View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0054-Insertion-1 (Length: 1100)

Name: NF0054-Insertion-1
Description: NF0054
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0054-Insertion-1
NF0054-Insertion-1
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (9-1001)||(5196502-5197506)
chr4 (437-954)||(5174189-5174717)
chr4 (438-993)||(4840766-4841332)
chr4 (450-993)||(5215088-5215642)
chr4 (447-962)||(5183541-5184067)
chr4 (438-957)||(4855308-4855838)
chr4 (437-987)||(5161248-5161811)
chr4 (4-318)||(5183091-5183406)
chr4 (9-314)||(4841453-4841758)
chr4 (15-314)||(5173767-5174066)
chr4 (12-318)||(4855946-4856252)
chr4 (12-318)||(5214662-5214968)
chr4 (9-317)||(7143001-7143309)
chr4 (9-280)||(5160855-5161126)
chr4 (454-821)||(7143411-7143777)
chr4 (229-265)||(5203560-5203596)
chr4 (31-142)||(5203420-5203530)
chr4 (439-502)||(5203648-5203715)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1001
Target Start/End: Original strand, 5196502 - 5197506
Alignment:
Q  9 ctaaggttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacg 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  5196502 ctaaggttcttgtatttgcaagagaatggtctctctggatcaatcccatatgaactctatgaaggcttccaactacaacttctagatttgagggagaaca 5196601  T
Q  109 aattttcaggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaattcagtt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5196602 aattttcaggaaaaattcccaactggatggataagttctcagaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaatgcagtt 5196701  T
Q  209 gtgtcggttaaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctttcgagatatgtcatttggaatgagacaa 308  Q
    |||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  5196702 gtgtcggttaaaaaagatcaacataatggacttatcacgaaacatgctcaatgcttccataccatcttgctttcgaaatatgttatttggaatgagacaa 5196801  T
Q  309 tatgttgatgttgtttttgaactctcatccatcttatatggccaatatatactagaaacacattcttttttcaattctagtttgtcgattgattttccat 408  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5196802 tatgttgatgctgtttttgacctctcatccatcttatatggccaacatatacaagacacacattatttcttcgattctagtttgtcgattgatcttccat 5196901  T
Q  409 tgaaaaaagatcgttttattgaagatctactacatttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatat 508  Q
    || |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5196902 tggaaaaagatcaattgattgaagatctactacatttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatat 5197001  T
Q  509 gactagattggatttatcatgcaataatttaacaggtgttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcac 608  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5197002 gactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcac 5197101  T
Q  609 ttgaaagctcctattccaatcactctttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaa 708  Q
    |||  || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197102 ttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaa 5197201  T
Q  709 cccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaacta 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  5197202 cccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggccagtttgcaaactttgatgaggataacta 5197301  T
Q  809 cagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcgaaagtgtgaacgtgtcgag---------tcatcacaatccaatggcaatggagaaaaggaa 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||         ||||| |||||||||| ||||| |||| |||||    
T  5197302 cagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcagtcgaaagtgtgaacgtgtcgagcctccaccatcatcccaatccaatgacaatgaagaagaggaa 5197401  T
Q  900 accatggtggacatggt-acattttatt-gagtttcacagcatcttacataacaatactattgg-cttcacaaacagtgttgtgtatcaatccacg-tgg 995  Q
    ||    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  5197402 actggtgtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttca-taacagtgttgtgcatcaatccacgttgg 5197500  T
Q  996 cgcatg 1001  Q
    ||||||    
T  5197501 cgcatg 5197506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 437 - 954
Target Start/End: Original strand, 5174189 - 5174717
Alignment:
Q  437 actacatttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactagattggatttatcatgcaataat 536  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  5174189 actacaatttgaagtggagttcagaacaaagcacaatgaatactcttacaagggtatagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataag 5174288  T
Q  537 ttaacaggtgttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcacttgaaagctcctattccaatcactcttt 636  Q
     |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | ||| |||||||||||| |||    
T  5174289 ctaacaggtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtctggtcccattccaatcacttttt 5174388  T
Q  637 caaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaa 736  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174389 caaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaa 5174488  T
Q  737 tgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaactacagaggtaatcccagtctttgtggacca 836  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  5174489 tgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggacca 5174588  T
Q  837 ctcctcaatcgaaagtgtgaacgtgtcgag---------tcatcacaatccaatggcaatggagaaaaggaaaccatggtggacatggt-acattttatt 926  Q
     || |||||||||||||||||| |||||||         |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||    
T  5174589 ttcgtcaatcgaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttatt 5174688  T
Q  927 -gagtttcacagcatcttacataacaata 954  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174689 ggagtttcacagcatcttacataacaata 5174717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 438 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 4841332 - 4840766
Alignment:
Q  438 ctacatttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactagattggatttatcatgcaataatt 537  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4841332 ctacaatttgaagtggagtttagaacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataatt 4841233  T
Q  538 taacaggtgttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcacttgaaagctcctattccaatcactctttc 637  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||| ||||    
T  4841232 taacaggtgttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttc 4841133  T
Q  638 aaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaat 737  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||   || |||||||    
T  4841132 aaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttagaaatcttcaat 4841033  T
Q  738 gtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccac 837  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||     
T  4841032 gtgtcatacaacaacctctctggaacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccat 4840933  T
Q  838 tcctcaatcgaaagtgtgaacgtgtcgag---------tcatcacaatccaatggcaatggagaaaaggaaaccatggtggacatggt-acattttatt- 926  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||         |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||     
T  4840932 tcctcaatcgaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattg 4840833  T
Q  927 gagtttcacagcatcttacataacaatactatt-ggcttcacaaacagtgttgtgtatcaatccacgt 993  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  4840832 gagtttcacagcatcttacataacaatattgttagccttca-taacagtgttgtgcatcaatccacgt 4840766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 450 - 993
Target Start/End: Original strand, 5215088 - 5215642
Alignment:
Q  450 gtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactagattggatttatcatgcaataatttaacaggtgtta 549  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||| | |    
T  5215088 gtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtctca 5215187  T
Q  550 tcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcacttgaaagctcctattccaatcactctttcaaatcttaccca 649  Q
    ||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5215188 tcccttctcaaattggtcaccttcaacaagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttaccca 5215287  T
Q  650 aatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaac 749  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5215288 aatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttatcaaccttcaatgtatcatacaac 5215387  T
Q  750 aacctttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcgaa 849  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |   |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  5215388 aacttttctggaacaccacctagtacaggacagtttggaggttttgatgaggacagttacagaggtaatcccggtctttgtggaccactcctctatcaaa 5215487  T
Q  850 agtgtgaacgtgtcgag---------tcatcacaatccaatggcaatggagaaaaggaaaccatggtggacatggt-acattttatt-gagtttcacagc 938  Q
    |||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  5215488 agtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcacagc 5215587  T
Q  939 atcttacataacaatactattgg-cttcacaaacagtgttgtgtatcaatccacgt 993  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  5215588 atcttacataacaatactattggccttca-taacagtgttgtgcgtcaatccacgt 5215642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 447 - 962
Target Start/End: Original strand, 5183541 - 5184067
Alignment:
Q  447 gaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactagattggatttatcatgcaataatttaacaggtg 546  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  5183541 gaagtgcagtttagaacaaagcactatgattacttttacaagggtatagttctaaagatcatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtg 5183640  T
Q  547 ttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcacttgaaagctcctattccaatcactctttcaaatcttac 646  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||   | |||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  5183641 tcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattaaagccttgaatctatcacataattacttgtctggtcctattccaataactttttcaaaacttac 5183740  T
Q  647 ccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatac 746  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||| || | | || |||   || ||||||||||||||||    
T  5183741 ccaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagattccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatcttcaatgtgtcatac 5183840  T
Q  747 aacaacctttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 846  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||    
T  5183841 aacaacctttctggaacaccacctagcacaagacaatttgcaaactttgatgagtacaactacagaggtaatcccggtctttgcggacaactcctaaatc 5183940  T
Q  847 gaaagtgtgaacgtgtcgag---------tcatcacaatccaatggcaatggagaaaaggaaaccatggtggacatggt-acattttatt-gagtttcac 935  Q
     |||||||||||||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||     
T  5183941 aaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaagcaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcat 5184040  T
Q  936 agcatcttacataacaatactattggc 962  Q
    | ||||||| || ||||||||||||||    
T  5184041 aacatcttatattacaatactattggc 5184067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 438 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 4855838 - 4855308
Alignment:
Q  438 ctacatttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactagattggatttatcatgcaataatt 537  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||      
T  4855838 ctacaatttgaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacc 4855739  T
Q  538 taacaggtgttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcacttgaaagctcctattccaatcactctttc 637  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||  |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||| ||| ||||    
T  4855738 taacaggtgtcatcccttctcaaattggtcaccttcaaccagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttc 4855639  T
Q  638 aaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaat 737  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| || | | || |||   ||  ||||||    
T  4855638 aaatcttacccaaatagaaagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatattcaat 4855539  T
Q  738 gtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccac 837  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||   |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4855538 gtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcattgaggacagctacagaggtaatcccgatctttgtggaccac 4855439  T
Q  838 tcctcaatcgaaagtgtgaacgtgtcgag---------tcatcacaatccaatggcaatggagaaaaggaaaccatggtggacatggt-acattttatt- 926  Q
    ||||| | |||||||||||| ||| | ||         |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |  ||||||||| | ||||||||||     
T  4855438 tcctcgaccgaaagtgtgaaggtgccaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattg 4855339  T
Q  927 gagtttcacagcatcttacataacaatacta 957  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4855338 gagtttcacaccatcttacataacaatacta 4855308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 437 - 987
Target Start/End: Original strand, 5161248 - 5161811
Alignment:
Q  437 actacatttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactagattggatttatcatgcaataat 536  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||     
T  5161248 actacacttggaagtggagttcagaacaaagcacaatgattacttttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaag 5161347  T
Q  537 ttaacaggtgttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcacttgaaagctcctattccaatcactcttt 636  Q
     ||||||||  ||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||| ||  |||    
T  5161348 ctaacaggtactatcccttctcaaattgggcacctgcaacaagttttagccttgaacctatcacataatcacttgtcgggtcctattccaattacgtttt 5161447  T
Q  637 caaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaa 736  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| | | |||||| |||||||||||    
T  5161448 caaatcttaccgaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgagctaacccagttgacctttttatcaaccttcaa 5161547  T
Q  737 tgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaactacagaggtaatcccagtctttgtggacca 836  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  5161548 cgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcgttgaggacagctacagaggtaatcccggtctttgtggatca 5161647  T
Q  837 ctcctcaatcgaaagtgtgaacgtgtcgag---------tcatcacaatccaatggcaatggagaaaaggaaaccatggtggacatggt-acattttatt 926  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||| ||         |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |  ||||||||| | ||||||||||    
T  5161648 ctcctcgaccgaaagtgtgaaggtgtcaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttatt 5161747  T
Q  927 g--agtttc-acagcatcttacataacaatactattggcttcacaaacagtgttgtgtatcaat 987  Q
    |   ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |    |||||||||||||||||||    
T  5161748 ggaggtttctacagcatcttacataacaatattgttggccttcgtaacagtgttgtgtatcaat 5161811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 4 - 318
Target Start/End: Original strand, 5183091 - 5183406
Alignment:
Q  4 catcactaaggttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgaggga 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  5183091 catctctaaggttcttgtatttgcaatagaatgatctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttaaggga 5183190  T
Q  104 gaacgaattttcaggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaatt 203  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  5183191 caacaaattttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggtccttctattaggagggaacaattttgaaggagatattccaatt 5183290  T
Q  204 cagttgtgtcggt-taaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctttcgagatatgtcatttggaatg 302  Q
    || |||||||  | |||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  5183291 caattgtgtccttctaaaaaagatcaacataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 5183390  T
Q  303 agacaatatgttgatg 318  Q
    ||||||||||||||||    
T  5183391 agacaatatgttgatg 5183406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 9 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 4841758 - 4841453
Alignment:
Q  9 ctaaggttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  4841758 ctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggatcaaagccatctgaactctctgaaggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaaca 4841659  T
Q  109 aattttcaggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaattcagtt 208  Q
    || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  4841658 aactttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggttcttctattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaatt 4841559  T
Q  209 gtgtcggttaaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctttcgagatatgtcatttggaatgagacaa 308  Q
    |||||   |||| |||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  4841558 gtgtcatctaaaaaatatcaccataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatatgtcatttggaatgagacaa 4841459  T
Q  309 tatgtt 314  Q
     |||||    
T  4841458 catgtt 4841453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 184; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 314
Target Start/End: Original strand, 5173767 - 5174066
Alignment:
Q  15 ttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacgaatttt 114  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  5173767 ttcttgtatttacaacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaacttt 5173866  T
Q  115 caggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaattcagttgtgtcg 214  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |    
T  5173867 caggtaaaattcccaactggatggataagctctcagagttgagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattttgttg 5173966  T
Q  215 gttaaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctttcgagatatgtcatttggaatgagacaatatgtt 314  Q
    ||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173967 gttcaaaaagatcgacataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcctccaaaatatgtcatttggaatgagacaatatgtt 5174066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 4856252 - 4855946
Alignment:
Q  12 aggttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacgaat 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  4856252 aggttcttgtatttgcaaaagaataatctccctggatcaataccatctgaactctctaaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaat 4856153  T
Q  112 tttcaggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaattcagttgtg 211  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||| | ||| | || |||||| ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||    
T  4856152 tttcaggtaaaattccccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaacttggaaggagatattccaattcaattgtg 4856053  T
Q  212 tcggttaaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctttcgagatatgtcatttggaatgagacaatat 311  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||     
T  4856052 tcggttaaaaaagatcgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatgagacaatac 4855953  T
Q  312 gttgatg 318  Q
    |||||||    
T  4855952 gttgatg 4855946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 12 - 318
Target Start/End: Original strand, 5214662 - 5214968
Alignment:
Q  12 aggttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacgaat 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  5214662 aggttcttgtatttgcaaaagaataatctctctggctcgataccatctgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaat 5214761  T
Q  112 tttcaggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaattcagttgtg 211  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| | || |||||| ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||    
T  5214762 tttcaggtaaaattccccactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatattccaattcaattgtg 5214861  T
Q  212 tcggttaaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctttcgagatatgtcatttggaatgagacaatat 311  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||     
T  5214862 tcggttaaaaaagatagacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatgaggcaatac 5214961  T
Q  312 gttgatg 318  Q
    |||||||    
T  5214962 gttgatg 5214968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 157; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 317
Target Start/End: Original strand, 7143001 - 7143309
Alignment:
Q  9 ctaaggttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacg 108  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||     
T  7143001 ctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttttagatttgagggagaaca 7143100  T
Q  109 aattttcaggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaattcagtt 208  Q
    || ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| | || |||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| ||    
T  7143101 aactttcaagtaaaattcccaactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttattaggaaggaacaatttggaaggagatattccaattcaatt 7143200  T
Q  209 gtgtcggttaaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctttcgagatatgtcatttggaatgagacaa 308  Q
    |||||||||||| || || |||| ||| |||||||||   ||||||||||||||||| |||||  ||||||| | | |||||||||||||||||| ||||    
T  7143201 gtgtcggttaaaaaagatcgacaaaatagacctatcagaaaacatgctcaatgcttcaataccaccttgcttccaaaatatgtcatttggaatgatacaa 7143300  T
Q  309 tatgttgat 317  Q
    |||||||||    
T  7143301 tatgttgat 7143309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 9 - 280
Target Start/End: Original strand, 5160855 - 5161126
Alignment:
Q  9 ctaaggttcttgtatttgcaacagaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacg 108  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||  |||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  5160855 ctaaagttcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctataccaattgaactgtctgaaagctcaaaactacaacttctggatttgagggagaaca 5160954  T
Q  109 aattttcaggaaaaattcccaactggatggataagctctcaaaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgatggagaaattccaattcagtt 208  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| | ||  | || |||||| ||||| |||| || || || ||||| ||||||||||| ||    
T  5160955 aattttcaggtaaaattcccaattggattgataatctctcagagttgcgtgttcttttactaggatggaataacttggaaggagatattccaattcaatt 5161054  T
Q  209 gtgtcggttaaataatattgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttccataccctcttgctt 280  Q
    |||||| ||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  5161055 gtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcgcggaacatgttcaatgcttcaataccatcttgctt 5161126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 454 - 821
Target Start/End: Original strand, 7143411 - 7143777
Alignment:
Q  454 agttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactagattggatttatcatgcaataatttaacaggtgttatccc 553  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||| | | |||| | |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||   ||||  | || || ||    
T  7143411 agtttagaacaaagaactatgagtacttttacgacgctaaaatcctagagatgatgactggattggatttatcatgcaatatcgtaactagagtcatacc 7143510  T
Q  554 ttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaacctatcacataatcacttgaaagctcctattccaatcactctttcaaatcttacccaaata 653  Q
    |||  || |||||||| | ||| |   | ||| |||||| |||| |||||||||||||  || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  7143511 ttctgaacttggagacatgcaaaaccatcgagtcttgaatctataacataatcacttgtcaggtcctattccaatcactttttccaatcttacccaaata 7143610  T
Q  654 gagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacc 753  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||| || |   | ||||||  ||  | | |||| |    | |||||||||||| ||||||||||    
T  7143611 gagagtcttgacttatcatagagtaacttgaatggtaaggtagcttctcaactaagtcacttgacctttatagatatcttcaatgtgtcttacaacaacc 7143710  T
Q  754 tttctggaacaccacctagtataggacaatttgcaaactttgatgaggacaactacagaggtaatccc 821  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | |  ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  7143711 tttctggaacaccacctagtataggacaa-tcggaggctttgttaaggacaactacagaggtaatccc 7143777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 229 - 265
Target Start/End: Original strand, 5203560 - 5203596
Alignment:
Q  229 acataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttc 265  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5203560 acatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttc 5203596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 142
Target Start/End: Original strand, 5203420 - 5203530
Alignment:
Q  31 agaatggtctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcagaactacaacttcttgatttgagggagaacgaattttcaggaaaaattcccaa 130  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||| |||||| |||| | | ||| | ||  ||||| | || |||||| ||||| |||||||||| || ||||||||    
T  5203420 agaatgatctcgctggatctataccatttgaactgtctggaagttcacagctgaaacttttagacttgagg-agaacaaattttcaggtaacattcccaa 5203518  T
Q  131 ctggatggataa 142  Q
    ||||||||||||    
T  5203519 ctggatggataa 5203530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 439 - 502
Target Start/End: Original strand, 5203648 - 5203715
Alignment:
Q  439 tacatttggaagtggagttcagaacaaagca----ctatgaatacttttacaagggtaaagttctaga 502  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    | |||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  5203648 tacatttggaagtagagttcagaacaaagcacaatcaatgattacttttacaaaggtaaagtcctaga 5203715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3437 times since January 2019
Visitors: 8664