View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0063_2D_low_4 (Length: 857)

Name: NF0063_2D_low_4
Description: NF0063_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0063_2D_low_4
NF0063_2D_low_4
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (444-837)||(31150233-31150626)
chr4 (14-371)||(31150704-31151061)
chr4 (496-785)||(31161579-31161868)
chr4 (74-266)||(31162086-31162276)
chr4 (480-805)||(31019717-31020042)
chr4 (470-805)||(31159166-31159501)
chr4 (562-681)||(31476882-31477001)
chr4 (480-803)||(31029600-31029923)
chr4 (473-786)||(31489497-31489810)
chr4 (65-263)||(31489046-31489244)
chr4 (63-255)||(31020316-31020508)
chr4 (63-255)||(31030197-31030389)
chr4 (68-254)||(31496404-31496590)
chr4 (592-686)||(31496865-31496959)
chr4 (18-239)||(31159734-31159955)
chr4 (593-681)||(31502035-31502123)
chr4 (492-684)||(31528447-31528639)
chr4 (497-786)||(31033918-31034207)
chr4 (68-254)||(31501574-31501760)
chr4 (57-263)||(31528969-31529175)
chr4 (162-262)||(31476558-31476658)
chr4 (474-835)||(31482645-31483012)
chr4 (591-686)||(31245022-31245117)
chr4 (68-162)||(31482303-31482397)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (556-683)||(17438730-17438857)
chr2 (66-259)||(17438135-17438328)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (556-685)||(33642504-33642633)
chr6 (556-684)||(31560711-31560839)
chr6 (556-685)||(33059612-33059741)
chr6 (150-259)||(33642147-33642256)
chr6 (556-684)||(33273842-33273970)
chr6 (62-261)||(31566566-31566765)
chr6 (556-683)||(31567030-31567157)
chr6 (556-682)||(9168826-9168952)
chr6 (137-259)||(33306927-33307049)
chr6 (556-805)||(33402540-33402792)
chr6 (556-684)||(33306536-33306664)
chr6 (562-682)||(33390124-33390244)
chr6 (593-684)||(33264699-33264790)
chr6 (593-684)||(33412003-33412094)
chr6 (153-239)||(13608607-13608693)
chr6 (556-685)||(33360128-33360257)
chr6 (68-255)||(33390518-33390705)
chr6 (68-259)||(33403052-33403243)
chr6 (87-259)||(33288016-33288188)
chr6 (66-173)||(33060082-33060189)
chr6 (265-302)||(12781883-12781920)
chr6 (66-115)||(33361083-33361132)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (606-684)||(49-127)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (606-684)||(8810-8888)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (186-239)||(6472955-6473008)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 444 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 31150626 - 31150233
Alignment:
Q  444 tgatttggtgttgttaaataacagaataaaacttgcaggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagt 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150626 tgatttggtgttgttaaataacagaataaaacttgcaggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagt 31150527  T
Q  544 tttctaatcttccaaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtagg 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150526 tttctaatcttccaaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtagg 31150427  T
Q  644 aatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatcta 743  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150426 aatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatcta 31150327  T
Q  744 agcaaaatttatagggatgatggtctaattggtgctcaaaagctaattctgcatcaaactctagttgaagaacaacttcagacatgcaatattt 837  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150326 agcaaaatttatagggatgatggtctaattggtgctcaaaagctaattctgcatcaaactctagttgaagaacaacttcagacatgcaatattt 31150233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 31151061 - 31150704
Alignment:
Q  14 agtttggtgtttgcgagaattggagtgcatacttcaaagctttcaactatctggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31151061 agtttggtgtttgcgagaattggagtgcatacttcaaagctttcaactatctggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtg 31150962  T
Q  114 cgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150961 cgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacac 31150862  T
Q  214 aagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaatcttccttattgatgcacttacatgtgcaaattttaaagctttgctttgacacat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150861 aagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaatcttccttattgatgcacttacatgtgcaaattttaaagctttgctttgacacat 31150762  T
Q  314 aaatttagtaattgatcacgacgtcctcgagaaactatattaattaatcaaaagagag 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31150761 aaatttagtaattgatcacgacgtcctcgagaaactatattaattaatcaaaagagag 31150704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 496 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 31161868 - 31161579
Alignment:
Q  496 agattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaatt 595  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| | |||||  |||||||||||| | | | |||||||||  ||||||  |||||| |||||| |  | | |||||    
T  31161868 agattgaaaagatcgtcgaagaaattatgaatatactgggttacaagtctacaagtcttccaaattatttagctgggatggattctcttacagaagaatt 31161769  T
Q  596 agaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgctactattctatac 695  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |  | ||||||    |||||    
T  31161768 agaaaaacatttacttttggattcggttgatgatgtgcgggttgtaggagtttgtgggatgggtggaatagggaagaaagctatcgctactgcattatac 31161669  T
Q  696 aacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggtctaattggtgctcaaaag 785  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||  |||||||||||    
T  31161668 aacaaaatctttcatcaatttcctgtgctcttccttattgatgatctaagaaaaatttataggcatgatggtccgatcagtgctcaaaag 31161579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 74 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31162276 - 31162086
Alignment:
Q  74 tgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattccaacaa 173  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||| || ||||||||||||||  ||||| |||||||||    ||||||||| ||||||||||||||    
T  31162276 tgttctgcctgttttctatgatgttgatccttatgagatgagatatcaaaaaggaaattatgttgaagcctttttcaaacatgaacaaagattccaacaa 31162177  T
Q  174 aactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaatcttcctt 266  Q
     ||| ||| || |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||  ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  31162176 gactctgagatggtgcaaagatggagggaagctcaaacacaagtcgccaa--tctctggttgggatgtgcgtcataagtaagtaatcttcctt 31162086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 480 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 31020042 - 31019717
Alignment:
Q  480 aggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtcgggatgcatt 579  Q
    ||||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||  | ||||| |||||| |||| |||||   |||||||||| |  |||| || ||| ||     
T  31020042 aggcctcaatatgctgagattaaaaagattgttgaagagatattgaatatattgggtcacaacttttcatctcttccaaaagaactagttggtatgaatc 31019943  T
Q  580 ctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaaccct 679  Q
    ||| | || |  || ||| ||| |  ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  31019942 ctcatatagaaaaagtagtaaatctattacttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactct 31019843  T
Q  680 tgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggtctaattggtgct 779  Q
     ||||||  | ||||     |||||||||||||||||  ||     ||  |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| | |||||||     
T  31019842 ggctactgctttatatggtcaaatctctcatcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatagacatgatggtcaagttggtgca 31019743  T
Q  780 caaaagctaattctgcatcaaactct 805  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||    
T  31019742 caaaagcaaattctacaccaaactct 31019717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 470 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 31159501 - 31159166
Alignment:
Q  470 taaaacttgcaggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtc 569  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    ||||| | |||| |||| |||||   |||||||||| | |||||     
T  31159501 taaaactttcaggcctcaatatgcagagattgaaaagattgttgaagagataacgaatatatcgggtcacaaattttcatgtcttccaaaagaattagtt 31159402  T
Q  570 gggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtaggga 669  Q
    || ||  ||| |||| || |  || ||| ||| |  ||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31159401 ggaataaattatcctatagaaaaagtagcaaatctattacttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaataggga 31159302  T
Q  670 agacaacccttgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggtct 769  Q
    ||||||| ||| |||||  | |||     | ||||||||||| ||||  |||    ||  |||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||     
T  31159301 agacaactcttactactgctttatgtggtagaatctctcatcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatagacatgatggtcc 31159202  T
Q  770 aattggtgctcaaaagctaattctgcatcaaactct 805  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || || ||||||||    
T  31159201 aattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactct 31159166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 562 - 681
Target Start/End: Original strand, 31476882 - 31477001
Alignment:
Q  562 atttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtgg 661  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  ||| ||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  31476882 atttagttgggatggattctcctagacaagaattagaaaagcttttacttttggactctgttgatgatgttcatgttgtaggaatttgtgggatgggtgg 31476981  T
Q  662 agtagggaagacaacccttg 681  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  31476982 aatagggaagacaacccttg 31477001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 480 - 803
Target Start/End: Complemental strand, 31029923 - 31029600
Alignment:
Q  480 aggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtcgggatgcatt 579  Q
    ||||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||  | ||||| |||||| |||| |||||   |||||||||| |  |||| || ||| ||     
T  31029923 aggcctcaatatgctgagattaaaaagattgttgaagagatattgaatatattgggtcacaacttttcatctcttccaaaagaactagttggtatgaatc 31029824  T
Q  580 ctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaaccct 679  Q
    ||| | || |  || ||| ||| |  ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  31029823 ctcatatagaaaaagtagtaaatctattacttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactct 31029724  T
Q  680 tgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggtctaattggtgct 779  Q
      |||||  | ||||     |||||||||||||||||  ||     ||  |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| | |||||||     
T  31029723 gactactgctttatatggtcaaatctctcatcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatagacatgatggtcaagttggtgca 31029624  T
Q  780 caaaagctaattctgcatcaaact 803  Q
    ||||||| |||||| || ||||||    
T  31029623 caaaagcaaattctacaccaaact 31029600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 473 - 786
Target Start/End: Original strand, 31489497 - 31489810
Alignment:
Q  473 aacttgcaggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtcggg 572  Q
    ||||| |||||| ||| ||| ||||||| ||||||| ||||| |||||  | ||||| |||||| |||| | |||   |||||||||| |  |||| ||     
T  31489497 aactttcaggcctcaatatgaagagattaaaaagattgttgacgagatattgaatatattgggtcacaattattcatctcttccaaaagaactagttggt 31489596  T
Q  573 atgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaaga 672  Q
    ||| |||||| | || || || ||| ||| |  ||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31489597 atgaattctcatatagataaagtagcaaatctattacttttggactccattgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaaga 31489696  T
Q  673 caacccttgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggtctaat 772  Q
    |||| || ||||||  | ||||     |||||||||||||||||  ||     ||  |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| | |    
T  31489697 caactctggctactgctttatatggtcaaatctctcatcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatagacatgatggtcaagt 31489796  T
Q  773 tggtgctcaaaagc 786  Q
    |||||| |||||||    
T  31489797 tggtgcacaaaagc 31489810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 65 - 263
Target Start/End: Original strand, 31489046 - 31489244
Alignment:
Q  65 tggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaaga 164  Q
    ||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||| || |||||||||||  ||| | |||||||||  | ||||||||| ||| |    
T  31489046 tggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaaca 31489145  T
Q  165 ttccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaatcttc 263  Q
    ||||||||  ||| | |  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||| || |||||| | ||| ||||||||| |||||||    
T  31489146 ttccaacatgactctcatgtggtacaaagatggagggaagctctgacacaagtggggaatatctcaggctgggatcttcgtgataagtaagcaatcttc 31489244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 31020508 - 31020316
Alignment:
Q  63 tctggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaa 162  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||| || |||||||||||  ||| | |||||||||  | ||||||||| |||    
T  31020508 tctggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaa 31020409  T
Q  163 gattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaag 255  Q
     |||||||||  ||| | |  | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||| | ||| |||||||||    
T  31020408 cattccaacatgactctcatgtggtacaaagttggagggaagctctgacacaagtggggaatatctctggctgggatcttcgtgataagtaag 31020316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 63 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 31030389 - 31030197
Alignment:
Q  63 tctggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaa 162  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||| || |||||||||||  ||| | |||||||||  | ||||||||| |||    
T  31030389 tctggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaa 31030290  T
Q  163 gattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaag 255  Q
     |||||||||  | | | |  | || ||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||| | ||| |||||||||    
T  31030289 cattccaacatgaatctcatgtggtacaaagttggagggaagctctgacacaagtggggaatatctctggctgggatcttcgtgataagtaag 31030197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 68 - 254
Target Start/End: Original strand, 31496404 - 31496590
Alignment:
Q  68 aaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattc 167  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||| || ||   ||||||| | ||||  |||  ||||| |||||| || |  ||||||||| ||||||||    
T  31496404 aaaacatgttctgcctgttttctatgatgttgacccttctatggtgcgaaagcaaagtggaatttatggtgaagcatttgtcaaacatgaacaaagattc 31496503  T
Q  168 caacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaa 254  Q
    |||||| ||| | | || |||||||||||||||||||| || | |||||| ||  |||||||||| |||||| ||| | ||||||||    
T  31496504 caacaagactctcagatggtgcaaagatggagggaagctctaatacaagtcgctgatctctctggttgggatctacatgataagtaa 31496590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 592 - 686
Target Start/End: Original strand, 31496865 - 31496959
Alignment:
Q  592 aattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgctact 686  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  31496865 aattagaaaagcttttacttttggactcggttaatgatggtcgtgtcataggaatttgtgggatgggaggaatagggaagactacccttgctact 31496959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 31159955 - 31159734
Alignment:
Q  18 tggtgtttgcgagaattggagtgcatacttcaaagctttcaactatctggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgat 117  Q
    ||||| |||||||| ||||| | ||| |||||  ||  |||| | |||||||  |||||||| ||| | ||||||||||||||||| || |||||| ||     
T  31159955 tggtgcttgcgagagttggaatacatccttcactgcagtcaagtttctggaactcgtgttctccctattttctatgatgttgatccttctgaggtgagac 31159856  T
Q  118 atcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagt 217  Q
    ||||||| ||| ||||||  |||||| | || ||||| |||||||||||||||||  | |  || || || ||||||||||||| |   || ||||||||    
T  31159855 atcaaaatggaagttatggagaagcccttgccaaacacgaagaaagattccaacatgaatcagagatggtacaaagatggagggcaagtctaacacaagt 31159756  T
Q  218 ggccaatctctctggatgggat 239  Q
     |||||||||||||| ||||||    
T  31159755 cgccaatctctctggttgggat 31159734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 593 - 681
Target Start/End: Original strand, 31502035 - 31502123
Alignment:
Q  593 attagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttg 681  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||| |  | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31502035 attagaaaaacttttactcttggactctgttgatgatgttcaagctgtaggaatctgtgggatgggtggaatagggaagacaacccttg 31502123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 31528639 - 31528447
Alignment:
Q  492 gcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatg 591  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||  || ||| ||||| |  ||||||||  ||||||| |||| ||||||||   || |      
T  31528639 gcagagattaaaaagattgttgaagagatagtaaatatattgaattgcaaattttcaagccttccaaatgatttagttgggacgcattctctcatagaaa 31528540  T
Q  592 aattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
     ||| ||||| | ||||||||||||   | ||||||||||  |  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31528539 gattggaaaagcttttacttttggatgtggttgatgatgttaggattgttggaatttctgggatgggtggagtagggaagacaactcttgcta 31528447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 497 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 31034207 - 31033918
Alignment:
Q  497 gattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaatta 596  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||  |||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||| |||||  |||||| | || | ||||||    
T  31034207 gattgaaaagattgttgaagagataataaatagattgggttaccggttttcaagtcttccaaaagatttagttgggattgattctcttatagaagaatta 31034108  T
Q  597 gaaaaa-catttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgctactattctatac 695  Q
    ||||||   |||||||||||| ||   ||||  | | |  ||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| ||||| || || ||||||  ||| ||     
T  31034107 gaaaaagtgtttacttttggaatcaactgatattatacaggttgtaggaatttatggaatgggaggaataggaaagacgactctagctactgctctttat 31034008  T
Q  696 aacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggtctaattggtgctcaaaagc 786  Q
     ||| ||||||||||||||||  ||  | |||| | || |||||| |||||||| |||||||  |||| ||||  ||||||||||||||||    
T  31034007 gacagaatctctcatcaatttgatgcatgctgcttcatcgatgatataagcaaagtttatagaaatgaaggtc-gattggtgctcaaaagc 31033918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 68 - 254
Target Start/End: Original strand, 31501574 - 31501760
Alignment:
Q  68 aaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattc 167  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  | | ||||||| | ||||  ||   ||||  |||||| || |  ||||||||| ||| ||||    
T  31501574 aaaacatgttctgcctgttttctatgatgttgatcctcccgtggtgcgaaagcaaagtgggatttattgtgaagcatttgtcaaacatgaacaaatattc 31501673  T
Q  168 caacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaa 254  Q
    |||||| ||| | | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||| || ||| ||||| ||||||||    
T  31501674 caacaagactctcagatggtgctaagatggagggaagctctgacacaagtcgccggtctatctggttgcgatctacgtgataagtaa 31501760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 57 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 31529175 - 31528969
Alignment:
Q  57 caactatctggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatg 156  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||  ||  |||||    |||| || ||  ||||||    
T  31529175 caactttctggaaaacgtgttctccctgttttctatgatgttgatccttccgaggtgcgaaagcaaagtgggagttataaaaaagcatttgcccaacatg 31529076  T
Q  157 aagaaagattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagt 256  Q
    | ||||||||| ||||| ||  |||  |  ||||| ||||||||  ||| || || ||||| |||||||| || || |||||| ||||| ||||||||||    
T  31529075 aggaaagattcaaacaagacactgaggtcctgcaaggatggaggacagctctcacgcaagtcgccaatctttcaggttgggatatacgtgataagtaagt 31528976  T
Q  257 aatcttc 263  Q
    | |||||    
T  31528975 attcttc 31528969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 162 - 262
Target Start/End: Original strand, 31476558 - 31476658
Alignment:
Q  162 agattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaatct 261  Q
    |||||| ||||| ||| | |||| |||| | ||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  31476558 agattcaaacaagactctcaaatggtgctacgatggagggcagctctgacacaagtcgccgatctctctggttgggatctacgtgataagtaaataatct 31476657  T
Q  262 t 262  Q
    |    
T  31476658 t 31476658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 474 - 835
Target Start/End: Original strand, 31482645 - 31483012
Alignment:
Q  474 acttgcaggccacaacatgcagagattgaaaagatcgttgaagagattgtaaatatgttgggttacaagttttctaatcttccaaaaaatttagtcggga 573  Q
    |||| ||||||| || ||| |||||||||||  || ||| ||||||| ||  | | ||| |||||||| |||||  ||||||||||  ||||||| || |    
T  31482645 actttcaggccagaaaatgaagagattgaaactattgttaaagagatagtggagacgtttggttacaaattttcatatcttccaaatgatttagttggaa 31482744  T
Q  574 tgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagac 673  Q
    ||| | ||||| || | ||||| |||||    ||||||||||||||  ||||| | ||||  |  || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  31482745 tgcttcctcctatagaagaattggaaaagtgcttacttttggactccgttgataaggtcctggccgttggaatttgtgggatgagtggagttgggaagac 31482844  T
Q  674 aacccttgctactattctat------acaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttatagggatgatggt 767  Q
    ||| |||||| || || |||      |||| |||| ||| | ||||||   ||  | |||  ||||||||||| |||||||||  | |||  || | |||    
T  31482845 aactcttgcttctgttttatattgcaacaagaaaaactcacctcaattcgatgcatgctgttttattgatgatgtaagcaaaaaatttagatattacggt 31482944  T
Q  768 ctaattggtgctcaaaagctaattctgcatcaaactctagttgaagaacaacttcagacatgcaatat 835  Q
    | | ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||| || ||||||    
T  31482945 ccagttggtgcacaaaagcaaattctacatcaaactctaggtgaagaacacattcagatatacaatat 31483012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 591 - 686
Target Start/End: Original strand, 31245022 - 31245117
Alignment:
Q  591 gaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgctact 686  Q
    ||||||||||| | |||  || |||||||   ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  31245022 gaattagaaaagcttttgattatggactcagatgatgatgttcgagtggtagggatttgtggaatgggtggaatagggaagactactcttgctact 31245117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 68 - 162
Target Start/End: Original strand, 31482303 - 31482397
Alignment:
Q  68 aaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaa 162  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||| | ||||  ||  |||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  31482303 aaaacgtgttcggactgttttctatgatgtcaatccatctgaggtacgaaagcaaagtgggagttatgctaaagcctttgccaaacatgaagaaa 31482397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 556 - 683
Target Start/End: Original strand, 17438730 - 17438857
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||| | || | | |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |||| | |||||||||| |||||    
T  17438730 caaaagatttagttgggataaattctcgtatagaagcattaaaaaatcatttacttttggactcggttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggat 17438829  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgct 683  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  17438830 gggaggaatagggaagacaacccttgct 17438857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 259
Target Start/End: Original strand, 17438135 - 17438328
Alignment:
Q  66 ggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagat 165  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||  ||   ||||  |||||| || |  ||||||||| ||||||    
T  17438135 ggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgggatttatcatgaagcttttgtcaaacatgaacaaagat 17438234  T
Q  166 tccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaat 259  Q
    |||||||| || || | |  |||  ||||||||||||||| || |  |||||||  | | || |||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  17438235 tccaacaagaccttcagaaggtgtcaagatggagggaagctctaaagcaagtggggagtatcgctggttgggatctacgtgataagtaagtaat 17438328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 50; Significance: 4e-19; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 556 - 685
Target Start/End: Original strand, 33642504 - 33642633
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| || | | |||| |||| ||||| |||||||||||  |||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  33642504 caaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaat 33642603  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgctac 685  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  33642604 gggaggaatagggaagacaacccttgctac 33642633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 556 - 684
Target Start/End: Original strand, 31560711 - 31560839
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| || | | |||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  31560711 caaaagatttagttgggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgttcgtgttataggaatttgtggaat 31560810  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  31560811 gggaggaatagggaagacagcccttgcta 31560839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 556 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 33059741 - 33059612
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| |||| | |||| |||| ||||| |||||| ||||  |||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  33059741 caaaagatttagttgggattgattctcctatacaagcattacaaaatcatttgcttttgaactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaat 33059642  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgctac 685  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  33059641 gggaggaatagggaaaacaacccttgctac 33059612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 150 - 259
Target Start/End: Original strand, 33642147 - 33642256
Alignment:
Q  150 aaacatgaagaaagattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttata 249  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||  ||||||||||||||| || | ||||||||  | | ||||||| |||||| ||||| |||    
T  33642147 aaacatgaacaaagattccaacaagactttcaaatggtgtcaagatggagggaagctctaaaacaagtggggagtatctctggttgggatctacgtgata 33642246  T
Q  250 agtaagtaat 259  Q
    ||||||||||    
T  33642247 agtaagtaat 33642256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 556 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 33273970 - 33273842
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||| | || | | |||| |||| |||||||||||||||||| ||||   ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  33273970 caaaagatttagttgggatagattctcgtttagacggattacaaaatcatttacttttggactcggttgacagtgttcgtgctataggaatttgtggaat 33273871  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  33273870 gggaggaatagggaagacaacccttgcta 33273842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 261
Target Start/End: Original strand, 31566566 - 31566765
Alignment:
Q  62 atctggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaa 161  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| | ||||  ||   |||| ||||||| || || ||||||||| ||    
T  31566566 atctgaaaaacatgttcttcttgttttctatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaa 31566665  T
Q  162 agattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaatct 261  Q
    ||||||| |||| ||| | | || |||  ||||||||| ||||| || | ||||||||| | | ||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  31566666 agattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggagagaagctctaaaacaagtggcgagtatctttggttgggatctacgtgataagtaagtaatct 31566765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 556 - 683
Target Start/End: Original strand, 31567030 - 31567157
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| || | |  ||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  31567030 caaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcgttacaaaatcatttgcttttggactcgattgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaat 31567129  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgct 683  Q
    ||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  31567130 ggggggaatagggaagacagcccttgct 31567157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 556 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 9168952 - 9168826
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| || | | |||| |||| ||||| |||||||||||  |||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  9168952 caaaagatttagttgggattaattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcaattgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaat 9168853  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgc 682  Q
    ||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  9168852 gggaggaatagggaagacaactcttgc 9168826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 137 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 33307049 - 33306927
Alignment:
Q  137 tgaagccttagctaaacatgaagaaagattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgg 236  Q
    ||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |||  ||||||||||||||| || | ||| ||||  | | ||||||| |||    
T  33307049 tgaagcctttgtcaaacatgaacaaagattccaacaagactttgagatggtgtcaagatggagggaagctctaaaacatgtggggagtatctctggttgg 33306950  T
Q  237 gatgtacgttataagtaagtaat 259  Q
    ||| ||||| |||||||||||||    
T  33306949 gatctacgtgataagtaagtaat 33306927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 556 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 33402792 - 33402540
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| || | | |||| |||| |||||  ||||||||| | |||||| ||| |||| | || |||||||||| ||    
T  33402792 caaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcattaaaaaatcatttggttttggacttggttgatggtgttcgtgctataagaatttgtggaat 33402693  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgctactattctatacaacaaaatctctcatcaatttcctgtgttctgccttattgatgatctaagcaaaatttat 755  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||  | | ||||   | |||||||||||| ||||  ||  | |||  | ||||||||| ||||||||||||||    
T  33402692 gggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaaatctctcatcgatttagtgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttat 33402593  T
Q  756 ag---ggatgatggtctaattggtgctcaaaagctaattctgcatcaaactct 805  Q
    ||     ||||||| | ||||| ||| ||||||| ||| || |||||||||||    
T  33402592 agattatatgatggcccaattgatgcacaaaagcaaatcctacatcaaactct 33402540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 556 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 33306664 - 33306536
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| || | | |||| |||| ||||| |||||||||||| |||||  |||  ||| | ||||||||| ||| ||    
T  33306664 caaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcattaaaaaatcatttgcttttggactcggttgattgtgtttgtgctataggaatttctggaat 33306565  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  33306564 gggaggaatagggaagacaacccttgcta 33306536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 562 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 33390244 - 33390124
Alignment:
Q  562 atttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtgg 661  Q
    ||||||| |||||  |||||||| || | | |||| |||| ||||| |||||||||||  |||||| ||| | || | ||||||||||||| ||||| ||    
T  33390244 atttagtagggattgattctcctatagaagcattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcatgctataggaatttgtggaatgggagg 33390145  T
Q  662 agtagggaagacaacccttgc 682  Q
    | |||||||||||||||||||    
T  33390144 aatagggaagacaacccttgc 33390124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 593 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 33264790 - 33264699
Alignment:
Q  593 attagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||  | |||||| ||| |||| | |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  33264790 attacaaaatcatttccttttggacatggttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgcta 33264699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 593 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 33412094 - 33412003
Alignment:
Q  593 attagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| |||  ||| | | ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  33412094 attacaaaatcatttacttttggactcggttgatggtgtttgtgctattggaatttgtggaatgggcggaataggaaagacaacccttgcta 33412003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 239
Target Start/End: Original strand, 13608607 - 13608693
Alignment:
Q  153 catgaagaaagattccaacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggat 239  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| ||    |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  13608607 catgaagaaagattcaaagaaaacttagaggaagtgcaaagatggaggggagccctaacacaagtagccaatctctctggttgggat 13608693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 556 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 33360257 - 33360128
Alignment:
Q  556 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 655  Q
    ||||| ||||||| | |||  |||||||| |||| | |||| |||| ||||| |||||| ||||| |||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  33360257 caaaagatttagttgagattgattctcctatacaagcattacaaaatcatttgcttttgaactcggttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaat 33360158  T
Q  656 gggtggagtagggaagacaacccttgctac 685  Q
     || ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  33360157 tggaggaattgggaaaacaacccttgctac 33360128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 68 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 33390705 - 33390518
Alignment:
Q  68 aaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattc 167  Q
    ||||| |||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||| | ||||  |||  ||||| | |||| || |  ||||||||| ||||||||    
T  33390705 aaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaatttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattc 33390606  T
Q  168 caacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaag 255  Q
    |||||||||| | | || |||  ||||||||| ||||| || | ||||||||  | | ||||||| |||||| || || |||||||||    
T  33390605 caacaaaactctcagatggtgtcaagatggagagaagctctaaaacaagtggggagtatctctggttgggatctatgtgataagtaag 33390518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 68 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 33403243 - 33403052
Alignment:
Q  68 aaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattc 167  Q
    ||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| | ||||  ||   ||||  ||||||||| |  || |||||| ||||||||    
T  33403243 aaaacatgttattcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggtatttattgtgaagcctttgtcaagcatgaaaaaagattc 33403144  T
Q  168 caacaaaactttgaaattgtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaat 259  Q
    ||||||  |||||| || |||  ||||||||||||||| || | ||||||||  | | | ||||| |||||| || || |||||||||||||    
T  33403143 caacaaggctttgagatggtgtcaagatggagggaagctctaaaacaagtggggagtatatctggttgggatctatgtgataagtaagtaat 33403052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 87 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 33288188 - 33288016
Alignment:
Q  87 ttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagattccaacaaaactttgaaattg 186  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||  ||   ||||| |||||||||  | | ||||||| ||| |||||||||| ||| | | || |    
T  33288188 ttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgggatttatggtgaagcctttaccatacatgaacaaacattccaacaagactctcagatgg 33288089  T
Q  187 tgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggatgtacgttataagtaagtaat 259  Q
    ||  ||||||||||||||| || | ||||||||  | | || |||| |||||| || || |||||||||||||    
T  33288088 tgtcaagatggagggaagccctaaaacaagtggggagtatcgctggttgggatctatgtgataagtaagtaat 33288016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 33060189 - 33060082
Alignment:
Q  66 ggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcgatatcaaaaaggatgttatgctgaagccttagctaaacatgaagaaagat 165  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  | ||||  |||  ||||  |||||| || |  ||||||||| ||||||    
T  33060189 ggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcggaagcaaagtggaatttatagtgaagcttttgtcaaacatgaacaaagat 33060090  T
Q  166 tccaacaa 173  Q
    ||||||||    
T  33060089 tccaacaa 33060082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 12781920 - 12781883
Alignment:
Q  265 ttattgatgcacttacatgtgcaaattttaaagctttg 302  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12781920 ttattgatgcaattacttgtgcaaattttaaagctttg 12781883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 33361132 - 33361083
Alignment:
Q  66 ggaaaacgtgttctgcctgtgttctatgatgttgatccatcagaggtgcg 115  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  33361132 ggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcg 33361083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 606 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 127 - 49
Alignment:
Q  606 ttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
    ||||||||| | ||| |||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  127 ttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgcta 49  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 606 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 8888 - 8810
Alignment:
Q  606 ttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggatgggtggagtagggaagacaacccttgcta 684  Q
    ||||||||| | ||| |||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  8888 ttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgcta 8810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 186 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 6473008 - 6472955
Alignment:
Q  186 gtgcaaagatggagggaagcactgacacaagtggccaatctctctggatgggat 239  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  6473008 gtgcaaagatggaggggagccctaacacaagtagccaatctctctggttgggat 6472955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University