View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0061_low_1 (Length: 549)

Name: NF0061_low_1
Description: NF0061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0061_low_1
NF0061_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (13-514)||(1869349-1869849)
chr4 (236-410)||(1916736-1916910)
chr4 (440-512)||(1916916-1916988)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (236-512)||(17488418-17488694)
chr7 (236-512)||(17564520-17564796)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 514
Target Start/End: Original strand, 1869349 - 1869849
Alignment:
Q  13 ctaaccgtcatactgaaacttatgtgggtttcaccactttacatgaaatacatttctaaattgtagtatccacactaaatttcatgcgataagaaagtga 112  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1869349 ctaaccgtcatgttgaaacttatgtgggtctcatcactttacgtgggatacatttctaaattatagtatccacactaaatttcatgcgataagaaagtga 1869448  T
Q  113 ctgttagagagtgttaagaaagagagtgtttccgatattcctatataaatagccgttatcaatccgcatatgttttttaaaagaaaaatgagactctttt 212  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1869449 ctattagagagtgttaagaaagagagtgtttccgatattcctatataaa-agccgttatcaatccgcatatgttttttaaaagaaaaatgagactctttt 1869547  T
Q  213 agagcattatgtaccttacaaatgatggtgatgtcaaggatggattttccaaattgcaagacactactattaactactgaaagatgaagacttgcaaggt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1869548 agagcattatgtaccttacaaatgatggtgatgtcaaggatggattttccaaattgcaagacactactattaactactgaaagatgaagacttgcaaggt 1869647  T
Q  313 gggtcagtattttgagcaagatacccttttgtttctcacaatggactatgacaagtacatcnnnnnnngacactcttgctttgatctctggaagagtatt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1869648 gggtcagtattttgagcaagatacccttttgtttctcacaatggactatgacaagtacatctttttttgacactcttgctttgatctctggaagagtatt 1869747  T
Q  413 atcacttgttccacaattgtactcatctgaattcactttggtccttttgttgctacaaatgtttgatccagcttcttgttctagctctctcacaggttct 512  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1869748 atcacctgttccacaattgtactcatctgaattcactttggtccttttgttgctacaaatgtttgatccagcttcttgttctagctctctcacacgttct 1869847  T
Q  513 gc 514  Q
    ||    
T  1869848 gc 1869849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 236 - 410
Target Start/End: Original strand, 1916736 - 1916910
Alignment:
Q  236 gatggtgatgtcaaggatggattttccaaattgcaagacactactattaactactgaaagatgaagacttgcaaggtgggtcagtattttgagcaagata 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||  |||    
T  1916736 gatggtgatgtcaaggatggattttccaaaattcaagactctactgttaactactgaaagatgaagattttcaaggtaggtcagtattttgagcagaata 1916835  T
Q  336 cccttttgtttctcacaatggactatgacaagtacatcnnnnnnngacactcttgctttgatctctggaagagta 410  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  1916836 ccattttgtttctcacaatggactatgacaagtacatctttttgtaacacttttgctttgacctctggaagagta 1916910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 440 - 512
Target Start/End: Original strand, 1916916 - 1916988
Alignment:
Q  440 tgaattcactttggtccttttgttgctacaaatgtttgatccagcttcttgttctagctctctcacaggttct 512  Q
    |||| ||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  1916916 tgaactcagtttggtccttttgttagtacaaatgttggatccagcttcttcttctagctctctcacacgttct 1916988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 236 - 512
Target Start/End: Original strand, 17488418 - 17488694
Alignment:
Q  236 gatggtgatgtcaaggatggattttccaaattgcaagacactactattaactactgaaagatgaagacttgcaaggtgggtcagtattttgagcaagata 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  17488418 gatggtgatgtcaaggatggattttccaaaattcaagacactactgttaactactgaaagatgaagattttcaaggcaggtcagtattttgagcaagata 17488517  T
Q  336 cccttttgtttctcacaatggactatgacaagtacatcnnnnnnngacactcttgctttgatctctggaagagtattatcacttgttccacaattgtact 435  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17488518 ccattttgtttctcacaatggactatgacaagtacatcattttgtaacacttttgctttgacctctggaagagtattatcacttgttccacaactgtact 17488617  T
Q  436 catctgaattcactttggtccttttgttgctacaaatgtttgatccagcttcttgttctagctctctcacaggttct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17488618 catctgaattcactttggtccttttgtttgtacaaatgttggatccatcttcttgttctagctctctcacacgttct 17488694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 236 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 17564796 - 17564520
Alignment:
Q  236 gatggtgatgtcaaggatggattttccaaattgcaagacactactattaactactgaaagatgaagacttgcaaggtgggtcagtattttgagcaagata 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  17564796 gatggtgatgtcaaggatggattttccaaaattcaagacactactgttaactactgaaagatgaagattttcaaggcaggtcagtattttgagcaagata 17564697  T
Q  336 cccttttgtttctcacaatggactatgacaagtacatcnnnnnnngacactcttgctttgatctctggaagagtattatcacttgttccacaattgtact 435  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17564696 ccattttgtttctcacaatggactatgacaagtacatcattttgtaacacttttgctttgacctctggaagagtattatcacttgttccacaactgtact 17564597  T
Q  436 catctgaattcactttggtccttttgttgctacaaatgtttgatccagcttcttgttctagctctctcacaggttct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17564596 catctgaattcactttggtccttttgtttgtacaaatgttggatccatcttcttgttctagctctctcacacgttct 17564520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University