View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0076-INSERTION-1 (Length: 496)

Name: NF0076-INSERTION-1
Description: NF0076
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0076-INSERTION-1
NF0076-INSERTION-1
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (8-496)||(20229506-20229994)
chr7 (8-496)||(20262089-20262577)
chr7 (8-496)||(20241456-20241944)
chr7 (8-232)||(20092081-20092305)
chr7 (8-374)||(20292465-20292831)
chr7 (8-383)||(20271658-20272033)
chr7 (8-377)||(20064370-20064739)
chr7 (227-496)||(20090751-20091020)
chr7 (18-443)||(20301677-20302102)
chr7 (8-383)||(20169905-20170277)
chr7 (8-161)||(20296891-20297044)
chr7 (190-458)||(20277584-20277852)
chr7 (20-444)||(20281984-20282414)
chr7 (8-227)||(20172057-20172270)
chr7 (8-266)||(20287094-20287352)
chr7 (307-359)||(20007248-20007300)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-367)||(40821018-40821377)
chr4 (102-266)||(40825786-40825950)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 496
Target Start/End: Original strand, 20229506 - 20229994
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  20229506 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcgtatgtttccaacatagtatccaataccacctcccaaatgtctgactctggtaa 20229605  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20229606 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcaacaaa 20229705  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20229706 agaactggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 20229805  T
Q  308 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataatgaaactttcatatcgtaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20229806 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataatgaaactttcatatcgtaa 20229905  T
Q  408 tacttttcaaggtggagatgacggagaaggaaatattgttatattttatacaataccaaacgacaaggaactgatgatctatcacctga 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20229906 tacttttcaaggtggagatgacggagaaggaaatattgttatattttatacaataccaaatgacaaggaactgatgatctatcacctga 20229994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 8 - 496
Target Start/End: Original strand, 20262089 - 20262577
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| ||  | || |  || |||||    
T  20262089 gaaatcttgtggtattaaatggacagaaacaagttgtttggtcatcaaatgtttccaacataacaacaaatacaagttctcacttttcgggtttcggtaa 20262188  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| ||||    
T  20262189 ccttgtgcttctggagaacacaaccggaaacattttatggcagagtattcagcagccttcagatacattccttccaaacatgaaagtttcaatcaacaaa 20262288  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 307  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20262289 agaacgggtaagagtttaaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttgaacgccaaaatatatttg 20262388  T
Q  308 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataatgaaactttcatatcgtaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||| |||||||  | |||||| |||    
T  20262389 aagtgtttatttggaatgaaactcgaccatgttggcgcagtggtccttggaaccgtggggtctttacagggatacaaacaatgaaagctgcatatcttaa 20262488  T
Q  408 tacttttcaaggtggagatgacggagaaggaaatattgttatattttatacaataccaaacgacaaggaactgatgatctatcacctga 496  Q
    || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || |||| || | |||| | | ||||||||||||||    
T  20262489 tagttttcaaggtgaagatgatggagaaggaaatattgttatattttatacgttagcaaatgatagggaaataacgatctatcacctga 20262577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 8 - 496
Target Start/End: Original strand, 20241456 - 20241944
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||     | || |  || |||||    
T  20241456 gaaatcttgtggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttcttgcttttcgggtttcggtaa 20241555  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  || ||||    
T  20241556 ccttgtgcttctggagaacacaaccggaaaaaacttatggcagagtattctgcagccttcagatacattccttccaggaatgaaaatttcaaacaacaaa 20241655  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 307  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  ||| |||||| || |||| |||    
T  20241656 agaaccggtaagaatgaaaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctctgctagtactgttgaacgcctaagtatacttg 20241755  T
Q  308 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataatgaaactttcatatcgtaa 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||| |||| || ||  ||||  |||    
T  20241756 aagtgtttatttggaatggaactcggccattttggcgcagtggtccttggaatggcagggtctttacagggatacaaaaaatggaatttgtatatactaa 20241855  T
Q  408 tacttttcaaggtggagatgacggagaaggaaatattgttatattttatacaataccaaacgacaaggaactgatgatctatcacctga 496  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||| |||| | | ||||||||||||||    
T  20241856 tacttttcaaggtggagatgatggagaaggaaataatgttatattttatacgcaaccaaatgacacggaaataaggatctatcacctga 20241944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 20092305 - 20092081
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  20092305 gaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaataccacttcccgaatttctgactttggtaa 20092206  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  20092205 ccttgtgcttcaggagagcacaactggaaacaacatatggcagagtattcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcaatcaacaaa 20092106  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactca 232  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||    
T  20092105 agaacaggtaaaagtataaaactca 20092081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 374
Target Start/End: Original strand, 20292465 - 20292831
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| ||  | || |||||||||||    
T  20292465 gaaatcttgtggtattaaacggacagaagcaagtcatttggacatcaaatgtctccaacatagcaaccaatacaagttctcagttttccgactttggtaa 20292564  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||| ||| ||| | ||    
T  20292565 ccttgtccttttggagagcacaactggaaccattttatggcagagtattcagcaaccttcagatacgttacttcctagcatgaaactatcaatcaaccaa 20292664  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 307  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||  |  ||| |||||| ||||||  | |    
T  20292665 agaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaaagcccttcggacccatatgttggcaacttttcttgtaggacagttgaacgcctaaatattatcg 20292764  T
Q  308 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcac 374  Q
    |||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  20292765 aagtgtttatttggaatggaactcaaccatattggcgcagtggtccctggaatggcggggtcttcac 20292831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 8 - 383
Target Start/End: Original strand, 20271658 - 20272033
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  | || |||| ||| ||    
T  20271658 gaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtctattggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaataccacttcgcagttttcagactatggcaa 20271757  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| || || || ||||||||||| |||| ||||    
T  20271758 ccttgtccttttggagagcacaaccggaaacaccttatggcagagtattcagcaacctacagatacattactgcctggtatgaaactttctgtcaacaaa 20271857  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 307  Q
    ||||| |||| |||| ||||| | | |||||||||||  ||||||||||| ||  | || |||||||||| || ||   || |||||||| |||||   |    
T  20271858 agaacaggtatgagtgtaaaaatgaaatcatggaaaaatccttctgacccatccatcggaaacttctcttctagtactattgaacgccaacatatacacg 20271957  T
Q  308 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaataca 383  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  20271958 aagtgttcatttggaatgaaactcgaacatcctggcgcagtggtccctggaatggtggtgtcttcactgggataca 20272033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 8 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 20064739 - 20064370
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  | || |||  ||| ||    
T  20064739 gaaatcttgtggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagaatccaataccacttcccagttttcggaccatggaaa 20064640  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    |||||| ||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||| ||| |||| || || || |||||||||||  ||| ||||    
T  20064639 ccttgtccttttggatagcacaacaggaaacatcttatggcagagtattcaggaaccttctgattcattactgcctggtatgaaactttctatcaacaaa 20064540  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 307  Q
    ||||| ||| |||    |||||| | |||||||||||| ||||| || || |||||||| |  ||||| | || ||| ||| |||||||||||||| |||    
T  20064539 agaacaggtgagaaatcaaaactaagatcatggaaaagtccttccgatccatctgttgggagtttctcctctagtagtgttgaacgccaaaatatacttg 20064440  T
Q  308 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacagg 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||    
T  20064439 aagtgtttatttggaatgaaactcaaccatactggcgtagcggcccttggaatggtggggtctttacagg 20064370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 227 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 20091020 - 20090751
Alignment:
Q  227 aactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttgaagtgtttatttggaatga 326  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  |  ||||||||||||||| || ||  ||| |||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  20091020 aactcacgtcatggaaaagctcttctaaccctgccattggcaacttctcttctagtactgttgaacgcctaaatatacttgaactgttcatttggaatga 20090921  T
Q  327 aactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataatgaaactttcatatcgtaatacttttcaaggtggagat 426  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20090920 aactcagccatgttggcgcagtggtccttggaacggtggggtctttacagggatacaaacaatgaaagttgcatatcttaatagttttcaaggtggagat 20090821  T
Q  427 gacggagaaggaaatattgttatattttatacaataccaaacgacaaggaactgatgatctatcacctga 496  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||  || |||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  20090820 gacggagaaggaaaaattcttatattttatacgttatcaaatgacaaggaattaatgatctatcacctga 20090751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Original strand, 20301677 - 20302102
Alignment:
Q  18 ggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaaccttgtgctt 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||  | || |||| ||| |||||||| |||    
T  20301677 ggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagttttcagactatggcaaccttgtcctt 20301776  T
Q  118 ctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaaagaaccggta 217  Q
     |||||| | |||||||||||   |||||||||||| |||| || ||| |||||||||| ||  | || |||||||||||  ||| ||||||||| |||     
T  20301777 ttggagaacgcaactggaaacgtattatggcagagtattcaacaacctacagatacattactgtctggtatgaaactttctatcaacaaaagaacaggtg 20301876  T
Q  218 agagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttgaagtgtttat 317  Q
    | |    |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |  || |||| || ||| ||| |||||  ||||||| |||||||||||||    
T  20301877 aaaaatcaaaactaacatcatggaaaagcccttctgatccatctgtcgggattttttcttctagtagtgttgaacgcggaaatatacttgaagtgtttat 20301976  T
Q  318 ttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataatgaaactttcatatcgtaatacttttcaa 417  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| | |  |||| |  | |||||  ||||  |||||||    
T  20301977 ttggaatgaaactcgaccatactggcgcagcggtccctggaatggcggggtctttacagggatagatactatgacaactgcatattttaatggttttcaa 20302076  T
Q  418 ggtggagatgacggagaaggaaatat 443  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||    
T  20302077 ggtggagatgacggacaagggaatat 20302102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 20170277 - 20169905
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgt-ctgactttggta 106  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||  | | | ||||||||||    
T  20170277 gaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagcttttcagactttggta 20170178  T
Q  107 accttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaa 206  Q
    ||||||| ||| |       |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||| || ||  | ||||| |||||| ||| |||    
T  20170177 accttgtcctttt-------acaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaa 20170085  T
Q  207 aagaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacg---ccaaaatata 303  Q
    ||||||  |||||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||   || ||||   || |||||||    
T  20170084 aagaacaagtaagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttctatagtagtatttttgaacgccccccaaatata 20169985  T
Q  304 tttgaagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaataca 383  Q
     |||||||||| |||||||||| || ||| |||| |||||| ||||| || |||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  20169984 attgaagtgttcatttggaatggaagtcgaccatattggcgaagtggaccgtggaatggcgaggtcttcactggaataca 20169905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 161
Target Start/End: Original strand, 20296891 - 20297044
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||  ||| | || |||||||||||    
T  20296891 gaaatcttgtggtattaaatggatagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaattacaagttttcaattttcagactttggtaa 20296990  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagca 161  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| |||| |  |||||| ||||| |||||||    
T  20296991 ccttgtccttttggagagcacaactagaaatatgttatgggagagtattcagca 20297044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 190 - 458
Target Start/End: Original strand, 20277584 - 20277852
Alignment:
Q  190 aaactttcagtcagcaaaagaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttc 289  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||  |||||||||| ||||||| ||  |||     
T  20277584 aaactatcaatcaacaaaagaacaggtaagagtgtaaaactcaaatcatggaaaagcccttttgatccatccattggcaacttttcttgtagtactgttg 20277683  T
Q  290 aacgccaaaatatatttgaagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataat 389  Q
    |||||  |  |||| | |||||||| ||||||||||||||| |   ||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||    
T  20277684 aacgcttacgtataatagaagtgttcatttggaatgaaactagcatatactggcgcagtgggccttggaatgggggggtcttcactgggatacaaacaat 20277783  T
Q  390 gaaactttcatatcgtaatacttttcaaggtggagatgacggagaaggaaatattgttatattttatac 458  Q
    || |  | |||||  |  || ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||| ||||||    
T  20277784 gacagctgcatatttttttagttttcaaggaggagacgacggagaagggaatattaatatatattatac 20277852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 444
Target Start/End: Original strand, 20281984 - 20282414
Alignment:
Q  20 tattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaaccttgtgcttct 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||  | || ||||||||||||||||| ||| |    
T  20281984 tattaaatggacagaaacgagtcatatggtcatcgaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagttttcagactttggtaaccttgtcctttt 20282083  T
Q  120 ggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagat--ac-----attccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaaagaac 212  Q
    ||| |  |||||||||||||  |||||||| | | ||||||| ||||| |||  ||     ||| |  ||  |||||||||| ||  ||| |||||||||    
T  20282084 ggatattacaactggaaacattttatggcaaattattcagcaaccttc-gatcaacaaattattacagcctagcatgaaactatcgatcaacaaaagaac 20282182  T
Q  213 cggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttgaagtg 312  Q
     || |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |  ||   ||  ||||| ||||||| ||  ||| |||||| |  |||| ||||||||    
T  20282183 aggcaagagtgtaaaactcaaatcatggaaaagtccttttgatcgatccactgataacttttcttgtagtactgttgaacgcctacgtataattgaagtg 20282282  T
Q  313 tttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtggggtcttcacaggaatacaaataatgaaactttcatatcgtaatactt 412  Q
    || ||||||||||||||||    ||  ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||| |  | |||||  |  || ||    
T  20282283 ttcatttggaatgaaactcacatatactggcgcattgggccttggaatggtggcgtcttcactgggatacaaacaatgacagctgcatatttttttagtt 20282382  T
Q  413 ttcaaggtggagatgacggagaaggaaatatt 444  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  20282383 ttcaaggaagagatgacggagaagggaatatt 20282414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 20172270 - 20172057
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttccca-aatgtctgactttggta 106  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||   | || ||||||||||    
T  20172270 gaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagcttttcagactttggta 20172171  T
Q  107 accttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaa 206  Q
    ||||||| ||| |       |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||| || ||  | ||||| |||||| ||| |||    
T  20172170 accttgtcctttt-------acaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaa 20172078  T
Q  207 aagaaccggtaagagtataaa 227  Q
    ||||||  |||||||| ||||    
T  20172077 aagaacaagtaagagtgtaaa 20172057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 266
Target Start/End: Original strand, 20287094 - 20287352
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||| | || |||| | || |  |||| ||| ||||  | || || | ||||||    
T  20287094 gaaatcttgtggtattgaatggacaaaaacaagtaatttggtcatcaaatttgtctaacacaacatcacatactactgcccagctttcagattatggtaa 20287193  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    |||||| ||  |||| ||||||   || | ||  || ||||||||||||||  | ||||  |||||||| || ||||| ||||||||| ||   | ||||    
T  20287194 ccttgtcctcttggaaagcacagtaggtagcatgttgtggcagagttttcaaaaaccttttgatacatttctaccaggtatgaaacttacaagaaacaaa 20287293  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttgg 266  Q
    ||||| ||| |||   || |||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||    
T  20287294 agaacaggtgagaaagtacaactcacatcatggaaaaacccttcagatccatctgttgg 20287352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 307 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 20007300 - 20007248
Alignment:
Q  307 gaagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaa 359  Q
    ||||| |||||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  20007300 gaagtttttattaggaaagaaaatcggccatattggcggagtggtccttggaa 20007248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 8 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 40821377 - 40821018
Alignment:
Q  8 gaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcgtttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacgaataccacttcccaaatgtctgactttggtaa 107  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||| ||  | ||  ||||||||||    
T  40821377 gaaatcttgtggtattgaatggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttctcagttttcaaactttggtaa 40821278  T
Q  108 ccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcagcaaa 207  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||||  |||||| ||||| ||||||| ||||||||||| || || ||  |||||||| | ||| ||| ||||    
T  40821277 ccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtattcagcaaccttcagatacgttactacctagcatgaaaatatcaatcaacaaa 40821178  T
Q  208 agaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgttcaacgccaaaatatatttg 307  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| ||  |  ||| |||||| ||||||| |||    
T  40821177 agaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagttgaacgcctaaatataattg 40821078  T
Q  308 aagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatggtgggg 367  Q
    ||||||| |||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  40821077 aagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatggtgggg 40821018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 102 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 40825950 - 40825786
Alignment:
Q  102 tggtaaccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtc 201  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||||| |||| || ||| ||||||||||||||| | ||||| |||||| | || ||||||||||||||| ||  |    
T  40825950 tggtaaccttgtccttttggaaagcacaacaggaagcatcttgtggcagagttttcagaaaccttcggatacacttctgccaggcatgaaacttacaagc 40825851  T
Q  202 agcaaaagaaccggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttgg 266  Q
    | ||||||||| ||| |||   || |||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||    
T  40825850 aacaaaagaacaggtgagaaagtacaactcacatcatggaaaaacccttcagatccatctgttgg 40825786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 715 times since January 2019
Visitors: 1282