View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0054-Insertion-12 (Length: 880)

Name: NF0054-Insertion-12
Description: NF0054
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0054-Insertion-12
NF0054-Insertion-12
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-880)||(590449-591321)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 849; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 849; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 880
Target Start/End: Original strand, 590449 - 591321
Alignment:
Q  8 atagattgcatctagtgtttctaatttattgcctcctgattcaacagatggattctccataaaataggtcataatcaaaccaagaagtaatggcatctgc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  590449 atagattgcatctagtgtttctaatttattgcctcctgattcaacagatggattctccataaaataggtcataatcaaaccaagaagtaatggcatctgc 590548  T
Q  108 agctagagcccgttgtgctgttaaccattgtttcacacaagatttcatgatgccccctacttcttcaaaacaattggagcctgattttacaacttgtgat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  590549 agctagagcccgttgtgctgttaaccattgtttcacacaagatttcatgatgccccctacttcttcaaaacaattggagcctgattttacaactagtgat 590648  T
Q  208 tccactgattctgacatgaaatggtggctacatgtgaaaaccaactcggccggtgacacagattatacatgtcaacatctaaatacattggagtctaagc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  590649 tccactgattctgacatgaaatggtggctacatgtgaaaaccaacttggccggtgacacagattatacatgtcaacatctaaatacattggagtctaagc 590748  T
Q  308 ccgacgcttttagtacccgacttcatggtgacaatgtcagtatcgggagtgatcaaactgtcaaaaacttcgatgctgtttcatttgttggaaatgctgc 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  590749 tcgacgcttttagtacccgacttcatggtgacaatgtcagtatcgggagtgatcaaactgtcaaaaacttcgatgctgtttcatttgttggaaatgctgc 590848  T
Q  408 tactgcagctatagagcagcaatggaatgtctatccaaaatatatgaagaacagtgatactcgaacgtcgaaaattgaggcttcattgaacagtgacttg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  590849 tactgcagctatagagcagcaatggaatgtctatccaaaatatatgaagaatagtgatactcgaacgtcgaaaattgaggcttcattgaacagtgacttg 590948  T
Q  508 tatttaacacctaagaagaaaaatgaaggggaattctggttttcagatgatgctactagtttcttgatctcggaacattgtaaaagtacatcgtctgatt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  590949 tatttaacacctaagaagaaaaatgaaggggaattctggttttcagatgatgctactagtttcttgatctcggaacattgtaaaagtacatcgtctgatt 591048  T
Q  608 ttgaaccacattggttgggagctgaaaaatctcagccttggtggcgcactacaggaaaagacgatttggcttccttggttgctaagaaatcatttgagta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  591049 ttgaaccacattggttgggagctgaaaaatctcagccttggtggcgcactacaggaaaagacgatttggcttccttggttgctaagaaatcatttgagta 591148  T
Q  708 tgtcgagaactgcgatctcccagagccaaacattaagccttttaggaaaatacatactcttcagccaagagaaactgacaaggaggagaatcaagtgtcg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  591149 tgtcgagaactgcgatctcccagagccaaacattaagccttttaggaaaatacatactcttcagccaagagaaactgacaaggaggagaatcaagtgtcg 591248  T
Q  808 tccttgaaccaaaaattggagatgtgttcttccgattcgaatgcttgtacgtctacaaccttgacttctggct 880  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  591249 tccttgaaccaaaaattggagatgtgttcttctgattcgaatggttgtacgtctacaaccttgacttctggct 591321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1051 times since January 2019
Visitors: 1289