View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0063_2D_low_30 (Length: 390)

Name: NF0063_2D_low_30
Description: NF0063_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0063_2D_low_30
NF0063_2D_low_30
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-372)||(5809339-5809705)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (7-349)||(37754793-37755137)
chr7 (7-349)||(37760767-37761111)
chr7 (8-314)||(38605567-38605875)
chr7 (8-310)||(37738980-37739284)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 5809705 - 5809339
Alignment:
Q  7 tatggtgttagtaaaagtgatttactgaatcgagaagctgatgaccttgctgtacgtattgctctgggagaaacacaagtgatttcagaaacaaagaacg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5809705 tatggtgttagtaaaagtgatttactggatcgagaagctgatgatcttgctgtacgtattgctctgggagaaacacaagtgatttcagaaacaaa-aacg 5809607  T
Q  107 catttaaaaaagctggagtgaatgtggaagctttggaggagcttgcgaagggtaaagttgatggcttgaaaagaagtaaccatgtaattttagcgaagaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5809606 catttaaaaaagctggagtgaatgtggaagctttggaggagcttgcgaagggtaaagttgatggcttgaaaagaagtaaccatgtaattttagcgtagaa 5809507  T
Q  207 cttgccttatggtgccaccgaaaatgaacttgcaaagatttttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcgcct--acaaaaacattggccttg 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5809506 cttgccttatggtgccaccgaaaatgaacttgcaaagattttggggaaatttggtagtttggataaaataattctcgcctcgacaaaaacattggccttg 5809407  T
Q  305 gtatttttcctctctccttcttttcatgacatgtctatgtattttctttattttggtgaggtacatat 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5809406 gtatttttcctctctccttcttttcatgacatgtctatgtattttctttattttggtgaggtacatat 5809339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 7 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 37755137 - 37754793
Alignment:
Q  7 tatggtgttagtaaaagtgatttactgaatcgagaagctgatgaccttgctgtacgtattgctctgggagaaacacaagtgatttcagaaacaaagaacg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||||||  ||||  | |||||| | |||| ||||||||||  |||||||| || |    
T  37755137 tatggtgttagtaaaagtgattttcttgatccagaagctgatgatcttgcttcacgtcattctctggcacaaactcaagtgatttttgaaacaaaaaatg 37755038  T
Q  107 catttaaaaaagctggagtgaatgtggaagctttggaggagcttgcgaagggtaaagttgatggcttgaaaagaagtaaccatgtaattttagcgaagaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  37755037 catttaaaaaagctggagtgaatgtggagtctctggaggagcttgtgaattgtaaagttgatggcgtgaaaagaagtaaccatgtacttttagcaaaaaa 37754938  T
Q  207 cttgccttatggtgccaccgaaaatgaacttgcaaagatttttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcgcct--acaaaaacattggccttg 304  Q
     ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||    
T  37754937 tttgccatatggtgctacggaaaatgaacttgcaaagatgtttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcccctcgacaaaaacattggccctg 37754838  T
Q  305 gtatttttcctctctccttcttttcatgacatgtc-tatgtatttt 349  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||  |||| ||||||||||    
T  37754837 gtatttttcc-ctctccttatgttcatgatgtgtcttatgtatttt 37754793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 7 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 37761111 - 37760767
Alignment:
Q  7 tatggtgttagtaaaagtgatttactgaatcgagaagctgatgaccttgctgtacgtattgctctgggagaaacacaagtgatttcagaaacaaagaacg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||||||  ||||  | |||||| | |||| ||||||||||  |||||||| || |    
T  37761111 tatggtgttagtaaaagtgattttcttgatccagaagctgatgatcttgcttcacgtcattctctggcacaaactcaagtgatttttgaaacaaaaaatg 37761012  T
Q  107 catttaaaaaagctggagtgaatgtggaagctttggaggagcttgcgaagggtaaagttgatggcttgaaaagaagtaaccatgtaattttagcgaagaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||    
T  37761011 catttaaaaaagctggagtgaatgtggagtctctggaggagcttgtgaattgtaaagttgatggcgtgaaaagaagtaaccatgtacttttagcaaaaaa 37760912  T
Q  207 cttgccttatggtgccaccgaaaatgaacttgcaaagatttttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcgcct--acaaaaacattggccttg 304  Q
     ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||    
T  37760911 tttgccatatggtgctacggaaaatgaacttgcaaagatgtttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcccctcgacaaaaacattggccctg 37760812  T
Q  305 gtatttttcctctctccttcttttcatgacatgtc-tatgtatttt 349  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||  |||| ||||||||||    
T  37760811 gtatttttcc-ctctccttatgttcatgatgtgtcttatgtatttt 37760767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Original strand, 38605567 - 38605875
Alignment:
Q  8 atggtgttagtaaaagtgatttactgaatcgagaagctgatgaccttgctgtacgtattgctctgggagaaacacaagtgatttcagaaacaaagaacgc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||  |||||| |  | ||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||| || ||    
T  38605567 atggtgttagtaaaagtgatttattgggtccagaagctgatgatgttgctgcaaatgttgctctgggagaaactgatgtgattttagaaacaaaaaatgc 38605666  T
Q  108 atttaaaaaagctggagtgaatgtggaagctttggaggagcttgcgaagggtaaagttgatggcttgaaaagaagtaaccatgtaattttagcgaagaac 207  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||| || ||     
T  38605667 atttaaaaaggctggagtgaatgtggagtctttggaggagcttgcggagggtaaagtttatggcgttaaaagaagtaaccatgtacttttagcaaaaaat 38605766  T
Q  208 ttgccttatggtgccaccgaaaatgaacttgcaaagatttttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcgcct--acaaaaacattggccttgg 305  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||||| |||    
T  38605767 ttgccatatggtgctacggaaaatgaacttgcagagatgtttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcccctcgacaagaacattggccctgg 38605866  T
Q  306 tatttttcc 314  Q
    |||||||||    
T  38605867 tatttttcc 38605875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 37739284 - 37738980
Alignment:
Q  8 atggtgttagtaaaagtgatttactgaatcgagaagctgatgaccttgctgtacg-tattgctctgggagaaacacaagtgatttcagaaacaaagaacg 106  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||  ||||||  ||| |||| |||||| ||||||  | | ||||  ||||||||| || |    
T  37739284 atggtgttagtaaaagtgattttctggatccagaagctgatggtcttgcttcacggtatt-ctctggcagaaactgacgggattaaagaaacaaaaaatg 37739186  T
Q  107 catttaaaaaagctggagtgaatgtggaagctttggaggagcttgcgaagggtaaagttgatggcttgaaaagaagtaaccatgtaattttagcgaagaa 206  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  37739185 catttagaaaagctggagtgaacgtggagtctctggaggagcatgcgaagggtaaagttgatggcaggaaaagaagtaaccatgtacttttagcgaaaaa 37739086  T
Q  207 cttgccttatggtgccaccgaaaatgaacttgcaaagatttttgggaaatttggtagtttggataaaataattctcgcct--acaaaaacattggccttg 304  Q
     ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||| ||    
T  37739085 tttgccatatggtgctacggaaaatgatcttgcaaagatgtttgggaaatttggtagtttggataaaataattctgccctcgacaaaaacattggccctg 37738986  T
Q  305 gtattt 310  Q
    ||||||    
T  37738985 gtattt 37738980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University