View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0116-INSERTION-14 (Length: 755)

Name: NF0116-INSERTION-14
Description: NF0116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0116-INSERTION-14
NF0116-INSERTION-14
[»] chr2 (36 HSPs)
chr2 (407-692)||(9026711-9026997)
chr2 (407-673)||(8973257-8973523)
chr2 (407-721)||(9020744-9021058)
chr2 (58-266)||(9027949-9028157)
chr2 (407-621)||(9008018-9008232)
chr2 (58-266)||(9018547-9018755)
chr2 (64-266)||(8993267-8993470)
chr2 (407-692)||(9016418-9016704)
chr2 (454-739)||(9030278-9030557)
chr2 (407-692)||(8984618-8984900)
chr2 (466-692)||(9023372-9023585)
chr2 (438-625)||(43850042-43850228)
chr2 (499-673)||(8988400-8988574)
chr2 (504-673)||(8992093-8992262)
chr2 (545-692)||(8979247-8979395)
chr2 (479-624)||(32918074-32918218)
chr2 (407-621)||(30733985-30734199)
chr2 (551-673)||(9031998-9032120)
chr2 (438-616)||(19232328-19232504)
chr2 (410-629)||(30731997-30732216)
chr2 (501-692)||(2841008-2841200)
chr2 (435-526)||(8913027-8913118)
chr2 (510-611)||(10763878-10763978)
chr2 (589-673)||(8975640-8975724)
chr2 (551-616)||(6471749-6471813)
chr2 (64-111)||(9017074-9017121)
chr2 (551-614)||(35701893-35701956)
chr2 (292-350)||(8993147-8993205)
chr2 (287-348)||(9018418-9018479)
chr2 (407-451)||(8992299-8992343)
chr2 (310-350)||(9027821-9027861)
chr2 (482-565)||(8996343-8996426)
chr2 (580-615)||(39814115-39814150)
chr2 (308-350)||(8987384-8987426)
chr2 (289-350)||(9018524-9018586)
chr2 (474-587)||(17275862-17275974)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (407-692)||(33987995-33988280)
chr1 (407-625)||(38175426-38175644)
chr1 (479-629)||(14654309-14654458)
chr1 (479-629)||(14664100-14664249)
chr1 (407-618)||(14652525-14652736)
chr1 (407-618)||(14662316-14662527)
chr1 (410-629)||(14708567-14708786)
chr1 (410-627)||(28366098-28366315)
chr1 (499-629)||(14669698-14669827)
chr1 (499-629)||(14706077-14706206)
chr1 (479-628)||(14674471-14674619)
chr1 (410-629)||(14716280-14716499)
chr1 (479-625)||(14681592-14681737)
chr1 (499-625)||(14683743-14683868)
chr1 (479-628)||(14679849-14679997)
chr1 (438-615)||(11872408-11872585)
chr1 (537-625)||(14676625-14676713)
chr1 (500-621)||(14667101-14667221)
chr1 (551-612)||(37422175-37422236)
chr1 (551-622)||(28698549-28698620)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (410-673)||(3461042-3461304)
chr4 (416-673)||(11652298-11652554)
chr4 (467-627)||(50077156-50077315)
chr4 (407-626)||(49106425-49106644)
chr4 (417-625)||(49108539-49108747)
chr4 (414-617)||(26984572-26984773)
chr4 (499-617)||(26998729-26998846)
chr4 (418-590)||(21503706-21503877)
chr4 (556-617)||(48205832-48205893)
chr4 (558-611)||(6431957-6432010)
chr4 (551-616)||(41013586-41013651)
chr4 (572-611)||(26982549-26982588)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (416-673)||(41841058-41841314)
chr8 (438-618)||(40054312-40054491)
chr8 (417-624)||(44878977-44879183)
chr8 (417-624)||(44880738-44880944)
chr8 (479-621)||(10944368-10944509)
chr8 (474-616)||(37679757-37679898)
chr8 (551-673)||(42555123-42555245)
chr8 (465-618)||(37682057-37682209)
chr8 (551-659)||(42220886-42220993)
chr8 (417-601)||(44582870-44583053)
chr8 (551-692)||(42091946-42092087)
chr8 (575-625)||(42872514-42872564)
chr8 (436-526)||(42554588-42554678)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (414-667)||(3643591-3643843)
chr5 (500-673)||(1716441-1716614)
chr5 (416-625)||(7524961-7525170)
chr5 (499-614)||(4103249-4103363)
chr5 (421-616)||(16037861-16038053)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (416-627)||(10795795-10796006)
chr6 (410-627)||(10791551-10791768)
chr6 (438-618)||(30521242-30521421)
chr6 (551-616)||(8875691-8875756)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (437-618)||(27134511-27134691)
chr7 (499-612)||(8128149-8128260)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (570-616)||(15758562-15758608)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (457-526)||(5487-5556)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 36)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 407 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 9026997 - 9026711
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 506  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9026997 ttgaacttgaattggaggggtgtgccagccaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccca 9026898  T
Q  507 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026897 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9026798  T
Q  607 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggac 692  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||    
T  9026797 agaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatataccacatcccttcacttgctttcttgaacaaccgatatgggac 9026711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 407 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 8973523 - 8973257
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 506  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8973523 ttgaacttgaattggtggggcgcgccagctcatgcaatagtgcaacgcatatgcaacacttgagaaacccaacagcaagctattgaaatggtctctcccc 8973424  T
Q  507 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 606  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8973423 cttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8973324  T
Q  607 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8973323 agaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttc 8973257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 407 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 9021058 - 9020744
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  9021058 ttgaacttgaattggtggggtgcaccaacctatgcaatagtgcaacacataggtgacacttgagaagcccaatagcaagttattgaaatggcctctcacc 9020959  T
Q  507 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 606  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020958 ctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9020859  T
Q  607 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggacnnnnnnngaaata 705  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||       ||||||    
T  9020858 agaaatgtatgaattgaaagatgaactcgcttatggttttatatatcacatccattcacttgctttcatgaacaaccgatgtaggac-ttttttgaaata 9020760  T
Q  706 gcttgcttggtaaact 721  Q
    ||||||||||||||||    
T  9020759 gcttgcttggtaaact 9020744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 58 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9028157 - 9027949
Alignment:
Q  58 agactacctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgata 157  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9028157 agactgcctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgctacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgata 9028058  T
Q  158 acccaataagccaaagtgaaataatttctatttgtattccaccacttccttaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgaagcgagttgtga 257  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  9028057 acctaataagccaaagggaaataacttctatttgtactccaccacttccgtaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgacgcgagttgtta 9027958  T
Q  258 tgaggctag 266  Q
     ||||||||    
T  9027957 cgaggctag 9027949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 407 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 9008232 - 9008018
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 506  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9008232 ttgaactagaattggtggggtgtgccagcgaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaataacaagttattgaaatggcctctcccc 9008133  T
Q  507 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008132 ctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9008033  T
Q  607 agaaaggtatgagtt 621  Q
    |||||||||||||||    
T  9008032 agaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 58 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9018755 - 9018547
Alignment:
Q  58 agactacctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgata 157  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9018755 agactgcctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtaaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgatg 9018656  T
Q  158 acccaataagccaaagtgaaataatttctatttgtattccaccacttccttaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgaagcgagttgtga 257  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  9018655 acccaataagccaaagggaaataatttctatttgtactccaccacttccgtagttgactttcacgacaggcagctccttagtgcgcgatgcgagttgtga 9018556  T
Q  258 tgaggctag 266  Q
      |||||||    
T  9018555 caaggctag 9018547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 8993470 - 8993267
Alignment:
Q  64 cctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacgcgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgataacccaa 163  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8993470 cctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatcaaagtgcgccacacgagttgtgaacttgtgacgaggttggacgataacccaa 8993371  T
Q  164 taagccaaagtgaaataatttctatttgtattccaccacttccttaactgactttcacgacaggcagctccttagtgcgtgaa-gcgagttgtgatgagg 262  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||  |||    
T  8993370 taagccagagggaaataatttctatttgtactccaccacttccgtatctgactttcacgacaggcagctccttagtgcgggaacgtgagttgtgacaagg 8993271  T
Q  263 ctag 266  Q
    ||||    
T  8993270 ctag 8993267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 407 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 9016704 - 9016418
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 506  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||  |||| || || |   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9016704 ttgaacttgaattggtggggttcaccaaccaatgtaatagtgtaacacataagcaacac---agaaatccaatagcaagctattgaaattgtctctcccc 9016608  T
Q  507 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaa---actgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9016607 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactactgataagaacagatactacatttgatcttagccaaaagg 9016508  T
Q  604 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggac 692  Q
     |||  |||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  9016507 tcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcctttcacttgctttcttgaacaactgatgtgggac 9016418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 454 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 9030557 - 9030278
Alignment:
Q  454 cataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatc 553  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||    
T  9030557 cataggcgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaac----ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgt-gtgacccattgagccacttctc 9030463  T
Q  554 aaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatc 653  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||    
T  9030462 aaatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccaagaaaaatatgagttgaaagatgaacttgcttatgcttttatatatc 9030363  T
Q  654 acatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggacnnnnnnngaaatagcttgcttggtaaactctctcctaacactttctt 739  Q
    ||||||| |||||||| ||| || |||  |||||||||||       |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9030362 acatcccttcacttgcattcttgaacagtcgatgtgggac-tttcttgaaacagcttgcttggtagactct-tcctaacactttctt 9030278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 407 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 8984900 - 8984618
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||| ||  || |||| ||     | || || ||| |||||||||||||||||  ||| ||     
T  8984900 ttgaacttgaattggtggggtgtgccacccaatgcaatagtgtaacacagaggcaaca----aaaagccaaatcgcaagctattgaaatggcatctacct 8984805  T
Q  507 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 606  Q
    |||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984804 ctcaaaaaagcaatttaaaaccattgtgacccattaggccactaatcaaatattaaactaataagaacaaatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8984705  T
Q  607 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggac 692  Q
    ||||||||||||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  8984704 agaaaggtatgagttgaaatatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgttttcttgaacaaccgatgtgggac 8984618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 466 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 9023585 - 9023372
Alignment:
Q  466 ttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 565  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||     ||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9023585 ttgagaagcccaatagcaagctattgaaaaagcctctccccctcaaaaa-----tttaatac---------ccattgggccactaatcagatattaaact 9023500  T
Q  566 gataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcac 665  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  9023499 aataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatctcttcac 9023400  T
Q  666 ttgctttcatg-acaaccgatgtgggac 692  Q
    ||| |||| || ||||||||||||||||    
T  9023399 ttgatttcttgaacaaccgatgtgggac 9023372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 438 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 43850228 - 43850042
Alignment:
Q  438 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 537  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |     
T  43850228 atgcaatagtgcaacgcataggcgacacattagaagtccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaagtgatttaata-tcatgtgact 43850130  T
Q  538 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 625  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43850129 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 43850042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 499 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 8988574 - 8988400
Alignment:
Q  499 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8988574 ctctcaccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgcca 8988475  T
Q  599 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8988474 aaaggccaagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgctttc 8988400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 504 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992093
Alignment:
Q  504 cccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 603  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  604 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    | |||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaagacgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttc 8992093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 545 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 8979395 - 8979247
Alignment:
Q  545 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggtt 644  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||    
T  8979395 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaacttgcttatgctt 8979296  T
Q  645 ttatatatcacatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggac 692  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| || | || |||||| |||||||||    
T  8979295 ttatatatcaagtcccttcacttgattccttgaacaaccaatgtgggac 8979247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 479 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 32918218 - 32918074
Alignment:
Q  479 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 578  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918218 tagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 32918120  T
Q  579 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918119 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 32918074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 407 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 30734199 - 30733985
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 505  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||  ||  |||||| || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  30734199 ttgaacttggattggtggggtgcgccaagccaatgcaatagtgcaacgcactggcgacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 30734100  T
Q  506 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 605  Q
    ||| ||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30734099 cctaaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 30734001  T
Q  606 gagaaaggtatgagtt 621  Q
    ||||||||||| ||||    
T  30734000 gagaaaggtataagtt 30733985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 551 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 9032120 - 9031998
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 650  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  9032120 atcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatat 9032021  T
Q  651 atcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    | |||||||| ||||||||||||    
T  9032020 accacatcccttcacttgctttc 9031998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 438 - 616
Target Start/End: Original strand, 19232328 - 19232504
Alignment:
Q  438 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 537  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||    
T  19232328 atgcaatagtgcaacgcataagtgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgt-gtgacc 19232426  T
Q  538 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    || |||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232427 caatgggtcacatatcag-tattaaactgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 410 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 30732216 - 30731997
Alignment:
Q  410 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| | | || |  ||||| || | ||||||||||   || ||| ||| ||||||    
T  30732216 aacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattgacaacacacgagaagcctagtagcaagctaccaaagtggcctccccccct 30732117  T
Q  509 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 608  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732116 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 30732018  T
Q  609 aaaggtatgagttgaaagatg 629  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  30732017 aaaggtatgagttgaaagatg 30731997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 501 - 692
Target Start/End: Original strand, 2841008 - 2841200
Alignment:
Q  501 ctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841008 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 2841106  T
Q  601 aggccgagaaaggtatgag-ttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttcat-gacaaccgatgtgggac 692  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| | |  ||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  2841107 aggccgagaaaggtatgagagttaaaaaggggctcgcgtctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttcaacaaccgatgtgggac 2841200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 435 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 8913118 - 8913027
Alignment:
Q  435 cccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 526  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||   |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8913118 cccatgcaatagtgcaatgcataggcgacaaatgaggaaaccaatagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 8913027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 510 - 611
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  510 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 609  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgta-tggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgaga 10763976  T
Q  610 aa 611  Q
    ||    
T  10763977 aa 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 589 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 8975724 - 8975640
Alignment:
Q  589 atcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  8975724 atcttagccaaaaggcttagaaaaatatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgatttc 8975640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 551 - 616
Target Start/End: Original strand, 6471749 - 6471813
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6471749 atcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaaaggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 64 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 9017121 - 9017074
Alignment:
Q  64 cctttcacgtgaggaaaatgtcaaagtacaataacccatagtgaaatc 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  9017121 cctttcacgagaggaaaatgtcaaagtacaatatcccagagtgaaatc 9017074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 551 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 35701956 - 35701893
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 614  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  35701956 atcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaagttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 292 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 8993205 - 8993147
Alignment:
Q  292 gctccttagtgcacttgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 350  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8993205 gctccttagtgcgcgcgcaagttgtgacaaggctagacattataaaattctttcaatgg 8993147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 9018479 - 9018418
Alignment:
Q  287 acgcagctccttagtgcacttgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaat 348  Q
    |||| ||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9018479 acgccgctccttagtgcgagcgcaagttgtgacaaggctagacattatgaaattctttcaat 9018418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 407 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 8992343 - 8992299
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaa 451  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8992343 ttgaacttgaattggaggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaa 8992299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 310 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 9027861 - 9027821
Alignment:
Q  310 aagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 350  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9027861 aagttgtgacaaggctagacattgtgaaattctttcaatgg 9027821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 482 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 8996426 - 8996343
Alignment:
Q  482 caagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 565  Q
    ||||||||||||||   ||||  | |||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8996426 caagctattgaaataacctctgactctcaaaaaagtaatttaataccattgtgattcattgggccactaatcatatattgaact 8996343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 580 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  580 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 615  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 308 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 8987426 - 8987384
Alignment:
Q  308 gcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 350  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  8987426 gcaagttgtgataaggctggacattatgaaattctttcaatgg 8987384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 289 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 9018586 - 9018524
Alignment:
Q  289 gcagctccttagtgcact-tgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 350  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9018586 gcagctccttagtgcgcgatgcgagttgtgacaaggctagacattctgaaattccttcaatgg 9018524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 474 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 17275974 - 17275862
Alignment:
Q  474 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 573  Q
    ||||||| ||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||  ||||||| ||||  || ||| ||| ||||||||||||    
T  17275974 cccaataacaagctatcaaagtgatctctccccctcaaaaatgtaattcaata-tcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaa 17275876  T
Q  574 cagatactacactt 587  Q
    |  |||||||||||    
T  17275875 cgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 407 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 33988280 - 33987995
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 506  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  ||  |||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33988280 ttgaacttgaatcggtggggtgcgccggcctttgcaatagtgcagagcataagcgacacttgaaaaacccaatagcaagctattgaaatggcctctcccc 33988181  T
Q  507 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 606  Q
    || |||||||||||||||||  || ||| | ||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33988180 cttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 33988082  T
Q  607 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggac 692  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  33988081 agaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatatatcacctcccttcacttgctttcttgaacaaccgatgtgggac 33987995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 407 - 625
Target Start/End: Original strand, 38175426 - 38175644
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccc-atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 505  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  |  ||| ||||||||||  |||| ||||| | ||| |||||||  ||||||||| |||  |||| ||||||    
T  38175426 ttgaactagaattggtggggtgcgccaggcttatgtaatagtgcaacacataagcgacacatgataaacccagcagcaagctactgaggtggtttctccc 38175525  T
Q  506 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 605  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175526 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 38175624  T
Q  606 gagaaaggtatgagttgaaa 625  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  38175625 gagaaaggtatgagttgaaa 38175644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 479 - 629
Target Start/End: Original strand, 14654309 - 14654458
Alignment:
Q  479 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 578  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14654309 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14654407  T
Q  579 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14654408 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14654458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 479 - 629
Target Start/End: Original strand, 14664100 - 14664249
Alignment:
Q  479 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 578  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14664100 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14664198  T
Q  579 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664199 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14664249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 407 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 14652736 - 14652525
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14652736 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14652637  T
Q  506 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 605  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652636 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14652538  T
Q  606 gagaaaggtatga 618  Q
    |||||||||||||    
T  14652537 gagaaaggtatga 14652525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 407 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 14662527 - 14662316
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14662527 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14662428  T
Q  506 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 605  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662427 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14662329  T
Q  606 gagaaaggtatga 618  Q
    |||||||||||||    
T  14662328 gagaaaggtatga 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 410 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 14708786 - 14708567
Alignment:
Q  410 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 508  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| |||  ||||||||  ||| | |||| |  ||||| || |||||||||||| | || ||  ||||||||||    
T  14708786 aacttgaattggtggggtgcgccaggccaatgctgtagtgcaacacattgacgacacaagagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccct 14708687  T
Q  509 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 608  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708686 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14708588  T
Q  609 aaaggtatgagttgaaagatg 629  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14708587 aaaggtatgagttgaaagatg 14708567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 410 - 627
Target Start/End: Original strand, 28366098 - 28366315
Alignment:
Q  410 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 509  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||  ||||  |||| | ||| | ||| | |||||||||| |  ||| ||||||||||||     
T  28366098 aactttaattggtgggatgcgccagccaatgcaatagtgcaacgcataaacgacacatgaaagacctagtagcaagctactataatagtctctccccctt 28366197  T
Q  510 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggc-cactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 608  Q
    |||||||||||||||||  || ||| |||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366198 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 28366296  T
Q  609 aaaggtatgagttgaaaga 627  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28366297 aaaggtatgagttgaaaga 28366315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 499 - 629
Target Start/End: Original strand, 14669698 - 14669827
Alignment:
Q  499 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669698 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14669796  T
Q  599 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669797 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14669827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 499 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 14706206 - 14706077
Alignment:
Q  499 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706206 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14706108  T
Q  599 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706107 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14706077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 479 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 14674619 - 14674471
Alignment:
Q  479 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 578  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14674619 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14674521  T
Q  579 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 628  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14674520 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14674471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 410 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 14716499 - 14716280
Alignment:
Q  410 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| |||||| |  ||||     | |||||||||| | || | | ||||||||||    
T  14716499 aacttgaattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacgagaggattagtagcaagctactaaagttgcctctccccct 14716400  T
Q  509 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 608  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716399 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14716301  T
Q  609 aaaggtatgagttgaaagatg 629  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14716300 aaaggtatgagttgaaagatg 14716280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 479 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 14681737 - 14681592
Alignment:
Q  479 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 578  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14681737 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14681639  T
Q  579 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14681638 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagttgaaa 14681592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 499 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 14683868 - 14683743
Alignment:
Q  499 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14683868 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14683770  T
Q  599 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  14683769 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14683743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 479 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 14679997 - 14679849
Alignment:
Q  479 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 578  Q
    |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14679997 tagcaagctactaatatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14679899  T
Q  579 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 628  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14679898 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14679849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 438 - 615
Target Start/End: Original strand, 11872408 - 11872585
Alignment:
Q  438 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa-gtaatttaatactgttgtggc 536  Q
    ||||| ||||||||  |||| || || ||||| || | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  || ||| |    
T  11872408 atgcagtagtgcaacacataagctacacttgaaaagctcaatagcaagctatcgaaatggcctctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgac 11872506  T
Q  537 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 615  Q
    ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11872507 ccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaacagatagtacacttgatcttagtcaaaaggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 537 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 14676713 - 14676625
Alignment:
Q  537 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 625  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14676713 ccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14676625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 500 - 621
Target Start/End: Original strand, 14667101 - 14667221
Alignment:
Q  500 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 599  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667101 tctccccctagaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  600 aaggccgagaaaggtatgagtt 621  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagtt 14667221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 551 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 37422236 - 37422175
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 612  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422236 atcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 551 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 28698620 - 28698549
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 622  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28698620 atcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagttg 28698549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 3e-75; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 410 - 673
Target Start/End: Original strand, 3461042 - 3461304
Alignment:
Q  410 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 509  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  3461042 aacttgtattggtggggtgtgccagcctatgcaatagtgcaacgcatagacgacactcgagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctccccctt 3461141  T
Q  510 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 609  Q
    |||||||||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461142 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 3461240  T
Q  610 aaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  3461241 aaggtatgaattgaaagagatgctcgcttatggttttatatctcccatccactcacttgctttc 3461304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 416 - 673
Target Start/End: Original strand, 11652298 - 11652554
Alignment:
Q  416 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 515  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||    
T  11652298 aattggtggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcaagaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaaa 11652397  T
Q  516 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 615  Q
     ||||||||||  || ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11652398 ataatttaatatcgt-gtgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 11652496  T
Q  616 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    |||||| |||||||   | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  11652497 tgagttaaaagatgggttggcttctggttttatatctcacatccactcacttgctttc 11652554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 467 - 627
Target Start/End: Original strand, 50077156 - 50077315
Alignment:
Q  467 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 566  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  |||  |||| |||||||||||    
T  50077156 tgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactg 50077254  T
Q  567 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50077255 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 50077315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 407 - 626
Target Start/End: Original strand, 49106425 - 49106644
Alignment:
Q  407 ttgaacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 505  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||| ||| |||||||||| | |  ||   ||||||    
T  49106425 ttgaactagaattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaaatccagtagcaagctactaaggtgacttctccc 49106524  T
Q  506 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 605  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106525 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 49106623  T
Q  606 gagaaaggtatgagttgaaag 626  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  49106624 gagaaaggtatgagttgaaag 49106644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 417 - 625
Target Start/End: Original strand, 49108539 - 49108747
Alignment:
Q  417 attggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 515  Q
    ||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||  |||||||||||||| ||  |||   ||||||||||||||||    
T  49108539 attggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaagtccaatagcaagctactgtgatgacttctccccctcaaaaaa 49108638  T
Q  516 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 615  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108639 gtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 49108737  T
Q  616 tgagttgaaa 625  Q
    ||||||||||    
T  49108738 tgagttgaaa 49108747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 414 - 617
Target Start/End: Original strand, 26984572 - 26984773
Alignment:
Q  414 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 513  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||  || |  ||||||||| | |    | ||||| ||||  |||    
T  26984572 tgaattggtgggatgcgccagcccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacacttgagagcccaagcagcaagctact-aggcagactctctccctttaaa 26984670  T
Q  514 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 613  Q
    |||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984671 aagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 26984769  T
Q  614 tatg 617  Q
    ||||    
T  26984770 tatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 499 - 617
Target Start/End: Original strand, 26998729 - 26998846
Alignment:
Q  499 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998729 ctctctccctaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 26998827  T
Q  599 aaaggccgagaaaggtatg 617  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26998828 aaaggccgagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 418 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 21503877 - 21503706
Alignment:
Q  418 ttggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagt 517  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| |    
T  21503877 ttggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacacttgagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaaat 21503778  T
Q  518 aatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgat 590  Q
    |||||||||  || ||| || |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21503777 aatttaatatcgt-gtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 556 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 48205893 - 48205832
Alignment:
Q  556 atattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 617  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48205893 atattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggccgagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 558 - 611
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  558 attaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 611  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 551 - 616
Target Start/End: Original strand, 41013586 - 41013651
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41013586 atcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaagtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 572 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 26982588 - 26982549
Alignment:
Q  572 aacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 611  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26982588 aacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaaa 26982549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 416 - 673
Target Start/End: Original strand, 41841058 - 41841314
Alignment:
Q  416 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 515  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||   |||  ||||||| ||||||||    
T  41841058 aattgatggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcgagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaaa 41841157  T
Q  516 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 615  Q
    |||||||||||  || ||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841158 gtaatttaatatcgt-gtgacccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 41841256  T
Q  616 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    ||||||||||||||   | |||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  41841257 tgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttc 41841314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 438 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 40054491 - 40054312
Alignment:
Q  438 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 537  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  || ||    
T  40054491 atgcaatagtgcaacacataagcgacacttaagaagcccaatagcaagctattgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgta-tgacc 40054393  T
Q  538 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 618  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054392 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 40054312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 417 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 44879183 - 44878977
Alignment:
Q  417 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 516  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44879183 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44879084  T
Q  517 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879083 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44878985  T
Q  617 gagttgaa 624  Q
    ||||||||    
T  44878984 gagttgaa 44878977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 417 - 624
Target Start/End: Original strand, 44880738 - 44880944
Alignment:
Q  417 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 516  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44880738 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44880837  T
Q  517 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880838 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44880936  T
Q  617 gagttgaa 624  Q
    ||||||||    
T  44880937 gagttgaa 44880944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 479 - 621
Target Start/End: Original strand, 10944368 - 10944509
Alignment:
Q  479 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 578  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  || |||  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||||    
T  10944368 tagcaagctactaaaatggcttctccccatcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagat 10944466  T
Q  579 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10944467 actacacttgatcttagccaaaaggtcgagaaaggtatgagtt 10944509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 474 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 37679898 - 37679757
Alignment:
Q  474 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 573  Q
    |||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |   |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  37679898 cccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaataaatttaata-tcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaa 37679800  T
Q  574 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679799 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 551 - 673
Target Start/End: Original strand, 42555123 - 42555245
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 650  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  ||  |||  ||||||||||    
T  42555123 atcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatgagttgaaagttgagctaccttcaggttttatat 42555222  T
Q  651 atcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  42555223 atcacatccactcacttgctttc 42555245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 465 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 37682209 - 37682057
Alignment:
Q  465 cttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaac 564  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    ||| |||||  ||| ||||||  ||||||||| |  ||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  37682209 cttgagagacctaatagcaagctattttggtggactctcatcctaaaaaaacaaatttaata-tcgtgtggaccattggcccacatatcagatattaaac 37682111  T
Q  565 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37682110 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtatga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 551 - 659
Target Start/End: Original strand, 42220886 - 42220993
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 650  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | || ||||||||    
T  42220886 atcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgcttttatat 42220984  T
Q  651 atcacatcc 659  Q
     ||| ||||    
T  42220985 ctcatatcc 42220993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 417 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 44583053 - 44582870
Alignment:
Q  417 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 516  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||| ||| |||  ||||| |||| ||  | ||| |||||||||| ||||||  |||   |||| ||||||||||||    
T  44583053 attggtgggttgcaccagcctatgcaacagtacaacgcatagacgacactcaaaaaatccaatagcaaactattgtgatgacttctctccctcaaaaaag 44582954  T
Q  517 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 601  Q
    ||||||||||   | |   || |||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44582953 taatttaatatcatagaatcc-attgagctacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 44582870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 551 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 42092087 - 42091946
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 650  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||   | |||| |||||||||||    
T  42092087 atcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttag-caaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatgagtttgcttctggttttatat 42091989  T
Q  651 atcacatcccctcacttgctttcatg-acaaccgatgtgggac 692  Q
     |||  ||| |||| |||||||| || || |||||||||||||    
T  42091988 ctcaggtccactcagttgctttcttgaactaccgatgtgggac 42091946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 575 - 625
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872564
Alignment:
Q  575 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 625  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 42872564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 436 - 526
Target Start/End: Original strand, 42554588 - 42554678
Alignment:
Q  436 ccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 526  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||  ||||||| | ||  ||||| ||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  42554588 ccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacatttgagaagctcagaagcaaactactgagatggcttctccccctcaaaaaaataatttaata 42554678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 8e-60; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 414 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 3643843 - 3643591
Alignment:
Q  414 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 513  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| || || || ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| ||||    
T  3643843 tgaattggtggggtgcgccagccaatgcaatagtgcaacacataagcaacactcgagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaaa 3643744  T
Q  514 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 613  Q
    |||||||||||||  || ||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643743 aagtaatttaatatcgt-gtgacccaatgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 3643645  T
Q  614 tatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcactt 667  Q
    ||||| || ||||    |||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||    
T  3643644 tatgaatttaaagtaagtctcgcttctgtttttatatcccacatccactcactt 3643591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 500 - 673
Target Start/End: Original strand, 1716441 - 1716614
Alignment:
Q  500 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattggg-ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716441 tctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 1716539  T
Q  599 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcccctcacttgctttc 673  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |  |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  1716540 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc 1716614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 416 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 7525170 - 7524961
Alignment:
Q  416 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 514  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||||||  ||| | |||| | |||||||||||  ||||||||| | |   || ||||||||||||||||    
T  7525170 aattggtggggtgcgcctagcccatgcaatagtgcaacgcatggacgacacatgagaaacccagcagcaagctactaaggcggcctctccccctcaaaaa 7525071  T
Q  515 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 614  Q
    ||||||||||||  || |||  |||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525070 agtaatttaatatcgt-gtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 7524972  T
Q  615 atgagttgaaa 625  Q
    |||| ||||||    
T  7524971 atgacttgaaa 7524961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 499 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 4103363 - 4103249
Alignment:
Q  499 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||  || |||| | ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4103363 ctctctccctaaaaaaagcaatttaatatcgt-gtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaacca 4103265  T
Q  599 aaaggccgagaaaggt 614  Q
    ||| || |||||||||    
T  4103264 aaatgctgagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 421 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 16038053 - 16037861
Alignment:
Q  421 gtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaat 520  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||  |||   | | ||| |||||||||||||    
T  16038053 gtggggtgcgccaaccgatgcaatagtgcaacacataagcgacacacgagaagcccattagcaagctcttgtgatgactttttcccttcaaaaaagtaat 16037954  T
Q  521 ttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    ||||||  ||| || |||||| | |||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  16037953 ttaatatcgtt-tgacccattagaccacta-tcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccgagaaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 8e-57; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 416 - 627
Target Start/End: Original strand, 10795795 - 10796006
Alignment:
Q  416 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 514  Q
    ||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  || | ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  10795795 aattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacaagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaa 10795894  T
Q  515 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 614  Q
    ||||||||||||  || ||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795895 agtaatttaatatcgt-gtgacccattgggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 10795993  T
Q  615 atgagttgaaaga 627  Q
    |||||||||||||    
T  10795994 atgagttgaaaga 10796006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 410 - 627
Target Start/End: Original strand, 10791551 - 10791768
Alignment:
Q  410 aacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 508  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  ||   ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  10791551 aactagaattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacgagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccct 10791650  T
Q  509 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 608  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791651 caaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 10791749  T
Q  609 aaaggtatgagttgaaaga 627  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10791750 aaaggtatgagttgaaaga 10791768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 438 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 30521421 - 30521242
Alignment:
Q  438 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 537  Q
    ||||||||||||||| || || |||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||  |||| ||||  || |||       
T  30521421 atgcaatagtgcaaagcaaagacgacacttgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataaattgaatatcgt-gtgagg 30521323  T
Q  538 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 618  Q
    |  ||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521322 cgatggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 551 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 8875756 - 8875691
Alignment:
Q  551 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8875756 atcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 437 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 27134691 - 27134511
Alignment:
Q  437 catgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggc 536  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||  ||   |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  27134691 catgcaatagtgcaacgcatgagcgacacatgagaagcccaacagcaaactattgaggtgtcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtt-tgac 27134593  T
Q  537 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 618  Q
     |||| | ||||  |||| |||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  27134592 tcattagaccacatatcagatattaaaccaataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaaggccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 499 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 8128260 - 8128149
Alignment:
Q  499 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 598  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||| || ||||| ||||  |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||    
T  8128260 ctctccccctcaagaaataaatttaatattgt-gtgacc-attggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaacca 8128163  T
Q  599 aaaggccgagaaag 612  Q
    ||||  ||||||||    
T  8128162 aaagaacgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 570 - 616
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  570 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 616  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 457 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 5556 - 5487
Alignment:
Q  457 aggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 526  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||  |||||||||    
T  5556 aggcgacacttgagagacccaatagcaagctattgtggtggactctccacctcaaaaaataaatttaata 5487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1466 times since January 2019
Visitors: 1420