View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0054-Insertion-8 (Length: 952)

Name: NF0054-Insertion-8
Description: NF0054
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0054-Insertion-8
NF0054-Insertion-8
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-952)||(29292313-29293255)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 885; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 885; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 29293255 - 29292313
Alignment:
Q  9 ttactttgactacaatattaagattttagaaatctttgaatgtctaatgtgatcccatctgcgacttaccagtcacatttatccaaagatgtatataatt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29293255 ttactttgactacaatattaagattttagaaatctttgaatgtctaatgtgatcccatctgcaacttaccagtcacatttatccaaagatgtatataatt 29293156  T
Q  109 tcaagaaaggttatatgattgcaacaacaatttataccatgactttcataacaaaaatttgagccatataaggcatcagtagtagaaatataaaaaattc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29293155 tcaagaaaggttatatgattgcaacaacaatttataccatgactttcataacaaaaatttgagccatataaggcatcagtagtagaaatataaaaaattc 29293056  T
Q  209 aaatttcaggatctgagaagcaatataaaattggtgtcaattcaaataaaatttgatttgaggagaaacaagatttgactgaaaatagataaggaaaaat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29293055 aaatttcaggatctgagaagcaatataaaattggtgtcaattcaaataaaatttgatttgaggagaaacaagatttgactgaaaatagataaggaaaaat 29292956  T
Q  309 gaattctgcttgga-tttgacaatttaaaatgggtaaagttcttctcttaccgaatacaattatgttcttaaagtcattgggaattaaatattactgtat 407  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29292955 gaattctgcttggaatttgacaatttaaaatgggtaaagttcttctcttaccgaatacaattatgttcttaaagtcattgggaattaaatattactgtat 29292856  T
Q  408 gtcctagaaagtcattggtgactaatctcttcaacccgactcaaccctcgttggtttttaaacggtatagtactcatgaatcaatcactgcctgatagtt 507  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29292855 gccctagaaagtcattggtgactaatctcttcaacccgactcaaccctcgttggtttttaaacggtacagtactcatgaatcaatcactgcctgatagtt 29292756  T
Q  508 taaatatgtccactgccacaatttctagaataatcacaaaaattattgatatgattatgatgtgaaacagataagattttcatttgtatttaggattata 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29292755 taaatatgtccactgccacaatttctagaataatcacaaaaattattgatatgattatgatgtgaaacagataagattttcctttgtatttaggattata 29292656  T
Q  608 attaaagaacatgtgaatatattacaaaattactttctatctctaatgcaatggattaattggttcaaatcatatagaatgtatttttatgaaaccttta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29292655 attaaagaacatgtgaatatattacgaaattactttctatctctaatgcaatggattaattggttcaaatcatatagaatgtatttttatgaaaccttta 29292556  T
Q  708 attggttaaaactgcgctttcatagcattataaattaaaatatacacttttagaagtcatacagatacttttgcaattgtttcaagaataatatttttgt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  29292555 attggttaaaactgcgctttcatagcattataaattaaaatatacacttttagaagtcatacagatacttttgcaattg-ttcacgaataatatttttgt 29292457  T
Q  808 atcatattgataggatcttggtagatatcatttcaaaatttgattaaacttgtgatatgaaataatttcactctatgctgattcacactgtaacgtttga 907  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29292456 atcatatagataggatcttggtagatatca-ttcaaaatttgattaaacttgtgatatgaaatgatttcactctatgctgattcacactgtaacgtttga 29292358  T
Q  908 agattttggaagctctgatatcaattgaaggaaatttgagcaata 952  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29292357 agattttggaagctctgatatcaattgaaggaaacttgagcaata 29292313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 971 times since January 2019
Visitors: 1288