View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0099_low_4 (Length: 290)

Name: NF0099_low_4
Description: NF0099
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0099_low_4
NF0099_low_4
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-270)||(30529573-30529842)
chr8 (1-264)||(1633361-1633624)
chr8 (1-259)||(38205178-38205436)
chr8 (1-264)||(15056470-15056733)
chr8 (1-264)||(1955236-1955499)
chr8 (64-266)||(5213763-5213968)
chr8 (5-264)||(17744497-17744759)
chr8 (5-264)||(27392395-27392657)
chr8 (36-266)||(13816989-13817222)
chr8 (36-264)||(5735967-5736198)
chr8 (36-264)||(35101347-35101578)
chr8 (36-264)||(26748850-26749082)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-264)||(26814988-26815251)
chr7 (1-270)||(40690197-40690457)
chr7 (1-264)||(32127196-32127459)
chr7 (5-270)||(40300849-40301114)
chr7 (1-264)||(36521352-36521615)
chr7 (5-270)||(22659774-22660039)
chr7 (146-264)||(32748961-32749079)
chr7 (64-266)||(22194194-22194399)
chr7 (101-264)||(25218194-25218354)
chr7 (193-264)||(42881650-42881721)
chr7 (145-264)||(5813343-5813459)
chr7 (154-266)||(30630536-30630645)
chr7 (114-178)||(1939882-1939946)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (1-270)||(4278990-4279259)
chr2 (1-270)||(5145314-5145584)
chr2 (1-264)||(7585486-7585749)
chr2 (5-264)||(2779039-2779301)
chr2 (64-266)||(9072870-9073075)
chr2 (64-266)||(12857857-12858062)
chr2 (64-266)||(30819567-30819772)
chr2 (7-264)||(31185189-31185449)
chr2 (36-264)||(8854949-8855180)
chr2 (180-264)||(6363466-6363550)
chr2 (7-252)||(31204915-31205163)
chr2 (185-270)||(7763119-7763204)
chr2 (128-264)||(39432650-39432784)
chr2 (144-264)||(926740-926857)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (1-270)||(110150-110419)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-270)||(33167110-33167379)
chr1 (5-263)||(8471157-8471415)
chr1 (3-264)||(51523165-51523427)
chr1 (5-270)||(47297495-47297760)
chr1 (5-270)||(18317702-18317964)
chr1 (1-264)||(48385132-48385395)
chr1 (5-270)||(17676257-17676522)
chr1 (1-264)||(2475076-2475339)
chr1 (42-264)||(48407265-48407487)
chr1 (64-266)||(45242018-45242223)
chr1 (5-102)||(38836802-38836899)
chr1 (64-264)||(17786223-17786426)
chr1 (36-264)||(31471138-31471369)
chr1 (129-264)||(52930583-52930715)
chr1 (185-249)||(45363051-45363115)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-245)||(24916589-24916833)
chr6 (1-269)||(18642110-18642378)
chr6 (1-264)||(34841332-34841595)
chr6 (5-270)||(24114975-24115238)
chr6 (5-194)||(8222031-8222220)
chr6 (64-266)||(634648-634853)
chr6 (64-266)||(6377380-6377585)
chr6 (64-266)||(17958248-17958453)
chr6 (41-266)||(29951976-29952204)
chr6 (189-270)||(12502018-12502099)
chr6 (189-270)||(12513099-12513180)
chr6 (101-264)||(7540235-7540396)
chr6 (218-270)||(8222217-8222269)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (1-264)||(105699-105962)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-270)||(33606872-33607141)
chr4 (1-270)||(34434479-34434748)
chr4 (5-270)||(28900848-28901112)
chr4 (1-264)||(3530212-3530475)
chr4 (1-264)||(13113387-13113650)
chr4 (1-264)||(28447100-28447363)
chr4 (1-264)||(8994609-8994872)
chr4 (1-264)||(34463492-34463755)
chr4 (5-270)||(16171799-16172063)
chr4 (1-264)||(3615201-3615464)
chr4 (64-266)||(53181381-53181586)
chr4 (64-264)||(46914429-46914632)
chr4 (5-264)||(36658361-36658623)
chr4 (36-264)||(2212235-2212466)
chr4 (174-270)||(56054319-56054415)
chr4 (207-270)||(23539619-23539682)
[»] scaffold1454 (1 HSPs)
scaffold1454 (1-269)||(134-402)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (5-270)||(43475318-43475582)
chr3 (5-270)||(33188015-33188280)
chr3 (5-270)||(4874054-4874318)
chr3 (1-270)||(49027355-49027623)
chr3 (1-264)||(6045285-6045548)
chr3 (1-264)||(42563833-42564096)
chr3 (1-264)||(10424609-10424872)
chr3 (1-264)||(30415413-30415676)
chr3 (60-264)||(26162481-26162685)
chr3 (18-262)||(35472232-35472458)
chr3 (1-125)||(26157191-26157315)
chr3 (64-266)||(25787658-25787863)
chr3 (64-266)||(25829615-25829820)
chr3 (74-266)||(42598313-42598508)
chr3 (36-264)||(17469366-17469597)
chr3 (8-264)||(30688775-30689034)
chr3 (36-264)||(47147223-47147454)
chr3 (74-264)||(33751288-33751481)
chr3 (16-264)||(21228052-21228303)
chr3 (36-266)||(33936127-33936358)
chr3 (5-264)||(50034210-50034471)
chr3 (41-254)||(50019941-50020157)
chr3 (101-264)||(21229497-21229657)
chr3 (113-264)||(51974273-51974422)
chr3 (140-266)||(49822847-49822970)
chr3 (204-266)||(51435735-51435797)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-264)||(27945477-27945740)
chr5 (1-264)||(29616474-29616737)
chr5 (1-264)||(40891647-40891910)
chr5 (1-264)||(32973307-32973570)
chr5 (5-226)||(27406029-27406250)
chr5 (5-194)||(30645884-30646073)
chr5 (64-266)||(4579975-4580180)
chr5 (64-266)||(31011979-31012184)
chr5 (113-264)||(7827148-7827296)
chr5 (74-264)||(25033177-25033369)
chr5 (101-254)||(36609641-36609790)
chr5 (101-204)||(21367630-21367733)
chr5 (218-270)||(30645835-30645887)
chr5 (204-264)||(41152765-41152825)
[»] scaffold0758 (1 HSPs)
scaffold0758 (113-264)||(6608-6756)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (13-264)||(166277-166531)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 30529842 - 30529573
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30529842 tttctcttgatcttaggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 30529743  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30529742 caccaacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatatatgatatggattaaa 30529643  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30529642 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 30529573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 1633624 - 1633361
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1633624 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctgtaattggattgacttcattagctcttgtcattccacttcgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 1633525  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  1633524 caccaacactctgaaaattttcattcatcattggcatacaaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcatagatctctaatatggattaaa 1633425  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1633424 gttgtttggaaaagagaatgggtgagtgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgttttga 1633361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 38205436 - 38205178
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38205436 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggaatgacttcattagcccttgacattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 38205337  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||| || | |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  38205336 caccaactctataaaaaatttcattcaccattgacatacaaccattaaatgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatctatgatatcgattaaa 38205237  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgt 259  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38205236 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgt 38205178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 15056470 - 15056733
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  15056470 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggagttggagcgacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 15056569  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  15056570 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 15056669  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  15056670 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattagacatgttttga 15056733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 1955499 - 1955236
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  1955499 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccaagatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 1955400  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  1955399 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 1955300  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  1955299 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 1955236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Original strand, 5213763 - 5213968
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      ||||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  5213763 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacactgggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 5213862  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| |     
T  5213863 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtggaaaaccaaaattaggtac 5213959  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  5213960 gttttgatg 5213968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 264
Target Start/End: Original strand, 17744497 - 17744759
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt---- 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||| || || |||||||||||||   || ||| |||||| || |||||||||||||| |||||| | |||        
T  17744497 tcttgctcttaggagttgaatcttctggatttagagtgacttcattagcaactgccatgccaccaggagttatttgtgttgaaaattcagaaaattgaga 17744596  T
Q  101 --caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggatta 198  Q
      ||| ||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |    
T  17744597 tgcacaaacactgggaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatga 17744696  T
Q  199 aagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||   ||||| | ||||||  |  |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  17744697 aagtt---tggaacataggatgacttgttgaaatttggtgtaaaaccaaaattaggtatgttttga 17744759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 264
Target Start/End: Original strand, 27392395 - 27392657
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattca-- 102  Q
    |||||||||||||||||| ||| | || | ||||| ||||||||||||    || ||| |||| | || |||||||||||||| ||| |||| |||||      
T  27392395 tcttgctcttaggagttgaatcttctgaatttggagtgacttcattaggaactgacataccacaaagagttatttgtgttgaaaatttaggaaattcaga 27392494  T
Q  103 ----ccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggatta 198  Q
        ||||||||  |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |    
T  27392495 cgcaccaacactaggaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacaggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatga 27392594  T
Q  199 aagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  27392595 aa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattaggtatgttttga 27392657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 36 - 266
Target Start/End: Original strand, 13816989 - 13817222
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| |||||||||||||   || ||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      ||||||||||  |||||||||||||  ||    
T  13816989 tggagtgacttcattagcaactgccatgccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacactaggaaaattttcattctcc 13817088  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  13817089 attggcatataaccattaaattggggtgtttgagatgcatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttga 13817185  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatg 266  Q
    |||||| || ||| | ||||||||| | |||||||||    
T  13817186 aatttggtggaaacctaaaattaggtacgttttgatg 13817222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Original strand, 5735967 - 5736198
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| |||||||||||||   || ||| |||||  || |||||||||||||| ||||||||||||      |||||||| |  |||||||||||||  ||    
T  5735967 tggagtgacttcattagcaactgccatgccaccgggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagatgcaccaacaatgagaaaattttcattctcc 5736066  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  5736067 attggcatataaccattaaacggaggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatgcatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttga 5736163  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | |||||||    
T  5736164 aatttggtgtaaaaccaaaattaggtacgttttga 5736198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Original strand, 35101347 - 35101578
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| ||||||||| |||  ||| ||| |||| | || |||| ||||||||| ||||||||||||      |||||||| | |||||||| |||||  ||    
T  35101347 tggagtgacttcatcagcaattgccatgccactaggagttatctgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacattttgaaaattatcattctcc 35101446  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  35101447 attggcatagaaccattaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgattggttga 35101543  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  35101544 aatttggtggaaaaccaaaattaggtatgttttga 35101578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 26749082 - 26748850
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattca------ccaacactctgaa-aattttcatttac 128  Q
    |||| |||||||||||||   |||||| |||||| || ||||||||||| || ||||| |||||| |      ||||||||  ||| |||||| |||       
T  26749082 tggagtgacttcattagcaactgtcatgccaccaggagttatttgtgttcaaaattcaagatattgagatgcgccaacactgggaataatttttattctt 26748983  T
Q  129 cattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattg 228  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||    
T  26748982 cattggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatggatatcttatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttg 26748886  T
Q  229 aaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| | |||||||    
T  26748885 aaatttggtgcaaaaccaaaattaggtacgttttga 26748850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 26814988 - 26815251
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26814988 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctgaaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 26815087  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  26815088 caccaacactctgaaaattttcattcatcattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcatagatctctgatatggattaaa 26815187  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  26815188 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaatccaaaattatgcatgttttga 26815251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 40690197 - 40690457
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||         |    
T  40690197 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggaatgacttcattagctcttatcattccaccacgatttatttgtgttgaatat---------t 40690287  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40690288 caccaacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcatagatctatgatatggattaaa 40690387  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40690388 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 40690457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 32127459 - 32127196
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32127459 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctacaattggaatgacttcattagctcttgccattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaagatatt 32127360  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  32127359 caccaacactctgaaaattttcattcatcattggcatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcatagatctctgttatggattaaa 32127260  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  32127259 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaatccaaaattatgcatgttttga 32127196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 40301114 - 40300849
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  40301114 tcttgctcttaggagttgtatcctctggagttgaagcgacttcattatctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 40301015  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  40301014 aacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaagttg 40300915  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  40300914 tttggaacagaggataggtgattgaaatttgaggtaaaaccaaaattagacatgttttgaggatgt 40300849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 36521352 - 36521615
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  36521352 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 36521451  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  36521452 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 36521551  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  36521552 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 36521615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Original strand, 22659774 - 22660039
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  22659774 tcttgctcttaggagttgtatcctctggagttgaagcgacttcattatctcttgtcattctaccacgatttatttgtgatgaaaattcaagatattcacc 22659873  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  22659874 aacactctgaaaattttcattcaccattagcatataaccattaaataggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaagttg 22659973  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  22659974 tttggaacagaggatggatgattgaaatttgaagcaaaaccaaaattagacatgttttgaggatgt 22660039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 146 - 264
Target Start/End: Original strand, 32748961 - 32749079
Alignment:
Q  146 taaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaacc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  32748961 taaatggtggtgtttgagatggatattccatcatagatctctgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatggatgattgaaatttgatgcaaaacc 32749060  T
Q  246 aaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  32749061 aaaattagacatgttttga 32749079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Original strand, 22194194 - 22194399
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  22194194 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 22194293  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  22194294 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 22194390  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  22194391 gttttgatg 22194399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 101 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 25218354 - 25218194
Alignment:
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||  ||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||    
T  25218354 caccaacactaggaaaattttcaatctccattggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatgaatatctcatcatagatccataatatggatgaaa 25218255  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
       |||||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||    
T  25218254 ---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgcaaaaccaaaattaggtacgttttga 25218194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 193 - 264
Target Start/End: Original strand, 42881650 - 42881721
Alignment:
Q  193 ggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  42881650 ggattaaagttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 42881721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 264
Target Start/End: Original strand, 5813343 - 5813459
Alignment:
Q  145 ttaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaac 244  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||   ||||| ||||||||  || |||||||||| || |||||    
T  5813343 ttaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaagtt---tggaacagaggatgattggttgaaatttggtggaaaac 5813439  T
Q  245 caaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  5813440 caaaattaggtatgttttga 5813459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30630645 - 30630536
Alignment:
Q  154 ggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattag 253  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||   ||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||    
T  30630645 ggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaagtt---tggaacagaggatgactggttgaaatttggtgcaaaaccaaaattag 30630549  T
Q  254 gcatgttttgatg 266  Q
    | | |||||||||    
T  30630548 gtacgttttgatg 30630536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 114 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 1939946 - 1939882
Alignment:
Q  114 aaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatca 178  Q
    ||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  1939946 aaaatttccattccccattggcatataaccattaaacgagggtgtttgagatggatatcccatca 1939882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 4278990 - 4279259
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4278990 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggaatttgagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 4279089  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4279090 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataatcattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctatgatatggattaaa 4279189  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4279190 gttgtttggaacagaggatgagtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 4279259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 5145584 - 5145314
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5145584 tttctcttgatcttaggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 5145485  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5145484 caccaacactctgaaaattttcattcaccattgacatataatcattaaatgg-ggtgtttgagatggatatcccatcatagatctatgatatgaattaaa 5145386  T
Q  201 gttgtttggaaaagag---gatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||| ||||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5145385 gttgtttggaacagaggatgatgagtgattgaaatttgatg-aaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 5145314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 7585749 - 7585486
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  7585749 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 7585650  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  7585649 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 7585550  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  7585549 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 7585486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 2779301 - 2779039
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt---- 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | | || ||||| ||| |||||||||   || ||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||        
T  2779301 tcttactcttaggagttgaatcttctagatttggagtgatttcattagcaactgccatgccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgaga 2779202  T
Q  101 --caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggatta 198  Q
      ||||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |    
T  2779201 tgcaccaacactgggaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacggaggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatgcatga 2779102  T
Q  199 aagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||   |||||||| ||||||||| || |||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||    
T  2779101 aa---gtttggaacagaggatggctggttgaaatttggtgtaaaatcaaaattaggtatgttttga 2779039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9073075 - 9072870
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  9073075 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattggtttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 9072976  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  9072975 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 9072879  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  9072878 gttttgatg 9072870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Original strand, 12857857 - 12858062
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  12857857 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcgttccccattggcatataaccattaaacgggggtg 12857956  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  12857957 tttgagatggatatctcatcatagatccatgatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 12858053  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  12858054 gttttgatg 12858062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30819772 - 30819567
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  30819772 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 30819673  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  30819672 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 30819576  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  30819575 gttttgatg 30819567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 7 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31185449 - 31185189
Alignment:
Q  7 ttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------ 100  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||| ||||| |||||||||||||    | ||| |||||| || |||| ||||||| | |||||||| |||          
T  31185449 ttgctcttaggagttgaatcttctggatttggagtgacttcattagcaacagccatgccaccaggagttatatgtgttggaaattcaggaaattgagatg 31185350  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    |||||| | |  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||    
T  31185349 caccaataatgggaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacggtggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa 31185250  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
       |||||||||||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||| | |||||||||    
T  31185249 ---gtttggaaaagaggatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattatgtatgttttga 31185189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Original strand, 8854949 - 8855180
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| ||||||||| |||  ||| ||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||||||      |||||||| | |||||||| |||||  ||    
T  8854949 tggagtgacttcatcagcaattgccatgccactaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacattgtgaaaattatcattctcc 8855048  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  8855049 attggcatagaaccattaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgattggttga 8855145  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  8855146 aatttggtggaaaaccaaaattaggtatgttttga 8855180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 180 - 264
Target Start/End: Original strand, 6363466 - 6363550
Alignment:
Q  180 agatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6363466 agatctataatttggattaaagttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgttttga 6363550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 31205163 - 31204915
Alignment:
Q  7 ttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------ 100  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||| ||||| |||||||||||||   |||||| |||||  || |||| ||||||||| |||||||| |||          
T  31205163 ttgctcttaggagttgaatcttctggatttggagtgacttcattagcaactgtcatgccacctggagttatatgtgttgaaaattcaggaaattgagatg 31205064  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    |||||| | |  |||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||     
T  31205063 caccaataatgggaaaattttctttctccattggcatataaccattaaacggtggtatttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaa- 31204965  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaatta 252  Q
      ||||||||| | ||||||  || |||||||||| || |||||||||||||    
T  31204964 --tgtttggaacataggatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaatta 31204915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 185 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 7763204 - 7763119
Alignment:
Q  185 tatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7763204 tatgatatggattaaagttgtttggaacaaaggatgggtgattaaaatttgatgtaaaaccaaaattatgcatgttttgaagatgt 7763119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 39432784 - 39432650
Alignment:
Q  128 ccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgat-atggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgat 226  Q
    |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||| ||||||   ||||| ||||||||  || |    
T  39432784 ccattggcatataaccattaaacgagggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataattatggatgaaagtt---tggaacagaggatgactggt 39432688  T
Q  227 tgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  39432687 tgaaatttggtgcaaaaccaaaattaggtatgttttga 39432650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 926857 - 926740
Alignment:
Q  144 attaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaa 243  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||   ||||| ||||||||  |  |||||||||| || ||||    
T  926857 attaaacgggggtgttagagatggatatctcatcatagatccataatatgaatgaaagtt---tggaagagaggatgactcgttgaaatttggtgtaaaa 926761  T
Q  244 ccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  926760 ccaaaattaggtatgttttga 926740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 110419 - 110150
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  110419 tttctcttgctcctaggagttgtatcctctgaaattggaatgagttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 110320  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  110319 caccaacactcagaaaattttcgttcaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagattgatatcccatcatagatctatgatatggattaaa 110220  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  110219 gttgtttggaacagaggatgagtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 110150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 33167110 - 33167379
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33167110 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctagaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 33167209  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  33167210 caccaacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaacattaaatgggggtgtttgagatggatatcccttcatagatctatgatatggattaaa 33167309  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  33167310 gttgtttggattagaggattggtgattgaaatttgattcaaaaccataattaggcatgttttgaggatgt 33167379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 5 - 263
Target Start/End: Original strand, 8471157 - 8471415
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  8471157 tcttgctcttaggagttgtatcatctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 8471256  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  8471257 aacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgagggtgtttgagatggatatcccatcatagatctataatatggattaaagttg 8471356  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttg 263  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  8471357 tttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttg 8471415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 3 - 264
Target Start/End: Original strand, 51523165 - 51523427
Alignment:
Q  3 tctcttgctcttaggagttgtatcct-ttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattc 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  51523165 tctcttgctcttaggagttgtatcctctttgaattggagtgacttcattagctcttggcattccaccacgatttatttgtgttgaaaattcaggaaattc 51523264  T
Q  102 accaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaag 201  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  51523265 accaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgcttgagatggatatcccatcatagatctataatgtggattaaag 51523364  T
Q  202 ttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  51523365 ttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattagacatgttttga 51523427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 47297760 - 47297495
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  47297760 tcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 47297661  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  47297660 aacactctgaaaaatttcattcaccattggcatataacgattaaatgggggtgtttgagatggatttcccatcatagatctataatatggatgaaagttg 47297561  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  47297560 tttggaacagaggatgagtgattgaaatttgaggcaaaatcaaaattaggcatgttttgaggatgt 47297495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18317964 - 18317702
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  18317964 tcttgctcttaggagttgaatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaaaattcaggaaattcacc 18317865  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||    |    
T  18317864 aacattctgaaaattttcatttaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcataaatctataatatggattaa---cg 18317768  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18317767 tttggaacagaggatgggtggttgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 18317702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 48385395 - 48385132
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  48385395 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 48385296  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  48385295 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattgaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 48385196  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  48385195 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 48385132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 17676522 - 17676257
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    ||||||||||||||||||| || | || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17676522 tcttgctcttaggagttgtttcatctgaaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 17676423  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  17676422 aacactctgaaaattttcattcaacattggcttataaccattaaatgggggtgtttgagttggatatcccatcatagatctataatatggataaaagttg 17676323  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  17676322 tttgaaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagtcatgttttgaggatgt 17676257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 2475339 - 2475076
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  2475339 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggaccaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 2475240  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  2475239 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 2475140  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  2475139 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 2475076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 42 - 264
Target Start/End: Original strand, 48407265 - 48407487
Alignment:
Q  42 gacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcaccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataa 141  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  48407265 gacttcattatctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcaccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataa 48407364  T
Q  142 ccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaa 241  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||    
T  48407365 ccattaaatgagggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaagttgtttggaacagaggatgagtgattgaaatttgaggcaa 48407464  T
Q  242 aaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||||||  ||||||||||    
T  48407465 aaccaaaattatacatgttttga 48407487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Original strand, 45242018 - 45242223
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  45242018 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 45242117  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  45242118 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 45242214  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  45242215 gttttgatg 45242223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 38836899 - 38836802
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  38836899 tcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggattgacttcattaactcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattca 38836802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 64 - 264
Target Start/End: Original strand, 17786223 - 17786426
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      ||||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  17786223 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacactgggaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacgggggtg 17786322  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| || |||| |||||||||| |     
T  17786323 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaatagaggatgactggttgaaatttggtgcaaaatcaaaattaggtac 17786419  T
Q  258 gttttga 264  Q
    |||||||    
T  17786420 gttttga 17786426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Original strand, 31471138 - 31471369
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| ||||||||| |||  ||| ||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||||||      |||||||| | |||||||| |||||  ||    
T  31471138 tggagtgacttcatcagcaattgccatgccacgaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacattgtgaaaattatcattctcc 31471237  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  31471238 attggcatagaaccattaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgattggttga 31471334  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  31471335 aatttggtggaaaaccaaaattaggtatgttttga 31471369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 129 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 52930715 - 52930583
Alignment:
Q  129 cattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattg 228  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||    
T  52930715 cattggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatgaatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttg 52930619  T
Q  229 aaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| | |||||||    
T  52930618 aaatttggtgcaaaaccaaaattaggtacgttttga 52930583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 185 - 249
Target Start/End: Original strand, 45363051 - 45363115
Alignment:
Q  185 tatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaa 249  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  45363051 tatgatatggattaaagtcgtttggaacagaggatgggtgattaaaatttgatgcaaaatcaaaa 45363115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 24916833 - 24916589
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24916833 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 24916734  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24916733 caccaacactctgaaaattttcattcatcattggcatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatctcatcatagatctatgatatggattaaa 24916634  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaacc 245  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  24916633 gttgtttggaaaagaggatggatgattgaaatttgatgcaaaacc 24916589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 269
Target Start/End: Original strand, 18642110 - 18642378
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18642110 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggaatgatttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgcgttgaatattcaggatatt 18642209  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18642210 caccaacactctgaaaatttgcattcaccattgacatatatccattaaattggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctatgatatggattaaa 18642309  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatg 269  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  18642310 gttgtttggaacagaggatgattgattgaaatttaatgcaaaaccaaaattagacatgttttgaggatg 18642378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 34841332 - 34841595
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  34841332 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 34841431  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  34841432 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 34841531  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  34841532 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 34841595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Original strand, 24114975 - 24115238
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  24114975 tcttgctcttaggagttgaatcctctggaattggagtggcttcattagctcttgtcattccatcacgatttatttgtgttgaaaattcagaaaattcacc 24115074  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||   |    
T  24115075 aacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaccattaaattggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctataatatagattaaa---g 24115171  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaacc-aaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||| ||| ||||||||  || ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24115172 tttagaacagaggatgaatggttgaaatctgatgcaaaaccaaaaattaggcatgttttgaggatgt 24115238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Original strand, 8222031 - 8222220
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  8222031 tcttgctcttaggagttgtatcctttgaaattggagtgacttcattagctcttatcattccaccacgatttatttgtgatgagaattcaggatattcacc 8222130  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatgg 194  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  8222131 aacactctgaaaatttccattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctataatatgg 8222220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Original strand, 634648 - 634853
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  634648 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcgttccccattggcatataaccattaaacgggggtg 634747  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  634748 tttgagatggatatctcatcatagatccatgatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 634844  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  634845 gttttgatg 634853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 6377585 - 6377380
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  6377585 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 6377486  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  6377485 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 6377389  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  6377388 gttttgatg 6377380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 17958453 - 17958248
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  17958453 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattggtttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 17958354  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  17958353 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 17958257  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  17958256 gttttgatg 17958248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 41 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 29952204 - 29951976
Alignment:
Q  41 tgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattga 134  Q
    |||||||||||||   || ||| ||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||      ||||||||||  |||||||||||||  ||||||     
T  29952204 tgacttcattagcaactgccatgccaccagaagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacactaggaaaattttcattctccattgg 29952105  T
Q  135 catataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaattt 234  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||    
T  29952104 catataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatttcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaattt 29952008  T
Q  235 gatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatg 266  Q
      |||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  29952007 agtgaaaaacaaaaattaggtacgttttgatg 29951976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 189 - 270
Target Start/End: Original strand, 12502018 - 12502099
Alignment:
Q  189 atatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12502018 atatggatgaaagttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 12502099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 189 - 270
Target Start/End: Original strand, 12513099 - 12513180
Alignment:
Q  189 atatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  12513099 atatggatgaaagttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaactaaaattaggcatgttttgaggatgt 12513180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 101 - 264
Target Start/End: Original strand, 7540235 - 7540396
Alignment:
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtgg-tgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaa 199  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||||||| ||||||| || || ||||| |||| |||||  ||||| ||||| || |||||||||||    
T  7540235 caccaacactcagaatattttcattctccattggcatataagcattaaacggggggtgtttcagatagatatgtcatcatagatcgataatatggattaa 7540334  T
Q  200 agttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||   ||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  7540335 agtt---tggaacagaggatgcctggttgaaatttggtgcaaaaccaaaattaggtatgttttga 7540396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 218 - 270
Target Start/End: Original strand, 8222217 - 8222269
Alignment:
Q  218 atgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8222217 atgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 8222269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 105699 - 105962
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105699 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctgaaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 105798  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  105799 caccaacactctgaaaattttcattcatcattggcatataaccattaaatggtggtgtatgagatggatatcccatcatagatatctgatatggattaaa 105898  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  105899 gttgttaggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaatccaaaattatgcatgttttga 105962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 33606872 - 33607141
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33606872 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggaataacttcattagcccttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 33606971  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33606972 caccaacattctgaaaattgtcattcaccattgacatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctatgatatggattaaa 33607071  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  33607072 gttgttttgaacagaggatgactgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaggaatgttttgaggatgt 33607141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 34434748 - 34434479
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  34434748 tttctcttgctcttaggagttgtatcatctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttatgttgaatattcaagatatt 34434649  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34434648 caccaacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaccattaaattggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctatgatatggattaaa 34434549  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| |||||    
T  34434548 gttgtttggaacggaggatgggtgattgaaatttgatgcaaaaccaaaattaaacatgttttgaggatgt 34434479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Original strand, 28900848 - 28901112
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  28900848 tcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 28900947  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  28900948 aacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaccattaaattggggtgtttgagatggatat-ccatcatagatctataatatgaattaaagttg 28901046  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  28901047 tttggaaccgaggatgagtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattatgcatgttttgaggatgt 28901112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3530475 - 3530212
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3530475 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 3530376  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  3530375 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 3530276  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  3530275 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 3530212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 13113387 - 13113650
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  13113387 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 13113486  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  13113487 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 13113586  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  13113587 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 13113650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 28447100 - 28447363
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  28447100 tttctcttgctcttgggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaaaattcaggaaatt 28447199  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||| |||||||| || |||||||||    
T  28447200 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgagggtgtttgagatagatatcctatcatagatctataatgtggattaaa 28447299  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  28447300 gttgtttggaacagaagatgagtgattgaaatttgatacaaaactaaaattaggcatgttttga 28447363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 8994609 - 8994872
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  8994609 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 8994708  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  8994709 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattgaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 8994808  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  8994809 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 8994872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 34463755 - 34463492
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  34463755 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 34463656  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  34463655 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtttttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 34463556  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  34463555 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 34463492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 16172063 - 16171799
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16172063 tcttgctcttaggagttgtatcctctggagtttgagcgacttcattatctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 16171964  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  16171963 aacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgg-ggtgtttgagatggatatcccatcatagatctataatatggattaaagttg 16171865  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  16171864 ttttgaacagaggatgagtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagttatgttttgaggatgt 16171799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3615464 - 3615201
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3615464 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggaccaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 3615365  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  3615364 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 3615265  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  3615264 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 3615201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 53181586 - 53181381
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  53181586 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 53181487  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  53181486 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaaaagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 53181390  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  53181389 gttttgatg 53181381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 64 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 46914632 - 46914429
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  46914632 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 46914533  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||    ||||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| ||    
T  46914532 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---ttttggaacagaggatgactggttgaaatttggtggaaaaccaaaattaggtat 46914436  T
Q  258 gttttga 264  Q
    |||||||    
T  46914435 gttttga 46914429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 5 - 264
Target Start/End: Original strand, 36658361 - 36658623
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt---- 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | | || || || | |||||||||||   || ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||        
T  36658361 tcttactcttaggagttgaatcttctagattttgagttacttcattagcaactgccattccatcaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgaga 36658460  T
Q  101 --caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggatta 198  Q
      ||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || |    
T  36658461 tgcaccaacactgggaaaattttcattctccattgacatataaccattaaacaggggtgtttgagatgaatatctcatcatagatccataatatgcatga 36658560  T
Q  199 aagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||    
T  36658561 aa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattagttatgttttga 36658623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 2212466 - 2212235
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| ||||||||| |||  ||| ||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||||||      |||||||| | |||||||| |||||  ||    
T  2212466 tggagtgacttcatcagcaattgccatgccactaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacattgtgaaaattatcattctcc 2212367  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  2212366 attggcatagaaccattaaacgggggtgtttgagatggatatttcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgattggttga 2212270  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  2212269 aatttggtggaaaaccaaaattaggtatgttttga 2212235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 174 - 270
Target Start/End: Original strand, 56054319 - 56054415
Alignment:
Q  174 catcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  56054319 catcatagatctaaaatatggattgaagttgtttggaacagaggatggatgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 56054415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 207 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 23539682 - 23539619
Alignment:
Q  207 tggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23539682 tggaacagaggatgagtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 23539619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1454 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold1454
Description:

Target: scaffold1454; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 269
Target Start/End: Original strand, 134 - 402
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  134 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggaatgatttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgcgttgaatattcaggatatt 233  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  234 caccaacactctgaaaatttgcattcaccattgacatatatccattaaattggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctatgatatggattaaa 333  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatg 269  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  334 gttgtttggaacagaggatgattgattgaaatttaatgcaaaaccaaaattagacatgttttgaggatg 402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Original strand, 43475318 - 43475582
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  43475318 tcttgctcttaggagt-gtatcctatggaattggagcgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 43475416  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43475417 aacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaagttg 43475516  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43475517 tttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 43475582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 33188280 - 33188015
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  33188280 tcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattaactcttgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatattcacc 33188181  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||| |||||||    
T  33188180 aacactctgaaaattttcattcaccattgacatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccataatagatctaaaatatggataaaagttg 33188081  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33188080 tttggaacagaggaagagtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 33188015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 4874318 - 4874054
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||     
T  4874318 tcttgctcttaggagttgtatcctctgaaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccactatttatttgtgatgaaaattcaggatattcact 4874219  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  4874218 aacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgg-ggtgtttgagatggatatcccatcatagatctataatatggataaaagttg 4874120  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4874119 tttagaacagaggatgagtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattaggcatgttttgaggatgt 4874054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 49027623 - 49027355
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49027623 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctgtaatttgaatgacttcattagcccctgtcattccaccgcaatttatttgtgttgaatatttaggatatt 49027524  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  49027523 caccaacactctgaaaattttcatccaccattg-catataaccattaaattggggtgtttgagatggatatcccatcatagatttatgatatggattaaa 49027425  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  49027424 gttgtttggaacagaggataggtgattgaaatttgatgcaaaatcaaaattaggtatgttttgaggatgt 49027355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 6045548 - 6045285
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  6045548 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 6045449  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  6045448 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattgaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 6045349  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  6045348 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 6045285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 42563833 - 42564096
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  42563833 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 42563932  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||    
T  42563933 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgatatggatatcccatcatagatctaaaatatagattaaa 42564032  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  42564033 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggaaaaacaaaaattagacatgttttga 42564096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 10424872 - 10424609
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  10424872 tttctcttgctctttggtgttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 10424773  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  10424772 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatagatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 10424673  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  10424672 gttgtttggaacagaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 10424609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 30415676 - 30415413
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  30415676 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 30415577  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  30415576 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 30415477  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  30415476 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 30415413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 60 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 26162685 - 26162481
Alignment:
Q  60 cattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcaccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtt 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26162685 cattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcaccaacactctgaaaattttcattcatcattggcatataaccattaaatggtggtgtt 26162586  T
Q  160 tgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgt 259  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  26162585 tgagatggatatcccatcatagatatctgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgcaaatccaaaattatgcatgt 26162486  T
Q  260 tttga 264  Q
    |||||    
T  26162485 tttga 26162481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 35472458 - 35472232
Alignment:
Q  18 agttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcaccaacactctgaaaa 117  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35472458 agttgtatcctctggaattagaatgacttcattaactcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcatcaacactctgaaaa 35472359  T
Q  118 ttttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagagg 217  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||                  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35472358 ttttcattcatcattggcatataaccattaaatggtggtgtttg------------------agatctctgatatggattaaagtggtttggaaaagagg 35472277  T
Q  218 atgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgtttt 262  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35472276 atgggtgattaaaatttgatgcaaaaccaaaattaggcatgtttt 35472232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 26157315 - 26157191
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26157315 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctgcaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 26157216  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  26157215 caccaacactctgaaaattttcatt 26157191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 25787863 - 25787658
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  25787863 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 25787764  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  25787763 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 25787667  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  25787666 gttttgatg 25787658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 25829820 - 25829615
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  25829820 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 25829721  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  25829720 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 25829624  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  25829623 gttttgatg 25829615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 74 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 42598508 - 42598313
Alignment:
Q  74 ttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatgg 167  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  42598508 ttatttgtgttgaaaattcaggatattggtttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatgg 42598409  T
Q  168 atatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatg 266  Q
    ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  42598408 atatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtacgttttgatg 42598313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Original strand, 17469366 - 17469597
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| ||||||||| |||  ||| ||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||||||      |||||||| | |||||||| |||||  ||    
T  17469366 tggagtgacttcatcagcaattgccatgccacgaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacattgtgaaaattatcattctcc 17469465  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  17469466 attggcatagaaccattaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgattggttga 17469562  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  17469563 aatttggtggaaaaccaaaattaggtatgttttga 17469597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 8 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 30689034 - 30688775
Alignment:
Q  8 tgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------c 101  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||| ||||| |||||||||||||   || ||| |||||| || |||||||||||||| |||||||| |||      |    
T  30689034 tgctcttaggagttgaatcttctggatttggagtgacttcattagcaactgccatgccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggaaattgagatgc 30688935  T
Q  102 accaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaag 201  Q
    |||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||     
T  30688934 accaacactgagaaaattttcattctccattggcatataaccataaaacgagggtgtttgagatgaatatctcatcatagatccataatatggatgaaa- 30688836  T
Q  202 ttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
      |||||||| |||| |||  || |||||||||| || ||||||||||||| | |||||||||    
T  30688835 --gtttggaatagagtatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattaagtatgttttga 30688775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 264
Target Start/End: Original strand, 47147223 - 47147454
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| ||||||||| |||  ||| ||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||||||      |||||||| | |||||||| |||||  ||    
T  47147223 tggagtgacttcatcagcaattgccatgccacgaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacattgtgaaaattatcattctcc 47147322  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  47147323 attggcatagaaccattaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgattggttga 47147419  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  47147420 aatttggtggaaaaccaaaattaggtatgttttga 47147454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 74 - 264
Target Start/End: Original strand, 33751288 - 33751481
Alignment:
Q  74 ttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatgg 167  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||      ||||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  33751288 ttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaacactgagaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatgg 33751387  T
Q  168 atatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| || |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||    
T  33751388 atatctcatcatagatccataatatgcatgaaa---gtttggaacagaggatgattggttgaaatttggtgcaaaaccaaaattaggtacgttttga 33751481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 264
Target Start/End: Original strand, 21228052 - 21228303
Alignment:
Q  16 ggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattca------ccaacac 109  Q
    ||||||| ||||| |||| ||| | |||||||||||||   |||||| |||||| || ||||||||||||||  ||| ||| |||||      |||||||    
T  21228052 ggagttgaatcctctggatttgaagtgacttcattagcgtctgtcatgccaccaagagttatttgtgttgaaagttcgggaaattcaggcgcaccaacac 21228151  T
Q  110 tctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttgg 209  Q
    || ||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||||||   | ||||    
T  21228152 tcggaacattttcattccccattgacatataagcattaaacgggggtgtttgagatgtatatctcattatagatccataatatggattaaa---gcttgg 21228248  T
Q  210 aaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |  ||||||||| |  |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  21228249 accagaggatggctagttgaaatttggtgcaaaaccaaaattaggtatgttttga 21228303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 36 - 266
Target Start/End: Original strand, 33936127 - 33936358
Alignment:
Q  36 tggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttacc 129  Q
    |||| |||||||||||||   || ||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      |||||||  |  |||||||||||||  ||    
T  33936127 tggagtgacttcattagcaactgccatgccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcaccaac--taggaaaattttcattctcc 33936224  T
Q  130 attgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattga 229  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || ||||    
T  33936225 attggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatgaatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttga 33936321  T
Q  230 aatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatg 266  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | |||||||||    
T  33936322 aatttggtggaaaaccaaaattaggtacgttttgatg 33936358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 264
Target Start/End: Original strand, 50034210 - 50034471
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt---- 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | |||| ||||| |||||||||||||   |||||| | |||| || ||||||||||| || ||||||||||||        
T  50034210 tcttactcttaggagttgaatcttctggacttggagtgacttcattagcaactgtcatgcaaccaagagttatttgtgttaaaaattcaggatattgaga 50034309  T
Q  101 --caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggatta 198  Q
      ||||||||||   |||| |||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |    
T  50034310 tgcaccaacactggaaaaaatttcattctccattggcatataaccattaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatgcatga 50034409  T
Q  199 aagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||    ||||| ||||||||||  || |||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||    
T  50034410 aa---atttgg-aaagaggatgactggttgaaatttggtgtaaaatcaaaattaggtatgttttga 50034471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 41 - 254
Target Start/End: Original strand, 50019941 - 50020157
Alignment:
Q  41 tgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattga 134  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||      ||||||||||  |||||||||||||   |||||     
T  50019941 tgacttcattagcaattgtcatgccaccaggggttatttgtgttgaaaattcaggatattgagatgcaccaacactgggaaaattttcattcttcattgg 50020040  T
Q  135 catataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaattt 234  Q
    ||||||| |||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||    
T  50020041 catataatcattaaacaggggtgtttgagatgaatatctcatcatagatccataatatgcatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaattt 50020137  T
Q  235 gatgaaaaaccaaaattagg 254  Q
    | || |||| ||||||||||    
T  50020138 ggtgtaaaatcaaaattagg 50020157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 101 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 21229657 - 21229497
Alignment:
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||    
T  21229657 caccaacactcagaacattttcattccccattggcatataagcattaaacgggggtgtttgagatggataacccaccatagatccataatatggattaaa 21229558  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
       |||| ||| |||||||   |  |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  21229557 ---gtttagaacagaggataaattgttgaaatttggtgcaaaaccaaaattaggtatgttttga 21229497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 113 - 264
Target Start/End: Original strand, 51974273 - 51974422
Alignment:
Q  113 gaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggt-ggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaa 211  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||   ||||||||    
T  51974273 gaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacggtgggtgttagagatggatatctcatcatagatccataatatgaattaaa---gtttggaa 51974369  T
Q  212 aagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
     | ||||||  || |||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||    
T  51974370 caaaggatgactggttgaaatttggtgcaaaatcaaaattaggtatgttttga 51974422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 140 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 49822970 - 49822847
Alignment:
Q  140 aaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatga 239  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||| ||   ||||| ||||||||  || |||||||||| ||     
T  49822970 aaccatcaaacgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaattt---tggaacagaggatgactggttgaaatttggtgg 49822874  T
Q  240 aaaaccaaaattaggcatgttttgatg 266  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||    
T  49822873 aaaaccaaaattaggtacgttttgatg 49822847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 266
Target Start/End: Original strand, 51435735 - 51435797
Alignment:
Q  204 gtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatg 266  Q
    |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  51435735 gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtacgttttgatg 51435797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 27945477 - 27945740
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  27945477 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 27945576  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  27945577 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 27945676  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  27945677 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 27945740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 29616737 - 29616474
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29616737 tttctcttgctcttaggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacggtttatttgtgatgaaaattcaggatatt 29616638  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  29616637 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 29616538  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  29616537 gttgtttggaatagaggatgagtgattgaaatttgaggcaaaactaaaattagacatgttttga 29616474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 40891647 - 40891910
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  40891647 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaattcaggatatt 40891746  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  40891747 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 40891846  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  40891847 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 40891910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 32973570 - 32973307
Alignment:
Q  1 tttctcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  32973570 tttctcttgctctttggagttgtatcctctggagttggagcaacttcattatctcgtgtcattccaccacgatttatttgtgatgaaaaatcaggatatt 32973471  T
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  32973470 caccaacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatgaatatcccatcatagatctaaaatatggattaaa 32973371  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  32973370 gttgtttggaacaaaggatgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacatgttttga 32973307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 5 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27406250 - 27406029
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  27406250 tcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttttttgtgatgaaaattcaggatattcacc 27406151  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttg 204  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  27406150 aacactttgaaaaatttcattcaccattggcatataaccattaaatgagggtttttgagacggatatcccatcatagatctataatatggattgaagttg 27406051  T
Q  205 tttggaaaagaggatgggtgat 226  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  27406050 tttggaacagaggatgggtgat 27406029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 30646073 - 30645884
Alignment:
Q  5 tcttgctcttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattcacc 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  30646073 tcttgctcttaggagttgtatcctctggaattggagtgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttatgatgaaaattcaggatattcacc 30645974  T
Q  105 aacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatgg 194  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  30645973 aacactctgaaaattttcattcaccattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatcacatcatagatctataatatgg 30645884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Original strand, 4579975 - 4580180
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  4579975 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattgggttgcatcaacactaggaaaattttcatttcccattggcatataaccattaaacgggggtg 4580074  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  4580075 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 4580171  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  4580172 gttttgatg 4580180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31012184 - 31011979
Alignment:
Q  64 ccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtg 157  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||      || |||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31012184 ccaccaggagttatttgtgttgaaaattcaggatattggtttgcatcaacactaggaaaattttcattccccattggcatataaccattaaacgggggtg 31012085  T
Q  158 tttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcat 257  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||| |     
T  31012084 tttgagatggatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaacagaggatgactggttgaaatttggtgaaaaaccaaaattaggtac 31011988  T
Q  258 gttttgatg 266  Q
    |||||||||    
T  31011987 gttttgatg 31011979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 113 - 264
Target Start/End: Original strand, 7827148 - 7827296
Alignment:
Q  113 gaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaa 212  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||   ||||||||     
T  7827148 gaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacgagggtgtttgagatgaatatctcatcatagatccataatatggatgaaa---gtttggaac 7827244  T
Q  213 agaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  7827245 agaggatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattaggtatgttttga 7827296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 264
Target Start/End: Original strand, 25033177 - 25033369
Alignment:
Q  74 ttatttgtgttgaatattcaggatatt------caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatgg 167  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||      ||| ||||||  |||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  25033177 ttatttgtgttgaaaattcaggatattgagttgcactaacactgggaaaattttcattctccattggcatataaccaataaacgg-ggtgtttgagatgg 25033275  T
Q  168 atatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||| | |||||||||   || || ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  25033276 atatctcatcatagatccataataagcattaaagtt---tgaaacagaggatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattaggtatgttttga 25033369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 101 - 254
Target Start/End: Original strand, 36609641 - 36609790
Alignment:
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||| | |||||||  | | |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||| |||||    
T  36609641 caccaacactcggaacattttcattccccattgacatatcaacattaaacagggatgtttgagatagatatcccatcatagatccataatatgg-ttaaa 36609739  T
Q  201 gttgtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattagg 254  Q
       |||||||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  36609740 ---gtttggaacagaggatgattgattgaaatttggtgcaaaaccaaaattagg 36609790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 101 - 204
Target Start/End: Original strand, 21367630 - 21367733
Alignment:
Q  101 caccaacactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaa 200  Q
    ||||||||||  |||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||    
T  21367630 caccaacactaggaaaattttcattcttcattggcatataaccattaaatgggggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatgcatgaaa 21367729  T
Q  201 gttg 204  Q
    ||||    
T  21367730 gttg 21367733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 30645887 - 30645835
Alignment:
Q  218 atgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttgatgatgt 270  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  30645887 atgggtgattgaaatttgaggcaaaaccaaaattagacctgttttgaggatgt 30645835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 204 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 41152825 - 41152765
Alignment:
Q  204 gtttggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    |||||||| ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||    
T  41152825 gtttggaagagaggatgattggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattagatatgttttga 41152765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0758 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0758
Description:

Target: scaffold0758; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 113 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 6756 - 6608
Alignment:
Q  113 gaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtttggaaa 212  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||   ||||||||     
T  6756 gaaaattttcattctccattggcatataaccattaaacgagggtgtttgagatggatatctcatcatagatccataatatgcatgaaa---gtttggaac 6660  T
Q  213 agaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||||||  || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  6659 agaggatgactggttgaaatttggtgtaaaaccaaaattaggtatgttttga 6608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 166531 - 166277
Alignment:
Q  13 ttaggagttgtatcctttggaattggaatgacttcattagctcttgtcattccaccacgatttatttgtgttgaatattcaggatattca------ccaa 106  Q
    |||||||||| ||||| || | ||||| ||||||||||||| |  ||||| || ||| || |||||||||||||| |||  ||| |||||      ||||    
T  166531 ttaggagttgaatcctctgaatttggagtgacttcattagcaccagtcatgccgccaagagttatttgtgttgaaaattggggaaattcaggtgcaccaa 166432  T
Q  107 cactctgaaaattttcatttaccattgacatataaccattaaatggtggtgtttgagatggatatcccatcacagatctatgatatggattaaagttgtt 206  Q
     |||| ||| ||||| |||  |||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||   |||    
T  166431 tactcggaacatttttattccccattggcatataagcattaaacgggggtgtttgagatggatatgtcatcatagatccttaatatggattaaa---gtt 166335  T
Q  207 tggaaaagaggatgggtgattgaaatttgatgaaaaaccaaaattaggcatgttttga 264  Q
    ||||| | ||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  166334 tggaacataggatggctggttgaaatgtgatgcaaaaccaaaattaggtatattttga 166277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1207 times since January 2019
Visitors: 1293