View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0063_2D_low_13 (Length: 576)

Name: NF0063_2D_low_13
Description: NF0063_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0063_2D_low_13
NF0063_2D_low_13
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (14-564)||(24614497-24615047)
chr3 (14-564)||(24116325-24116877)
chr3 (23-564)||(23693056-23693599)
chr3 (23-564)||(23711496-23712039)
chr3 (23-564)||(23729952-23730495)
chr3 (23-564)||(23748407-23748950)
chr3 (14-564)||(24108614-24109170)
chr3 (91-564)||(23689598-23690071)
chr3 (91-564)||(24061835-24062308)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (234-406)||(11390762-11390934)
chr6 (234-406)||(11419690-11419862)
chr6 (429-499)||(11390684-11390754)
chr6 (429-499)||(11419870-11419940)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 24615047 - 24614497
Alignment:
Q  14 catcaaaaagatgtgaacattagttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaatcgagatattcttgagcaatacatgaaacc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24615047 catcaaaaagatgtgaacattagttttcgacagacaataaaatgttacatattaatacaaatttcttaaatcgagatattcttgagcaatacatgaaacc 24614948  T
Q  114 ctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaata 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24614947 ctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaata 24614848  T
Q  214 acttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24614847 acttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaat 24614748  T
Q  314 cattgaaggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcggataaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24614747 cattgaaggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctcagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttgatcggataaa 24614648  T
Q  414 agacacgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatattt 513  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24614647 agacacgctctcatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaatatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatattt 24614548  T
Q  514 cttccggcatataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  24614547 cttccggcatataaatataatcagccatgtattcaacatcgtaaacgccaa 24614497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 564
Target Start/End: Original strand, 24116325 - 24116877
Alignment:
Q  14 catcaaaaagatgtgaacattagttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaatc--gagatattcttgagcaatacatgaaa 111  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||    
T  24116325 catcaacaagatgtgaacaatggttttcgatagacaatgaaatgtcacatattgatacaaatttcttaaattttgagaaattcttgagcaatacatgaaa 24116424  T
Q  112 ccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||| |    
T  24116425 ccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgtgtccatctccacaaatttgaatgcacgatttcatcataacattagcacaagacca 24116524  T
Q  212 taacttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagca 311  Q
     || ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116525 caagttttcctcggagtaccctgtgcatatcttcaaatcattgctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagca 24116624  T
Q  312 atcattgaaggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcggata 411  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||  || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116625 atcaatgaaggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgacttccgaaaagaaaaacaccatattctccatgatcttgtcttcatcggata 24116724  T
Q  412 aaagacacgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24116725 aaagacacgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagtttttgtaggattagcttctccatttgacatat 24116824  T
Q  512 ttcttccggcatataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24116825 ttcttccggcatataaatataatcagccatgtattcaacatcgtaaacaccaa 24116877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 23693599 - 23693056
Alignment:
Q  23 gatgtgaacattagttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagatt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||  ||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23693599 gatgtgaacattagtttccgacggacaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacatt 23693500  T
Q  121 gatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttc 220  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  23693499 gatataaacttgaaaatttcataaaaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatc 23693400  T
Q  221 ctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  23693399 ctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaa 23693300  T
Q  321 ggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcggataaaagacacg 420  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |    
T  23693299 ggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgagttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatg 23693200  T
Q  421 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatatttcttccgg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23693199 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaactgttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctgg 23693100  T
Q  521 catataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23693099 catataaatataatcagccaagtattcaacgtcgtaaacaccaa 23693056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 23712039 - 23711496
Alignment:
Q  23 gatgtgaacattagttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagatt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||  ||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23712039 gatgtgaacattagtttccgacggacaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacatt 23711940  T
Q  121 gatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttc 220  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  23711939 gatataaacttgaaaatttcataaaaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatc 23711840  T
Q  221 ctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  23711839 ctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaa 23711740  T
Q  321 ggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcggataaaagacacg 420  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |    
T  23711739 ggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgagttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatg 23711640  T
Q  421 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatatttcttccgg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23711639 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaactgttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctgg 23711540  T
Q  521 catataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23711539 catataaatataatcagccaagtattcaacgtcgtaaacaccaa 23711496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 23730495 - 23729952
Alignment:
Q  23 gatgtgaacattagttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagatt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||  ||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23730495 gatgtgaacattagtttccgacggacaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacatt 23730396  T
Q  121 gatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttc 220  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  23730395 gatataaacttgaaaatttcataaaaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatc 23730296  T
Q  221 ctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  23730295 ctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaa 23730196  T
Q  321 ggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcggataaaagacacg 420  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |    
T  23730195 ggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgagttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatg 23730096  T
Q  421 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatatttcttccgg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23730095 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaactgttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctgg 23729996  T
Q  521 catataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23729995 catataaatataatcagccaagtattcaacgtcgtaaacaccaa 23729952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 23748950 - 23748407
Alignment:
Q  23 gatgtgaacattagttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagatt 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||  ||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23748950 gatgtgaacattagtttccgacggacaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacatt 23748851  T
Q  121 gatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttc 220  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  23748850 gatataaacttgaaaatttcataaaaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatc 23748751  T
Q  221 ctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  23748750 ctcggagtaccccgtacacattttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaataaaccttgcaagatacacggcacaagcagcaatcatagaa 23748651  T
Q  321 ggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcggataaaagacacg 420  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |    
T  23748650 ggcttgtagtcgcacacaatagaatgatttgttaagctgagttcagaaaagaaaaacaccatgtgctccatgatcttgtcttcatccgataaattacatg 23748551  T
Q  421 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgacatatttcttccgg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23748550 cccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaactgttaaaatccaaccaagttcttgcaggataagcttctccatttgacatatttcttctgg 23748451  T
Q  521 catataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23748450 catataaatataatcagccaagtattcaacgtcgtaaacaccaa 23748407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 564
Target Start/End: Original strand, 24108614 - 24109170
Alignment:
Q  14 catcaaaaagatgtgaacat-tagttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaa 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  24108614 catcaaaaagatgtgaacatatagttttcgacagacaatgaaatgtcacatattgatacgaatttcttaaacttcgagaaattcttgagcaatacatgaa 24108713  T
Q  111 accctagattgat---ataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaag 207  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||| |  ||||||||  |||||||||    
T  24108714 accctagattgatgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgtatccatctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaag 24108813  T
Q  208 acaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagc 307  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24108814 acaataacttgtcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagc 24108913  T
Q  308 agcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatcg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||     
T  24108914 agcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatagaatgatttgtcaagctgagttcagaaaagaaaaacaccatcttctccatgatcttatcttcatca 24109013  T
Q  408 gataaaagacacgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctccatttgac 507  Q
    |||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24109014 gataaaaggcatgtccttatgtttctaataagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggattagcttctccatttgac 24109113  T
Q  508 atatttcttccggcatataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||  ||| | ||| ||||||||||    
T  24109114 atatttcttttggcatataaatgtaatcagccatgccttcgatgtcataaacaccaa 24109170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 91 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 23690071 - 23689598
Alignment:
Q  91 attcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgat 190  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  23690071 attcttgagcaacacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcttaaagacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgatttcat 23689972  T
Q  191 cataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgca 290  Q
    ||||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23689971 cataacgtgtgcacaagacaacaagttttcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgca 23689872  T
Q  291 caatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctcca 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  23689871 caatacacggaacaagcagcaatcaatgaaggcttgtagtcgcagacaatggaatgatttgtcaagctgagttccgaaaagaaaaacaccatgttctcca 23689772  T
Q  391 tgatcttgtcttcatcggataaaagacacgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggat 490  Q
    |||||||||||||||| ||  ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23689771 tgatcttgtcttcatcagaagaaacacatgcctttacgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgcaggat 23689672  T
Q  491 aagcttctccatttgacatatttcttccggcatataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  23689671 aagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagccatgtactcgacgtggtaaacaccaa 23689598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 91 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 24062308 - 24061835
Alignment:
Q  91 attcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgat 190  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  24062308 attcttgagcaacacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcttaaagacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgatttcat 24062209  T
Q  191 cataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgca 290  Q
    ||||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24062208 cataacgtgtgcacaagacaacaagttttcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggatacctttcaacaacaaaccttgca 24062109  T
Q  291 caatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgcacacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctcca 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  24062108 caatacacggaacaagcagcaatcaatgaaggcttgtagtcgcagacaatggaatgatttgtcaagctgagttccgaaaagaaaaacaccatgttctcca 24062009  T
Q  391 tgatcttgtcttcatcggataaaagacacgcccttatgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggat 490  Q
    |||||||||||||||| ||  ||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24062008 tgatcttgtcttcatcagaagaaacacatgcctttacgtttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgcaggat 24061909  T
Q  491 aagcttctccatttgacatatttcttccggcatataaatataatcagccatgtattcaacgtcgtaaacaccaa 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  24061908 aagcttctccatttgacatatttcttctggcatataaatataatcagccatgtactcgacgtggtaaacaccaa 24061835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 81; Significance: 8e-38; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 234 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 11390934 - 11390762
Alignment:
Q  234 gtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgc 333  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  11390934 gtacatatcttcaaatcattgttccataaaggataccttccaataacaattcttgcacaatacacagcagaagcagcaatcatagaaggtttatagtcac 11390835  T
Q  334 acacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatc 406  Q
    ||||||| || | || ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  11390834 acacaattgaataatgtgtcaagctcagctctgaaaagaaaaacaccatattttccatcatcttgtcttcatc 11390762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 234 - 406
Target Start/End: Original strand, 11419690 - 11419862
Alignment:
Q  234 gtacacatcttcaaatcattgctccaaaagggataccttccaacaacaaaccttgcacaatacacggaacaagcagcaatcattgaaggcttatagtcgc 333  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  11419690 gtacatatcttcaaatcattgttccataaaggataccttccaataacaattcttgcacaatacacagcagaagcagcaatcatagaaggtttatagtcac 11419789  T
Q  334 acacaatggattgatttgtcaagctgagctcagagaagaaaaacaccatgttctccatgatcttgtcttcatc 406  Q
    ||||||| || | || ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  11419790 acacaattgaataatgtgtcaagctcagctctgaaaagaaaaacaccatattttccatcatcttgtcttcatc 11419862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 429 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 11390754 - 11390684
Alignment:
Q  429 tttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctc 499  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||| | |||| ||| || |||||||||||    
T  11390754 tttctaacaaggaacacataaggtgttgtaactgttaaattccaatccagtttttgcagtataagcttctc 11390684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 429 - 499
Target Start/End: Original strand, 11419870 - 11419940
Alignment:
Q  429 tttctaacaagaaaaacataaggtgttggaaccgttaaaatccaaccaagttcttgtaggataagcttctc 499  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||| | |||| ||| || |||||||||||    
T  11419870 tttctaacaaggaacacataaggtgttgtaactgttaaattccaatccagtttttgcagtataagcttctc 11419940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University