View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0100_low_1 (Length: 483)

Name: NF0100_low_1
Description: NF0100
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0100_low_1
NF0100_low_1
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (223-389)||(12131087-12131253)
chr2 (80-230)||(12131580-12131730)
chr2 (83-385)||(18345927-18346219)
chr2 (88-377)||(88004-88285)
chr2 (208-385)||(34696355-34696532)
chr2 (208-385)||(34718767-34718944)
chr2 (117-385)||(39826308-39826568)
chr2 (216-318)||(20515086-20515188)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (84-389)||(29368485-29368781)
chr6 (215-384)||(19364399-19364568)
chr6 (87-385)||(15606454-15606744)
chr6 (84-385)||(30802423-30802716)
chr6 (208-383)||(11732105-11732275)
chr6 (276-385)||(14679783-14679892)
chr6 (87-197)||(30803178-30803287)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (80-385)||(16097920-16098217)
chr7 (84-377)||(17876855-17877139)
chr7 (82-385)||(1581054-1581349)
chr7 (87-390)||(22288685-22288980)
chr7 (164-385)||(16731466-16731667)
chr7 (164-385)||(17709600-17709801)
chr7 (117-385)||(9329054-9329314)
chr7 (269-385)||(29201404-29201520)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (80-384)||(55734446-55734742)
chr4 (84-385)||(2064294-2064587)
chr4 (87-385)||(28538238-28538528)
chr4 (123-385)||(18442597-18442851)
chr4 (80-376)||(49950760-49951048)
chr4 (87-385)||(51259983-51260272)
chr4 (152-385)||(37246310-37246536)
chr4 (155-385)||(29656118-29656341)
chr4 (119-385)||(28425671-28425929)
chr4 (261-385)||(51735425-51735549)
chr4 (287-385)||(56065265-56065363)
chr4 (117-318)||(32577551-32577744)
chr4 (152-295)||(56063510-56063646)
chr4 (117-197)||(26422863-26422942)
chr4 (337-385)||(32577499-32577547)
chr4 (326-385)||(49119840-49119899)
chr4 (336-389)||(43840738-43840791)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (88-377)||(5608784-5609065)
chr1 (219-385)||(36733261-36733427)
chr1 (163-389)||(51112834-51113053)
chr1 (340-385)||(44526954-44526999)
chr1 (87-135)||(51112759-51112807)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (80-385)||(53496494-53496778)
chr3 (96-385)||(55198973-55199254)
chr3 (300-385)||(1070661-1070746)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (117-385)||(40589168-40589428)
chr8 (152-389)||(43318477-43318707)
chr8 (117-385)||(7126697-7126957)
chr8 (101-318)||(21371558-21371767)
chr8 (287-385)||(8451576-8451674)
chr8 (276-385)||(478509-478618)
chr8 (156-197)||(8451747-8451788)
chr8 (152-197)||(478689-478734)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (208-385)||(27533360-27533537)
chr5 (152-382)||(27291951-27292177)
chr5 (80-311)||(26295795-26296018)
chr5 (208-384)||(30223253-30223429)
chr5 (152-377)||(25730349-25730567)
chr5 (82-383)||(20204400-20204688)
chr5 (117-385)||(22767710-22767970)
chr5 (110-385)||(12659811-12660078)
chr5 (87-385)||(8387525-8387820)
chr5 (296-389)||(15989198-15989291)
chr5 (261-385)||(41941188-41941311)
chr5 (300-385)||(34654044-34654129)
chr5 (84-135)||(27284977-27285028)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 223 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 12131253 - 12131087
Alignment:
Q  223 ggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaaga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12131253 ggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgcgtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttttgatatatgtcgttcagaaagtcaaga 12131154  T
Q  323 tattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttgaaat 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12131153 tattgttggtcggatgactttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttgaaat 12131087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 80 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 12131730 - 12131580
Alignment:
Q  80 gcagagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgac 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12131730 gcagagagtgtgttctgacgcgtcttcggttacaatcacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaaatgtgatacgaatgttgaggatgattgac 12131631  T
Q  180 atgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgg 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12131630 atgtttttgtgggttgtaacttgtaagttgacgcatgagagttggtattgg 12131580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18346219 - 18345927
Alignment:
Q  83 gagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatg 182  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||| || || || | ||   |||||||||  ||||||||| |||||  |||    
T  18346219 gagagtttgttctgacgcgtctccgattacaatcacgatatatacaatgtgacatgatttgtctctgg-tgtgatacggttgttgaggacgattggtatg 18346121  T
Q  183 tttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttga 282  Q
     ||| ||||||||||        | | |||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  18346120 cttt-gtgggttgtac-------ggtagcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaaccgtgagttggaactgtgagcagtttga 18346029  T
Q  283 cagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcat 382  Q
     ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18346028 tagattttgtttttgatatatgtcgtttagaaagccgagacattgctggtcgg-tggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcat 18345930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 88 - 377
Target Start/End: Original strand, 88004 - 88285
Alignment:
Q  88 tgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgttttt 187  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||   |||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||    
T  88004 tgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacggcatgtacaatgtgaggtgatctgcccctcg-tgtgatacggttgttgaggatgattggcatgctttt 88102  T
Q  188 gtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagat 287  Q
    ||||||||||        | ||||   ||||||||||||||||||||| |||| |  ||||| |||| || | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  88103 gtgggttgtac-------ggtggcatgtgagagttggtattgggcaggactttcgattgtgcggcaatcgcgagttggaactgtgagcagtttggcagat 88195  T
Q  288 tttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgat 377  Q
    ||| ||| |||||||||||| | |||||| | ||| |||| ||||||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  88196 tttgtttttgatatatgtcgcttagaaagccgagacattgctggtcgggtggcttcacttctttggaaaatttgggctgcacgtaatgat 88285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 208 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 34696532 - 34696355
Alignment:
Q  208 tggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcg 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||| || || | |||||||||| |||||||||| ||||||||  || |||||||||| |    
T  34696532 tggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcaactgtgctgaaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttgcttttgatatatgttg 34696433  T
Q  308 ttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||||||| | ||| |||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34696432 ttcagaaagccgagacattgctagtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcaagtaatgatgtcatttg 34696355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 208 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 34718944 - 34718767
Alignment:
Q  208 tggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcg 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||| || || | |||||||||| |||||||||| ||||||||  || |||||||||| |    
T  34718944 tggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcaactgtgctgaaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttgcttttgatatatgttg 34718845  T
Q  308 ttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||||||| | ||| |||| | ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34718844 ttcagaaagccgagacattgctagtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcaagtaatgatgtcatttg 34718767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 117 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 39826568 - 39826308
Alignment:
Q  117 acgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatg 216  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||||||||   |||||||||  ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||        | | |||| ||    
T  39826568 acgatatgtacaatgtgaggtgatctgcccctgg-tgtgatacggctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtac-------gattgcgcgtg 39826477  T
Q  217 agagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaag 316  Q
    | ||||||||||||||||| ||||    |||||| ||| || | |||||||||| |||| | |||  ||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||    
T  39826476 aaagttggtattgggcaggactttcaactgtgctacaaacgcgagttggaactgagagccgcttgttagattttgtttttgacatatgttgttcagaaag 39826377  T
Q  317 tcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
     | ||| | || ||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39826376 ccgagacactgctggtcgagtggctttacttctttggcaaatttgggctgctcgtaatgatgtcatttg 39826308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 216 - 318
Target Start/End: Original strand, 20515086 - 20515188
Alignment:
Q  216 gagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaa 315  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||    |||||||||| || | |||||||||  ||  |||||| |||||||| ||| ||| |||||| |||||||||    
T  20515086 gagagttggtatttggcaggactttcaactgtgctgcaaacgcgagttggaactaagactagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaa 20515185  T
Q  316 gtc 318  Q
    |||    
T  20515186 gtc 20515188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 84 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 29368781 - 29368485
Alignment:
Q  84 agagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgt 183  Q
    ||||||||||| ||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||     
T  29368781 agagtgtgttccgacacgtcttcgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtccctga-tgtgatacgactgttgaggatgattggcatgc 29368683  T
Q  184 ttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgac 283  Q
    ||||||||||||||       ||| ||| |||||||||||||||||| ||||  ||| |  ||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||    
T  29368682 ttttgtgggttgtac------agt-ggcacatgagagttggtattggccagga-tttcgactgtgctgcaaccgcgagttgaaactatgagcagtttgac 29368591  T
Q  284 agattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatt 383  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  29368590 agattttgtttttgatgtatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctggacgtaatgatgtcact 29368491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 215 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 19364568 - 19364399
Alignment:
Q  215 tgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaa 314  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |   ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  19364568 tgagagttggtattgggctgggctttcgatagtgttgcaaccgtgagttggaactgtgagcagtttgacaaattttatttttcatatatgtcgttcagaa 19364469  T
Q  315 agtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcattt 384  Q
    || ||||| |||| |||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19364468 agccaagacattggtggtcggatggctttatttctttagcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcattt 19364399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 87 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 15606744 - 15606454
Alignment:
Q  87 gtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttt 186  Q
    ||||||||  |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| | ||||  ||||   |||||||    |||||||||||||| |||| ||||    
T  15606744 gtgtgttccaacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctttccctgg-tgtgatagagctgttgaggatgattaacatatttt 15606646  T
Q  187 tgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacaga 286  Q
    |||||||| ||        | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||||| || | ||||| ||| ||||||||||| || |    
T  15606645 tgtgggttatat-------ggtggcgcatgagtgttggtattgggcagggctttcgaccgtgctgcaagcgcgagttggcactttgagcagtttggcaaa 15606553  T
Q  287 ttttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||| | | ||| |||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15606552 ttttgtctttgacatatgttgttctgaaagtcgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgttatttg 15606454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 84 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30802716 - 30802423
Alignment:
Q  84 agagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgt 183  Q
    ||||||||||| ||| |||||| |  |||||| ||||||||||||| ||||| | ||||| ||||   |||||||||| |||||| ||| |||| |||||    
T  30802716 agagtgtgttccgacacgtctctgactacaatcacgacatgtacaacgtgaggtgatctgtccctgg-tgtgatacgactgttgaagattattggcatgt 30802618  T
Q  184 ttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgac 283  Q
    ||| |||||||||||       | |||||| |||||||||| ||| || ||| |||| |  ||| |||||| |  | ||||||| || ||| ||||||      
T  30802617 tttagtgggttgtaa-------ggtggcgcgtgagagttggcattaggaaggactttcgactgtactgcaaacacgagttggaattgagagaagtttgga 30802525  T
Q  284 agattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatt 383  Q
    ||||||| ||| | | |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30802524 agattttgtttttaacatatgttgttcaaaaagtcgagacattgttggtagggtgactttacttctttggcaaatttgggttgcacgtaatgatgtcatt 30802425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 208 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 11732275 - 11732105
Alignment:
Q  208 tggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcg 307  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |||||| |  |||| |||||||  | ||||||| |||||||||||| | |  |||| |||     ||||||||    
T  11732275 tggcgcgtgagagttggtattaggcaaggctttcgaatgtgttgcaaccacgagttggaattgtgagcagtttaataagttttgttt-----atatgtcg 11732181  T
Q  308 ttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatt 383  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||||  || ||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11732180 ttcagaaagccgagacattgttggtcgagtggctttacttctttcgaaaatttgtgctgcacgtaatgatgtcatt 11732105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 276 - 385
Target Start/End: Original strand, 14679783 - 14679892
Alignment:
Q  276 agtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatg 375  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||| | ||| || | ||||||| || ||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  14679783 agtttggcagattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagccgagacatagctggtcgggtggctttacttcttttacaaatttggcctgcacgtaatg 14679882  T
Q  376 atgtcatttg 385  Q
    ||||||||||    
T  14679883 atgtcatttg 14679892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 87 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 30803287 - 30803178
Alignment:
Q  87 gtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttt 186  Q
    ||||||| ||||| |||||||  |||||| |||||||||| |||||||| | || ||  | ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30803287 gtgtgttatgacgtgtctccgactacaatcacgacatgtataatgtgaggtgatatgtacatag-tgtgatacgactgttgaagatgattgacatgtttt 30803189  T
Q  187 tgtgggttgta 197  Q
    |||||||||||    
T  30803188 tgtgggttgta 30803178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 80 - 385
Target Start/End: Original strand, 16097920 - 16098217
Alignment:
Q  80 gcagagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgac 179  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||||||||| ||||||||| ||||  |    
T  16097920 gcagagagtgtgttccgacgcatctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatctgtccctgg-tgtgatacgactgttgaggacgatttgc 16098018  T
Q  180 atgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtt 279  Q
    ||| |||| |||||||||        | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |  ||| ||||| | | || |||||||| ||||||  |    
T  16098019 atgcttttatgggttgtac-------ggtggcgcatgagagttggtattgggtagggatttcgactgttctgcatctgcgtattggaactatgagcatgt 16098111  T
Q  280 tgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgt 379  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16098112 tgacagattttgtttttgatatatgtcgttaagaaagccgagacattgctggtcgggtgactttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgt 16098211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 84 - 377
Target Start/End: Original strand, 17876855 - 17877139
Alignment:
Q  84 agagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgt 183  Q
    ||||||||||  | ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||  || || || ||||   |||||||||   |||||||||||||| ||||     
T  17876855 agagtgtgtttcggcgcgtcttcggttacaatcacaacatgtacaatgtgcaatgatatgtccctgg-tgtgatacggcagttgaggatgattggcatgc 17876953  T
Q  184 ttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgac 283  Q
    ||||||||        ||||| | ||| |  ||||||||||||||||| ||| |||||   | |||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  17876954 ttttgtgg--------ttgtacggtggtgtgtgagagttggtattgggaaggtcttttaactttgctgcaaccgcaagttggaactgtgagcagtttgac 17877045  T
Q  284 agattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgat 377  Q
    | ||||||||| |||||||||||| |||||||| |  || |||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  17877046 aaattttatttttgatatatgtcggtcagaaagccgcgacattgctggtcgggtgactttacttctttgacaaatttgggctacacgtaatgat 17877139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 82 - 385
Target Start/End: Original strand, 1581054 - 1581349
Alignment:
Q  82 agagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacat 181  Q
    ||||||||||||| |||||  || || ||||||| ||||||||||||||||||||| || || || |   | ||| ||   ||||||||||||||| |||    
T  1581054 agagagtgtgttccgacgctccttcgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtcctttg-tctgaaacagttgttgaggatgattggcat 1581152  T
Q  182 gtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttg 281  Q
    | ||||||||||||||        | |||||| |||||||| ||||||||||||||||  |  | || | |||||| | ||| |||||||||| ||||||    
T  1581153 gcttttgtgggttgtac-------ggtggcgcgtgagagtttgtattgggcagggcttgcgactatgttccaaccgcgagtttgaactgtgagaagtttg 1581245  T
Q  282 acagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtca 381  Q
      ||| ||| | | |||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1581246 gtagactttgtctttgatatatgtcgttcaaaaagccgagacattgttggtcaggtggctttatttctttggcaaatttgggctgcacgaaatgatgtca 1581345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 87 - 390
Target Start/End: Original strand, 22288685 - 22288980
Alignment:
Q  87 gtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttt 186  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| |  | || || |   |||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||    
T  22288685 gtgtgttccgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtgg-tgtgatacgactgttgaggatgattggcatgcgtt 22288783  T
Q  187 tgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacaga 286  Q
    |||||||||||        | |||||||||||||||||||||||||||  |||| |  |||||||||| |  | ||||| ||||  ||  |||||  |||    
T  22288784 tgtgggttgtac-------ggtggcgcatgagagttggtattgggcagaactttcgaatgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtggtttggtaga 22288876  T
Q  287 ttttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttga 386  Q
    |||| ||| ||| |||||| |||| |||| || ||| |  | ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||     
T  22288877 ttttgtttttgacatatgttgttccgaaaatcgagacacagctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttggactgcacgtaacgatgtcatttgg 22288976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 164 - 385
Target Start/End: Original strand, 16731466 - 16731667
Alignment:
Q  164 gttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgtt 263  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||       | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||                
T  16731466 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataa-------ggtggcgcgtgagagttggtattgggcggggcttttgactgtgctg------------ 16731546  T
Q  264 ggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttggg 363  Q
     |||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||| | | |||||||| | ||| |||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||     
T  16731547 -gaactgtgagtagtttggcagattttgtttttgatatatattgctcagaaagccgagacattgttggtcgggtggctttacttcttttgcaaatttgga 16731645  T
Q  364 ctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16731646 ctgcacgtaatgatgtcatttg 16731667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 164 - 385
Target Start/End: Original strand, 17709600 - 17709801
Alignment:
Q  164 gttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgtt 263  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||       | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||                
T  17709600 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataa-------ggtggcgcgtgagagttggtattgggcggggcttttgactgtgctg------------ 17709680  T
Q  264 ggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttggg 363  Q
     |||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||| | | |||||||| | ||| |||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||     
T  17709681 -gaactgtgagtagtttggcagattttgtttttgatatatattgctcagaaagccgagacattgttggtcgggtggctttacttcttttgcaaatttgga 17709779  T
Q  364 ctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  17709780 ctgcacgtaatgatgtcatttg 17709801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 117 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 9329314 - 9329054
Alignment:
Q  117 acgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatg 216  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||   |||| |||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||        | |  ||| ||    
T  9329314 acgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctgg-tgtggtacagttgttgaggatgattggcatgttttcgtgggttgtac-------ggttccgcgtg 9329223  T
Q  217 agagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaag 316  Q
    | ||||||||||||| | | |||| |  |||| ||||| || | |||||||||| |||| | |||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||    
T  9329222 aaagttggtattgggtaagactttcgactgtgttgcaaacgtgagttggaactgagagccgcttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaag 9329123  T
Q  317 tcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
     | ||| | || |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  9329122 ccgagacactgctggtcgaatgactttacttctttagcaaatttgggctgctcataatgatgtcatttg 9329054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 269 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29201520 - 29201404
Alignment:
Q  269 tgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgca 368  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||||| ||||| |||||| ||| || | ||||||| ||  |||||||| |||||||||||||  ||||    
T  29201520 tgtgagtagtttgacatattttgtttttgacatatgttgttcaaaaagtcgagacatggctggtcgggtggttttacttctttggcaaatttggattgca 29201421  T
Q  369 cgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||||||||||||||||    
T  29201420 cgtaatgatgtcatttg 29201404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 80 - 384
Target Start/End: Original strand, 55734446 - 55734742
Alignment:
Q  80 gcagagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgac 179  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||  ||||||||||||||| |    
T  55734446 gcagagtgtgtgttccgacgtgtctccgattacaatcacgatatgtacaatgtgagatgatctgcccctggg-gtgatacggctgttgaggatgattggc 55734544  T
Q  180 atgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtt 279  Q
    ||| ||||||||||||||        | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  |  |||||| | ||||||| |    
T  55734545 atgcttttgtgggttgtac-------ggtggcgcgtgagagttggtattgcgcagggcttttgactgtgctgcaaccacgaattggaattatgagcagct 55734637  T
Q  280 tgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgt 379  Q
    || |||||||| ||| |||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  55734638 tggcagattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagacgagatattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatat 55734737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 84 - 385
Target Start/End: Original strand, 2064294 - 2064587
Alignment:
Q  84 agagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgt 183  Q
    ||||||||||| ||| ||  |||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| |||||   ||| |||| | ||||||||||||||| ||||     
T  2064294 agagtgtgttccgactcgattccggttacaatcacagcatgtacaatgtgagatgatcttcccctgg-tgtaatacaactgttgaggatgattggcatgc 2064392  T
Q  184 ttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgac 283  Q
    ||||||||||||||        | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||   |||| |||||| | | ||||||||||||||||||||| |    
T  2064393 ttttgtgggttgtac-------gatggcgcgtgagagttggaattgggcagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggc 2064485  T
Q  284 agattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatt 383  Q
    |||||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064486 agattttgctttagatatatctcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatt 2064585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 87 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 28538528 - 28538238
Alignment:
Q  87 gtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttt 186  Q
    |||||||| |||||  || || ||||||| | |||||||||||||||||||  | || ||||   ||| | |||| |||||||||||||||||| | |||    
T  28538528 gtgtgttccgacgcaccttcgattacaatcaagacatgtacaatgtgagatggtatgtccctgg-tgtaaaacgactgttgaggatgattgacaagcttt 28538430  T
Q  187 tgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacaga 286  Q
    |||||||||||        | |||| || ||||||||||| |||| |||||||  |  || |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  28538429 tgtgggttgtac-------ggtggcacaagagagttggtactgggtagggcttgcgactgcgctgcaaccgcgagttggaactgtgagcagtttggcaga 28538337  T
Q  287 ttttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
     ||| ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28538336 ctttgtttttgatatatgtcgttcagaaagccgagatattgctggtcgggtggctgtacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 28538238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18442851 - 18442597
Alignment:
Q  123 tgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagtt 222  Q
    |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||        | |||||| ||||||||    
T  18442851 tgtacaatgtgagatgttctgcccctgg-tgtgatacgactattgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtac-------ggtggcgcgtgagagtt 18442760  T
Q  223 ggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaaga 322  Q
    |||||||| || ||||||||  ||||||||||| | |  || ||||| ||||||||||| |||||||| | | |||||||||||| |||||||| | |||    
T  18442759 ggtattggacatggcttttgactgtgctgcaactgcgaattagaactatgagcagtttggcagattttgtatttgatatatgtcgctcagaaagccgaga 18442660  T
Q  323 tattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||| ||||| | || ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18442659 tattgctggtcaggtggctttacttctttggaaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttg 18442597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 80 - 376
Target Start/End: Original strand, 49950760 - 49951048
Alignment:
Q  80 gcagagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgac 179  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||| |   ||| |||   | |||||||||||||| |    
T  49950760 gcagagagtgtgttccgacgcgtctccggttacaatcacgacatgtacaatgcgagagaatctgcccttgg-tgtaataaagacgttgaggatgattggc 49950858  T
Q  180 atgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtt 279  Q
    ||| ||||||||||||||        | ||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||   | |||||||||||||| ||    
T  49950859 atgcttttgtgggttgtac-------ggtggcgcgcgagagttagtattgggcggggcttttgactgtgctgcaaccgcaagctggaactgtgagcaatt 49950951  T
Q  280 tgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatga 376  Q
    || |||||||| ||| |||||||||||| |||||||| | ||| |||| |||||||  | ||||||||| |||||||||||| | |||| |||||||    
T  49950952 tggcagattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagccgagacattgctggtcgggcggctttacttctttggcaaatttgagttgcatgtaatga 49951048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 87 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 51260272 - 51259983
Alignment:
Q  87 gtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttt 186  Q
    ||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||| |  | ||||| |   |||||||| | ||||||||||||||| |||| |||    
T  51260272 gtgtgttctgatgcgtctccgactacaatcacgacatgtactatgtgaggtgctatgcccttgg-tgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttt 51260174  T
Q  187 tgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacaga 286  Q
    |||||||||||        | ||| || |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |  | ||||| ||||  || |||||| ||||    
T  51260173 tgtgggttgtac-------ggtggtgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcaga 51260081  T
Q  287 ttttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||| ||| ||| |||||| |||| |||| || ||| | |||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  51260080 ttttgtttttgacatatgttgttc-gaaaatcgagacactgttggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaaagatgtcatttg 51259983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 152 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 37246536 - 37246310
Alignment:
Q  152 tgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctg 251  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||        | |||||  ||| |||||||||||| |||| |||| |  |||| ||    
T  37246536 tgtgatacggatgttgaggatgattggcatgcttttgtgggctgtac-------ggtggcgagtgaaagttggtattggacaggactttcgactgtgttg 37246444  T
Q  252 caaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgtt 351  Q
    ||| || | |||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||||| |||||||||| | ||| |||| ||||||  || ||||||||| ||    
T  37246443 caaacgcgagttggaactgagagtagtttgacaaattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacattgctggtcgtgtggctttacttcttt 37246344  T
Q  352 ggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37246343 ggaaaatttgggctgcatgtaatgatgtcatttg 37246310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 155 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29656341 - 29656118
Alignment:
Q  155 gatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaa 254  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||        | |||||||||||||||||||||||||||| ||||    | || |||||    
T  29656341 gatacgaatgttgaggatgactgacttgcttttgtgggttgtac-------ggtggcgcatgagagttggtattgggcaggactttcaactatgatgcaa 29656249  T
Q  255 ccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggc 354  Q
        | ||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| | ||| ||||||| |||  || ||||| ||  |||||    
T  29656248 agacgagttggaactgaaagcagtttgacagattttgtttatgatatatgttgttcagaaagccgagacattgttgctcgcgtggctttatttatttggc 29656149  T
Q  355 aaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  29656148 aaatttgggcagcacataatgatgtcgtttg 29656118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 119 - 385
Target Start/End: Original strand, 28425671 - 28425929
Alignment:
Q  119 gacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgag 218  Q
    ||||||||||||||||| |  | |||||||   |||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||        | | |||| |||     
T  28425671 gacatgtacaatgtgagttggtttgcccctgt-tgtgatacggctgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtac-------ggttgcgcgtgaa 28425762  T
Q  219 agttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtc 318  Q
    ||||||||||||||||| |||| |  |||||||||| || |||||||||||| |||| | ||| |||||||| ||| |||  ||||| |||||||||| |    
T  28425763 agttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgtgttggaactgagagccgcttggcagattttgtttttgacgtatgttgttcagaaagcc 28425862  T
Q  319 aagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
     | | | |||||||||  || |||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  28425863 gaaacactgttggtcgagtggctttccttctttggcaaatttaggctgctcgtaatgatgtcatttg 28425929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 261 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 51735549 - 51735425
Alignment:
Q  261 gttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaattt 360  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||   ||| |||| |||| || || ||||||||| ||| |||||||    
T  51735549 gttggaactgagagcaatttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctcagacattgctggttgggtggctttacttctttgacaaattt 51735450  T
Q  361 gggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    | ||||||| |||||||||||||||    
T  51735449 gagctgcacataatgatgtcatttg 51735425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 287 - 385
Target Start/End: Original strand, 56065265 - 56065363
Alignment:
Q  287 ttttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||| ||| ||| |||||| ||||||||| || ||| | |||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  56065265 ttttttttttgacatatgttgttcagaaaatcgagacactgttggtcgggtgtttttacttctttggcaaatttgggctgcccgtaatgatgtcatttg 56065363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 117 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 32577744 - 32577551
Alignment:
Q  117 acgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatg 216  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||   ||||||||   ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||        | | |||| ||    
T  32577744 acgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctgg-tgtgatacagctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtac-------ggttgcgcgtg 32577653  T
Q  217 agagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaag 316  Q
    | |||||||||| |||||| |||| |  |||||||||| || | ||||||| || |||||| ||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||    
T  32577652 aaagttggtattaggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaattgagagcagcttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaag 32577553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 295
Target Start/End: Original strand, 56063510 - 56063646
Alignment:
Q  152 tgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctg 251  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| | ||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||    
T  56063510 tgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtaccgtg-------gcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctg 56063602  T
Q  252 caaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttg 295  Q
    ||| |  | ||||| ||||  || |||||| |||||||| ||||    
T  56063603 caatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagattttttttg 56063646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 26422942 - 26422863
Alignment:
Q  117 acgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgta 197  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||||||  ||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||    
T  26422942 acgacatgtacaatgtgaggtgatctg-cccttagtgtgatacggctgttgaggaagattggcatgctttcgtgggttgta 26422863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 32577547 - 32577499
Alignment:
Q  337 tgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  32577547 tgactttacttctttggaaaatttaggctgctcgtaatgatgtcatttg 32577499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 49119899 - 49119840
Alignment:
Q  326 tgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||||||||  || |||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  49119899 tgttggtcgagtggctttccttctttggcaaatttaggctgctcgtaatgatgtcatttg 49119840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 43840791 - 43840738
Alignment:
Q  336 atgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttgaaat 389  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||    
T  43840791 atgactttacttctttgacaaatttgagttgcacgcaatgatgtcatttaaaat 43840738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 88 - 377
Target Start/End: Original strand, 5608784 - 5609065
Alignment:
Q  88 tgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgttttt 187  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | || || || |   |||||||| | |||||||||||||||  ||| ||||    
T  5608784 tgtgttctgacgcgtctccgattacaatcatgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccttgg-tgtgatacaattgttgaggatgattggaatgctttt 5608882  T
Q  188 gtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagat 287  Q
    ||||||||||   |||     ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |  ||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||    
T  5608883 gtgggttgtac--tgt-----ggcgcgtgagagttggtattgggcaggactttcgactgtgcggcaaccgcgagttggaactgtgagtagtttggcagat 5608975  T
Q  288 tttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgat 377  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  5608976 tttatttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgttggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcatgcaatgat 5609065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 219 - 385
Target Start/End: Original strand, 36733261 - 36733427
Alignment:
Q  219 agttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtc 318  Q
    ||||||||||||||||  |||| |  |||||||||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||     
T  36733261 agttggtattgggcagaactttcgactgtgctgcaaacgcgaattggaactgagagcagtttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagtt 36733360  T
Q  319 aagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
     ||| |||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733361 gagacattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 36733427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 163 - 389
Target Start/End: Original strand, 51112834 - 51113053
Alignment:
Q  163 tgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgt 262  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||        | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |  | ||    
T  51112834 tgttgagaatgattggcatgtttttgtgggttgtac-------ggtggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgattgtgctgcaatcacgagt 51112926  T
Q  263 tggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgg 362  Q
    ||| ||||  || |||||| |||||||| ||| ||| |||||| |||| |||| || ||| | || ||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  51112927 tggcactgcaagtagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttccgaaaatcgagacactgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgg 51113026  T
Q  363 gctgcacgtaatgatgtcatttgaaat 389  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  51113027 gttgcacgtaatgatgtcatttgaaat 51113053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 340 - 385
Target Start/End: Original strand, 44526954 - 44526999
Alignment:
Q  340 ctttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44526954 ctttatttctttggcaaatttggactgcacgtaatgatgtcatttg 44526999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 87 - 135
Target Start/End: Original strand, 51112759 - 51112807
Alignment:
Q  87 gtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgag 135  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  51112759 gtgtgttccgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgag 51112807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 80 - 385
Target Start/End: Original strand, 53496494 - 53496778
Alignment:
Q  80 gcagagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgac 179  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| || |   |||||||||||||||||||||||||| |    
T  53496494 gcagagagtgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtccgtgg-tgtgatacgaatgttgaggatgattggc 53496592  T
Q  180 atgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtt 279  Q
    ||| ||||||||||||||        | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||             |||||| ||||    
T  53496593 atgcttttgtgggttgtac-------ggtagcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaac-------------tgtgagaagtt 53496672  T
Q  280 tgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgt 379  Q
    || | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53496673 tggctgattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcgggtagctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgt 53496772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 96 - 385
Target Start/End: Original strand, 55198973 - 55199254
Alignment:
Q  96 gacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttg 195  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||  | ||  | |   ||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  55198973 gacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgagatgctatgttcgtgg-tgtgatacagttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggttg 55199071  T
Q  196 taacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttg 295  Q
    ||        | |||| | ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| |  | ||||| ||||  || |||||| |||||||| |||     
T  55199072 tat-------ggtggcacgtgagagttggtatcgggtagggctttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagattttgtttt 55199164  T
Q  296 tgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||| |||||| |||| || | || ||| | || ||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55199165 tgacatatgttgttccgataatcgagacactgctggtcgggtggctttacttctttgacaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 55199254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 300 - 385
Target Start/End: Original strand, 1070661 - 1070746
Alignment:
Q  300 atatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||||| |||||||||  | ||| |||| |||| || |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  1070661 atatgttgttcagaaaaccgagacattgctggttgggtgactttaattctttggccaatttgggttgcacgtaatgatatcatttg 1070746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 117 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 40589428 - 40589168
Alignment:
Q  117 acgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatg 216  Q
    ||||||||||||||||||| | || || ||||   ||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||        | |||||||||    
T  40589428 acgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccctgg-tgtgatacatttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtac-------ggtggcgcatg 40589337  T
Q  217 agagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaag 316  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |  ||||| |||| |  | |||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40589336 agagttggtattgggtaggactttcgactgtgcggcaatcacgagttggaactgtgagtagttttgcagattttatttttgatatatgtcgttcagaaag 40589237  T
Q  317 tcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    || |||  ||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40589236 tcgagacgttgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggttgcacgtaatgatgtcatttg 40589168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 152 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 43318707 - 43318477
Alignment:
Q  152 tgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctg 251  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||        | |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||    
T  43318707 tgtgatacggttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtac-------ggtggcgcgtgaaagttggtattgggcaggactttcgtctgtgctg 43318615  T
Q  252 caaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgtt 351  Q
    ||  || | ||||||| || |||||||||| |||||||| ||| ||| |||||| |||||||||| | ||| |||  ||||||| ||  |||||||| ||    
T  43318614 catacgcgagttggaaatgagagcagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacatttctggtcgggtggttttacttcttt 43318515  T
Q  352 ggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttgaaat 389  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||    
T  43318514 ggcaaatttgtgctgcaagtaatgatatcatttgaaat 43318477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 385
Target Start/End: Original strand, 7126697 - 7126957
Alignment:
Q  117 acgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatg 216  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||| || | |||| |||| ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||        | |||| | ||    
T  7126697 acgacatgtacaatgtggggtgatctgcctctga-tgtgttacggatgttgatgatgattggcatgcatttgtgggttgtac-------ggtggcacgtg 7126788  T
Q  217 agagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaag 316  Q
    | |||||||||||| |||| |||| |  |||| ||||| || | |||||||||  ||| |||||| || ||||| ||| ||| |||||| | |||||| |    
T  7126789 aaagttggtattggacaggactttcgactgtgttgcaaacgcgagttggaacttagagtagtttggcatattttgtttttgacatatgttgctcagaagg 7126888  T
Q  317 tcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
     | ||| |||| ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7126889 ccgagacattgatggtcgggtggttttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 7126957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 101 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 21371767 - 21371558
Alignment:
Q  101 gtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaact 200  Q
    |||||||  |||||| || |||||||||||||||| | ||||| ||||   ||| |||| | ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||       
T  21371767 gtctccgactacaatcacaacatgtacaatgtgaggtgatctgtccctgg-tgtaatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtac-- 21371671  T
Q  201 tgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgata 300  Q
        ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||| || | |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |    
T  21371670 ----agt-ggcgcgtgagagttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttatttttgaca 21371576  T
Q  301 tatgtcgttcagaaagtc 318  Q
    || || ||||||||||||    
T  21371575 taagttgttcagaaagtc 21371558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 287 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 8451674 - 8451576
Alignment:
Q  287 ttttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||| | |||  ||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8451674 ttttttttttgatatatgttgttcagaaagccgagacgttgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgttatttg 8451576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 276 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 478618 - 478509
Alignment:
Q  276 agtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatg 375  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||| | ||| |||  ||||||| || |||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  478618 agtttggcagattttgtttttgatatatgttgttcagaaagccgagacatttctggtcgggtggctttacttcactggaaaatttgggttgcacgtaatg 478519  T
Q  376 atgtcatttg 385  Q
    || |||||||    
T  478518 atatcatttg 478509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 8451788 - 8451747
Alignment:
Q  156 atacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgta 197  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8451788 atacgaatgttgaggatgattggcatgtttttgtgggttgta 8451747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 478734 - 478689
Alignment:
Q  152 tgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgta 197  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  478734 tgtgatacggctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgta 478689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 208 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27533537 - 27533360
Alignment:
Q  208 tggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| || | ||||||||| || | ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  27533537 tggcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaatcgcgagttggaactatgggtagtttaacagattttgtttttgatatatgtcg 27533438  T
Q  308 ttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  27533437 ttcagaaagccgagatattgctggtcgggtgactttacttctttggcaaatttgggctgcatgtaattatgttatttg 27533360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 152 - 382
Target Start/End: Original strand, 27291951 - 27292177
Alignment:
Q  152 tgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctg 251  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||        | |||||||||||||||| |  ||||||||||||| |  |||||||    
T  27291951 tgtgatacaaatgttgatgatgattgacatgcttttgtgggttgtac-------gatggcgcatgagagttgtttatgggcagggctttcgattgtgctg 27292043  T
Q  252 caaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgacttt---acttc 348  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||| || ||||   |||||    
T  27292044 caaccgcgagttggaactgtgagaagtttgacagattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgaaacattgctggtcgggtggctttataacttc 27292143  T
Q  349 gttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcat 382  Q
     |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  27292144 tttggcaaatttgagcagcacgtaatgatgtcat 27292177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 80 - 311
Target Start/End: Original strand, 26295795 - 26296018
Alignment:
Q  80 gcagagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgac 179  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |  |  | ||||||||||||||||||||||||| |    
T  26295795 gcagagagtgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtctgtggc-gtgatacgaatgttgaggatgattggc 26295893  T
Q  180 atgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtt 279  Q
    ||| |||| |||||||||        | | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  | |||| |||||| | |||||||||||||| | ||    
T  26295894 atgcttttttgggttgtac-------ggtagcgcaagagagttggtattgggcagggctttcgactatgctacaaccgcgagttggaactgtgagaaatt 26295986  T
Q  280 tgacagattttatttgtgatatatgtcgttca 311  Q
    || |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  26295987 tggcagattttgtttttgatatatgtcgttca 26296018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 208 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 30223429 - 30223253
Alignment:
Q  208 tggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcg 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||| |    
T  30223429 tggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgttgcaaccgcgagttggaactgtgagcagtttgacatattttgtttttgacatatgttg 30223330  T
Q  308 ttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcattt 384  Q
    |||||||||   ||| |||| ||||||| || |||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||    
T  30223329 ttcagaaagctgagacattgctggtcgggtggctttgcttctttggcaaatttgggaagcacgtaatgaagtcattt 30223253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 152 - 377
Target Start/End: Original strand, 25730349 - 25730567
Alignment:
Q  152 tgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctg 251  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||        | |||||| || |||||||||||||||| | |||| |  |||| ||    
T  25730349 tgtgatacgactattgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtac-------gatggcgcgtgggagttggtattgggcaagactttcgactgtggtg 25730441  T
Q  252 caaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgtt 351  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||  ||| |||||| ||| ||||||||| ||    
T  25730442 caaccgcgagttggaactgtgaatagtttggcagattttgtttttgatatatgttgttcagaaagtcgagactttgctggtcgaatggctttacttcttt 25730541  T
Q  352 ggcaaatttgggctgcacgtaatgat 377  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  25730542 ggcaaatttgagctgcacgtaatgat 25730567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 82 - 383
Target Start/End: Original strand, 20204400 - 20204688
Alignment:
Q  82 agagagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacat 181  Q
    |||||||||||||  || || ||||||||||||| |||     |||||||| |||| || |||||||   |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  20204400 agagagtgtgttccaacacggctccggttacaatcacg-----tacaatgttagatgatatgcccctgg-tgtgatacggttgttgaggatgattgacat 20204493  T
Q  182 gtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttg 281  Q
    | ||||||||| |   ||    | | |||||| |||||||||||||||||   |||||| |  |||| |||||||  |  ||||||||||||||||||||    
T  20204494 gcttttgtgggct---ac----acggtggcgcgtgagagttggtattgggtcaggctttcgactgtgttgcaaccacgaattggaactgtgagcagtttg 20204586  T
Q  282 acagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtca 381  Q
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | || ||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  20204587 gtagattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcaggtggctttacttctttgacgaatttgggttgcacgtaatgatgtca 20204686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 117 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 22767970 - 22767710
Alignment:
Q  117 acgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatg 216  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||        | | || | ||    
T  22767970 acgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctag-tgtgatacggctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtac-------ggttgcacgtg 22767879  T
Q  217 agagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaag 316  Q
    | ||||||||||||||||  |||| |  |||||||||| || | |||||||||  |||| | ||| |||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||    
T  22767878 aaagttggtattgggcagaactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaactaagagccggttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaag 22767779  T
Q  317 tcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
     | ||| | |||||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22767778 ccgagacactgttggtcgagtggctttacttctttggcaaatttgggctgctcgtaatgatgtcatttg 22767710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 110 - 385
Target Start/End: Original strand, 12659811 - 12660078
Alignment:
Q  110 tacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttttgtgggttgtaacttgtaagttg 209  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||   |||||||||  ||||||||||||||| |||| |||| | |||||||        | ||    
T  12659811 tacaatcacggcatgtacaatgtgagatgatatgtccctgg-tgtgatacgcctgttgaggatgattggcatgcttttctaggttgtac-------ggtg 12659902  T
Q  210 gcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgtt 309  Q
    |||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||    | ||||||  || |||||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||    
T  12659903 gcgtgtgagagttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaagacgagttggatttgagagcagtttggcagattttatttttgacatatgttgtt 12660002  T
Q  310 cagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||| || |||| | |  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12660003 cagaaagtcgagacattgctggtcgggtggctttccatatttggtaaatttgggttgcacgtaatgatgtcatttg 12660078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 87 - 385
Target Start/End: Original strand, 8387525 - 8387820
Alignment:
Q  87 gtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaactgtgatacgaatgttgaggatgattgacatgtttt 186  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||| |  | || || |   ||||||||   ||||||||||||||| |||| |||    
T  8387525 gtgtgttctgacgtgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtgg-tgtgatacagttgttgaggatgattggcatgcttt 8387623  T
Q  187 tgtgggttgtaacttgtaagttggcgcatgagagttggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgggtgttggaactgtgagcagtttgacaga 286  Q
    |||||||||||        | ||| |||||||||||| ||||||||| | |||| |  |||||||||| |  | ||||| ||||  || |||||| ||||    
T  8387624 tgtgggttgtac-------ggtggagcatgagagttgttattgggcaagactttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcaga 8387716  T
Q  287 ttttatttg-----tgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtca 381  Q
    |||| |||      ||| |||||| |||  |||| |  ||| |||| ||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8387717 ttttgttttaattttgacatatgttgtttcgaaaattgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggaaaatttgggctgcacgtaatgatgtca 8387816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 296 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15989291 - 15989198
Alignment:
Q  296 tgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttgaaat 389  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| || ||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  15989291 tgatatatttcgttcagaaagccaagacattgctggtcgggtggctttacttctttagaaaatttgggatgcacgtaatgatgccatttaaaat 15989198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 261 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 41941311 - 41941188
Alignment:
Q  261 gttggaactgtgagcagtttgacagattttatttgtgatatatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaattt 360  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||||| ||| ||| |||||   |||| |||||| ||| |||| || |||| ||| |||||||| ||| || ||||    
T  41941311 gttggaactgagagcagtc-gacagattttgtttttgacatatgctattcaaaaagtcgagacattgctgatcgggtgaatttacttctttgacatattt 41941213  T
Q  361 gggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  41941212 gggctacacgtaatgatgtcatttg 41941188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 300 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 34654129 - 34654044
Alignment:
Q  300 atatgtcgttcagaaagtcaagatattgttggtcggatgactttacttcgttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttg 385  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||| || || ||||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  34654129 atatgttgttcagaaagctaagacattgttggtagggtggctttacttctttgacaaattttggctacacgcaatgatgtcatttg 34654044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 84 - 135
Target Start/End: Original strand, 27284977 - 27285028
Alignment:
Q  84 agagtgtgttctgacgcgtctccggttacaattacgacatgtacaatgtgag 135  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  27284977 agagtgtgtttcgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgag 27285028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1352 times since January 2019
Visitors: 1419