View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0075-INSERTION-11 (Length: 745)

Name: NF0075-INSERTION-11
Description: NF0075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0075-INSERTION-11
NF0075-INSERTION-11
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-740)||(14579579-14580311)
chr8 (8-740)||(14543276-14544008)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-708)||(34262787-34263490)
chr5 (8-740)||(35621708-35622440)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (17-213)||(37577509-37577694)
chr4 (475-732)||(10404291-10404548)
chr4 (146-361)||(10404650-10404865)
chr4 (476-740)||(10378294-10378558)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 740
Target Start/End: Original strand, 14579579 - 14580311
Alignment:
Q  8 gtacaagcaccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacatcacacaacaaattccacctaaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14579579 gtacaagcaccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacatcacacaacaaattccacctaaga 14579678  T
Q  108 tagaaaacacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgtggctacacaggaaggtaattccattgaagcactaaaaaccacagccaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14579679 tagaaaacacaagaattgaaggttttcttctaaggttttccaagaaatatgttgctacacaggaaggtaattccattgaagcactaaaaaccacagccaa 14579778  T
Q  208 gtaaatgttgaatcctaaatttccaacagctagtggcataccgaaataaaccattccaagtccaattccaagaatcataacagctatcattcttataaca 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14579779 gtaaatgttgaatcctaaatttccaacagctagtggcataccaaaataaaccattccaagtccaattccaagaatcataacagctatcattcttataaca 14579878  T
Q  308 gcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaagttaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14579879 gcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagttttggtaaattcgaagctaagttaa 14579978  T
Q  408 cgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgactcggt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14579979 cgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgactcggt 14580078  T
Q  508 aacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaaacca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14580079 aacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccaagaagagtttcggttaatataagcaaaacca 14580178  T
Q  608 ggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaagaacac 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14580179 ggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcagttagcaaaacaagaacac 14580278  T
Q  708 atgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatca 740  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  14580279 atgtaccaatagacgaacgccagaaaccaatca 14580311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 14544008 - 14543276
Alignment:
Q  8 gtacaagcaccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacatcacacaacaaattccacctaaga 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14544008 gtacaagctccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacttcacacaacaaattccacctaaga 14543909  T
Q  108 tagaaaacacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgtggctacacaggaaggtaattccattgaagcactaaaaaccacagccaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14543908 tagaaaacacaagaattgaaggttttcttctaaggttttccaagaaatatgttgctacacatgaaggtaattccattgaagcactaaaaaccactgccaa 14543809  T
Q  208 gtaaatgttgaatcctaaatttccaacagctagtggcataccgaaataaaccattccaagtccaattccaagaatcataacagctatcattcttataaca 307  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543808 ttaaatgttgaatcctaaatttccaacagctagtggcatacctaaataaaccattccaagtccaattccaagaatcataacagctatcattcttataaca 14543709  T
Q  308 gcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaagttaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14543708 gcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagttttggtaaattcgaagctaagttaa 14543609  T
Q  408 cgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgactcggt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543608 cgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgactcggt 14543509  T
Q  508 aacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaaacca 607  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14543508 aacaaagagataagcaatgacagattaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccaagaagagtttcggttaatataagcaaaacca 14543409  T
Q  608 ggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaagaacac 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14543408 ggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctctgttagcaaaacaagaacac 14543309  T
Q  708 atgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatca 740  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  14543308 atgtacctatagacgaacgccagaaaccaatca 14543276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 708
Target Start/End: Original strand, 34262787 - 34263490
Alignment:
Q  8 gtacaagcaccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacatcacacaacaaattccacctaaga 107  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34262787 gtacaagcgccgaaaaacgcaaccattgctaacaccactttaactgttggtactctattctcaacaacagcacacatcacacaacaaattccacctaaga 34262886  T
Q  108 tagaaaacacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgtggctacacaggaaggtaattccattgaagcactaaaaaccacagccaa 207  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34262887 ttgagaaaacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttgctacacatgagggtatttccattgaagcactaaaaaccacagccaa 34262986  T
Q  208 gtaaatgttgaatcctaaatttccaacagctagtggcataccgaaataaaccattccaagtccaattccaagaatcataacagctatcattcttataaca 307  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  34262987 ataaatattgaatcccaaatttccaactgctagtggcataccaagataaaccattccaattccaattccaagaatcataacagctattattcttataaga 34263086  T
Q  308 gcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaagttaa 407  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||| ||||||||| || ||| |||||||||| |||  || |||||||| ||||| |||  |||     
T  34263087 gcccatcttttatgaatcaattcacctattgaagagtaatgttgaaaaattgtaaccttttcttttgtgggtggttttggtaaactcgaacctagattag 34263186  T
Q  408 cgct---atcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgactc 504  Q
     | |   |||||||||  |||||||||  ||  |||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  34263187 tgttatcatcatcatcaacactttcttttgataaaactcttttgagcctttttataatttctttctctcgaccttgcataataagccaccttggcgactc 34263286  T
Q  505 ggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaaa 604  Q
     ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34263287 agtaacgaagaaataagcaatgacagagtaacatatagcagggattgacgaccaaaggtagagagatttccaagaagagtttcggttaatataagcgaaa 34263386  T
Q  605 ccaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaagaa 704  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  34263387 ccaggtaaacacatgtatcccattgtgaaagtaaaatactcaagaattccaaccctaaatcgccattctgcgttaactttctcggtaagcaaaacaagaa 34263486  T
Q  705 caca 708  Q
    ||||    
T  34263487 caca 34263490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 740
Target Start/End: Original strand, 35621708 - 35622440
Alignment:
Q  8 gtacaagcaccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacatcacacaacaaattccacctaaga 107  Q
    |||| |||||| ||||| |||| ||| ||||| ||||||||    ||||||||  |||| || |  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35621708 gtactagcaccaaaaaatgcaatcatagctaacaccactttgattgctggtacattattttcaacgacaacacacatcacacaacaaattccacttaaga 35621807  T
Q  108 tagaaaacacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgtggctacacaggaaggtaattccattgaagcactaaaaaccacagccaa 207  Q
    | || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35621808 ttgagaaaacaagaattgaaagttttcttctatagttttccaagaagtatattgctacgcaagaaggtatttccattgaagcactaaaaactacagccaa 35621907  T
Q  208 gtaaatgttgaatcctaaatttccaacagctagtggcataccgaaataaaccattccaagtccaattccaagaatcataacagctatcattcttataaca 307  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35621908 ataaatgttgaaccctaaatttccaacagctagtggcataccataataaaccattccaattccaatactaagaatcataacagctatcattcttataaga 35622007  T
Q  308 gcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagtaaagttgaaaaaatgaaactttttcttttgggggaagtattggtaaattcgaagctaagttaa 407  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| |||  || |||||||| | ||||||| |||||    
T  35622008 gcccattttttatgaaacaattttcctattgaagagtaatgtttaaaaattgaaattttttcttttgcgggcggttttggtaaacttgaagctaggttaa 35622107  T
Q  408 cgctatcatcatcggcactttcttcagaagaaacccttttgagcattttcaaaatttctttctctcgaccttgcataacaagccacctaggcgactcggt 507  Q
     | ||||||||||  |||||||||| || |||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35622108 tgttatcatcatcaacactttcttctgatgaaactttattgagcattttcagaatttctttctctcgaccttgcataacaagccaccttggcgactcggt 35622207  T
Q  508 aacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttccacgaagagtttcggttaatataagcgaaacca 607  Q
    ||| |||| |||||||||||  |||||  |||||||||| | ||| ||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  35622208 aacgaagaaataagcaatgaaggagtagaatatagcagggattgatgaccaaaggtaaagagatttccatgaagagtttcggttaatataagcgaaaccg 35622307  T
Q  608 ggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagcactaactttctcggtaagcaaaacaagaacac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622308 ggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactcggaatcgccatttggcgctaactttctcggtaagcaaaacaagaacac 35622407  T
Q  708 atgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatca 740  Q
    |||| ||||| || || ||||| ||||||||||    
T  35622408 atgtaccgatcgaggatcgccagaaaccaatca 35622440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 90; Significance: 4e-43; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 213
Target Start/End: Original strand, 37577509 - 37577694
Alignment:
Q  17 ccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacatcacacaacaaattccacctaagatagaaaaca 116  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||           
T  37577509 ccgaaaaatgcaaccattgctaacaccactttagctgctggtgctctattctcaacaaca--acacatcacacaacaaatcccacctaagata------- 37577599  T
Q  117 caagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgtggctacacaggaaggtaattccattgaagcactaaaaaccacagccaagtaaat 213  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  37577600 --agaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttactaaacataaaggtattttcattgaagcattaaaaaccacagccaaataaat 37577694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 475 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 10404548 - 10404291
Alignment:
Q  475 accttgcataacaagccacctaggcgactcggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttc 574  Q
    ||||||||| | |||||| || || |||||||||||||||| |||| ||||||  | ||||  |||||| |||| ||| | ||||||||||| |||||||    
T  10404548 accttgcattagaagccatcttggagactcggtaacaaagaaataaccaatgattgtgtaaattatagctggaattgatgtccaaatgtaaacacttttc 10404449  T
Q  575 cacgaagagtttcggttaatataagcgaaaccaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcag 674  Q
    ||||| ||   |||   || |||||| | ||| ||||| ||||||||||| | ||||||   |||||| ||||| ||||||||  | || | ||| || |    
T  10404448 cacgatgaaaatcgaaaaacataagctacaccgggtaatgacatgtaccctaatgtgaagcaaaaatattcaacgattccaaccgtgaacctccactcgg 10404349  T
Q  675 cactaactttctcggtaagcaaaacaagaacacatgttccgatagacgaacgccaaaa 732  Q
     ||||||||| || || | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10404348 tactaactttttccgttaacaaaacaagaacacatgtaccgatagacgaacgccaaaa 10404291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 10404865 - 10404650
Alignment:
Q  146 tccaagaaatatgtggctacacaggaaggtaattccattgaagcactaaaaaccacagccaagtaaatgttgaatcctaaatttccaacagctagtggca 245  Q
    ||||||||||| || || ||||| || |||| ||||||  | ||| |||| || || ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||    
T  10404865 tccaagaaataagtagcaacacaagacggtatttccatcaaggcattaaacacaacggccaagtaaatgtcgaatcctaagtttccaacggcgagtggca 10404766  T
Q  246 taccgaaataaaccattccaagtccaattccaagaatcataacagctatcattcttataacagcccatcttttatgaaataattctcctattgatgagta 345  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||  || | ||||||| | | |||||| ||| | | ||| || | |  ||||||||||||    
T  10404765 taccaaaataaaccattccaattcccataccaagaaccataattgcaaccattcttttcaaagcccagcttctttcaaacaactttgttattgatgagta 10404666  T
Q  346 aagttgaaaaaatgaa 361  Q
     |||||||||| ||||    
T  10404665 tagttgaaaaactgaa 10404650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 476 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 10378558 - 10378294
Alignment:
Q  476 ccttgcataacaagccacctaggcgactcggtaacaaagagataagcaatgacagagtaacatatagcaggaactgacgaccaaatgtaaagacttttcc 575  Q
    |||||||| | |||||| || || ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||   || ||||||||||| | ||||||||| |    |||||    
T  10378558 ccttgcattagaagccatctcggggactcagtaacaaagatataagcaatgaccgagtaaataattgcaggaactgatgtccaaatgtacaccgatttcc 10378459  T
Q  576 acgaagagtttcggttaatataagcgaaaccaggtaaagacatgtaccccattgtgaaagtaaaatactcaacaattccaactctaaatcgccattcagc 675  Q
    | |||   | ||  || | |||||| | |||||| || ||||  ||||| | ||||||    ||||| || ||||| |||||| | || | ||| || |     
T  10378458 atgaattatatctattgagataagctataccaggcaatgacacataccctaatgtgaagcagaaatattcgacaatcccaactgtgaacctccactcggt 10378359  T
Q  676 actaactttctcggtaagcaaaacaagaacacatgttccgatagacgaacgccaaaaaccaatca 740  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||    
T  10378358 actaactttctcggttagcaaaacaagaacacaagttccaatcgacgaacgcaaaaacccaatca 10378294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 866 times since January 2019
Visitors: 1286