View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0028-INSERTION-18 (Length: 394)

Name: NF0028-INSERTION-18
Description: NF0028
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0028-INSERTION-18
NF0028-INSERTION-18
[»] chr3 (34 HSPs)
chr3 (12-338)||(10672740-10673065)
chr3 (15-338)||(10584660-10584982)
chr3 (12-338)||(4049884-4050210)
chr3 (15-335)||(10591100-10591419)
chr3 (12-338)||(6852754-6853079)
chr3 (12-338)||(6857857-6858182)
chr3 (12-338)||(31081309-31081634)
chr3 (12-338)||(4055018-4055344)
chr3 (12-338)||(8458388-8458714)
chr3 (12-338)||(8464827-8465152)
chr3 (12-338)||(10677853-10678180)
chr3 (12-338)||(5481290-5481615)
chr3 (12-338)||(1302046-1302372)
chr3 (12-338)||(33702401-33702727)
chr3 (12-338)||(31076202-31076529)
chr3 (12-338)||(5457818-5458139)
chr3 (154-338)||(49784763-49784948)
chr3 (12-142)||(33703376-33703506)
chr3 (15-239)||(49784576-49784789)
chr3 (83-238)||(29827551-29827705)
chr3 (154-337)||(20891354-20891550)
chr3 (242-338)||(269483-269579)
chr3 (92-153)||(18024167-18024228)
chr3 (91-152)||(20891182-20891243)
chr3 (283-338)||(29827829-29827884)
chr3 (213-334)||(3187251-3187373)
chr3 (246-296)||(18023978-18024028)
chr3 (288-338)||(18023915-18023965)
chr3 (285-337)||(18023324-18023376)
chr3 (104-152)||(18023560-18023607)
chr3 (150-202)||(18024085-18024137)
chr3 (154-238)||(29827680-29827764)
chr3 (154-213)||(18023466-18023525)
chr3 (246-291)||(18023390-18023435)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (12-338)||(26986791-26987116)
chr8 (12-338)||(14318417-14318742)
chr8 (12-338)||(26981677-26982003)
chr8 (12-338)||(34108306-34108633)
chr8 (12-338)||(14314713-14315038)
chr8 (12-338)||(18493979-18494303)
chr8 (12-338)||(43956652-43956976)
chr8 (14-238)||(10340869-10341082)
chr8 (86-236)||(18608554-18608703)
chr8 (191-297)||(10340760-10340867)
chr8 (86-238)||(1781968-1782117)
chr8 (95-224)||(25953090-25953220)
chr8 (14-50)||(25953248-25953284)
chr8 (292-338)||(10340699-10340745)
chr8 (292-336)||(18608435-18608479)
chr8 (131-167)||(18616167-18616203)
chr8 (283-338)||(1782181-1782236)
chr8 (14-43)||(18608724-18608753)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (12-338)||(12856866-12857191)
chr7 (12-338)||(26051098-26051423)
chr7 (12-338)||(26060457-26060782)
chr7 (12-338)||(26056211-26056536)
chr7 (12-338)||(26065570-26065895)
chr7 (12-338)||(12851751-12852078)
chr7 (119-301)||(14610512-14610694)
chr7 (90-223)||(5440217-5440350)
chr7 (90-223)||(5449227-5449360)
chr7 (86-196)||(4181347-4181457)
chr7 (12-78)||(14610441-14610506)
chr7 (86-201)||(37459802-37459917)
chr7 (86-238)||(35352222-35352375)
chr7 (283-338)||(2248854-2248909)
chr7 (285-338)||(4181277-4181330)
chr7 (283-334)||(37459708-37459759)
chr7 (258-297)||(2248915-2248954)
chr7 (294-338)||(35352122-35352166)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (12-338)||(21275850-21276175)
chr6 (16-225)||(21937651-21937855)
chr6 (14-220)||(21936606-21936805)
chr6 (83-238)||(24509847-24510005)
chr6 (86-238)||(24508762-24508914)
chr6 (86-238)||(20752040-20752192)
chr6 (115-338)||(11182989-11183212)
chr6 (283-337)||(12909621-12909675)
chr6 (262-338)||(20751882-20751957)
chr6 (283-338)||(21936409-21936464)
chr6 (283-337)||(12934728-12934782)
chr6 (154-225)||(20751994-20752065)
chr6 (12-50)||(20752207-20752245)
chr6 (282-338)||(21937971-21938027)
chr6 (154-225)||(24508716-24508787)
chr6 (173-238)||(21936529-21936594)
chr6 (156-200)||(12909533-12909577)
chr6 (156-200)||(12934640-12934684)
[»] chr1 (42 HSPs)
chr1 (12-338)||(28574374-28574699)
chr1 (12-338)||(28598386-28598711)
chr1 (12-338)||(3468144-3468470)
chr1 (154-338)||(43359020-43359204)
chr1 (14-238)||(43358832-43359045)
chr1 (86-338)||(16051335-16051587)
chr1 (14-238)||(10186483-10186704)
chr1 (82-236)||(21431585-21431740)
chr1 (86-239)||(19310963-19311116)
chr1 (86-238)||(1187961-1188113)
chr1 (154-311)||(3701293-3701451)
chr1 (95-225)||(13654468-13654598)
chr1 (86-200)||(44523971-44524087)
chr1 (12-74)||(3465550-3465611)
chr1 (188-303)||(3696167-3696283)
chr1 (77-147)||(3701491-3701561)
chr1 (213-301)||(17414361-17414450)
chr1 (283-342)||(17414300-17414359)
chr1 (86-221)||(35653172-35653307)
chr1 (285-338)||(3696112-3696165)
chr1 (154-223)||(10185907-10185976)
chr1 (154-225)||(10186437-10186508)
chr1 (88-147)||(17414561-17414620)
chr1 (283-325)||(10186056-10186098)
chr1 (283-337)||(13654676-13654730)
chr1 (283-337)||(35653036-35653090)
chr1 (286-338)||(35626539-35626590)
chr1 (283-338)||(1188333-1188388)
chr1 (283-333)||(19311180-19311230)
chr1 (283-335)||(10186307-10186359)
chr1 (14-56)||(17414618-17414661)
chr1 (283-325)||(1188178-1188220)
chr1 (282-338)||(21430778-21430833)
chr1 (155-223)||(35626398-35626465)
chr1 (154-225)||(21431537-21431608)
chr1 (100-142)||(10185832-10185874)
chr1 (14-44)||(35626251-35626281)
chr1 (14-50)||(13654416-13654452)
chr1 (154-202)||(17414473-17414521)
chr1 (14-50)||(19310903-19310939)
chr1 (257-297)||(19311134-19311174)
chr1 (340-372)||(51561028-51561060)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (12-338)||(9872226-9872551)
chr5 (12-338)||(9877341-9877666)
chr5 (12-338)||(39903922-39904247)
chr5 (12-338)||(39909035-39909360)
chr5 (12-338)||(13556106-13556432)
chr5 (12-238)||(2023041-2023255)
chr5 (86-238)||(35368803-35368955)
chr5 (154-239)||(2023230-2023315)
chr5 (88-147)||(4555772-4555831)
chr5 (86-224)||(43540699-43540834)
chr5 (282-338)||(35368624-35368680)
chr5 (246-297)||(2024354-2024405)
chr5 (288-338)||(4555967-4556017)
chr5 (104-238)||(43379556-43379685)
chr5 (259-339)||(24091789-24091869)
chr5 (283-338)||(43540565-43540620)
chr5 (292-338)||(2024420-2024466)
chr5 (12-56)||(4555730-4555774)
chr5 (212-303)||(4555870-4555962)
chr5 (154-238)||(35368744-35368828)
[»] chr4 (37 HSPs)
chr4 (12-338)||(35096105-35096430)
chr4 (15-338)||(35090995-35091317)
chr4 (154-338)||(32429035-32429220)
chr4 (154-334)||(3424119-3424299)
chr4 (14-238)||(32429195-32429408)
chr4 (86-238)||(3409510-3409662)
chr4 (86-330)||(54858987-54859232)
chr4 (12-238)||(30019750-30019977)
chr4 (154-288)||(18671107-18671242)
chr4 (154-297)||(18716757-18716901)
chr4 (154-295)||(3409393-3409535)
chr4 (154-297)||(18737430-18737574)
chr4 (86-238)||(18670980-18671132)
chr4 (83-238)||(25618209-25618357)
chr4 (86-226)||(34279427-34279567)
chr4 (86-238)||(47071535-47071693)
chr4 (86-238)||(14643647-14643799)
chr4 (86-238)||(22118855-22119009)
chr4 (86-166)||(34128234-34128314)
chr4 (262-338)||(34279255-34279331)
chr4 (86-153)||(3424697-3424764)
chr4 (154-225)||(25618163-25618234)
chr4 (282-338)||(22119073-22119129)
chr4 (283-338)||(30019639-30019692)
chr4 (283-338)||(47071758-47071813)
chr4 (283-338)||(14643527-14643582)
chr4 (283-338)||(34601826-34601881)
chr4 (154-238)||(18716698-18716782)
chr4 (154-238)||(18737371-18737455)
chr4 (117-213)||(34601965-34602061)
chr4 (282-338)||(25618051-25618107)
chr4 (303-338)||(3409330-3409365)
chr4 (188-238)||(34279356-34279406)
chr4 (12-42)||(34279588-34279618)
chr4 (286-338)||(34128123-34128176)
chr4 (257-297)||(14643588-14643628)
chr4 (257-297)||(30019698-30019738)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (12-338)||(14917184-14917509)
chr2 (12-338)||(17720328-17720653)
chr2 (12-338)||(45120463-45120789)
chr2 (14-338)||(30283252-30283566)
chr2 (184-338)||(39178847-39179001)
chr2 (204-338)||(17720001-17720135)
chr2 (82-238)||(42780319-42780475)
chr2 (83-238)||(20892252-20892406)
chr2 (84-225)||(716402-716543)
chr2 (155-338)||(716532-716714)
chr2 (285-338)||(42780542-42780595)
chr2 (118-197)||(16286003-16286082)
chr2 (254-297)||(20892160-20892203)
chr2 (12-68)||(42780261-42780316)
chr2 (257-301)||(42780494-42780538)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (12-338)||(1821-2146)
[»] scaffold0005 (3 HSPs)
scaffold0005 (86-238)||(173493-173645)
scaffold0005 (283-338)||(173710-173765)
scaffold0005 (257-297)||(173664-173704)
[»] scaffold0006 (3 HSPs)
scaffold0006 (95-225)||(144229-144359)
scaffold0006 (283-337)||(144437-144491)
scaffold0006 (14-50)||(144177-144213)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 34)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10673065 - 10672740
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10673065 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 10672967  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10672966 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 10672867  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10672866 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 10672767  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  10672766 gattccattattttggaaatcaccaac 10672740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 15 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10584982 - 10584660
Alignment:
Q  15 gaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10584982 gaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 10584884  T
Q  115 cattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10584883 cattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatatatat 10584784  T
Q  215 ttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgat 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10584783 ttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagtgat 10584684  T
Q  315 tccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    
T  10584683 tccattattttggaaatcaccaac 10584660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 4049884 - 4050210
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4049884 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 4049982  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4049983 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatat 4050082  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4050083 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaag 4050182  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4050183 tgattccattattttggaaatcaccaac 4050210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 15 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 10591419 - 10591100
Alignment:
Q  15 gaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10591419 gaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 10591321  T
Q  115 cattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10591320 cattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttaccaaaggttataaccatatatac 10591221  T
Q  215 ttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgat 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10591220 ttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagtgat 10591121  T
Q  315 tccattattttagaaatcacc 335  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  10591120 tccattattttggaaatcacc 10591100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 6853079 - 6852754
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6853079 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 6852981  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6852980 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcatcaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 6852881  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6852880 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 6852781  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  6852780 gattccattattttggaaatcaccaac 6852754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 6858182 - 6857857
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6858182 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 6858084  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6858083 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaatcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcatcaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 6857984  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6857983 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 6857884  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  6857883 gattccattattttggaaatcaccaac 6857857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 31081634 - 31081309
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081634 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 31081536  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31081535 atgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 31081436  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  31081435 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagtcacaacttttggttctaaagt 31081336  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  31081335 gattccattattttggaaatcaccaac 31081309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 4055018 - 4055344
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4055018 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctatccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 4055116  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4055117 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatat 4055216  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4055217 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaag 4055316  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4055317 tgattccattattttggaaatcaccaac 4055344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 8458388 - 8458714
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaa-tgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8458388 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaaatgtcaagcatttat 8458486  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458487 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaccacccttttgccaaaggttataaccatat 8458586  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  8458587 atacttgaatcaatgttatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttagttctaaag 8458686  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8458687 tgattccattattttggaaatcaccaac 8458714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 8464827 - 8465152
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8464827 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 8464925  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8464926 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcaccattttgccaaaggttataaccatata 8465025  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8465026 tacttgagtcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 8465125  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  8465126 gattccattattttggaaatcaccaac 8465152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10678180 - 10677853
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10678180 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 10678082  T
Q  112 gtgcattatatg--actcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccata 209  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10678081 gtgcattatatgtgactcttcacatgaaagaaagcacctttttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccata 10677982  T
Q  210 tatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  10677981 tatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaa 10677882  T
Q  310 gtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10677881 gtgattccattattttggaaatcaccaac 10677853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 5481615 - 5481290
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481615 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaagttg-tgtgtagttgtgtggtttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 5481517  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481516 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 5481417  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5481416 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 5481317  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5481316 gattccattattttggaaatcaccaac 5481290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 1302372 - 1302046
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1302372 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattttgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 1302274  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1302273 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatat 1302174  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1302173 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatatatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaag 1302074  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1302073 tgattccattattttggaaattaccaac 1302046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 33702727 - 33702401
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33702727 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtctattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 33702629  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33702628 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccttat 33702529  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33702528 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttcctatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaag 33702429  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33702428 tgattccattattttggaaatcaccaac 33702401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 31076529 - 31076202
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31076529 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 31076431  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31076430 atgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 31076331  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaat--aataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||    
T  31076330 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaatacaataaataataatgttccaatgtatatgaatggtttccatgaagagtcacaacttttggttctaaa 31076231  T
Q  310 gtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31076230 gtgattccattattttggaaatcaccaac 31076202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 5458139 - 5457818
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgt-attttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5458139 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaagttg-tgtgtagttgtgtggttttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 5458041  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5458040 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcacccttttgccaagggttataaccatat 5457941  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       
T  5457940 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttgattcta--- 5457844  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
      ||||||||||||| ||||||||||||    
T  5457843 --attccattattttggaaatcaccaac 5457818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 154 - 338
Target Start/End: Original strand, 49784763 - 49784948
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaat-aataaataa 252  Q
    |||||||||||||  ||| || ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  49784763 acttgaatcaatgatatggtttattatgcacccttttgccaaatgttataaccatatacacttgaatcaatgtcatggttcattatctatcaataaataa 49784862  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  49784863 taatgttccaatgtatatgaatgatttccatgaagagttacaacttttggttttaaagtgattctattattttggaaatcaccaac 49784948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 12 - 142
Target Start/End: Original strand, 33703376 - 33703506
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33703376 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattatgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 33703474  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33703475 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 33703506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 239
Target Start/End: Original strand, 49784576 - 49784789
Alignment:
Q  15 gaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |          |||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49784576 gaattatgttgttaatgcaacaaaattctgtccaaaat----------tgtgtg-ttgttgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 49784664  T
Q  115 cattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||| |||| | |||||| ||    
T  49784665 cattatatgactcttcacatgagagaaaacactcatttgacttgaatcaatgttatgattcattaagcacccatttgccaaagcttatgatcatatacac 49784764  T
Q  215 ttgaatcaatgtcatggttcattat 239  Q
    |||||||||||  |||||| |||||    
T  49784765 ttgaatcaatgatatggtttattat 49784789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 83 - 238
Target Start/End: Original strand, 29827551 - 29827705
Alignment:
Q  83 aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaac 182  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||| |    
T  29827551 aactaatgcccaaatgccaagcatttataatgcattatatgact-ttcacatgatagaaaacacccctttgacttgaatcaatgttatgattcattaagc 29827649  T
Q  183 acccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||  | |||||||||    
T  29827650 accattttgccaaagattatgaccatacacacttgaatcaatgctaaggttcatta 29827705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 154 - 337
Target Start/End: Original strand, 20891354 - 20891550
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata------------tacttgaatcaatgtcatggttcattatta 241  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||            ||||||||||||||| ||||||||||||      
T  20891354 acttgaatcaatgctatggttcattaagcacccttttgccaaaggttatggtcatatacattagattttttacttgaatcaatgttatggttcattatct 20891453  T
Q  242 ataa-taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 337  Q
    || | ||||||||||| || ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20891454 atcagtaaataataatttttcaatgtatatgaatgattctcatgaagagttacaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaa 20891550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 242 - 338
Target Start/End: Original strand, 269483 - 269579
Alignment:
Q  242 ataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  269483 ataataaataataatgttccaatatatatgaatggtttccataaagagctacaacttttgattctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 269579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 92 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 18024228 - 18024167
Alignment:
Q  92 ccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctcttta 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18024228 ccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacctcttta 18024167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 91 - 152
Target Start/End: Original strand, 20891182 - 20891243
Alignment:
Q  91 cccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctcttt 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  20891182 cccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacaccccttt 20891243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Original strand, 29827829 - 29827884
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29827829 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattcttttggaaatcaccaac 29827884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 213 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 3187373 - 3187251
Alignment:
Q  213 acttgaatcaatgtcatggttcattattaataa-taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    |||||||||||||| || |||||||||  || | ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||  || || | ||||||||||||||| ||||||    
T  3187373 acttgaatcaatgttatagttcattatctatcagtaaataatattgttccaatgcatatgaatgattctcataaaaaattacaacttttgattttaaagt 3187274  T
Q  312 gattccattattttagaaatcac 334  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||    
T  3187273 gattcaattgttttaaaaatcac 3187251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 18024028 - 18023978
Alignment:
Q  246 taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaac 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  18024028 taaataataatgttccaatgtatatgattgattcctatgaagagttacaac 18023978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 288 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 18023965 - 18023915
Alignment:
Q  288 agttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18023965 agttacaacttttggttataaagtgattccattattttggaaatcaccaac 18023915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 285 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 18023376 - 18023324
Alignment:
Q  285 aagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 337  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18023376 aagacttacaactttcaattctaaagtgattccattattttggaaatcaccaa 18023324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 18023607 - 18023560
Alignment:
Q  104 catttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctcttt 152  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18023607 catttataatgtattatatgac-cttcacatgagagaaaacacctcttt 18023560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 18024137 - 18024085
Alignment:
Q  150 tttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttat 202  Q
    |||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  18024137 tttaacttgaatcaatgttatggtttattaaacacccttttgccaaagattat 18024085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 238
Target Start/End: Original strand, 29827680 - 29827764
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    |||||||||||||| | | |||||||| ||||  |||| |||| ||||||| |||||| |||||||||||||  | |||||||||    
T  29827680 acttgaatcaatgctaaggttcattaagcaccaatttgtcaaatgttataatcatatacacttgaatcaatgcaaaggttcatta 29827764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 18023525 - 18023466
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatata 213  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||||||    
T  18023525 acttgaatcaatgatatgattcattaagcacccctttaccaacggttatgaccatatata 18023466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 246 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 18023435 - 18023390
Alignment:
Q  246 taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagtt 291  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||    
T  18023435 taaataataatgttctaatatatatgaatgattcctatgaaaagtt 18023390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 26987116 - 26986791
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26987116 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 26987018  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26987017 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 26986918  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26986917 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 26986818  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26986817 gattccattattttggaaatcaccaac 26986791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14318742 - 14318417
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14318742 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 14318644  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14318643 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 14318544  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14318543 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 14318444  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  14318443 gattccattattttggaaatcaccaac 14318417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 26982003 - 26981677
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26982003 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaaacatttat 26981905  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26981904 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccgtat 26981805  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26981804 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaag 26981705  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26981704 tgattccattattttggaaatcaccaac 26981677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 34108306 - 34108633
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattt--tcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108306 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaagttg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatatattcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 34108404  T
Q  110 tagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccata 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108405 tagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccata 34108504  T
Q  210 tatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  34108505 tatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaa 34108604  T
Q  310 gtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34108605 gtgattccattattttggaaatcaccaac 34108633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14315038 - 14314713
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14315038 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 14314940  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314939 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 14314840  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  14314839 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatacgaatggttcccattaagagttacaacttttggttctaaagt 14314740  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
     |||||||||||||  |||||||||||    
T  14314739 aattccattattttgaaaatcaccaac 14314713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 18494303 - 18493979
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18494303 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctatccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 18494205  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18494204 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacct-tttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 18494106  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  18494105 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaatt 18494006  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  18494005 gattccattattttggaaatcaccaac 18493979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 43956976 - 43956652
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43956976 gaagaattatgttgttaatgcaacaaaattatgtccaaattg-tgtgtagttgtgtg-tttttgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 43956879  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  43956878 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcactcatttgacttgaatcaatgctatgattcattaagcacctttttgccaaaggttataatcatata 43956779  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatg-ttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
     | |||||||||||| |  ||||||||   |   ||  |   || | |||||||||||||||| | || | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43956778 catttgaatcaatgtaaatgttcattaagca-cctatttgccaaagattccaatgtatatgaaagatttccatgaagagttacaactcttgattctaaag 43956680  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  43956679 tgattccattattttaaaaatcaccaac 43956652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10341082 - 10340869
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagt 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    ||||        |||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  10341082 agaattatgttgttaatgcaacaaaattctgtccaaaat----tgta-------tgtttttatatgtccaactaatgcccaaatgccaagcatttatggt 10340994  T
Q  114 gcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatata 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||| |    
T  10340993 gcattatatgactcttcacatgagaaaaagcacctctttgacttgaatcaatgctatgattcattaagcacccttttgtcaaaggttatgatcatataca 10340894  T
Q  214 cttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||    
T  10340893 cttgaatcaatgttatgattcatta 10340869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 86 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18608703 - 18608554
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||    
T  18608703 taatgcctaaatgccaaacatttgtagtgcattatatgac-cttcacatgagagaaaacacccctttaacttgaatcaatgttatggttcattaagcacc 18608605  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcat 236  Q
    | ||||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||  |||||||||    
T  18608604 cctttgccaaaggttatgaacatatacacttgaatcactgctatggttcat 18608554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 191 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 10340867 - 10340760
Alignment:
Q  191 gccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaat-aataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagag 289  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  10340867 gccaaaggttataaccatacacacttgaatcaatgtcatggttcattatctatcaataaataataatgttccaatgtatatgaatggtttccatgaagag 10340768  T
Q  290 ttacaact 297  Q
    ||||||||    
T  10340767 ttacaact 10340760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Original strand, 1781968 - 1782117
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||| ||   ||| |||||||||||||  ||| |||||||| |||     
T  1781968 taatgtccaaatgtcaaacatttatagtgcagtatacgacctttcacatgagagaaaatactattttgacttgaatcaatgttatggttcattaagcacg 1782067  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | ||| | ||| |||||   |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  1782068 cattttctaaatgttat---catatacacttgaatcaatgttatggttcatta 1782117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 95 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 25953220 - 25953090
Alignment:
Q  95 aatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgcc- 193  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||   ||| |||||||| || |||||||||     
T  25953220 aatgccaaacatttatagtgcattatatgaccattcacatgagagaaaacacccatttgacttaaatcaattttatggttcattaagcatccttttgcca 25953121  T
Q  194 aaaggttataaccatatatacttgaatcaat 224  Q
    ||| ||||| | |||||| ||||||||||||    
T  25953120 aaatgttatgatcatatacacttgaatcaat 25953090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 14 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 25953284 - 25953248
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25953284 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 25953248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10340745 - 10340699
Alignment:
Q  292 acaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  10340745 acaacttttggttctaaagtgattccattatttgggaaatcaccaac 10340699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 18608479 - 18608435
Alignment:
Q  292 acaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcacca 336  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18608479 acaacttttagttctaaagtgattccattattttggaaatcacca 18608435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 167
Target Start/End: Original strand, 18616167 - 18616203
Alignment:
Q  131 acatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgc 167  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18616167 acatgagagaaaacacccctttaacttgaatcaatgc 18616203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Original strand, 1782181 - 1782236
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  1782181 tgaagagttataactttttgttctaaaataattccattattttagaaatctccaac 1782236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 18608753 - 18608724
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattct 43  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18608753 agaattatgttgttaatgtaacaaaattct 18608724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 12856866 - 12857191
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856866 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 12856964  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856965 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 12857064  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12857065 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 12857164  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  12857165 gattccattattttggaaatcaccaac 12857191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 26051098 - 26051423
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26051098 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttata 26051196  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26051197 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 26051296  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26051297 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 26051396  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26051397 gattccattattttggaaatcaccaac 26051423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 26060457 - 26060782
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26060457 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttata 26060555  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26060556 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 26060655  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26060656 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 26060755  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26060756 gattccattattttggaaatcaccaac 26060782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 26056211 - 26056536
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26056211 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttata 26056309  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26056310 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 26056409  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26056410 tacttgaatcaatgtcatggttcattatcaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 26056509  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26056510 gattccattattttggaaatcaccaac 26056536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 26065570 - 26065895
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26065570 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttata 26065668  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26065669 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 26065768  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26065769 tacttgaatcaatgtcatggttcattatcaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 26065868  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26065869 gattccattattttggaaatcaccaac 26065895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 12851751 - 12852078
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattt--tcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12851751 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattttgtccaaattg-tgtgtagttgtatggtttttgtatatcttcaactaatgcccaaatgtcaagtattta 12851849  T
Q  110 tagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccata 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12851850 tagtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccata 12851949  T
Q  210 tatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  12851950 tatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgtaacaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaa 12852049  T
Q  310 gtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12852050 gtgattccattattttggaaatcaccaac 12852078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 119 - 301
Target Start/End: Original strand, 14610512 - 14610694
Alignment:
Q  119 atatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14610512 atatgactcttcacatgagagaaagcacctctttgacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatatatacttga 14610611  T
Q  219 atcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14610612 atcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttg 14610694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 90 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5440350 - 5440217
Alignment:
Q  90 gcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttt 189  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||    
T  5440350 gcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccatttgacttgaatcaatgttatggttcattaatcacccctt 5440251  T
Q  190 tgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaa 223  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||| ||||||    
T  5440250 tcccaaaagttatgaccatatacacttaaatcaa 5440217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 90 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5449360 - 5449227
Alignment:
Q  90 gcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttt 189  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||    
T  5449360 gcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccatttgacttgaatcaatgttatggttcattaatcacccctt 5449261  T
Q  190 tgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaa 223  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||| ||||||    
T  5449260 tcccaaaagttatgaccatatacacttaaatcaa 5449227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 4181457 - 4181347
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||||  | | |||||||| ||||    
T  4181457 taatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgactcttcatatgagagaaaacaccattttgacttgaatcaatgttaaggttcattaagcacc 4181358  T
Q  186 cttttgccaaa 196  Q
    | |||||||||    
T  4181357 cctttgccaaa 4181347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 78
Target Start/End: Original strand, 14610441 - 14610506
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtat 78  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14610441 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtat 14610506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 86 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 37459917 - 37459802
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||   ||| | ||||||  |||  ||| ||||||||||||     
T  37459917 taatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgtccattcacatgagagaaaacacgcatttgatttgaattgatgttatggttcattaaacact 37459818  T
Q  186 cttttgccaaaggtta 201  Q
    | ||||||||||||||    
T  37459817 catttgccaaaggtta 37459802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 35352375 - 35352222
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttc-acatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacac 184  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||   |||||| |||||| |||| |   || |||||||| |||    
T  35352375 taatgcccaaatgtcaagcatatatggtgcattatatgacccttcaaaatgagagaaaatgtctctttgacttgattcaacgatttggttcattaagcac 35352276  T
Q  185 ccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    || |||  |||||||||| |  ||||| |||||||||||||| ||| |||||||    
T  35352275 ccatttatcaaaggttatgattatatacacttgaatcaatgttatgattcatta 35352222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 2248909 - 2248854
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2248909 tgaagagttactacttttggttctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 2248854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 285 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 4181330 - 4181277
Alignment:
Q  285 aagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4181330 aagagttgcaacttttgattttaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 4181277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 37459759 - 37459708
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcac 334  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37459759 tgaagagttaaaacttttgattttaaagtgattccattattttaaaaatcac 37459708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 258 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 2248954 - 2248915
Alignment:
Q  258 ttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2248954 ttccagtgtatatgaatggttcgtatgaagagttacaact 2248915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 294 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 35352166 - 35352122
Alignment:
Q  294 aacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||    
T  35352166 aacttttgattctaaagtaatttcattatttcggaaatcaccaac 35352122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 21275850 - 21276175
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21275850 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 21275948  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21275949 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 21276048  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21276049 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 21276148  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21276149 gattccattattttggaaatcaccaac 21276175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 225
Target Start/End: Original strand, 21937651 - 21937855
Alignment:
Q  16 aattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgc 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |  ||||| |||||   ||| |||| ||   |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  21937651 aattatgttgttaatgta-caaaattatgtccaaaattgtgtgttgttgtt--gttgttgtgtta--aactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgc 21937745  T
Q  116 attatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatact 215  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||    
T  21937746 gttatatgacccttcacatgagagaaaatacccctttgacttgaatcaatgtgatggttcattaaacacccttttgccaaaggttatgatcatatacact 21937845  T
Q  216 tgaatcaatg 225  Q
    ||||||||||    
T  21937846 tgaatcaatg 21937855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 21936805 - 21936606
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||| |||||     | |||| ||   ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21936805 agaattatgttgttaatgtaacaaagttcagtccaaaattgtgtgttgttgt-----tgttgtgtta--aactaatgcccaaatgttaagcatttatagt 21936713  T
Q  114 gcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatata 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||| || ||||| |||| |||||||||||||||| | |||||| |    
T  21936712 gcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatgttatggtttattaagcacctttttgccaaaggttatgatcatataca 21936613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 83 - 238
Target Start/End: Original strand, 24509847 - 24510005
Alignment:
Q  83 aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaac 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  24509847 aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgaaccttcacatgagagaaaacacccatttgacttgaatcaatgttatggttcattaaac 24509946  T
Q  183 acccttttgccaaaggtt---ataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    || |||||| |||| |||   || | |||||| |||||||| ||||| | |||||||||    
T  24509947 acacttttgtcaaatgttatgatcatcatatacacttgaattaatgttaaggttcatta 24510005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 24508914 - 24508762
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||| |||||||| ||||    
T  24508914 taatgcccaaatgccaaacatttacagtacataatatgacccttctcatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatgttatggttcattaagcacc 24508815  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||||||||||||||||| | | |||| |||||||| ||||  | |||||||||    
T  24508814 cttttgccaaaggttatgatcttatacacttgaattaatgctaaggttcatta 24508762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 20752192 - 20752040
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||  ||| |||||||| ||||    
T  20752192 taatgcctaaatgccaagtatttatagtgcattagatgacctttcacatgagagaaaacactcatttgacttgaatcaatgttatggttcattaagcacc 20752093  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
     ||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||  | |||||||||    
T  20752092 attttgtcaaaggttatggccatatacacttgaatcaatgctaaggttcatta 20752040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 115 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 11183212 - 11182989
Alignment:
Q  115 cattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatac 214  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||| |||||  ||| |||||||||| ||  ||| ||||||||||| || |||| |||||||||| | |||||| ||    
T  11183212 cattatatgagccttcacatgggagaacacacccatttgacttgaatcagtgttatggttcattaaacatccctttgtcaaaggttatgatcatatacac 11183113  T
Q  215 ttgaatcaatgtcatggttcatt-attaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtga 313  Q
    ||||||||| |  | |||||||| | ||    |     | |||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||| |||| ||||||| |||    
T  11183112 ttgaatcaaggctaaggttcattaagtacccctttgcca-aatgttccaatgtatatgaaagatttccatgaagagttacaacatttggttctaaattga 11183014  T
Q  314 ttccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  11183013 ttccattattttagaaatgaccaac 11182989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 283 - 337
Target Start/End: Original strand, 12909621 - 12909675
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 337  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12909621 tgaagagttacaacttttggttctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 12909675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 262 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 20751957 - 20751882
Alignment:
Q  262 aatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  20751957 aatgtatatgaaaggttctcatgaagagttacaacttttga-tctaaagtgaatccattattttggaaatcaccaac 20751882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 21936464 - 21936409
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21936464 tgaagagttacaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 21936409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 337
Target Start/End: Original strand, 12934728 - 12934782
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 337  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12934728 tgaagagttacaacttttggttctagagtgattccattattttggaaatcaccaa 12934782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 20752065 - 20751994
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||| ||||||| |||||    
T  20752065 acttgaatcaatgctaaggttcattaaacacccctttgtcaaaggttataataatatacacttgaaccaatg 20751994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 20752245 - 20752207
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20752245 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctttccaaa 20752207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 338
Target Start/End: Original strand, 21937971 - 21938027
Alignment:
Q  282 atgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||  || || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21937971 atgaagagttacatattatggttctaaaatgattccattattttggaaatcaccaac 21938027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 24508787 - 24508716
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    |||||||| ||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||| || | |||||| |||||||||||||    
T  24508787 acttgaattaatgctaaggttcattaaacacccctttaccaaaggtcatgatcatatacacttgaatcaatg 24508716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 21936594 - 21936529
Alignment:
Q  173 ttcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| || | |||||| |||||||||||||  | |||||||||    
T  21936594 ttcactaaacacccctttgccaaaggtcatgatcatataaacttgaatcaatgcaaaggttcatta 21936529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 156 - 200
Target Start/End: Original strand, 12909533 - 12909577
Alignment:
Q  156 ttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggtt 200  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12909533 ttgaatcaatgctaaggttcattaaacacctttttgccaaaggtt 12909577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 156 - 200
Target Start/End: Original strand, 12934640 - 12934684
Alignment:
Q  156 ttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggtt 200  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12934640 ttgaatcaatgctaaggttcattaaacacctttttgccaaaggtt 12934684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 42)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 28574374 - 28574699
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28574374 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 28574472  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28574473 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 28574572  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28574573 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 28574672  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28574673 gattccattattttggaaatcaccaac 28574699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 28598386 - 28598711
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28598386 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 28598484  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28598485 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 28598584  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  28598585 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaatt 28598684  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28598685 gattccattattttggaaatcaccaac 28598711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 3468144 - 3468470
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468144 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 3468242  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3468243 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacatctttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatat 3468342  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  3468343 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagaattacaacttttgattctaaaa 3468442  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3468443 tgattccattattttggaaatcaccaac 3468470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 154 - 338
Target Start/End: Original strand, 43359020 - 43359204
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaat-aataaataa 252  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  43359020 acttgaatcaatgttatggttcattag-cacccttttgccaaatgttataaccatatacacttgaatcaatatcatggttcattatcaatcaataaataa 43359118  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43359119 taatgttccaatgtatatgaatgattctcatgaagagttacaactcttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 43359204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 238
Target Start/End: Original strand, 43358832 - 43359045
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||| || |||||           | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43358832 agaattatgttgttaatgtaacaaaattcagtccaaaattgtgtgttgtagtgtg-----------tccaactaatgcccaaatgccaagcatttatagt 43358920  T
Q  114 gcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatata 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||   ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||| |    
T  43358921 gcattataggactcttcacatgagagaaagcactcatttgacttgaatcaatgctatgattcattaagcacccctttgccaaaggttatgatcatataca 43359020  T
Q  214 cttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  43359021 cttgaatcaatgttatggttcatta 43359045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 86 - 338
Target Start/End: Original strand, 16051335 - 16051587
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||  ||| |||||||| |||     
T  16051335 taatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgaccattcacatgagtgaaaacacccttttgacttgaatcaatgatatggttcattaagcact 16051434  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatt-attaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatg 284  Q
    | ||||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||  |||||||||| | ||   ||  |  | ||||||  |||||||||||||| |||| ||     
T  16051435 catttgccaaatgttatgatcatatacacttgaatcaatgctatggttcattaagtatccatttacca-aatgttataatgtatatgaatgattcccata 16051533  T
Q  285 aagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16051534 aagagttataacttttggttctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 16051587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10186704 - 10186483
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaact-aatgcccaaatgtcaagcatttatag 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    |  | | ||| || | | ||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  10186704 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattatgt----tgttattgttcttctgtgttcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatag 10186609  T
Q  113 tgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatat 212  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||| ||||||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||| |||||||||| | ||||||     
T  10186608 tgcattatatgacccttcacatgagagaaagcacccatttgacttgaaccaatgctatggttcattaagcacccctttgtcaaaggttatgatcatatac 10186509  T
Q  213 acttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    |||||||||||||  |||||||||||    
T  10186508 acttgaatcaatgctatggttcatta 10186483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 82 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 21431740 - 21431585
Alignment:
Q  82 caactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaaca-cctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaa 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| |||| ||||||||  ||| ||||||||    
T  21431740 caactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaagcaccccctttgacttaaatcaatgttatggttcattaa 21431641  T
Q  181 acacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcat 236  Q
     ||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| | |||||||    
T  21431640 gcacccttttgccaaaggttatgatcatacacacttgaatcaatgttaaggttcat 21431585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 86 - 239
Target Start/End: Original strand, 19310963 - 19311116
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  ||  |||||||| ||||    
T  19310963 taatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattacatgacccttcacatgagagaaagcacccctttgacttgaatcaatgttatagttcattaagcacc 19311062  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattat 239  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||  | ||||||||||    
T  19311063 cttttaccaaaggttatgatcatatacacttgaatcaatgctaaggttcattat 19311116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Original strand, 1187961 - 1188113
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||  || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  1187961 taatgcccaaatggcaagcacttattatggattatatgactctacacatgagagtaaacacccctttgacttgaattaatgttatggttcattaaacacc 1188060  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | ||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||  | |||||||||    
T  1188061 catttgccaaaggttatgatcatatacacttgtatcaatgctaaggttcatta 1188113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 154 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 3701451 - 3701293
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattat-taataataaataa 252  Q
    ||||||||||||   ||| |||||||| || |  ||| ||||||||| | | || ||| |||||||||||||  |||||||||||| || || |||||||    
T  3701451 acttgaatcaatattatggttcattaagcatcaatttaccaaaggttgtgatcagatacacttgaatcaatgctatggttcattatctattagtaaataa 3701352  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  3701351 taatgttctaatgtatatgaatggttcctataaagagttacaacttttggttctaaagt 3701293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 95 - 225
Target Start/End: Original strand, 13654468 - 13654598
Alignment:
Q  95 aatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgcca 194  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||||    
T  13654468 aatgccaagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatgttatggttcattaagtacccttttgcca 13654567  T
Q  195 aaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    | |||||| | |||| | |||||| ||||||    
T  13654568 agggttatgatcatacacacttgagtcaatg 13654598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 86 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 44524087 - 44523971
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcac--atgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaaca 183  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||  ||| |||||||||||||  ||| |||||||| ||    
T  44524087 taatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgacccttcacatatgagggaaaacacccatttgacttgaatcaatgttatggttcattaagca 44523988  T
Q  184 cccttttgccaaaggtt 200  Q
    ||| |||| ||||||||    
T  44523987 cccctttgacaaaggtt 44523971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 12 - 74
Target Start/End: Original strand, 3465550 - 3465611
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt 74  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3465550 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttt 3465611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 188 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 3696283 - 3696167
Alignment:
Q  188 tttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataa-taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaa 286  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||   ||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||    
T  3696283 tttgccaaaggttatgactatataaacttgaatcaatattatggttcattatttatcggtaaataataatgttttaatgtatatgaatgattcccatgaa 3696184  T
Q  287 gagttacaacttttgat 303  Q
     |||| |||||||||||    
T  3696183 aagttgcaacttttgat 3696167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 77 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 3701561 - 3701491
Alignment:
Q  77 attttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacc 147  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3701561 attttaaactcaggcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatgtgactcttcacatgagagaaaacacc 3701491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 213 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17414450 - 17414361
Alignment:
Q  213 acttgaatcaatgtcatggttcattat-taataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttg 301  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  17414450 acttgaatcaatgctatggttcattatctattagtaaataataatgttctaatgtatatgaatgattctaatgaagagttacaacttttg 17414361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 283 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 17414359 - 17414300
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaacggta 342  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17414359 tgaagagttacaagttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaacggta 17414300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 35653307 - 35653172
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||   ||| | |||||||||||  ||| |||||||| |||     
T  35653307 taatgcccaaatgtcaagtgtttataaggctatatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgaattgaatcaatgatatggttcattaagcact 35653208  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatc 221  Q
    | |||| |||||||||| | |||||| |||||||||    
T  35653207 cctttgtcaaaggttatgatcatatacacttgaatc 35653172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 3696165 - 3696112
Alignment:
Q  285 aagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3696165 aagagttacaacttttgattccaaagtgattccattattttagaaattaccaac 3696112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 223
Target Start/End: Original strand, 10185907 - 10185976
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaa 223  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10185907 acttgaatcaatgatatggttcattaagcacctttttgccaaaggttataaccatatacacttgaatcaa 10185976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 10186508 - 10186437
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  10186508 acttgaatcaatgctatggttcattaagcacccttttgccaaaagttacaaccatataaacttcaatcaatg 10186437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 88 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 17414620 - 17414561
Alignment:
Q  88 atgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacc 147  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  17414620 atgcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgaccattcacatgagagaaaccacc 17414561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 325
Target Start/End: Original strand, 10186056 - 10186098
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattatttt 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10186056 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattatttt 10186098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 337
Target Start/End: Original strand, 13654676 - 13654730
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 337  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  13654676 tgaagagttacaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaattaccaa 13654730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 35653090 - 35653036
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 337  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35653090 tgaagagttacaacttttggttccaaagtgattccattattttggaaatcaccaa 35653036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 286 - 338
Target Start/End: Original strand, 35626539 - 35626590
Alignment:
Q  286 agagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35626539 agagttacaatttttgat-ctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 35626590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Original strand, 1188333 - 1188388
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1188333 tgaaaagttacaatttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 1188388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 283 - 333
Target Start/End: Original strand, 19311180 - 19311230
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatca 333  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19311180 tgaagagttacaacttttggttataaagtgattccattattttggaaatca 19311230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 283 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 10186359 - 10186307
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcacc 335  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  10186359 tgaagagttaaaacttttgagtctaaagtgattccattattttggaaagcacc 10186307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 14 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 17414661 - 17414618
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattc-tgtccaaattgatg 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17414661 agaattatgttgttaatgtaacaaaattcatgtccaaattgatg 17414618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 325
Target Start/End: Original strand, 1188178 - 1188220
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattatttt 325  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1188178 tgaaaagttacaacttttggttctaaagtgattccattatttt 1188220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 21430833 - 21430778
Alignment:
Q  282 atgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  |||||||||||    
T  21430833 atgaagagttacaacttttga-tctaaaatgattctattattttgaaaatcaccaac 21430778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 223
Target Start/End: Original strand, 35626398 - 35626465
Alignment:
Q  155 cttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaa 223  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  35626398 cttgaatcaatgctaaggttcattaaatacc-ttttgtcaaaggttataatcatatacacttgaatcaa 35626465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 21431608 - 21431537
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    |||||||||||||  | | ||||| || ||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  21431608 acttgaatcaatgttaaggttcatcaagcacccatttgccaaaggttataattatatacacttgaatcaatg 21431537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 100 - 142
Target Start/End: Original strand, 10185832 - 10185874
Alignment:
Q  100 caagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  10185832 caagcatttatagtgcattatatgaccattcatatgagagaaa 10185874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 44
Target Start/End: Original strand, 35626251 - 35626281
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctg 44  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35626251 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctg 35626281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #38
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 50
Target Start/End: Original strand, 13654416 - 13654452
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 50  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  13654416 agaattatgttgttaatgcaacaaaattctatccaaa 13654452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17414521 - 17414473
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttat 202  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  17414521 acttgaataaatgctatgaatcattaaacacctctttgccaaaggttat 17414473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #40
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 50
Target Start/End: Original strand, 19310903 - 19310939
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 50  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19310903 agaattatattgttaatgtaacaaaactctgtccaaa 19310939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #41
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 297
Target Start/End: Original strand, 19311134 - 19311174
Alignment:
Q  257 gttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  19311134 gttccaatgtatatgaaagattcccatgaagagttacaact 19311174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 340 - 372
Target Start/End: Original strand, 51561028 - 51561060
Alignment:
Q  340 gtaacttttctgaagcaatatttcgagctaaaa 372  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51561028 gtaacttttctgacgcaatatttcgagctaaaa 51561060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9872551 - 9872226
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9872551 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 9872453  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9872452 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 9872353  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9872352 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 9872253  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  9872252 gattccattattttggaaatcaccaac 9872226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9877666 - 9877341
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9877666 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 9877568  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9877567 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 9877468  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9877467 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 9877368  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  9877367 gattccattattttggaaatcaccaac 9877341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 39903922 - 39904247
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39903922 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgttttttcaactaatgccaaaatgtcaagcatttata 39904020  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  39904021 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcactattttgccaaaggttataaccatata 39904120  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39904121 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 39904220  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  39904221 gattcaattattttggaaatcaccaac 39904247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 39909035 - 39909360
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39909035 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtgatttttgttttttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 39909133  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39909134 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 39909233  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  39909234 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggtttacacgaagagttacaacttttggttctaaagt 39909333  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  39909334 gattccattattttggaaatcaccaac 39909360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 13556432 - 13556106
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttt-tgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13556432 gaagaattatgttgttaatgtaacaaacttctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtccttttctgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 13556334  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  13556333 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacccatttgacttgaatcaatgctatgattcattaagcacctttttgccaaaggttataatcatat 13556234  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaa--taataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaa 308  Q
    | |||||||||||||  |  ||||||||   |  || |    |  || ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||| || |||    
T  13556233 acacttgaatcaatgcaaatgttcattaagcacctatttgcca--aaggttccaatgtatatgaaagattcccatgaagagttacaactcttggttttaa 13556136  T
Q  309 agtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13556135 agtgattccattattttggaaatcaccaac 13556106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 12 - 238
Target Start/End: Original strand, 2023041 - 2023255
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||           | ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2023041 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattatgtgttgttgtgtg-----------tccaactaatgcccatatgtcaagcatttata 2023129  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||    
T  2023130 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacc-ctttgacttgaatcaatgttatgattcattaaacacccatttgtcaaaggttatgatcatata 2023228  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
     |||||||||||||| ||| |||||||    
T  2023229 cacttgaatcaatgttatgattcatta 2023255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 35368955 - 35368803
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  35368955 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacttttcacatgagagaaaacactcatttgacttgaatcaatgttatgattcattaaacacc 35368856  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
     ||||  |||| ||||| | |||||| |||||||||||||  | |||||||||    
T  35368855 tttttatcaaatgttatgatcatatacacttgaatcaatgctaaggttcatta 35368803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 154 - 239
Target Start/End: Original strand, 2023230 - 2023315
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattat 239  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  2023230 acttgaatcaatgttatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatacacacttgaatcaatgtcatggttcattat 2023315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 88 - 147
Target Start/End: Original strand, 4555772 - 4555831
Alignment:
Q  88 atgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacc 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  4555772 atgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactattaacatgagagaaaacacc 4555831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 86 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 43540834 - 43540699
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||   ||| |||||| ||||||  ||| |||||||| || |    
T  43540834 taatgcccagatgccaagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagag--aacactcatttgacttgagtcaatgttatggttcattaagca-c 43540738  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaat 224  Q
    |||||| |||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  43540737 cttttgtcaaaggttatgatcatatacacttgaatcaat 43540699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 282 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 35368680 - 35368624
Alignment:
Q  282 atgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  35368680 atgaaaagttacaacttttgattctaaagtgattccattcttttagaaattaccaac 35368624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 246 - 297
Target Start/End: Original strand, 2024354 - 2024405
Alignment:
Q  246 taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  2024354 taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccgtgaagagttacaact 2024405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 338
Target Start/End: Original strand, 4555967 - 4556017
Alignment:
Q  288 agttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4555967 agttacaacttttaattctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 4556017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 238
Target Start/End: Original strand, 43379556 - 43379685
Alignment:
Q  104 catttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttata 203  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||     |||||||   ||| |||||||||||||  |||||||| ||| ||| ||||| |||||| ||||     
T  43379556 catttatagtgcattatatgacccttcacat-----aaaacactcattttacttgaatcaatgttatgattcactaagcactcttttaccaaagtttatg 43379650  T
Q  204 accatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | |||||| |||||||||||||  | |||||||||    
T  43379651 atcatatacacttgaatcaatgctacggttcatta 43379685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 259 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 24091869 - 24091789
Alignment:
Q  259 tccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaacg 339  Q
    ||||||||||||||| | |||  || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  24091869 tccaatgtatatgaaagattctcataaagagttacaactcttggttctaaagtgattctattattttggaaatcacaaacg 24091789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 43540620 - 43540565
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  43540620 tgaagagttacaacttttggttctaaattgattcaattattttggaaatcaccaac 43540565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 292 - 338
Target Start/End: Original strand, 2024420 - 2024466
Alignment:
Q  292 acaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2024420 acaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 2024466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 12 - 56
Target Start/End: Original strand, 4555730 - 4555774
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatg 56  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  4555730 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattgtgtccaaatcgatg 4555774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 212 - 303
Target Start/End: Original strand, 4555870 - 4555962
Alignment:
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataa-taaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgat 303  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||  |||| ||||||||||| || ||||||||||||||| || |  ||||||| || ||||||||||    
T  4555870 tacttgaatcaatgttatggttcactatctataagtaaataataatttttcaatgtatatgaatgatttccgtgaagaggtataacttttgat 4555962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 35368828 - 35368744
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    |||||||||||||| | | |||||||| ||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||||  | |||||||||    
T  35368828 acttgaatcaatgctaaggttcattaagcacctctttgtcaaaggttataatcatatacacttaaatcaatgctaaggttcatta 35368744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 37)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 35096105 - 35096430
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35096105 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 35096203  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35096204 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 35096303  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  35096304 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaactttttgttctaaagt 35096403  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  35096404 gattccattattttggaaatcaccaac 35096430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 15 - 338
Target Start/End: Original strand, 35090995 - 35091317
Alignment:
Q  15 gaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090995 gaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtatggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtg 35091093  T
Q  115 cattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35091094 cattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatatatac 35091193  T
Q  215 ttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgat 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35091194 ttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagtgat 35091293  T
Q  315 tccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    
T  35091294 tccattattttggaaatcaccaac 35091317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 154 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 32429220 - 32429035
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaat-aataaataa 252  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||    
T  32429220 acttgaatcaatgttatgattcattaagcacccttttgccaaatgttataaccatatacacttgaatcattgtcatggttcattatctatcaataaataa 32429121  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32429120 taatgttccaatgtatatgaatgatttccatgaagagttacaactcttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 32429035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 154 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 3424299 - 3424119
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattat-taataataaataa 252  Q
    |||| ||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  3424299 acttaaatcaatgttatggttcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatacacatttgaatcaatgtcatggttcattatctatcaataaataa 3424200  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcac 334  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3424199 taatgttccaatgtatatg-atggttctcatgaagagttacaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcac 3424119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 32429408 - 32429195
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagt 113  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||           | |||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  32429408 agaattatgttgttaatccaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgtg-----------tccaactaatgcacaaatgccaagcatttatagt 32429320  T
Q  114 gcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatata 213  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| | |||||| |    
T  32429319 gcattatatgactcttcaaatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccctttgtcaaaggttatgatcatataca 32429220  T
Q  214 cttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||    
T  32429219 cttgaatcaatgttatgattcatta 32429195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3409662 - 3409510
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  3409662 taatgcccaaatgtcaaatatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcctttgacttgaatcaatgctatgattcattaagcacc 3409563  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  3409562 cctttgccaaaggttatgatcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 3409510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 86 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 54859232 - 54858987
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaaca-cctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacac 184  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||  ||| |||||||| ||     
T  54859232 taatgcccaaatatcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacaccccctttgacttgaatcaatgttatggttcattaagcat 54859133  T
Q  185 ccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatg 284  Q
    || ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| |||||||   |   |       || ||||||||||||||||||| |||| |||    
T  54859132 ccatttgccaaaggttatgatcatatacacttgaatcaatgttatgtttcattaagcacccttttgccaaaggttccaatgtatatgaatgattccaatg 54859033  T
Q  285 aagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaa 330  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||    
T  54859032 aagagttacaatttttggttgtaaagtgattctattattttggaaa 54858987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 30019977 - 30019750
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttt--tgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||| ||| |  | | | |  |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  30019977 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgttgttctgttctctgtcaaactaatgcccaaatgccaaacattta 30019878  T
Q  110 tagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccata 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||  ||| |||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||    
T  30019877 tagtgcattatatgacccttcacatgagagaaagcacccatttgacttgaatc-atgttatggttcattaagcacctttttgccaaaggttatgatcata 30019779  T
Q  210 tatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
     | |||||||||||||  | |||||||||    
T  30019778 cacacttgaatcaatgcaaaggttcatta 30019750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 154 - 288
Target Start/End: Original strand, 18671107 - 18671242
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaat-aataaataa 252  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  18671107 acttgaatcaatgttatggttcattaagcaccattttgccaaaggttataaccatatacacttaaatcaatgtcatggttcattatttatcaataaataa 18671206  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaaga 288  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18671207 taatgtaccaatgtatatgaatggttcccatgaaga 18671242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 154 - 297
Target Start/End: Original strand, 18716757 - 18716901
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattat-taataataaataa 252  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||    
T  18716757 acttgaatcaatgttatggttcattaagcactatttggccaaaggttataaccatatacacttgaatcaatgtcatggttcattatctatcactaaataa 18716856  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18716857 taatgtaccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaact 18716901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 154 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 3409535 - 3409393
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattat-taataataaataa 252  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  3409535 acttgaatcaatgttatggttcattaagtacccttttgccaaaggttataactatacacatttgaatcaatgtcatggttcattatctatcaataaataa 3409436  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaa 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  3409435 taatgttccaatgtatatgaatggttctcatgaagagttacaa 3409393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 154 - 297
Target Start/End: Original strand, 18737430 - 18737574
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattat-taataataaataa 252  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||    
T  18737430 acttgaatcaatgttatggttcattaagcacaatttagccaaaggttataacaatatacacttgaatcaatgtcatggttcattatctatcactaaataa 18737529  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18737530 taatgtaccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaact 18737574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Original strand, 18670980 - 18671132
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||| ||| |||||||| | |     
T  18670980 taattcccaaatgccaagcatttatagtccattatatgacccttcacatgagagaaagcacccatttgacttgaatcaatgctatggttcattaagccct 18671079  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  18671080 cttttaccaaaggttatcttcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 18671132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 83 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25618357 - 25618209
Alignment:
Q  83 aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaac 182  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||| |    
T  25618357 aactaatgcccaaatgccaagcatttatagtgcattatatgac-------atgagagaaaacacctctgtgacttgaatcaatgttatgattcattaagc 25618265  T
Q  183 acccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | ||  |||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  25618264 atccagttgcgaaaggttatgatcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 25618209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 86 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34279567 - 34279427
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||  ||| || ||| ||||||    
T  34279567 taatgctcaaatgtcgagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacactcatttgacttgaatcaatgttatggttaattgaacacc 34279468  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgt 226  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| |||| |||||||||    
T  34279467 cttttaccaaaggttatgatcatatacacttaaatcaatgt 34279427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Original strand, 47071535 - 47071693
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacat------gagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcatta 179  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||||      |||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| |||||||    
T  47071535 taatgcccaaatgttaaacatttatagtacattatatgacccttcacatgaacatgagagaaaacacttttttgacttgaatcaatgcaatggttcatta 47071634  T
Q  180 aacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | || || ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  47071635 agcatccatttgccaaaggttatgatcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 47071693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14643799 - 14643647
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||     
T  14643799 taatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatgatagaaaacacccatttgacttgaatcaatgctaaggttcattaaacact 14643700  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | |||| |||| ||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  14643699 cctttgtcaaatgttatgatcatatacacttgaatcaatgttaaggttcatta 14643647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Original strand, 22118855 - 22119009
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaa--acacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaaca 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||| |||   ||| |||||||| ||    
T  22118855 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtatattatatgacccttcacatgagagaaaatacacccctttgacttgaatgaataatatggttcattaagca 22118954  T
Q  184 cccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||| |||||| ||||||   | |||||| |||||||||||||  | |||||||||    
T  22118955 cccctttgccgaaggttgcgatcatatacacttgaatcaatgctaaggttcatta 22119009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 34128314 - 34128234
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatg 166  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||   ||| |||||||||||||    
T  34128314 taatggccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacattagagaaaacactcatttgacttgaatcaatg 34128234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 262 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 34279331 - 34279255
Alignment:
Q  262 aatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34279331 aatgtatatgaatgattcccatgaagaattgaaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 34279255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 86 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 3424764 - 3424697
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctcttta 153  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  3424764 taatgcccaaatatcaaatatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacaccccttta 3424697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 25618234 - 25618163
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  25618234 acttgaatcaatgttatggttcattaagcacccttttgccaaatgttataaccatatacacttgaatcaatg 25618163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 282 - 338
Target Start/End: Original strand, 22119073 - 22119129
Alignment:
Q  282 atgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  22119073 atgaagagttacaacttttggttctaaagtgattccattattttgaaaatcaccaac 22119129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 30019692 - 30019639
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30019692 tgaagagttacaactt--gattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 30019639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Original strand, 47071758 - 47071813
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47071758 tgaagagttacaacttttggttgtaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 47071813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14643582 - 14643527
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  14643582 tgaagagttacaacttttggttctaaagtgattcaattattttgtaaatcaccaac 14643527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 34601881 - 34601826
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34601881 tgaaaagttacaacttttagttctaaaatgattccattattttagaaatcaccaac 34601826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 238
Target Start/End: Original strand, 18716698 - 18716782
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| | | ||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  18716698 acttgaatcaatgatatggttcattaagctctcttttaccaaaagttatgatcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 18716782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 238
Target Start/End: Original strand, 18737371 - 18737455
Alignment:
Q  154 acttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| | | ||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  18737371 acttgaatcaatgatatggttcattaagctctcttttaccaaaagttatgatcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 18737455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 117 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 34602061 - 34601965
Alignment:
Q  117 ttatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatata 213  Q
    |||||||||  ||||||||||| |||||||   ||| |||||||||||||| ||  ||||||||||| || |||| |||||||||| | ||||||||    
T  34602061 ttatatgaccattcacatgagaaaaaacactcatttgacttgaatcaatgctatagttcattaaacatccatttgtcaaaggttatgatcatatata 34601965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 25618107 - 25618051
Alignment:
Q  282 atgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  25618107 atgaacagttacaactcttagttctaaagtgattccaatattttggaaatcaccaac 25618051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 303 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 3409365 - 3409330
Alignment:
Q  303 ttctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3409365 ttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 3409330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 34279406 - 34279356
Alignment:
Q  188 tttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | |||||||||    
T  34279406 tttgccaaaggttataatcatatacacttgaatcaatgctaaggttcatta 34279356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 42
Target Start/End: Complemental strand, 34279618 - 34279588
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 42  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34279618 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 34279588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 34128176 - 34128123
Alignment:
Q  286 agagttacaacttttgattctaaagtgattccatta-ttttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  34128176 agagttacaacttttggttctaaaatgattccataatttttggaaatcaccaac 34128123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 14643628 - 14643588
Alignment:
Q  257 gttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  14643628 gttccaatgtatatgaatgattcccatgaatagttacaact 14643588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 30019738 - 30019698
Alignment:
Q  257 gttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  30019738 gttccaatgtatatgaaagattcccatgaagagttacaact 30019698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14917509 - 14917184
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14917509 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaagttg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 14917411  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14917410 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacagctatttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 14917311  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14917310 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 14917211  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  14917210 gattccattattttggaaatcaccaac 14917184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 17720653 - 17720328
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17720653 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 17720555  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17720554 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 17720455  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17720454 tacttcaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaagt 17720355  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  17720354 gattctattattttggaaatcaccaac 17720328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 45120463 - 45120789
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggttttt-gtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45120463 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtgtagttgtgtggttttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 45120561  T
Q  111 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45120562 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaagcacctctttaacttgaatcaatgtcatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatat 45120661  T
Q  211 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45120662 atacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgtttcaatgtatatgaatggttcccatgaagagttacaacttttaattctaaag 45120761  T
Q  311 tgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45120762 tgattccattattttggaaatcaccaac 45120789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 30283566 - 30283252
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||         ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  30283566 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattg-tgtttagttgtgtg---------ttttcaactaatgcccaaatgccaaacatttatagt 30283477  T
Q  114 gcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatata 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30283476 gcattatatgactcttcacatgaaagaaaacacccctttaacttgaatcaatattatggttcattaagcacccttttgccaaagattataaccatatata 30283377  T
Q  214 cttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtga 313  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  30283376 cttgaatcaatgtcatggttcagtatcaataataaataataatgttccaatgtacatgaatggttcccatgaagagttacaacttttggttctaaaatga 30283277  T
Q  314 ttccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||| ||||||||||||    
T  30283276 ttccattattttggaaatcaccaac 30283252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 184 - 338
Target Start/End: Original strand, 39178847 - 39179001
Alignment:
Q  184 cccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctat 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39178847 cccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcccat 39178946  T
Q  284 gaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39178947 gaagagttacaacttttagttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 39179001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 204 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 17720135 - 17720001
Alignment:
Q  204 accatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgat 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  17720135 accatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatagttcccatgaagagttacaacttttggt 17720036  T
Q  304 tctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17720035 tctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 17720001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 82 - 238
Target Start/End: Original strand, 42780319 - 42780475
Alignment:
Q  82 caactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaa 181  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||| ||||||||     
T  42780319 caactaatgcccaactgtcaatcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatgttatggttcattaag 42780418  T
Q  182 cacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    |  || ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  42780419 ccaccatttgccaaaggttatgatcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 42780475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 83 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 20892406 - 20892252
Alignment:
Q  83 aactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaac 182  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||| | |||||||||||   || |||||||| |    
T  20892406 aactaatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgactcttcacacgagagaaaacactcatttgatttgaatcaatg-tttggttcattaagc 20892308  T
Q  183 acccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    ||| ||||| |||| ||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  20892307 acctttttggcaaatgttatgatcatatacacttgaatcaatgttatggttcatta 20892252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 84 - 225
Target Start/End: Original strand, 716402 - 716543
Alignment:
Q  84 actaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaaca 183  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||||  | | | |||||||||    
T  716402 actaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcattatatgacctttcatatgagagaaaacatccctttgacttgaatcaatgttacggtccattaaaca 716501  T
Q  184 cccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    || |||||||||||||||| | |||| |  ||||||||||||    
T  716502 cctttttgccaaaggttatgatcatacactcttgaatcaatg 716543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 155 - 338
Target Start/End: Original strand, 716532 - 716714
Alignment:
Q  155 cttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataa-- 252  Q
    ||||||||||||| | | |||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||  | |||| ||||  || |   | | |      
T  716532 cttgaatcaatgctaagcttcattaagcacccctttaccaaaggttataatcatatacacttgaatcaatgcaaaggtttatta--aacacctatttacc 716629  T
Q  253 taatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||| ||||||||||||||||| | |||  || |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  716630 taaggttccaatgtatatgaaagattcacataaagagttacaactttt-aatctaaaatgattccattattttaaaaatcatcaac 716714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 285 - 338
Target Start/End: Original strand, 42780542 - 42780595
Alignment:
Q  285 aagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42780542 aagagtaacaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaatcaccaac 42780595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 197
Target Start/End: Original strand, 16286003 - 16286082
Alignment:
Q  118 tatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaag 197  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |  ||  ||||||||||||| |||| ||||||    
T  16286003 tatatgacccttcacatgagagaaaacacccatttaacttcaatcaacgttatagttcattaaacaccattttaccaaag 16286082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 254 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 20892203 - 20892160
Alignment:
Q  254 aatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  20892203 aatgttccaatgtatatgaatggttctcatgaagagttacaact 20892160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 68
Target Start/End: Original strand, 42780261 - 42780316
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtg 68  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||    
T  42780261 gaagaattatgtagt-aatgtaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgtg 42780316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 301
Target Start/End: Original strand, 42780494 - 42780538
Alignment:
Q  257 gttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttg 301  Q
    ||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||    
T  42780494 gttccaatgtatatgaaagattctcatgaagagttacaacttttg 42780538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 2146 - 1821
Alignment:
Q  12 gaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgatgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2146 gaagaattatgttgttaatgtaataaaattctgtccaagttg-tgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 2048  T
Q  112 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgccaaaggttataaccatata 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2047 gtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaagcacccttttgccaaaggttataaccatata 1948  T
Q  212 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaataataatgttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaacttttgattctaaagt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  1947 tacttgaatcaatgtcatggttcattattaataataaatagtaatgttccaatgtatatgaatggttcccatgaagagatacaacttttggttctaaagt 1848  T
Q  312 gattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||    
T  1847 gattccattattttgaaaatcaccaac 1821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 3)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 238
Target Start/End: Original strand, 173493 - 173645
Alignment:
Q  86 taatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacc 185  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||     
T  173493 taatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatgatagaaaacacccatttgacttgaatcaatgctaaggttcattaaacact 173592  T
Q  186 cttttgccaaaggttataaccatatatacttgaatcaatgtcatggttcatta 238  Q
    | |||| |||| ||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  173593 cctttgtcaaatgttatgatcatatacacttgaatcaatgttaaggttcatta 173645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 338
Target Start/End: Original strand, 173710 - 173765
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaac 338  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  173710 tgaagagttacaacttttggttctaaagtgattcaattattttgtaaatcaccaac 173765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 257 - 297
Target Start/End: Original strand, 173664 - 173704
Alignment:
Q  257 gttccaatgtatatgaatggttcctatgaagagttacaact 297  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  173664 gttccaatgtatatgaatgattcccatgaatagttacaact 173704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 3)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 95 - 225
Target Start/End: Original strand, 144229 - 144359
Alignment:
Q  95 aatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaacacctctttaacttgaatcaatgccatgattcattaaacacccttttgcca 194  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||||||||    
T  144229 aatgccaagtatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaacacccctttgacttgaatcaatgttatggttcattaagtacccttttgcca 144328  T
Q  195 aaggttataaccatatatacttgaatcaatg 225  Q
    | |||||| | |||| | |||||| ||||||    
T  144329 agggttatgatcatacacacttgagtcaatg 144359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 337
Target Start/End: Original strand, 144437 - 144491
Alignment:
Q  283 tgaagagttacaacttttgattctaaagtgattccattattttagaaatcaccaa 337  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  144437 tgaagagttacaacttttggttctaaagtgattccattattttggaaattaccaa 144491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 50
Target Start/End: Original strand, 144177 - 144213
Alignment:
Q  14 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 50  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  144177 agaattatgttgttaatgcaacaaaattctatccaaa 144213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 606 times since January 2019
Visitors: 1099