View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0070-INSERTION-1 (Length: 624)

Name: NF0070-INSERTION-1
Description: NF0070
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0070-INSERTION-1
NF0070-INSERTION-1
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (64-606)||(37705094-37705636)
chr5 (286-488)||(37437914-37438116)
chr5 (81-280)||(37438187-37438386)
chr5 (288-395)||(37700646-37700753)
chr5 (8-67)||(37704400-37704459)
chr5 (86-276)||(37700838-37701026)
chr5 (8-64)||(37437469-37437525)
chr5 (8-67)||(37698582-37698641)
chr5 (507-584)||(1629760-1629837)
chr5 (490-606)||(1629683-1629799)
chr5 (490-606)||(29532047-29532161)
chr5 (563-604)||(2143379-2143420)
chr5 (511-596)||(30384213-30384297)
chr5 (511-606)||(13953522-13953616)
chr5 (509-596)||(37704830-37704917)
chr5 (542-605)||(41232901-41232964)
chr5 (510-606)||(38458805-38458899)
chr5 (490-586)||(29531855-29531950)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (117-280)||(16840376-16840535)
chr4 (296-469)||(16840622-16840796)
chr4 (78-193)||(16840263-16840378)
chr4 (492-606)||(22519807-22519921)
chr4 (511-600)||(48194394-48194483)
chr4 (492-584)||(33617920-33618010)
chr4 (511-599)||(22889586-22889674)
chr4 (511-599)||(22941250-22941338)
chr4 (22-57)||(16841203-16841238)
chr4 (511-586)||(53769786-53769861)
chr4 (490-596)||(2323266-2323372)
chr4 (505-579)||(42676809-42676883)
chr4 (513-596)||(34013780-34013861)
chr4 (516-591)||(22519373-22519448)
chr4 (510-605)||(34717567-34717660)
chr4 (555-606)||(40070309-40070360)
chr4 (511-600)||(20141745-20141835)
chr4 (542-596)||(31095078-31095131)
chr4 (511-596)||(31095291-31095377)
chr4 (565-606)||(22519313-22519354)
chr4 (542-603)||(48194179-48194239)
chr4 (507-579)||(22519774-22519846)
chr4 (511-591)||(31095106-31095186)
chr4 (532-596)||(55368780-55368844)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (492-606)||(41331325-41331439)
chr7 (510-603)||(30551947-30552040)
chr7 (510-603)||(6589558-6589651)
chr7 (507-586)||(12422044-12422123)
chr7 (490-597)||(32804629-32804736)
chr7 (511-599)||(1532197-1532285)
chr7 (492-606)||(18128518-18128632)
chr7 (511-606)||(28003341-28003434)
chr7 (511-604)||(5755594-5755685)
chr7 (500-600)||(20389633-20389734)
chr7 (490-594)||(12422352-12422455)
chr7 (490-597)||(21921059-21921164)
chr7 (525-590)||(32918529-32918595)
chr7 (542-603)||(1532441-1532501)
chr7 (510-586)||(6586862-6586938)
chr7 (404-439)||(21595127-21595162)
chr7 (512-591)||(48447283-48447362)
chr7 (548-605)||(5762696-5762753)
chr7 (511-584)||(21921012-21921085)
chr7 (492-596)||(45477966-45478070)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (490-606)||(3888-4003)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (511-597)||(2277209-2277295)
chr8 (510-590)||(27532989-27533069)
chr8 (527-606)||(37064689-37064768)
chr8 (492-594)||(15907689-15907790)
chr8 (492-606)||(15907944-15908058)
chr8 (492-574)||(12807666-12807748)
chr8 (507-603)||(32566875-32566969)
chr8 (509-597)||(2967707-2967794)
chr8 (511-606)||(3806998-3807091)
chr8 (527-597)||(45445141-45445210)
chr8 (488-580)||(41123-41216)
chr8 (539-584)||(32566724-32566769)
chr8 (514-590)||(3806856-3806932)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (492-606)||(8198646-8198759)
chr2 (492-606)||(8203406-8203519)
chr2 (492-575)||(45385838-45385921)
chr2 (511-606)||(4558912-4559007)
chr2 (492-606)||(4923428-4923542)
chr2 (404-471)||(8265959-8266027)
chr2 (511-606)||(42053964-42054059)
chr2 (511-600)||(3289442-3289531)
chr2 (494-560)||(4558680-4558745)
chr2 (511-569)||(8198419-8198477)
chr2 (542-584)||(8198608-8198650)
chr2 (511-569)||(8203179-8203237)
chr2 (542-584)||(8203368-8203410)
chr2 (490-565)||(32546464-32546538)
chr2 (544-604)||(28358958-28359018)
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (510-603)||(16554303-16554396)
chr1 (511-600)||(18470189-18470279)
chr1 (511-606)||(802251-802346)
chr1 (492-599)||(12656368-12656474)
chr1 (511-597)||(16026108-16026194)
chr1 (511-606)||(46530163-46530258)
chr1 (511-600)||(363615-363705)
chr1 (512-606)||(47726600-47726693)
chr1 (512-606)||(47747906-47747999)
chr1 (542-599)||(48130213-48130268)
chr1 (505-594)||(48130428-48130516)
chr1 (492-591)||(363806-363906)
chr1 (490-597)||(11016967-11017075)
chr1 (527-606)||(26706353-26706432)
chr1 (492-594)||(46530411-46530517)
chr1 (404-470)||(2125101-2125168)
chr1 (542-603)||(16026346-16026406)
chr1 (542-599)||(18470439-18470495)
chr1 (490-606)||(23808083-23808199)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (492-603)||(12458392-12458504)
chr6 (511-606)||(33547750-33547846)
chr6 (505-606)||(16419591-16419695)
chr6 (510-606)||(10544282-10544376)
chr6 (542-598)||(7202300-7202356)
chr6 (509-606)||(31314513-31314609)
chr6 (511-584)||(196063-196135)
chr6 (511-584)||(16419660-16419732)
chr6 (565-606)||(33547744-33547785)
chr6 (511-591)||(33547811-33547890)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (511-600)||(51265894-51265984)
chr3 (510-606)||(44291413-44291509)
chr3 (492-596)||(48200367-48200471)
chr3 (542-598)||(44291025-44291081)
chr3 (492-586)||(33291582-33291676)
chr3 (542-603)||(51265679-51265739)
chr3 (492-593)||(1662257-1662357)
chr3 (570-606)||(9343215-9343251)
chr3 (492-584)||(14747077-14747167)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 37705636 - 37705094
Alignment:
Q  64 aattcacaacaagtttgattaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37705636 aattcacaacaagtttgattaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacaacttaactagatgtcgtgagtttg 37705537  T
Q  164 aatctagttctaagaatgcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccactta 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705536 aatctagttctaagaatgcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccactta 37705437  T
Q  264 gtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatac 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37705436 gtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtatcgatatccgatggcatctgatac 37705337  T
Q  364 tttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccat 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705336 tttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccat 37705237  T
Q  464 acaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccact 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  37705236 acaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagatttttacgtaccact 37705137  T
Q  564 taggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705136 taggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37705094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 286 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  286 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 385  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  386 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 485  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  486 aaa 488  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 81 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 37438386 - 37438187
Alignment:
Q  81 attaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaagaat 180  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||| |||| |||  |||||||||||||||||||| |  |||  ||||    
T  37438386 attaaaacaacataaaataacccaagattagttgggtaagatgaaagtgacctcttccagcctaatcagatgtcgtgagtttgaatccaactctgggaat 37438287  T
Q  181 gcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaa 280  Q
    | || |||||||||| ||||| ||||||||||||  |  ||  ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||    
T  37438286 gtaacaatgttaaatctcatgtgggagaatgtaaaattattattagctcgcactgaacatacaccaatcaagtcaccgtcttagtcgcaaatataggaaa 37438187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 288 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  288 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 387  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  388 attttctt 395  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 37704459 - 37704400
Alignment:
Q  8 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704459 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 37704400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 37701026 - 37700838
Alignment:
Q  86 aacaacggaaaataacccaa-gattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaagaatgcaa 184  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||  |||| |  ||||||||    
T  37701026 aacaagggaaaataacccaaagattatttgagtaagatgaaagtgatatcttccagcttaaccggatgtcgtgagtttgaattcagttatgggaatgcaa 37700927  T
Q  185 taatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataa 276  Q
      ||||||||| | ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  ||    |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  37700926 ccatgttaaattttatgggggagaatgtaaaattatttgtagctcgttct---taaacatcaatcaagtcaccatcttaatcgtaaatataa 37700838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 8 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 37437525 - 37437469
Alignment:
Q  8 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatca 64  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37437525 tttggtccttgccccttagtttcaagttatgtttcctatataaatagaggctaatca 37437469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 37698641 - 37698582
Alignment:
Q  8 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 67  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37698641 tttggtcctttccccgtagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 37698582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 507 - 584
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 490 - 606
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  590 acaagttggtcctttaa 606  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 490 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  590 acaagttggtcctttaa 606  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 563 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  563 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 604  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 596
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 596  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953522
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaa 13953522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 509 - 596
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  509 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 596  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 542 - 605
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 605  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 510 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 490 - 586
Target Start/End: Original strand, 29531855 - 29531950
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||||||  | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| |||| || ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  29531855 gttaaattacatgagatgtcatttaagttatttaattgtaataaattagtcctttaagtttttt-cgtatcatttacgtcatttaagttatttaatt 29531950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Original strand, 16840376 - 16840535
Alignment:
Q  117 taagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaagaatgcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatt 216  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||      
T  16840376 taagatgaaagtgatctcttccagcttaaccagatgccgtgagtttgaatccggttctgagaatgcaacaatgttaaatgtcacgggggagaatgtaaaa 16840475  T
Q  217 tgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaa 280  Q
    |  |||||||||    | ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  16840476 ttatttgtagct----ccgaacaaacatcaatcaagtcatcgtcttagtcgtaaatataagaaa 16840535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 296 - 469
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  296 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 394  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  395 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 469  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 78 - 193
Target Start/End: Original strand, 16840263 - 16840378
Alignment:
Q  78 ttgattaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaag 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |  |    
T  16840263 ttgattaaaacaacggaaaataacccatgattacttgggtaagatgaaagtgatctcttccagcttaaccagatgtcgtgagtttgaatccggttatggg 16840362  T
Q  178 aatgcaataatgttaa 193  Q
    ||||||| ||||||||    
T  16840363 aatgcaacaatgttaa 16840378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 492 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  591 caagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 511 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 600  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 492 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 599
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 599  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 599
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 599  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 57
Target Start/End: Original strand, 16841203 - 16841238
Alignment:
Q  22 cttagtttcaggttatgtttcctatataaatagagg 57  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16841203 cttagtttcaggttatgtttcctatataaatagagg 16841238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 490 - 596
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  590 acaagtt 596  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 505 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  505 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 579  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 513 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  513 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 596  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 516 - 591
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  516 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 510 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 605  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 555 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  555 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 600
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141835
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 600  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc 20141835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 542 - 596
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 596  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095291
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 596  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagtt 31095291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 565 - 606
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  565 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 542 - 603
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 507 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 22519846 - 22519774
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 579  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| || |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||| |||||||||    
T  22519846 gtcttttaagttaattaattataacaagttgatcctttaagttttttctgtatcaattaggtcatttaagtta 22519774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 591
Target Start/End: Original strand, 31095106 - 31095186
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||||||||| || ||| || || ||||||||||| || |  ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  31095106 tttaagttatttaattataacaagttaatcatttaagtattgtttgtaacacttaggttctttaagttatttaattgtaac 31095186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 532 - 596
Target Start/End: Original strand, 55368780 - 55368844
Alignment:
Q  532 aaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 596  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||| ||| ||| || ||| |||||    
T  55368780 aaattgatcatttaagtttttttcgtaccatttatatcctttaaattatttatttgtaataagtt 55368844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 492 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331325
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  592 aagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||| ||||||    
T  41331339 aagttggttctttaa 41331325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 510 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 510 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 507 - 586
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 490 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  590 acaagttg 597  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 511 - 599
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 599  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128518
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  591 caagttggtcctttaa 606  Q
     |||||||| ||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaa 18128518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 604
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 604  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 600
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389734
Alignment:
Q  500 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 598  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  599 tc 600  Q
    ||    
T  20389733 tc 20389734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 490 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  590 acaag 594  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 490 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21921059
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  590 acaagttg 597  Q
    ||||||||    
T  21921066 acaagttg 21921059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 525 - 590
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  525 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 542 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 510 - 586
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 439
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  404 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 439  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 591
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  512 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 548 - 605
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  548 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 605  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 21921085 - 21921012
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||| |||  ||||| || ||| | ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  21921085 tttaagttaattaactgtaacaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaa 21921012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 492 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 45478070 - 45477966
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||  |  |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |  ||||||   || |||||||| ||| ||||||||| | || ||||    
T  45478070 taaattacacctcatatcttttaaattatttaattgtaataaattgatcattaattttttttttttatcacttaggccctataagttaataagttgtaac 45477971  T
Q  592 aagtt 596  Q
    |||||    
T  45477970 aagtt 45477966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 490 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3888
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  590 acaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaa 3888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 511 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 597  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 510 - 590
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 527 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  527 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 492 - 594
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  592 aag 594  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 492 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  592 aagttggtcctttaa 606  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 492 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 574  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 507 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 509 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  509 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 597  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 527 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  527 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 597  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  488 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 580  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 584
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  539 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 514 - 590
Target Start/End: Original strand, 3806856 - 3806932
Alignment:
Q  514 aagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    ||||||||||  ||||| || ||  |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3806856 aagttatttaactgtaacaagttagtcatttaagtatttttcgtagcacttaggtccttttaattatttaattataa 3806932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 492 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198646
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  592 aagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||| |||||||    
T  8198660 aagttggccctttaa 8198646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 492 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203406
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  592 aagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||| |||||||    
T  8203420 aagttggccctttaa 8203406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 575
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 575  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558912
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaa 4558912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 492 - 606
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  592 aagttggtcctttaa 606  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 471
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  404 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 471  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 600  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 494 - 560
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  494 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 560  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 569
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 569  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 542 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 8198650 - 8198608
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8198650 tttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaa 8198608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 569
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 569  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 542 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 8203410 - 8203368
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8203410 tttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaa 8203368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 490 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 565  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 544 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 28359018 - 28358958
Alignment:
Q  544 taagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 604  Q
    |||||||| | |||| || |||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  28359018 taagttttgttcgtatcaattagttcctttaagttaattaaatgtaacaggttggtccttt 28358958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 510 - 603
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 511 - 600
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 600  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 492 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  592 aagttggt 599  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 597
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 597  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 600
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363705
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 600  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc 363705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 512 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726600
Alignment:
Q  512 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||    
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaa 47726600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 512 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747906
Alignment:
Q  512 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||    
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaa 47747906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 542 - 599
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 599  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 505 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  505 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 594  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 492 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  591 c 591  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 490 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016967
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 588  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  589 aacaagttg 597  Q
    |||||||||    
T  11016975 aacaagttg 11016967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 527 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  527 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 492 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 587  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  588 taacaag 594  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  404 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 542 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 542 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 599  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 490 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 23808199 - 23808083
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    ||||||||||| || |  ||||||||||| |||| |||||| |||||  || ||| |||||||  | || || |||||||  |||||||| |||||| ||    
T  23808199 gttaaattacatcaaagatcttttaagttgtttaattgtaataaattattctttttagtttttctcatatcagttaggtctattaagttatttaattgta 23808100  T
Q  590 acaagttggtcctttaa 606  Q
    | ||||||||| |||||    
T  23808099 ataagttggtcatttaa 23808083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  591 caagttggtcctt 603  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 511 - 606
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547846
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaa 33547846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 505 - 606
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419695
Alignment:
Q  505 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 601  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  602 tttaa 606  Q
    |||||    
T  16419691 tttaa 16419695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 510 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 542 - 598
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 598  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 509 - 606
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  509 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Original strand, 16419660 - 16419732
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| ||||    
T  16419660 tttaagttaattaattgtaacaagttggtcatttaagtttttt-cgtaccaatttgatcctttaagttatttaa 16419732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 565 - 606
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  565 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 591
Target Start/End: Original strand, 33547811 - 33547890
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||  || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  33547811 tttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtttttt-cataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaac 33547890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 511 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265894
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 600  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtc 51265894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 510 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 492 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  592 aagtt 596  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 542 - 598
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291081
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 598  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttgg 44291081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 33291676 - 33291582
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||  |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  33291676 taaattacaacataagtcctttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaaactttttttataccacttatgtcatttaagttaattaatt 33291582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 542 - 603
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 603  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  592 aa 593  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 570 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 9343251 - 9343215
Alignment:
Q  570 ctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 606  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  9343251 ctttaagttatttaattataataagttggtcctttaa 9343215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 492 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 14747167 - 14747077
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  14747167 taaattacacaaaaagtcttttaatttatttaattgtaacaatttgat-ttttaagtttttt-tttaccacttaggtcatttatgttatttaa 14747077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 728 times since January 2019
Visitors: 1282