View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0058_low_7 (Length: 208)

Name: NF0058_low_7
Description: NF0058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0058_low_7
NF0058_low_7
[»] scaffold1415 (1 HSPs)
scaffold1415 (1-179)||(10-188)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (1-179)||(25696334-25696512)
chr8 (4-179)||(25453956-25454131)
chr8 (1-179)||(25323630-25323808)
chr8 (1-171)||(25605619-25605789)
chr8 (2-179)||(25476635-25476812)
chr8 (2-179)||(25570857-25571034)
chr8 (42-179)||(25341954-25342091)
chr8 (2-179)||(25716167-25716344)
chr8 (2-179)||(24874373-24874550)
chr8 (42-179)||(25311973-25312110)
chr8 (1-114)||(25392331-25392444)
chr8 (25-179)||(22899742-22899896)
chr8 (13-176)||(23259166-23259329)
chr8 (128-179)||(25801252-25801303)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (1-179)||(49473-49651)
scaffold0070 (2-179)||(15953-16130)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-179)||(10324818-10324989)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (1-179)||(3441-3619)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (29-176)||(5080730-5080877)
chr2 (30-176)||(5101110-5101256)
chr2 (30-176)||(5118669-5118815)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (11-176)||(14413035-14413200)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (60-176)||(16885412-16885528)


Alignment Details
Target: scaffold1415 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold1415
Description:

Target: scaffold1415; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 188 - 10
Alignment:
Q  1 gataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  188 gataataaactgaatggatcaattcccaaatcacttgctcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 89  T
Q  101 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  88 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctaatggtgg 10  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25696512 - 25696334
Alignment:
Q  1 gataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 100  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25696512 gataataaactgaatggttcagttcccaaatcacttggtgaaatggtaagcttgatctctttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 25696413  T
Q  101 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25696412 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 25696334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 4 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25454131 - 25453956
Alignment:
Q  4 aataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaat 103  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25454131 aataaactgattggatcaattcccaaatcacttggtcaaatggtaagcttgatctctttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaat 25454032  T
Q  104 ccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  25454031 ccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagaatcctaatggtgg 25453956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25323808 - 25323630
Alignment:
Q  1 gataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  25323808 gataataaactgaatggttcaattcccaaatcacttggtgaaatggtaagattaatctctttggacttgtccaaaaatatgttaacaggtgttattccaa 25323709  T
Q  101 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25323708 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 25323630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 25605789 - 25605619
Alignment:
Q  1 gataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25605789 gataataaactgaatggatcaattcctgaatcacttggtcaaatgataagcttgatctctttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 25605690  T
Q  101 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcct 171  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25605689 aatccttagaatcacttgtgtatctccaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcct 25605619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25476812 - 25476635
Alignment:
Q  2 ataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaa 101  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||   |||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  25476812 ataacaaactgaatggatcaattccatcatcacttggtgaaatggtgagcttgacctccttggacttgtcccaaaatatgctaaccggtattattccaaa 25476713  T
Q  102 atccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25476712 atccttagaatcacttttgtatcttgaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 25476635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25571034 - 25570857
Alignment:
Q  2 ataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaa 101  Q
    |||| ||| ||||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25571034 ataacaaattgaatgggtcaattcccacatcacttggtgaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgctagctggtgttattccaaa 25570935  T
Q  102 atccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
     || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25570934 gtcattagaatcacttttgtaccttcagaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 25570857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 42 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25342091 - 25341954
Alignment:
Q  42 aatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttc 141  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25342091 aatggtaagcttgatctctttggacttgtctcaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtaccttcaaaacatcaacttc 25341992  T
Q  142 tcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25341991 tcatataatagattacaaggagagattcctaatggtgg 25341954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25716344 - 25716167
Alignment:
Q  2 ataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaa 101  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||  |||| || || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  25716344 ataacaaattgaatggatcaattccctcatcacttagtgaaatggtaagcttggtctctttggacttgtcccaaaatatgctagatggtgttattccaaa 25716245  T
Q  102 atccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25716244 atccttagaatcacttttgtaccttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 25716167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 179
Target Start/End: Original strand, 24874373 - 24874550
Alignment:
Q  2 ataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaa 101  Q
    |||||||| |||||||  |||| |||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| ||    
T  24874373 ataataaattgaatgggccaattcccacatcacttggtaaaatgataagcttaatctccttggacttgtcccaaaatatgctaacaggtgctgttcccaa 24874472  T
Q  102 atccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24874473 atccttagaatcacttgtgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 24874550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 42 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25312110 - 25311973
Alignment:
Q  42 aatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttc 141  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25312110 aatgttaagcttgatctctttggacttgtctcaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtaccttcaaaacatcaacttc 25312011  T
Q  142 tcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25312010 tcatataatagattacaaggagagattcctaatggtgg 25311973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 25392444 - 25392331
Alignment:
Q  1 gataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25392444 gataataaactgaatggatcaattcccaaatcaattggtcaaatggtaagcttgatctctttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 25392345  T
Q  101 aatccttagaatca 114  Q
    ||||||||||||||    
T  25392344 aatccttagaatca 25392331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 179
Target Start/End: Original strand, 22899742 - 22899896
Alignment:
Q  25 cccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatc 124  Q
    |||| |||| ||||| ||||| | | |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  22899742 cccacatcacttggtgaaatgattaacttgttctctttggacttgtcccaaaatatgataactggtgttattccaaaatccttagcatcgcttttgtatc 22899841  T
Q  125 ttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22899842 ttcgaaacatcaatttatcatataatagactacaaggagagattcctgatggtgg 22899896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 23259329 - 23259166
Alignment:
Q  13 aatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaat 112  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||| | ||| |||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||| |||||||    
T  23259329 aatggatcaattcccacatcacttggtaacatgataagcttgatatccttagacatgtccgaaaatatgctaatcggtattattccaaaatcattagaat 23259230  T
Q  113 cacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatgg 176  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23259229 cacttttgtaccttcaaaacattaacttatcgtataatagattacaaggagagattcctgatgg 23259166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25801303 - 25801252
Alignment:
Q  128 aaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25801303 aaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 25801252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Original strand, 49473 - 49651
Alignment:
Q  1 gataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 100  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49473 gataataaactgtatggatcaattcccacatcacttggtgaaatggtaagcttggtctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 49572  T
Q  101 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49573 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacattaacttctcatataatagattaaaaggagagattcctgatggtgg 49651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 179
Target Start/End: Original strand, 15953 - 16130
Alignment:
Q  2 ataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaa 101  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||   |||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  15953 ataacaaactgaatgaatcaattccatcatcacttggtgaaatgttgagcttgacctccttggacttgtctcagaatatgttaactggtgttattccaaa 16052  T
Q  102 atccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16053 atccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 16130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 10324989 - 10324818
Alignment:
Q  8 aactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatcctt 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10324989 aactgaatggatcaattcccaaattacttggtcaaatggcaggcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactagtgttattccaaaatcctt 10324890  T
Q  108 agaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10324889 agaatcacttttgtatcttgaaaacatcaacttatcatataatagattagaaggagagattcctgatggtgg 10324818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Original strand, 3441 - 3619
Alignment:
Q  1 gataataaactgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaa 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3441 gataacaaactgtatggatcaattcccacatcacttgatgaaatggtaagcttgatctccttggacttgtctcaaaatatgctaactggtgttattccaa 3540  T
Q  101 aatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatggtgg 179  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  3541 aatccttagaatcacttttgtaccttcaaaacatcaacttctcatacaatagattgcaaggagagattccttatggtgg 3619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 56; Significance: 2e-23; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 29 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 5080877 - 5080730
Alignment:
Q  29 aatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttca 128  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||  | |||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| |||||||  |||||| |    
T  5080877 aatcacttggtgaaatggtaggcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcttatcttaa 5080778  T
Q  129 aaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatgg 176  Q
    | |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5080777 atacattaacttttcatacaatagattgcaaggagagattcctaatgg 5080730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 176
Target Start/End: Original strand, 5101110 - 5101256
Alignment:
Q  30 atcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaa 129  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||  | |||||||||||| |||||| |  | |||||||  || |||||||||||||| |||||||  |||||| ||    
T  5101110 atcacttggtgaaatgttaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgcgatcccaaaatccttagagtcactttcttatcttaaa 5101209  T
Q  130 aacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatgg 176  Q
     |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5101210 tacattaacttttcatacaatagattgcaaggagagattcctaatgg 5101256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 176
Target Start/End: Original strand, 5118669 - 5118815
Alignment:
Q  30 atcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaa 129  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||  | |||||||||||| |||||| |  | |||||||| || |||||||||||||| |||||||  |||||| ||    
T  5118669 atcacttggtgaaatgctaagcttgagtttcttggacttgtctcaaaatcttcttactggtgtgatcccaaaatccttagagtcactttcttatcttaaa 5118768  T
Q  130 aacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatgg 176  Q
     || | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5118769 tacgttaacttttcatacaatagattgcaaggagagattcctaatgg 5118815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 11 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 14413200 - 14413035
Alignment:
Q  11 tgaatggatcaatgcccaaatcatttggtcaaatggtaagcttgatctccttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttaga 110  Q
    |||||||||| || || |||||| ||||| ||||| ||||||| |  | |||||||||||| |||||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  14413200 tgaatggatctattccaaaatcacttggtgaaatgttaagcttaagtttcttggacttgtctcaaaatcttttaaccggtgtgatcccaaaatccttaga 14413101  T
Q  111 atcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaaggagagattcctgatgg 176  Q
       |||||   ||||| || |||| || || ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  14413100 gctactttctgatcttaaatacataaatttgtcatacaatatattgcaaggagagattcctgatgg 14413035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 8e-17; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 176
Target Start/End: Original strand, 16885412 - 16885528
Alignment:
Q  60 cttggacttgtcccaaaatatgttaactggtgttattccaaaatccttagaatcacttttgtatcttcaaaacatcaacttctcatataatagattacaa 159  Q
    |||||||||||| |||||| |  |||||||||| |||||| |||||||||  |||||||  |||||| |  |||| || || ||||| |||||||| |||    
T  16885412 cttggacttgtctcaaaattttataactggtgtgattccagaatccttagtgtcactttcttatcttaagtacatgaatttgtcatacaatagattgcaa 16885511  T
Q  160 ggagagattcctgatgg 176  Q
    |||||||||||||||||    
T  16885512 ggagagattcctgatgg 16885528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University