctaaactagaaaatttcacaccaccaaatccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaat 306  Q
    |||||| |||||||||||   |||| || ||| |||||||||| |||||| |||||  |||  |||| ||||||||||||||||   ||||| |||||||    
7483828 aatttggtaataaattgggcgaacttgacaatgtcacaccaccgaatccacttattactaatgccttgatattggagtgcagaa---tgtcatgtagaat 7483732  T
307 tatatcatctttttccaagtcactggcgtcaccaacagtgtgtacattccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgcgc 406  Q
    ||| ||||| ||||| || ||| || | |||||||||||||||   ||||| |||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||  ||    
7483731 tatttcatccttttcaaactcattgccatcaccaacagtgtgttgtttccacttcaatctcaatcgatgaagatgtgacttccctattaaattcatatgc 7483632  T
407 ttagcttctgttggacaatgcctcaaattttccaagccatttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgt 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
7483631 ttagcttctgttggacaatgcctcaaatgttccaagccagttatctcgagtagtcccctcaagttatgtaatcctcctagctcactagttttagcactat 7483532  T
507 ctctggaggttgtattgaacacaaactgtgtcagtgtttgaagcttagtcatctttcctattccaagtgtcatagaagttaagttattacaatcatccaa 606  Q
    || | || || ||||  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||    
7483531 ctttagaagtcgtatctaacacaaattgtgtaagtgtttgaagattagtcatctttcctattccacgtggcatagaagttaagtcatcacaataatccaa 7483432  T
607 ctcaagatgtctaagacttaccaacttccagatatctttgggcaactctctcaagtgaatacacgaattgagcaaacgagtctccaagttaaataattga 706  Q
    ||||||||| ||||| |||||| | ||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| || ||| ||||||||||||||| ||| | |    
7483431 ctcaagatgcctaagtcttacccatttccaaagatctttgggcaactctttcaagtgagtacaccaattaagtaaaagagtctccaagttaactaaatca 7483332  T
707 gttattgaccttgggagctcttcaaccttataacaatgagaaagatcaagatagcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgttga 804  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |   ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||| ||||    
7483331 gttattgaccttgggagctcctcaaccattctacaataagaaaggtcaagataccttagatgtttcattctaccaatacaagatggaatattctttga 7483234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 7530122 - 7529358
Alignment:
38 agaaatatatctgtaagtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaactctaggcgaggcaaattatccatccggaggc 137  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||| |||||||||   |||   ||||     
7530122 agaactatatctgtgagtgacgcacaagatgatgatgagttatcactattgctatcattcactatgtactccaggcaaggcaaatttctcatgtagaggt 7530023  T
138 acttgacatgcaacagtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaacaattcaataagttcaattgaaccaaatttgttaataaattggctaaactagaaaa 237  Q
      |||||||||||  ||| |||||  | | ||||||||||||  |||||  ||||||| || | |||||||||||||| ||||||| || || |||| ||    
7530022 ctttgacatgcaatggtgcgagttggatatattgcaatcttgtgcaattgtataagtttaaatcaaccaaatttgttagtaaattgactgaattagacaa 7529923  T
238 tttcacaccaccaaatccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaattatatcatctttttccaagtcactggcgtca 337  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  ||||  ||| ||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||||| || ||| |||| |||    
7529922 tttcacaccaccgaatccacttattattaaggtcttgatattggagtgcagaagtatgtcttgtagaattatttcatctttttctaactcattggcatca 7529823  T
338 ccaacagtgtgtacattccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgcgcttagcttctgttggacaatgcctcaaatttt 437  Q
    |||||| ||| | | ||||||||||||| |||   |  |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
7529822 ccaacattgtcttccttccaattcaatgccaaccaatcaagatgtgacttccctcttaaattcataggcttagcttctgttggacaatgcctcaaatgtt 7529723  T
438 ccaagccatttatcacgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgtctctggaggttgtattgaacacaaactgtgt 537  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||||  ||||||||||||||    
7529722 ccaagccagttatctcgagtagtcccctcaagttatgtaatcctcctagctcactagttttagcactatctttagaagttgtatctaacacaaactgtgt 7529623  T
538 cagtgtttgaagcttagtcatctttcctattccaagtgtcatagaagttaagttattacaatcatccaactcaagatgtctaagacttaccaacttccag 637  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
7529622 cagtgtttgaagattagtcatctttcctattccacgtggcatagaagttaagttatgacaataatccaactcaagatgtctaagacttactaacttccaa 7529523  T
638 atatctttgggcaactctctcaagtgaatacacgaattgagcaaacgagtctccaagttaaataattgagttattgaccttgggagctcttcaaccttat 737  Q
    | ||||||||||||||||||||| | |  ||||  |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||     
7529522 agatctttgggcaactctctcaatttagaacacctattgagtaaaagagtctccaagttaactaattcagttatagaccttgggagctcttcaaccataa 7529423  T
738 aacaatgagaaagatcaagatagcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgtt 802  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||    
7529422 aacaacaagaaagatcaagataccttagctgtttcattctaccaatacaagatggaatattcgtt 7529358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 802
Target Start/End: Original strand, 7127159 - 7127899
Alignment:
53 agtgacgtacaaaatgatgatgagttatcactattgttatcattgactatgaactctaggcgaggcaaattatccatccggaggcacttgacatgcaaca 152  Q
    ||||| ||| |||| | ||| ||| ||||| || |||| || ||||||||  ||||||||| |||||||| |  |||   |||||  |||||||||||||    
7127159 agtgatgtagaaaaggttgacgagctatcaatactgttgtcgttgactatccactctaggcaaggcaaatcaatcatatagaggcgtttgacatgcaaca 7127258  T
153 gtgagagttcaaaaaattgcaatcttgaacaattcaataagttcaattgaaccaaatttgttaataaattggctaaactagaaaatttcacaccaccaaa 252  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||   || ||  |||| ||||||| ||||||||||      |||||| | |||||||| ||| |||||||||||||    
7127259 gtgagagttcgaaatattgcaatcttttgcatttggataatttcaattcaaccaaattt------aaattgaccaaactagacaatgtcacaccaccaaa 7127352  T
253 tccatttatttgtaagccctttatattggagtgcagaaccatgtcaagtagaattatatcatctttttccaagtcactggcgtcaccaacagtgtgtaca 352  Q
    ||||||||||  |||  |||| |||||||||||  |||   ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| |  | |||||||||||||||       
7127353 tccatttattgctaaatccttgatattggagtgtcgaa---tgtcatgtagaattatatcatccttttcaaactcattctcatcaccaacagtgtgttgt 7127449  T
353 ttccaattcaatgtcaattcacgaagatgtgacttccctattaaattcatgcgcttagcttctgttggacaatgcctcaaattttccaagccatttatca 452  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
7127450 ttccaattcaatgtcaatcgatgaagatgtgacttccctattaaattcatatgtttagcttctgttggacaatgcctcaaatgttccaagccttttatca 7127549  T
453 cgagtcgtcccctcaagttatgtaatcctcctagttcactagttttagcactgtctctggaggttgtattgaacacaaactgtgtcagtgtttgaagctt 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||    
7127550 cgagtcgtcccctcaagttatgtaatccccctagttcactagttttagcactgtctttagaagttgtatctaacacaaagtgtgtcaatgtttgaagatt 7127649  T
553 agtcatctttcctattccaagtgtcatagaagttaagttattacaatcatccaactcaagatgtctaagacttaccaacttccagatatctttgggcaac 652  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||    
7127650 agtcatctttcctattccacgtggcatagaagttaagttatcacaatcatccaactcaagatgtctaaggcttaccaacttccaaagatctttgggcaac 7127749  T
653 tctctcaagtgaatacacgaattgagcaaacgagtctccaagttaaataattgagttattgaccttgggagctcttcaaccttataacaatgagaaagat 752  Q
    ||| |||| | |  ||||  |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||    
7127750 tctttcaatttagaacacctattgagtaaaagagtctccaagttaactaattcagttatagaccttgggagctcttcaaccataaaacaacaagaaagat 7127849  T
753 caagatagcttagatgtttcatccttccaatactagatggaatcttcgtt 802  Q
    ||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||    
7127850 caagataccttagctgtttcattctaccaatacaagatggaatattcgtt 7127899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 527 - 571
Target Start/End: Original strand, 7130267 - 7130311
Alignment:
527 acaaactgtgtcagtgtttgaagcttagtcatctttcctattcca 571  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
7130267 acaaactgtgtcagtgtttgaagattagtcatttttcctattcca 7130311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 650 times since January 2019
Visitors: 1100