View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0107_low_2 (Length: 406)

Name: NF0107_low_2
Description: NF0107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0107_low_2
NF0107_low_2
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (30-396)||(37863102-37863468)
chr3 (30-396)||(37859076-37859442)
chr3 (30-395)||(39030116-39030481)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (45-388)||(35250863-35251213)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (51-394)||(5289430-5289773)
chr7 (51-394)||(5310443-5310786)
chr7 (54-394)||(5302542-5302882)
chr7 (79-394)||(46706749-46707064)
chr7 (54-394)||(5284354-5284694)
chr7 (114-394)||(5315157-5315437)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (45-382)||(44128632-44128969)
chr1 (45-382)||(44132837-44133174)
chr1 (45-382)||(44141259-44141596)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (51-391)||(1478048-1478388)
chr5 (51-394)||(1482239-1482582)
chr5 (45-391)||(1505026-1505372)
chr5 (30-394)||(1492214-1492578)
chr5 (75-394)||(1509170-1509489)
chr5 (114-394)||(1499286-1499566)
chr5 (181-391)||(1486719-1486929)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (156-394)||(24163628-24163866)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 396
Target Start/End: Original strand, 37863102 - 37863468
Alignment:
Q  30 tcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863102 tcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtc 37863201  T
Q  130 cacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccacc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863202 cacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccacc 37863301  T
Q  230 agcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacacca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863302 agcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacacca 37863401  T
Q  330 cttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttg 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863402 cttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttg 37863468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 30 - 396
Target Start/End: Original strand, 37859076 - 37859442
Alignment:
Q  30 tcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtc 129  Q
    ||||||| ||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  37859076 tcaacttgtggtaatgggtctgaacctacgatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcttgccccacaaggctatcaagatgagtgtcactgggtc 37859175  T
Q  130 cacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccacc 229  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37859176 cacggaaagtaactgcagttatctctgaacaaactaccaacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccacc 37859275  T
Q  230 agcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacacca 329  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||    
T  37859276 agcaaaacaaccttgttggtacatcatgtaacgcttcacatatggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgcca 37859375  T
Q  330 cttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttg 396  Q
    || ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37859376 ctggtggtgcaaaagatgaggtgggtaatcttggacttaggttgaccccattccttgatggcctttg 37859442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 30 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 39030481 - 39030116
Alignment:
Q  30 tcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtc 129  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39030481 tcaacttctggcaacgggtctgaaccaacaatcacagctgccgcaccatctccaaacaatgcccgtcccataagactatcaagatcagtatcactaggtc 39030382  T
Q  130 cacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccacc 229  Q
    |||| ||| ||| | |  | ||||| |||| ||||| ||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  || || ||||    
T  39030381 cacgaaaattaaataccctaatctctgaactaaccatcaacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcacc 39030282  T
Q  230 agcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacacca 329  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  39030281 agcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacacca 39030182  T
Q  330 cttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagccttt 395  Q
    ||||  |||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39030181 cttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgacttaggttgaccccattcattgatagccttt 39030116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 156; Significance: 9e-83; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 45 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 35251213 - 35250863
Alignment:
Q  45 ggatctgaaccaacaatcacagctgc----tgca---ccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaa 137  Q
    |||||||||||||| |||||||||||    ||||   ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||    
T  35251213 ggatctgaaccaacgatcacagctgcaggctgcagcgccatctccaaacaatgcttgtcccacgagactatcaagatgggtgtcactagggccacgaaaa 35251114  T
Q  138 gtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaac 237  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||    
T  35251113 gtcactgcagtgatctctgaacaaaccacaagaacacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaaccataccaccagcgaaac 35251014  T
Q  238 aaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggt 337  Q
    | |||||||| |||||||||||||| |||||  |||| ||||| || |  |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  35251013 acccttgttggtacatcatataacgtttcaccgacggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcatatccacaccactagtaat 35250914  T
Q  338 gcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgat 388  Q
    |||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35250913 gcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttggttgaccccattccttgat 35250863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 394
Target Start/End: Original strand, 5289430 - 5289773
Alignment:
Q  51 gaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtga 150  Q
    ||||||||||| | ||| || || ||||||||||||| ||| ||||| ||||| || || |  ||||||||||| || |||||||| || || || ||||    
T  5289430 gaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacagcggtga 5289529  T
Q  151 tctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgata 250  Q
      || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  5289530 cttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggta 5289629  T
Q  251 catcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattaga 350  Q
    ||||||||| |  |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||      
T  5289630 catcatataccttttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaag 5289729  T
Q  351 tgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5289730 tgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5289773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 5310786 - 5310443
Alignment:
Q  51 gaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtga 150  Q
    ||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |  ||||||||||| || ||||| || || || || ||||    
T  5310786 gaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacaatgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacagcggtga 5310687  T
Q  151 tctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgata 250  Q
      || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||    
T  5310686 cttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggta 5310587  T
Q  251 catcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattaga 350  Q
    ||||||||| |  |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||      
T  5310586 catcatataccttttcacatatggacgaaggcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaag 5310487  T
Q  351 tgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5310486 tgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5310443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 5302882 - 5302542
Alignment:
Q  54 ccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatct 153  Q
    |||||||| | ||| || || ||||||||||| | ||| || || |||||||| || |  |||||||||||||| ||||| || || || || |||| ||    
T  5302882 ccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacagcggtgacct 5302783  T
Q  154 ccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacat 253  Q
    | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  5302782 ctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacat 5302683  T
Q  254 catataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatga 353  Q
    ||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||  | ||||| || |||||||||||||||||||  ||||  |||    
T  5302682 catgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtga 5302583  T
Q  354 gtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5302582 gtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5302542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 79 - 394
Target Start/End: Original strand, 46706749 - 46707064
Alignment:
Q  79 ctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagc 178  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||| || || |  |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||  || |||||||| ||||| ||||| ||    
T  46706749 ctccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggc 46706848  T
Q  179 gcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcga 278  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  46706849 acctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcga 46706948  T
Q  279 agacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgacccc 378  Q
    ||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||| || |||||||  ||||  || |||||||||||||| ||||||||||    
T  46706949 agaccgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttggttgacccc 46707048  T
Q  379 attccttgatagcctt 394  Q
    |||| || ||||||||    
T  46707049 attcttttatagcctt 46707064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 54 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 5284694 - 5284354
Alignment:
Q  54 ccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatct 153  Q
    |||||||| | ||| || || ||||||||||| | ||| || || |||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| || || || || ||||  |    
T  5284694 ccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcggtgactt 5284595  T
Q  154 ccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacat 253  Q
    | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  5284594 cagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacat 5284495  T
Q  254 catataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatga 353  Q
    ||| || |  |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||  |||    
T  5284494 catgtaccttttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtga 5284395  T
Q  354 gtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  5284394 gtaatctttgactttggttggccccattcttttatagcctt 5284354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 114 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 5315437 - 5315157
Alignment:
Q  114 tgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaac 213  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || || ||||  || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5315437 tgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaac 5315338  T
Q  214 gaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcacc 313  Q
    | |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| || |  |||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| || || ||    
T  5315337 ggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctcc 5315238  T
Q  314 aggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  5315237 aggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 5315157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 126; Significance: 7e-65; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 45 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 44128969 - 44128632
Alignment:
Q  45 ggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactg 144  Q
    ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| |  ||||| || ||||| || || |  |||||||||||||| || || || || ||||    
T  44128969 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 44128870  T
Q  145 cagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttg 244  Q
    ||||||  || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||    
T  44128869 cagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttg 44128770  T
Q  245 ttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaa 344  Q
    ||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||      
T  44128769 ttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacg 44128670  T
Q  345 attagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattc 382  Q
    || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44128669 atcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattc 44128632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 45 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 44133174 - 44132837
Alignment:
Q  45 ggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactg 144  Q
    ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| |  ||||| || ||||| || || |  |||||||||||||| || || || || ||||    
T  44133174 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 44133075  T
Q  145 cagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttg 244  Q
    ||||||  || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||    
T  44133074 cagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttg 44132975  T
Q  245 ttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaa 344  Q
    ||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||      
T  44132974 ttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacg 44132875  T
Q  345 attagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattc 382  Q
    || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44132874 atcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattc 44132837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 45 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 44141596 - 44141259
Alignment:
Q  45 ggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactg 144  Q
    ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| | ||| || || ||||| || || |  |||||||||||||| || || || || ||||    
T  44141596 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 44141497  T
Q  145 cagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttg 244  Q
    ||||||  || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||    
T  44141496 cagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttg 44141397  T
Q  245 ttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaa 344  Q
    ||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||      
T  44141396 ttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacg 44141297  T
Q  345 attagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattc 382  Q
    || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44141296 atcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattc 44141259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 51 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1478388 - 1478048
Alignment:
Q  51 gaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtga 150  Q
    ||||||||||| |  || || |||||||||||||| | ||| || || |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |    
T  1478388 gaaccaacaatgagtgcagcagcaccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaa 1478289  T
Q  151 tctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgata 250  Q
      || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  1478288 cttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgttggta 1478189  T
Q  251 catcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattaga 350  Q
    ||||||||| | ||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || |      
T  1478188 catcatatacctcttcacatatggacgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaagatcaag 1478089  T
Q  351 tgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagc 391  Q
    || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||    
T  1478088 tgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagc 1478048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 51 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 1482582 - 1482239
Alignment:
Q  51 gaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtga 150  Q
    ||||||||||| |  || || || ||||||||||| | ||| || || |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |    
T  1482582 gaaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaagagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaa 1482483  T
Q  151 tctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgata 250  Q
      || |||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||    
T  1482482 cttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattattctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgttggta 1482383  T
Q  251 catcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattaga 350  Q
    |||||| || | ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||      
T  1482382 catcatgtatctcttcacatatggacgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccacttgtggtacaaaatattaag 1482283  T
Q  351 tgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    || ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||||    
T  1482282 tgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttatagcctt 1482239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 45 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1505372 - 1505026
Alignment:
Q  45 ggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactg 144  Q
    ||||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| |  || || || ||||| || || |  |||||||||||||| || || || || ||||    
T  1505372 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 1505273  T
Q  145 cagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttg 244  Q
    ||||||  || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  1505272 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttg 1505173  T
Q  245 ttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaa 344  Q
     || |||||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |    
T  1505172 ctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaca 1505073  T
Q  345 attagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagc 391  Q
    ||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  1505072 attaagtgagtaatctttgactttggctgaccccattcttttatagc 1505026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 30 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 1492578 - 1492214
Alignment:
Q  30 tcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtc 129  Q
    |||| |||||| | |||||| || |||||||| |  || ||||| ||||||||||| | ||| || || |||||||| || |  || |||||||| || |    
T  1492578 tcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggac 1492479  T
Q  130 cacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccacc 229  Q
    |||| || || ||||||||||  || |||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  1492478 cacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacc 1492379  T
Q  230 agcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacacca 329  Q
     |||||||||||||| || |||||||| || |  || ||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || |||||     
T  1492378 tgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccg 1492279  T
Q  330 cttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    |||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  1492278 cttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagcctt 1492214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 75 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 1509489 - 1509170
Alignment:
Q  75 ccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacac 174  Q
    ||||||||||| ||||| || || |||||||| || | ||||||||||| ||| ||||  || || |||||| |||  |  |||||||| ||||| ||||    
T  1509489 ccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacac 1509390  T
Q  175 gagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgg 274  Q
    ||||  ||| ||| |||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||| |||||||| | |||||| |||||||| || |  || ||||| ||    
T  1509389 gagcatcttggttattttcagccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgccacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgg 1509290  T
Q  275 gcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttga 374  Q
    | ||||||| || || || || || ||||| | ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| || || ||     
T  1509289 gtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaacaccacttgtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggctgg 1509190  T
Q  375 ccccattccttgatagcctt 394  Q
    |||||||| || ||||||||    
T  1509189 ccccattcttttatagcctt 1509170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 114 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 1499566 - 1499286
Alignment:
Q  114 tgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaac 213  Q
    ||||||| |||||||||||  || |  | ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| || || || |||||||    
T  1499566 tgagtattactaggtccacaaaatgagattgcagtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaac 1499467  T
Q  214 gaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcacc 313  Q
    |||| || || ||||| ||| |||| ||| |||| |||||||| || |  |||||||| |||  |||||| ||||| ||||| || || || || |||||    
T  1499466 gaagtactgttccacctgcataacaccctagttggtacatcatgtaccttttcacatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcacc 1499367  T
Q  314 aggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
    |||||| || ||||||||   |||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  1499366 aggcatgtctacaccactataggtgcaaaaaattaaatgtgtaatatttgacttcggttgaccccattcttcgatagcctt 1499286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 181 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1486929 - 1486719
Alignment:
Q  181 ctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaag 280  Q
    |||| ||||| |||||||| || || ||| |||| || || || || || ||||| || |||||||| || |||||||| || ||||||| ||||| |||    
T  1486929 ctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgttggtatatcatataccgtttcacatccgggcaaag 1486830  T
Q  281 acccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccat 380  Q
    ||| ||||| |||||||| || || || |||||||||||  | | ||||||  |||||||||| ||||  || |||||||||||||| ||||| ||| ||    
T  1486829 acctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgcctataccactcatggtgcaaaatattaagtgtgtaatctttgactttggttggccctat 1486730  T
Q  381 tccttgatagc 391  Q
    || || |||||    
T  1486729 tcttttatagc 1486719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 156 - 394
Target Start/End: Original strand, 24163628 - 24163866
Alignment:
Q  156 gaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatca 255  Q
    |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  24163628 gaacaaacaaccaacacacgagaacctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatca 24163727  T
Q  256 tataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagt 355  Q
    |||| |  || ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||  || ||    
T  24163728 tatacctttttacacatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaatattaagtgtgt 24163827  T
Q  356 aatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctt 394  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  24163828 gatctttgactttggttggccccattcttttatagcctt 24163866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1648 times since January 2019
Visitors: 1426