View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0028_low_1 (Length: 621)

Name: NF0028_low_1
Description: NF0028
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0028_low_1
NF0028_low_1
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (1-528)||(18200879-18201407)
chr3 (3-461)||(26950652-26951113)
chr3 (3-461)||(36091934-36092395)
chr3 (92-525)||(36091495-36091931)
chr3 (92-525)||(26951116-26951552)
chr3 (354-525)||(18256107-18256278)
chr3 (355-519)||(49562482-49562646)
chr3 (355-525)||(35716184-35716354)
chr3 (369-525)||(31487113-31487269)
chr3 (369-525)||(36087657-36087813)
chr3 (373-525)||(36947224-36947375)
chr3 (373-519)||(38655996-38656142)
chr3 (369-525)||(18198592-18198748)
chr3 (369-525)||(52418862-52419017)
chr3 (451-525)||(12825171-12825245)
chr3 (451-528)||(13454947-13455024)
chr3 (451-528)||(16651391-16651468)
chr3 (417-528)||(16066870-16066981)
chr3 (452-525)||(4594084-4594157)
chr3 (459-525)||(854554-854620)
chr3 (451-525)||(12260798-12260872)
chr3 (451-525)||(26947819-26947893)
chr3 (380-516)||(16725940-16726076)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-528)||(3590731-3591259)
chr6 (354-525)||(25971107-25971278)
chr6 (371-525)||(25975547-25975701)
chr6 (369-525)||(2280821-2280977)
chr6 (394-528)||(34265224-34265358)
chr6 (451-525)||(33045848-33045922)
chr6 (372-441)||(17905868-17905937)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (3-525)||(2045316-2045841)
chr1 (242-528)||(35593930-35594216)
chr1 (1-250)||(35595295-35595544)
chr1 (354-528)||(23086259-23086433)
chr1 (371-525)||(37891602-37891756)
chr1 (369-525)||(39513323-39513479)
chr1 (369-525)||(29245330-29245486)
chr1 (370-525)||(45503600-45503755)
chr1 (369-525)||(38211061-38211217)
chr1 (369-525)||(50708751-50708907)
chr1 (369-525)||(48650894-48651050)
chr1 (370-525)||(13926369-13926520)
chr1 (451-525)||(49787424-49787498)
chr1 (451-525)||(2047567-2047641)
chr1 (451-525)||(36866978-36867052)
chr1 (451-525)||(7480470-7480544)
chr1 (451-525)||(9533846-9533920)
chr1 (451-525)||(42496554-42496628)
chr1 (469-528)||(26211630-26211689)
chr1 (377-528)||(23480959-23481110)
chr1 (372-474)||(5429244-5429346)
chr1 (259-311)||(34936778-34936830)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (3-525)||(41859940-41860465)
chr4 (3-461)||(52681865-52682326)
chr4 (92-525)||(52682329-52682765)
chr4 (354-528)||(36895718-36895891)
chr4 (369-525)||(30388097-30388253)
chr4 (371-525)||(21382528-21382682)
chr4 (369-525)||(16908941-16909097)
chr4 (369-525)||(28389279-28389435)
chr4 (442-528)||(41944072-41944158)
chr4 (369-484)||(29359311-29359426)
chr4 (451-525)||(19515295-19515369)
chr4 (451-525)||(21581685-21581759)
chr4 (225-321)||(23004567-23004660)
chr4 (478-528)||(37062400-37062452)
chr4 (380-516)||(4882107-4882243)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (3-525)||(32674404-32674929)
chr5 (354-528)||(16678829-16679002)
chr5 (371-528)||(38095575-38095732)
chr5 (141-325)||(8795897-8796082)
chr5 (451-525)||(20105161-20105235)
chr5 (451-528)||(3608003-3608080)
chr5 (451-528)||(30090418-30090495)
chr5 (451-525)||(12655177-12655251)
chr5 (451-525)||(23183962-23184036)
chr5 (451-525)||(23188229-23188303)
chr5 (451-525)||(34761223-34761297)
chr5 (451-525)||(39878057-39878131)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (3-525)||(40604876-40605401)
chr2 (3-461)||(13907394-13907855)
chr2 (3-461)||(26455039-26455500)
chr2 (92-525)||(26455503-26455939)
chr2 (92-525)||(13907858-13908293)
chr2 (369-525)||(35432242-35432398)
chr2 (369-525)||(207623-207779)
chr2 (369-525)||(5013634-5013791)
chr2 (373-519)||(1512653-1512799)
chr2 (451-525)||(13905287-13905361)
chr2 (451-525)||(2300779-2300853)
chr2 (451-525)||(6123670-6123744)
chr2 (451-525)||(184091-184165)
chr2 (451-525)||(976151-976225)
chr2 (451-525)||(2449325-2449399)
chr2 (490-528)||(23455759-23455797)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (3-525)||(14994547-14995072)
chr8 (354-528)||(37589444-37589618)
chr8 (369-525)||(22729954-22730110)
chr8 (369-525)||(23827644-23827800)
chr8 (369-525)||(19961504-19961660)
chr8 (451-525)||(406231-406305)
chr8 (451-525)||(18266066-18266140)
chr8 (452-525)||(41376488-41376561)
chr8 (273-325)||(36238570-36238622)
chr8 (451-525)||(18275079-18275153)
chr8 (380-513)||(9885678-9885811)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (3-461)||(7892888-7893349)
chr7 (3-461)||(22006112-22006573)
chr7 (92-525)||(7893352-7893788)
chr7 (92-525)||(22006576-22007011)
chr7 (12-259)||(3595667-3595914)
chr7 (324-528)||(3595461-3595666)
chr7 (369-525)||(45115705-45115861)
chr7 (369-525)||(32660102-32660258)
chr7 (354-519)||(26168704-26168869)
chr7 (379-528)||(35102862-35103010)
chr7 (451-525)||(17696872-17696946)
chr7 (451-525)||(27715901-27715975)
chr7 (451-525)||(16719857-16719931)
chr7 (451-525)||(31100097-31100171)
chr7 (451-525)||(7888824-7888898)
chr7 (452-525)||(29956435-29956508)
chr7 (467-525)||(32038416-32038474)
chr7 (286-325)||(16805970-16806009)
[»] scaffold0097 (2 HSPs)
scaffold0097 (371-519)||(51990-52138)
scaffold0097 (451-525)||(40512-40586)
[»] scaffold0642 (1 HSPs)
scaffold0642 (451-525)||(3356-3430)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (451-525)||(13268-13342)
[»] scaffold0105 (1 HSPs)
scaffold0105 (451-525)||(25639-25713)
[»] scaffold0121 (1 HSPs)
scaffold0121 (467-525)||(45550-45608)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (372-441)||(104606-104675)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Original strand, 18200879 - 18201407
Alignment:
Q  1 tgtcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattg 100  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  18200879 tgtcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattg 18200978  T
Q  101 gctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaat 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18200979 gctgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaat 18201078  T
Q  201 cataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18201079 cataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcat 18201178  T
Q  301 tattgacccgtgtgatagcac-gggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18201179 cattgacccgtgtgatagcacggggttaacaaattatgaggttttgcttgacatgaaagcaatttctgttatctgtctcatttgcaataactattaacaa 18201278  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagg 499  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  18201279 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatataaagggttacttcaaag 18201378  T
Q  500 gatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18201379 gatggtttaaagatattgatcaatgatga 18201407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 461
Target Start/End: Original strand, 26950652 - 26951113
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26950652 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 26950751  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26950752 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgtttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 26950851  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26950852 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttatggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 26950951  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  26950952 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 26951051  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatg 461  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26951052 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatg 26951113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 36092395 - 36091934
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  36092395 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagctgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 36092296  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36092295 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 36092196  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36092195 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 36092096  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  36092095 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccattatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 36091996  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatg 461  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  36091995 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctatcttctcctgttttttcacatg 36091934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 36091931 - 36091495
Alignment:
Q  92 attctattggctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 191  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36091931 attctattggctgaataaggatctatctaagcatatgactgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 36091832  T
Q  192 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36091831 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 36091732  T
Q  292 tgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatg 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||||||||    
T  36091731 tgtgctcatcattgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatg 36091632  T
Q  389 actattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaaggg 488  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  36091631 actattaacaagagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacggg 36091532  T
Q  489 ttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| || | || |||||| |||||||| |||||    
T  36091531 ttacttcgagaggtgttttaaaaatattgattaatga 36091495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 525
Target Start/End: Original strand, 26951116 - 26951552
Alignment:
Q  92 attctattggctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 191  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26951116 attctattggctgaataaggatctatctaaccatatgactgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 26951215  T
Q  192 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26951216 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 26951315  T
Q  292 tgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatg 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||||| ||    
T  26951316 tgtgctcatcattgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcagtg 26951415  T
Q  389 actattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaaggg 488  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||    
T  26951416 actattaacaagagttagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcacaatatcacggg 26951515  T
Q  489 ttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||    
T  26951516 ttacttcgagaggtggtttaaaaatattgattaatga 26951552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 354 - 525
Target Start/End: Original strand, 18256107 - 18256278
Alignment:
Q  354 gaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgtttt 453  Q
    ||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  18256107 gaaggcagtttccgttgtctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtctttgaaaaatgttggtgtctatctaccgtctcctgtttt 18256206  T
Q  454 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18256207 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcgagggttacttcaagggatggtttaaagatgttgatcaatga 18256278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 355 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 49562646 - 49562482
Alignment:
Q  355 aaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttt 454  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||    
T  49562646 aaggcaattttcgatatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttt 49562547  T
Q  455 tcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgat 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  49562546 tcacatggacaattgtacgtcgcaatatcacgggttacttcaaggggtggtttaaaaatattgat 49562482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 355 - 525
Target Start/End: Original strand, 35716184 - 35716354
Alignment:
Q  355 aaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttt 454  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||    
T  35716184 aaggcaatttccgatatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttt 35716283  T
Q  455 tcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  35716284 tcacatggacaattgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 35716354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 31487113 - 31487269
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  31487113 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 31487212  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  31487213 gtacgtcgcaatatcacaggttacttcgagggctggtttaaaaatattgattaatga 31487269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 36087813 - 36087657
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  36087813 tatctgtctcatttgcaatcactattaacaagagtccgggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaatt 36087714  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  36087713 ttacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 36087657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 373 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 36947375 - 36947224
Alignment:
Q  373 tgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtac 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  36947375 tgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctgttttt-cacatggacagttgtac 36947277  T
Q  473 gtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  36947276 gtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 36947224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 373 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 38656142 - 38655996
Alignment:
Q  373 tgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtac 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  38656142 tgtctcatttgcaatgactattaacaagagttagggttagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagttgtac 38656043  T
Q  473 gtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgat 519  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  38656042 gtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgat 38655996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 18198592 - 18198748
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  18198592 tatctttctcatttgcaatgactattaacaagagtcaaggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 18198691  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  18198692 gtacgtcgcactatcacgggctacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 18198748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 52419017 - 52418862
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| || || |||||||||| || ||||||| || | ||||| ||||| |||| ||    
T  52419017 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagggtcagggtcagtcgctagaatatgttggtgtctacctaccgtttcctattttt-cacattgacagtt 52418919  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||    
T  52418918 gtacgtcacaatatcacgggttacttcgaggggtgttttaaagatattgattaatga 52418862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 12825171 - 12825245
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12825171 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 12825245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 451 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 13455024 - 13454947
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13455024 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttactttgaggggtggtttaaagatattgattaatgatga 13454947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 451 - 528
Target Start/End: Original strand, 16651391 - 16651468
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  16651391 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttactttgaggggtggtttaaagatattgattaatgatga 16651468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 417 - 528
Target Start/End: Original strand, 16066870 - 16066981
Alignment:
Q  417 taaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatatt 516  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| ||    
T  16066870 taaaaaatgttggtgtctatttaccttctcctgttttttcacatggacaattgtatgttgtaatatcaagggttattttaagagatggtttgaagatctt 16066969  T
Q  517 gatcaatgatga 528  Q
    ||| ||| ||||    
T  16066970 gataaattatga 16066981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 452 - 525
Target Start/End: Original strand, 4594084 - 4594157
Alignment:
Q  452 ttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  4594084 ttttcacatagacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 4594157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 459 - 525
Target Start/End: Original strand, 854554 - 854620
Alignment:
Q  459 atggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  854554 atggacaattgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 854620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 12260798 - 12260872
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  12260798 tttttcacatggacagttgtacgttgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 12260872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 26947819 - 26947893
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  26947819 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 26947893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 380 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 16726076 - 16725940
Alignment:
Q  380 tttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaa 479  Q
    |||||||||||||| || || ||||  |||||||| || ||||||||||| || ||| | || || | | | ||||| ||||| |||||||| || ||      
T  16726076 tttgcaatgactataaagaaaagtcaaggtcaatctttgaaacatgttggcgtatatttgccatcgcctatcttttctcatggtcaattgtatgtggctt 16725977  T
Q  480 tatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatatt 516  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  16725976 tgtcaagggttacttcaagagaaggtttgaagatatt 16725940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 528
Target Start/End: Original strand, 3590731 - 3591259
Alignment:
Q  1 tgtcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattg 100  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  3590731 tgtcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattg 3590830  T
Q  101 gctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaat 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3590831 gctgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagtatgatcattgcaaaacattaattgtaaat 3590930  T
Q  201 cataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3590931 cataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcat 3591030  T
Q  301 tattgacccgtgtgatagcac-gggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3591031 cattgacccgtgtgatagcacggggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaagcaatttccgttatctgtctcatttgcaataactattaacaa 3591130  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagg 499  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3591131 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccatctcctgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaaag 3591230  T
Q  500 gatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3591231 gatggtttaaagatattgatcaatgatga 3591259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 354 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 25971278 - 25971107
Alignment:
Q  354 gaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgtttt 453  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  25971278 gaaggcagtttctgttgtctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtctttgaaaaatgttggtgtctatctaccatctcctgtttt 25971179  T
Q  454 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25971178 ttcacatgaacaattgtacatcgcaatatcgagggttacttcaagggatggtttaaagatgttgatcaatga 25971107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 371 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 25975701 - 25975547
Alignment:
Q  371 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||    
T  25975701 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtctttgaaaaatgttggtgtctatctaccatctactgttttttcacatgaacaattgt 25975602  T
Q  471 acgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25975601 acatcgcaatatcgagggttacttcaagggatggtttaaagatgttgatcaatga 25975547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 2280821 - 2280977
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  2280821 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcggtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 2280920  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  2280921 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 2280977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 394 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 34265358 - 34265224
Alignment:
Q  394 taacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttact 493  Q
    ||||||||||| |||||| || ||  || |||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  34265358 taacaagagtcagggtcagtctttgtaaaatgttggtgtctatctaacgtctcctgttttttgacatggacaattgtacgtcgcaatattgagggttact 34265259  T
Q  494 tcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34265258 tcaagggatggtttaaagatgttgatcaatgatga 34265224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 33045922 - 33045848
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  33045922 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 33045848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 372 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 17905937 - 17905868
Alignment:
Q  372 ctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctacc 441  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  17905937 ctgtatcatttgcaatgacaattaacaaaagtcaagggcagtcgcttaaacatgttggtgtatatctacc 17905868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 2045841 - 2045316
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  2045841 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaactatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 2045742  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2045741 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 2045642  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2045641 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 2045542  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  2045541 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 2045442  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagg 499  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||     
T  2045441 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaga 2045342  T
Q  500 gatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    | ||||||||| |||||||| |||||    
T  2045341 ggtggtttaaaaatattgattaatga 2045316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 242 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 35594216 - 35593930
Alignment:
Q  242 tttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggt 341  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35594216 tttaatttacgatttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatcattgacccgtgtgatagcacaggttagcaaattatgaggt 35594117  T
Q  342 tttgcttgacatgaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctacc 441  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35594116 tttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagagtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctacc 35594017  T
Q  442 gtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35594016 gtctcctgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 35593930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 35595544 - 35595295
Alignment:
Q  1 tgtcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattg 100  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  35595544 tgtcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgatttatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattg 35595445  T
Q  101 gctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaat 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35595444 gctgaataaggatctatctaagcatatgattttgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaat 35595345  T
Q  201 cataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaattta 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35595344 cataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaattta 35595295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 354 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 23086433 - 23086259
Alignment:
Q  354 gaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgtttt 453  Q
    ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  23086433 gaaggcagtttccgttgtctgtctcatttgcaatgactattaacaagagttggggtcaatctttgaaaaatgttggtgtctatctaccgtctcctgtttt 23086334  T
Q  454 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23086333 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcgatggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 23086259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 371 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 37891756 - 37891602
Alignment:
Q  371 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  37891756 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtctttgaaaaatgttggtgtctatctaccgtcttctgttttttcacatggacaattgt 37891657  T
Q  471 acgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37891656 acgtcgcaatatcgagggttacttcaagggatggtttaaagatgttgatcaatga 37891602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 39513479 - 39513323
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  39513479 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaatt 39513380  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  39513379 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 39513323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 29245330 - 29245486
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  29245330 tatctgcctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaatt 29245429  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  29245430 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 29245486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 370 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 45503755 - 45503600
Alignment:
Q  370 atctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattg 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  45503755 atctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaattg 45503656  T
Q  470 tacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  45503655 tacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 45503600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 38211217 - 38211061
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||||||| ||    
T  38211217 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcaatcgctagaacatgttggtgtctacctactgtctcctattttttcacatggacagtt 38211118  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38211117 gtacgtcgcaatatcacgagttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 38211061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 50708751 - 50708907
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  50708751 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 50708850  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  50708851 gtacgtcgcaatatcacgtgttacatcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 50708907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 48650894 - 48651050
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||| ||||| | |||||||||||||||| ||    
T  48650894 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctactgtctcctattttttcacatggacagtt 48650993  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||  |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  48650994 gtacgtcgcaatatcacaggttactttgagggctggtttaaaaatattgattaatga 48651050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 370 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 13926520 - 13926369
Alignment:
Q  370 atctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattg 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||   |||| ||||||||||||| | ||||| |||||| ||| |||    
T  13926520 atctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatg---gtgtctatctaccgtctcctattttt-cacatgcacagttg 13926425  T
Q  470 tacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  13926424 tacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 13926369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 49787498 - 49787424
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  49787498 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 49787424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 2047641 - 2047567
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  2047641 tttttcacatggacagttgtacgtcacaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 2047567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 36867052 - 36866978
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  36867052 tttttcacatggacagttgtacgtcacaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 36866978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 7480470 - 7480544
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  7480470 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 7480544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 9533846 - 9533920
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9533846 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 9533920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 42496554 - 42496628
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  42496554 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 42496628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 469 - 528
Target Start/End: Original strand, 26211630 - 26211689
Alignment:
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  26211630 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggttaaaagatattgattaatgatga 26211689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 377 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 23481110 - 23480959
Alignment:
Q  377 tcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcg 476  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||| | |||||||||||||| ||||||||  | | ||| ||||| || ||||| ||||| || |    
T  23481110 tcatttgcaatgacaattaacaaaagtcaagggcagtcgcttaaacatgttggtgtatatctaccaacacctgtattttctcaaggacagttgtatgttg 23481011  T
Q  477 caatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    | || ||||| ||||| || || || ||  ||||||||||||||| ||||||    
T  23481010 ctatttcaagagttacatccagagaaggactaaagatattgatcactgatga 23480959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 372 - 474
Target Start/End: Original strand, 5429244 - 5429346
Alignment:
Q  372 ctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgta 471  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||| | |||||||||||||| ||||||||  | | ||| ||||| ||| |||| |||||    
T  5429244 ctgtatcatttgcaatgacaattaacaaaagtcaagggcagtcgcttaaacatgttggtgtatatctaccaacacctgtattttctcatagacagttgta 5429343  T
Q  472 cgt 474  Q
    |||    
T  5429344 cgt 5429346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 259 - 311
Target Start/End: Original strand, 34936778 - 34936830
Alignment:
Q  259 atgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcattattgacccgt 311  Q
    ||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  34936778 atgtgatcttggactcctaaattgttaatatattgtgcacatcattgacccgt 34936830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 41860465 - 41859940
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  41860465 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 41860366  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41860365 tgaataaggatctatctaagcatatgactgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 41860266  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41860265 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 41860166  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  41860165 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 41860066  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagg 499  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||     
T  41860065 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgtaatatcacgggttacttcgaga 41859966  T
Q  500 gatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    | ||||||||| |||||||| |||||    
T  41859965 ggtggtttaaaaatattgattaatga 41859940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 461
Target Start/End: Original strand, 52681865 - 52682326
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  52681865 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaactatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 52681964  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52681965 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 52682064  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52682065 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 52682164  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  52682165 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 52682264  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatg 461  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52682265 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatg 52682326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 525
Target Start/End: Original strand, 52682329 - 52682765
Alignment:
Q  92 attctattggctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 191  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52682329 attctattggatgaataaggatctatctaagcatatgactgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 52682428  T
Q  192 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52682429 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 52682528  T
Q  292 tgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatg 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||| ||||    
T  52682529 tgtgctcatcattgacccgtgtggtagcacgagttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgtaatg 52682628  T
Q  389 actattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaaggg 488  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  52682629 actattaacaagagtcagggtcagtcgttgaaacatgttcgtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacggg 52682728  T
Q  489 ttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||    
T  52682729 ttacttcgagaggtggtttaaaaatattgattaatga 52682765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 354 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 36895891 - 36895718
Alignment:
Q  354 gaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgtttt 453  Q
    ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  36895891 gaaggcagtttccgttgtctgtctcatttgcaatgactattaacaagattcagggtcaatctttgaaaaatgttggtgtctatctaccgtctcctgtttt 36895792  T
Q  454 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36895791 t-cacatggccaattgtacgtcgcaatatcgagggtaacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 36895718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 30388253 - 30388097
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30388253 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcatggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaatt 30388154  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  30388153 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 30388097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 371 - 525
Target Start/End: Original strand, 21382528 - 21382682
Alignment:
Q  371 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  21382528 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagttgt 21382627  T
Q  471 acgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  21382628 acgtcgcaatatcacaggttacttcgagggctggtttaaaaatattgattaatga 21382682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 16908941 - 16909097
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  16908941 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcaaggtcggtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 16909040  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  16909041 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 16909097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 28389279 - 28389435
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  28389279 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcggtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 28389378  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| || |||||||| |||||    
T  28389379 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggttttaaaatattgattaatga 28389435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 442 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 41944158 - 41944072
Alignment:
Q  442 gtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41944158 gtctcctgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 41944072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 369 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 29359426 - 29359311
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||| ||||||| ||    
T  29359426 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtgagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcatatggacagtt 29359327  T
Q  469 gtacgtcgcaatatca 484  Q
    ||||||||||||||||    
T  29359326 gtacgtcgcaatatca 29359311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 19515369 - 19515295
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  19515369 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 19515295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 21581759 - 21581685
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  21581759 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 21581685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 23004660 - 23004567
Alignment:
Q  225 tatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcattattgacccgtgtgatagcac 321  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||   |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  23004660 tatatatttcacgttgttttagttta---ttttcatgtgatgttgtagtcctaaattgctaatatattgtgcttaatattgacccgtgcgatagcac 23004567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 478 - 528
Target Start/End: Original strand, 37062400 - 37062452
Alignment:
Q  478 aatatcaagggttacttcaaggg--atggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  37062400 aatatcaagggttacttcaagggatatagtttaaagatattgatcaatgatga 37062452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 380 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4882243 - 4882107
Alignment:
Q  380 tttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaa 479  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||| ||| | || || | | | || || ||||| |||||||| || ||      
T  4882243 tttgcaatgactataaacaaaagtcaaggtcaatctttgaaacatgttggtgtatatttgccatcgcctatcttctctcatggtcaattgtatgtggctt 4882144  T
Q  480 tatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatatt 516  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  4882143 tgtcaagggttacttcaagagaaggtttgaagatatt 4882107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 525
Target Start/End: Original strand, 32674404 - 32674929
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||     
T  32674404 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcttgtgatattctattggt 32674503  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32674504 tgaataaagatctatctaatcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 32674603  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32674604 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 32674703  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  32674704 ttgactcgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 32674803  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagg 499  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  32674804 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcaagggttacttcgaga 32674903  T
Q  500 gatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    | ||||||||| |||||||| |||||    
T  32674904 ggtggtttaaaaatattgattaatga 32674929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 354 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 16679002 - 16678829
Alignment:
Q  354 gaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgtttt 453  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  16679002 gaaggcagttttcgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtctttgaaaaatgttggtgtctatctaccgtctcctgtttt 16678903  T
Q  454 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16678902 tttacatggacaattgtacgttgcaatatcga-ggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 16678829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 371 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 38095732 - 38095575
Alignment:
Q  371 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38095732 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtctttgaaaaatattggtgtctatctaccgtctcttgttttttcacatggacaattgt 38095633  T
Q  471 acgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38095632 atgtcgcaatatcgagggttacttcaagggatggtttaaagatgttgatcaatgatga 38095575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 141 - 325
Target Start/End: Original strand, 8795897 - 8796082
Alignment:
Q  141 aaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatcataccttacctacataatatagctata-tatttcatgtt 239  Q
    ||||||| |||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |  |||| |||||||||||||| ||||| |  ||    
T  8795897 aaatatggttagtttatcattatctacaagcatgatcattgcaaaacataaattataaaccatacttatcctagataatatagctatagtattttacatt 8795996  T
Q  240 attttaattta-cggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggt 325  Q
     |||||||||| ||  ||| ||||||||||| |||||||||||  |||| | ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  8795997 gttttaatttatcgtctttcatgtgatgttggactcctaaatttttaatttgttgagctca-tattgacccgtgcgatagcacgggt 8796082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 20105235 - 20105161
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  20105235 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 20105161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 451 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 3608080 - 3608003
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  3608080 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttactttgaggggtggtttaaagatattgattaatgatga 3608003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 451 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 30090495 - 30090418
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30090495 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcgcgggttactttgaggggtggtttaaagatattgattaatgatga 30090418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 12655177 - 12655251
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12655177 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 12655251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 23183962 - 23184036
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  23183962 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 23184036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 23188229 - 23188303
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  23188229 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 23188303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 34761223 - 34761297
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  34761223 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 34761297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 39878057 - 39878131
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  39878057 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 39878131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 525
Target Start/End: Original strand, 40604876 - 40605401
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||     
T  40604876 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaactatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatttgatattctattggt 40604975  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40604976 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 40605075  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40605076 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 40605175  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  40605176 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 40605275  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagg 499  Q
    ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||     
T  40605276 gagttagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaga 40605375  T
Q  500 gatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    | ||||||||| |||||||| |||||    
T  40605376 ggtggtttaaaaatattgattaatga 40605401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 461
Target Start/End: Original strand, 13907394 - 13907855
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  13907394 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 13907493  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13907494 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgccttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 13907593  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13907594 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 13907693  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  13907694 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 13907793  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatg 461  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13907794 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatg 13907855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 461
Target Start/End: Original strand, 26455039 - 26455500
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26455039 tcccctgagctatgcaaactaaaaattaagttgtaaactatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 26455138  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26455139 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaagatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 26455238  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26455239 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 26455338  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  26455339 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 26455438  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatg 461  Q
    ||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26455439 gagtcagggtcggtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatg 26455500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 525
Target Start/End: Original strand, 26455503 - 26455939
Alignment:
Q  92 attctattggctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 191  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26455503 attctattggctgaataaggatctatctaagcatattactgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 26455602  T
Q  192 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26455603 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 26455702  T
Q  292 tgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatg 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||||||||    
T  26455703 tgtgctcatcattgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatg 26455802  T
Q  389 actattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaaggg 488  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  26455803 actattaacaagagtcagggtcggtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacggg 26455902  T
Q  489 ttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||    
T  26455903 ttacttcgagaggtggtttaaaaatattgattaatga 26455939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 525
Target Start/End: Original strand, 13907858 - 13908293
Alignment:
Q  92 attctattggctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 191  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13907858 attctattggctgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccgttaactataagcatgatcattgcaaaacatta 13907957  T
Q  192 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13907958 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacgatttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 13908057  T
Q  292 tgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatg 388  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||||||||    
T  13908058 tgtgctcatcattaacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatg 13908157  T
Q  389 actattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaaggg 488  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  13908158 actattaacaagagtcagggtc-atcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacggg 13908256  T
Q  489 ttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||    
T  13908257 ttacttcgagaggtggtttaaaaatattgattaatga 13908293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 35432398 - 35432242
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  35432398 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaatt 35432299  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  35432298 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 35432242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 207623 - 207779
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  207623 tatctgtctcatttgcaatgattattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaatt 207722  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  207723 gtacgtcgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 207779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 5013791 - 5013634
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttc-acatggacaat 467  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  5013791 tatctgtctcattttcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttctacatggacaat 5013692  T
Q  468 tgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  5013691 tgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 5013634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 373 - 519
Target Start/End: Original strand, 1512653 - 1512799
Alignment:
Q  373 tgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtac 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  1512653 tgtctcatttgcaatgactattaacaagagttagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagttgtac 1512752  T
Q  473 gtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgat 519  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  1512753 gtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgat 1512799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 13905287 - 13905361
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  13905287 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 13905361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 2300779 - 2300853
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  2300779 tttttcacatggacagttgtacatggcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 2300853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 6123670 - 6123744
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  6123670 tttttcacatggacagttgtacgttgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 6123744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 184091 - 184165
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  184091 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 184165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 976225 - 976151
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  976225 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 976151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 2449325 - 2449399
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  2449325 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 2449399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 23455797 - 23455759
Alignment:
Q  490 tacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23455797 tacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 23455759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 14995072 - 14994547
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  14995072 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 14994973  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14994972 tgaataaggatctatctaagcatatgattatgtcttcaaaatatgtttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 14994873  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14994872 taccttacctacataatatagctatatatttcctgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 14994773  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||||||||| |||||||||    
T  14994772 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgattattaacaa 14994673  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagg 499  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||  |||||||| |||||||||| ||     
T  14994672 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagtcgtacgtgacaatatcacgggttacttcgaga 14994573  T
Q  500 gatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    | |||||| || |||||||| |||||    
T  14994572 ggtggttttaaaatattgattaatga 14994547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 354 - 528
Target Start/End: Original strand, 37589444 - 37589618
Alignment:
Q  354 gaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgtttt 453  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  | ||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  37589444 gaagacaatttccgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtctatgaaaaatgttggtatctatctaccgtctcctgtttt 37589543  T
Q  454 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37589544 ttcacatggacaattgtatgttgcaatatcgatggttacttcaagggatgatttaaagatattgatcaatgatga 37589618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 22730110 - 22729954
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  22730110 tatctgtctcatttgcaatgactactaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcaaatggacaatt 22730011  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  22730010 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 22729954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 23827644 - 23827800
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  23827644 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcggtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 23827743  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  23827744 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 23827800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 19961504 - 19961660
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  19961504 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 19961603  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  19961604 gtacgtcgcaatatcacgagttacatcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 19961660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 406305 - 406231
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  406305 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgagggatggtttaaagatattgattaatga 406231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 18266140 - 18266066
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  18266140 tttttcacatggacagttgtacatcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 18266066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 452 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 41376561 - 41376488
Alignment:
Q  452 ttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  41376561 tttttacatgggcagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 41376488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 273 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 36238622 - 36238570
Alignment:
Q  273 tcctaaattactaatatattgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  36238622 tcctaaattactaatatattgtgctcaatattgacccgtgcgatagcacgggt 36238570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 18275153 - 18275079
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| |  |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  18275153 tttttcacatggacagttgtacataacaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 18275079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 9885811 - 9885678
Alignment:
Q  380 tttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaa 479  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||  | |||||||| || |||||| | || || | ||||||||| ||||| |||||||| || |||     
T  9885811 tttgcagtgactattaacaaaagtcaaggccagtctcttaaacatgtgggagtttatttgccatcgcctgttttttctcatggtcaattgtatgtggcat 9885712  T
Q  480 tatcaagggttacttcaagggatggtttaaagat 513  Q
    | ||||| ||||||||||| || ||||| |||||    
T  9885711 tgtcaagagttacttcaagagaaggtttgaagat 9885678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 461
Target Start/End: Original strand, 7892888 - 7893349
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  7892888 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaactatgattcatatcattgatttaataaggattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 7892987  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7892988 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 7893087  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7893088 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 7893187  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  7893188 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 7893287  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatg 461  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7893288 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatg 7893349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 461
Target Start/End: Original strand, 22006112 - 22006573
Alignment:
Q  3 tcccatgaactatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggc 102  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  22006112 tcccctgagctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataagcattggcccaatgcttcatgtgatattctattggc 22006211  T
Q  103 tgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 202  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22006212 tgaataaggatctatctaagcatatgattgtgccttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatca 22006311  T
Q  203 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatta 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22006312 taccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatattgtgctcatca 22006411  T
Q  303 ttgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatgactattaacaa 399  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  22006412 ttgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatgactattaacaa 22006511  T
Q  400 gagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatg 461  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22006512 gagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatg 22006573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 525
Target Start/End: Original strand, 7893352 - 7893788
Alignment:
Q  92 attctattggctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 191  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7893352 attctattggctgaataaggatctatctaagcatatgactgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 7893451  T
Q  192 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7893452 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 7893551  T
Q  292 tgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatg 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||||||||    
T  7893552 tgtgctcatcattgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatg 7893651  T
Q  389 actattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaaggg 488  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  7893652 actattaacaagagtcagggtcagtcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacggg 7893751  T
Q  489 ttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||    
T  7893752 ttacttcgagaggtggtttaaaaatattgattaatga 7893788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 525
Target Start/End: Original strand, 22006576 - 22007011
Alignment:
Q  92 attctattggctgaataaggatttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacatta 191  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22006576 attctattggctgaataaggatctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccgttaactataagcatgatcattgcaaaacatta 22006675  T
Q  192 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggtttttatgtgatgttgaactcctaaattactaatatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22006676 attgtaaatcataccttacctacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacgatttttatgtgacgttgaactcctaaattactaatatat 22006775  T
Q  292 tgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatct---gtctcatttgcaatg 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||||||||    
T  22006776 tgtgctcatcattgacccgtgtggtagcacgggttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttccgttatctgtcgtctcatttgcaatg 22006875  T
Q  389 actattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaaggg 488  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  22006876 actattaacaagagtcagggtc-atcgttgaaacatgttggtgtttatctaccgtctcctgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcacggg 22006974  T
Q  489 ttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||    
T  22006975 ttacttcgagaggtggtttaaaaatattgattaatga 22007011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 12 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 3595914 - 3595667
Alignment:
Q  12 ctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgttttaataaggattgtcccaatgctttatgtgagattctattggctgaataagg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  3595914 ctatgcaaactacaaattaagttgtaaaccatgattcatatcattgtttcaataaggattggcccaatgcttcaggtgatattctattggctgaataagg 3595815  T
Q  112 atttatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatcataccttacc 211  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3595814 atctatctaagcatatgattgtgtcttcaaaatatgcttaacttaccattaactataagcatgatcattgcaaaacattaattgtaaatcatatcttacc 3595715  T
Q  212 tacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggttttta 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3595714 tacataatatagctatatatttcatgttattttaatttacggttttta 3595667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 324 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 3595666 - 3595461
Alignment:
Q  324 gttagcaaattatgaggttttgcttgacatgaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaaca 423  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  3595666 gttagcaaattatgaggtttttcttgacatcaaggcaatttccgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgttgaaaca 3595567  T
Q  424 tgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaag-atattgatcaa 522  Q
    ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3595566 tgttggtatctatctactgtctcctgttttttcacatggacaattgtacatcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagtatattgatcaa 3595467  T
Q  523 tgatga 528  Q
    ||||||    
T  3595466 tgatga 3595461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 45115705 - 45115861
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  45115705 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagtt 45115804  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  45115805 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 45115861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 369 - 525
Target Start/End: Original strand, 32660102 - 32660258
Alignment:
Q  369 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaatt 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  32660102 tatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcatggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacaatt 32660201  T
Q  469 gtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||||| |||||||| |||||    
T  32660202 gtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtagtttaaaaatattgattaatga 32660258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 354 - 519
Target Start/End: Original strand, 26168704 - 26168869
Alignment:
Q  354 gaaggcaatttatgttatctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgtttt 453  Q
    ||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | ||||    
T  26168704 gaaggcagtttctgatatttgtctcatttgcaatgactattaacaagagttagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctatttt 26168803  T
Q  454 ttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgat 519  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  26168804 ttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgat 26168869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 379 - 528
Target Start/End: Original strand, 35102862 - 35103010
Alignment:
Q  379 atttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgtacgtcgca 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| | |  || ||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35102862 atttgcaatgactattaacaagagtcaaggttagtttttgaaaaatgttggtgtttatctact-tctcctgttttttcacatggacaattgtacgtcgca 35102960  T
Q  479 atatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatgatga 528  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35102961 atatcgagggttacttcaagggatgatttaaagatattgatcaatgatga 35103010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 17696872 - 17696946
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  17696872 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 17696946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 27715901 - 27715975
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  27715901 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaatatattgattaatga 27715975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 16719857 - 16719931
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  16719857 tttttcacatggacagttgtacgttgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 16719931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 31100097 - 31100171
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  31100097 tttttcacatggagagttgtacgtcgcaatatcatgggttactttgaggggtggtttaaagatattgattaatga 31100171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 7888824 - 7888898
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  7888824 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 7888898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 452 - 525
Target Start/End: Original strand, 29956435 - 29956508
Alignment:
Q  452 ttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  29956435 ttttcacatggatagttgtacgtcgcaatatcacgggttactttgaggggtggtttaaagatattaattaatga 29956508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 467 - 525
Target Start/End: Original strand, 32038416 - 32038474
Alignment:
Q  467 ttgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  32038416 ttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 32038474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 16806009 - 16805970
Alignment:
Q  286 atatattgtgctcattattgacccgtgtgatagcacgggt 325  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16806009 atatattgtgctcaatattgacccgtgcgatagcacgggt 16805970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 93; Significance: 6e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 371 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 52138 - 51990
Alignment:
Q  371 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctaccgtctcatgttttttcacatggacaattgt 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  52138 tctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcagggtcagtcgctagaacatgttggtgtctacctaccgtctcctattttttcacatggacagttgt 52039  T
Q  471 acgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgat 519  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  52038 acgtcgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgat 51990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 40586 - 40512
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  40586 tttttcacatggacagttgtacattgcaatatcacaggttacttcgaggggtggtttaaagatattgattaatga 40512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0642 (Bit Score: 51; Significance: 6e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0642
Description:

Target: scaffold0642; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 3356 - 3430
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  3356 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 3430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 51; Significance: 6e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Original strand, 13268 - 13342
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  13268 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 13342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 51; Significance: 6e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 451 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 25713 - 25639
Alignment:
Q  451 tttttcacatggacaattgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  25713 tttttcacatggacagttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgaggggtggtttaaaaatattgattaatga 25639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0121
Description:

Target: scaffold0121; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 467 - 525
Target Start/End: Original strand, 45550 - 45608
Alignment:
Q  467 ttgtacgtcgcaatatcaagggttacttcaagggatggtttaaagatattgatcaatga 525  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||    
T  45550 ttgtacgtcgcaatatcacgggttacttcgagaggtggtttaaaaatattgattaatga 45608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 372 - 441
Target Start/End: Original strand, 104606 - 104675
Alignment:
Q  372 ctgtctcatttgcaatgactattaacaagagtcggggtcaatcgttaaaacatgttggtgtttatctacc 441  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  104606 ctgtatcatttgcaatgacaattaacaaaagtcaagggcagtcgcttaaacatgttggtgtatatctacc 104675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 592 times since January 2019
Visitors: 1099