View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0063_2D_low_8 (Length: 715)

Name: NF0063_2D_low_8
Description: NF0063_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0063_2D_low_8
NF0063_2D_low_8
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (19-698)||(47333048-47333732)
chr1 (231-290)||(47301704-47301763)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (231-421)||(17841841-17842031)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 698
Target Start/End: Original strand, 47333048 - 47333732
Alignment:
Q  19 aatacggtgattttgaccgtttttacattggtggtgatacttcaggtgcaaatattgcacataatgcacttcttcgtgttggtaatggtgttgaaacttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47333048 aatacggtgattttgaccgtttttacattggtggtgatacttcaggtgcaaatattgcacataatgcacttcttcgtgttggtaatggtgttgaaacttt 47333147  T
Q  119 acctggtgatgtgaaaattagaggagcattacttgcttttcctttgttttggagttcgaagccgattttgtcagaatcagttgaagggcatgaacaaagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47333148 acctggtgatgtgaaaattagaggagcattacttgcttttcctttgttttggagttcgaagccggttttgtcagaatcagttgaagggcatgaacaaagt 47333247  T
Q  219 tcacctatgaaagtttggaattttgtgtatcctgatgcacctggtgggattgataaccctttgatcaatcctttggctattgatgctccaagtttggata 318  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47333248 tcacctatgaaagtatggaattttgtgtatcctgatgcacctggtgggattgataaccctttgatcaatcctttggctattgatgctccaagtttggata 47333347  T
Q  319 ttattggttgtcctaagatattgatttttgttgctgggaatgatgatttaagagacagagggatttggtactatgatgctgttaagaaaagtggttggaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47333348 ttattggttgtcctaagatattgatttttgttgctgggaatgatgatttaagagacagagggatttggtactatgatgctgttaagaaaagtggttggaa 47333447  T
Q  419 aggtgatgtggaacttgttcatgttgaaggtgaagaacattgttttcagatttatcatcctgaaactcagaattctattgatatggtcaaacgtattgct 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47333448 aggtgatgtggaacttgttcatgttgaaggtgaagaacattgttttcagatttatcatcctgaaactcagagttctattgatatggtcaaacgtattgct 47333547  T
Q  519 tcttttcttgtttgatttgaagagggtcattaggtaattttattgttgatttttgtaataaattggagatggggttgctgaattcatgatcaattttaat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47333548 tcttttcttgtttgatttgaagagggtcattaggtaattttattgttgatttttgtaataaattggagatggggttgctgaattcatgatcaattttaat 47333647  T
Q  619 tatcctgttttgtttat---ggatattcaattcaatgaa--tcatatttttcttttatactgcaatcacgacaatcatgatattg 698  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47333648 tatcctgttttgtttatatgggatattcaattcaatgaatttcatatttgtcttttatactgcaatcacgacaatcatgatattg 47333732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 231 - 290
Target Start/End: Original strand, 47301704 - 47301763
Alignment:
Q  231 gtttggaattttgtgtatcctgatgcacctggtgggattgataaccctttgatcaatcct 290  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  47301704 gtttggaattttgtgtatccttcagcacccggtgggattgataatcctatgattaatcct 47301763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 231 - 421
Target Start/End: Original strand, 17841841 - 17842031
Alignment:
Q  231 gtttggaattttgtgtatcctgatgcacctggtgggattgataaccctttgatcaatcctttggctattgatgctccaagtttggatattattggttgtc 330  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||| ||| ||| |  || || |||||||||    ||||||||     
T  17841841 gtttggaattttgtgtatccttcagcaccttgtgggattgataatcctatgattaatcctgtgggtataggggcacctagtttggatggacttggttgtg 17841940  T
Q  331 ctaagat-attgatttttgttgctgggaatgatgatttaagagacagagggatttggtactatgatgctgttaagaaaagtggttggaaagg 421  Q
     || ||| |||| ||| |||||||||||| ||||  ||||| || |||||| ||||||| |||||   ||| ||||| ||||||||||||||    
T  17841941 ataggatgattg-tttgtgttgctgggaaagatggattaagggagagaggggtttggtattatgagcttgtgaagaagagtggttggaaagg 17842031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University