View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0119-INSERTION-3 (Length: 645)

Name: NF0119-INSERTION-3
Description: NF0119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0119-INSERTION-3
NF0119-INSERTION-3
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (64-645)||(37705054-37705636)
chr5 (286-488)||(37437914-37438116)
chr5 (81-280)||(37438187-37438386)
chr5 (288-395)||(37700646-37700753)
chr5 (8-67)||(37704400-37704459)
chr5 (86-276)||(37700838-37701026)
chr5 (8-64)||(37437469-37437525)
chr5 (8-67)||(37698582-37698641)
chr5 (507-584)||(1629760-1629837)
chr5 (490-592)||(1629683-1629785)
chr5 (490-584)||(29532069-29532161)
chr5 (511-592)||(30384213-30384293)
chr5 (490-586)||(29531855-29531950)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (117-280)||(16840376-16840535)
chr4 (296-469)||(16840622-16840796)
chr4 (78-193)||(16840263-16840378)
chr4 (492-605)||(22519807-22519921)
chr4 (492-584)||(33617920-33618010)
chr4 (511-584)||(48194410-48194483)
chr4 (22-57)||(16841203-16841238)
chr4 (511-586)||(53769786-53769861)
chr4 (505-579)||(42676809-42676883)
chr4 (516-591)||(22519373-22519448)
chr4 (490-592)||(2323266-2323368)
chr4 (513-590)||(34013786-34013861)
chr4 (511-592)||(22889586-22889667)
chr4 (511-592)||(22941250-22941331)
chr4 (507-579)||(22519774-22519846)
chr4 (511-591)||(31095106-31095186)
chr4 (510-586)||(34717586-34717660)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (492-605)||(41331325-41331439)
chr7 (507-586)||(12422044-12422123)
chr7 (510-602)||(30551947-30552040)
chr7 (490-586)||(32804640-32804736)
chr7 (510-602)||(6589558-6589651)
chr7 (511-592)||(1532197-1532278)
chr7 (492-586)||(18128538-18128632)
chr7 (511-605)||(28003341-28003434)
chr7 (490-592)||(12422354-12422455)
chr7 (525-590)||(32918529-32918595)
chr7 (510-586)||(6586862-6586938)
chr7 (404-439)||(21595127-21595162)
chr7 (512-591)||(48447283-48447362)
chr7 (511-603)||(5755594-5755685)
chr7 (490-584)||(21921072-21921164)
chr7 (500-592)||(20389633-20389726)
chr7 (511-584)||(21921012-21921085)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (490-627)||(3866-4003)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (511-592)||(2277214-2277295)
chr8 (510-590)||(27532989-27533069)
chr8 (492-592)||(15907689-15907788)
chr8 (527-605)||(37064689-37064768)
chr8 (492-574)||(12807666-12807748)
chr8 (492-605)||(15907944-15908058)
chr8 (507-592)||(32566886-32566969)
chr8 (488-580)||(41123-41216)
chr8 (539-584)||(32566724-32566769)
chr8 (514-590)||(3806856-3806932)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (492-575)||(45385838-45385921)
chr2 (492-586)||(8198666-8198759)
chr2 (492-586)||(8203426-8203519)
chr2 (511-639)||(4558877-4559007)
chr2 (404-471)||(8265959-8266027)
chr2 (492-586)||(4923428-4923522)
chr2 (494-560)||(4558680-4558745)
chr2 (511-569)||(8198419-8198477)
chr2 (542-584)||(8198608-8198650)
chr2 (511-569)||(8203179-8203237)
chr2 (542-584)||(8203368-8203410)
chr2 (490-565)||(32546464-32546538)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (510-602)||(16554303-16554396)
chr1 (492-586)||(12656381-12656474)
chr1 (511-584)||(18470189-18470263)
chr1 (511-584)||(16026108-16026181)
chr1 (511-605)||(802251-802346)
chr1 (492-591)||(363806-363906)
chr1 (404-470)||(2125101-2125168)
chr1 (512-583)||(47726623-47726693)
chr1 (512-583)||(47747929-47747999)
chr1 (505-592)||(48130430-48130516)
chr1 (492-592)||(46530413-46530517)
chr1 (511-592)||(46530163-46530244)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (492-602)||(12458392-12458504)
chr6 (511-592)||(33547750-33547832)
chr6 (542-592)||(7202300-7202350)
chr6 (505-605)||(16419591-16419695)
chr6 (510-590)||(10544298-10544376)
chr6 (509-592)||(31314513-31314595)
chr6 (511-584)||(196063-196135)
chr6 (511-584)||(16419660-16419732)
chr6 (511-591)||(33547811-33547890)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (492-582)||(48200381-48200471)
chr3 (511-592)||(51265902-51265984)
chr3 (510-605)||(44291413-44291509)
chr3 (492-586)||(33291582-33291676)
chr3 (542-592)||(44291025-44291075)
chr3 (492-592)||(1662258-1662357)
chr3 (492-584)||(14747077-14747167)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 37705636 - 37705054
Alignment:
Q  64 aattcacaacaagtttgattaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37705636 aattcacaacaagtttgattaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacaacttaactagatgtcgtgagtttg 37705537  T
Q  164 aatctagttctaagaatgcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccactta 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705536 aatctagttctaagaatgcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccactta 37705437  T
Q  264 gtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatac 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37705436 gtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtatcgatatccgatggcatctgatac 37705337  T
Q  364 tttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccat 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705336 tttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccat 37705237  T
Q  464 acaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccact 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  37705236 acaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagatttttacgtaccact 37705137  T
Q  564 taggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctattaaactg 645  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37705136 taggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatttaactg 37705054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 286 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  286 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 385  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  386 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 485  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  486 aaa 488  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 81 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 37438386 - 37438187
Alignment:
Q  81 attaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaagaat 180  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||| |||| |||  |||||||||||||||||||| |  |||  ||||    
T  37438386 attaaaacaacataaaataacccaagattagttgggtaagatgaaagtgacctcttccagcctaatcagatgtcgtgagtttgaatccaactctgggaat 37438287  T
Q  181 gcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaa 280  Q
    | || |||||||||| ||||| ||||||||||||  |  ||  ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||    
T  37438286 gtaacaatgttaaatctcatgtgggagaatgtaaaattattattagctcgcactgaacatacaccaatcaagtcaccgtcttagtcgcaaatataggaaa 37438187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 288 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  288 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 387  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  388 attttctt 395  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 37704459 - 37704400
Alignment:
Q  8 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704459 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 37704400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 37701026 - 37700838
Alignment:
Q  86 aacaacggaaaataacccaa-gattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaagaatgcaa 184  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||  |||| |  ||||||||    
T  37701026 aacaagggaaaataacccaaagattatttgagtaagatgaaagtgatatcttccagcttaaccggatgtcgtgagtttgaattcagttatgggaatgcaa 37700927  T
Q  185 taatgttaaatatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataa 276  Q
      ||||||||| | ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  ||    |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  37700926 ccatgttaaattttatgggggagaatgtaaaattatttgtagctcgttct---taaacatcaatcaagtcaccatcttaatcgtaaatataa 37700838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 8 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 37437525 - 37437469
Alignment:
Q  8 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatca 64  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37437525 tttggtccttgccccttagtttcaagttatgtttcctatataaatagaggctaatca 37437469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 37698641 - 37698582
Alignment:
Q  8 tttggtccttgccccttagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 67  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37698641 tttggtcctttccccgtagtttcaggttatgtttcctatataaatagaggctaatcaatt 37698582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 507 - 584
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 490 - 592
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629785
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  590 aca 592  Q
    |||    
T  1629783 aca 1629785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 490 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532069
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| |||||||||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaa 29532069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384293
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaaca 30384293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 490 - 586
Target Start/End: Original strand, 29531855 - 29531950
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||||||  | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| |||| || ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  29531855 gttaaattacatgagatgtcatttaagttatttaattgtaataaattagtcctttaagtttttt-cgtatcatttacgtcatttaagttatttaatt 29531950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 117 - 280
Target Start/End: Original strand, 16840376 - 16840535
Alignment:
Q  117 taagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaagaatgcaataatgttaaatatcatgggggagaatgtaatt 216  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||      
T  16840376 taagatgaaagtgatctcttccagcttaaccagatgccgtgagtttgaatccggttctgagaatgcaacaatgttaaatgtcacgggggagaatgtaaaa 16840475  T
Q  217 tgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaa 280  Q
    |  |||||||||    | ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  16840476 ttatttgtagct----ccgaacaaacatcaatcaagtcatcgtcttagtcgtaaatataagaaa 16840535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 296 - 469
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  296 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 394  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  395 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 469  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 78 - 193
Target Start/End: Original strand, 16840263 - 16840378
Alignment:
Q  78 ttgattaaaacaacggaaaataacccaagattacttcggtaagacgaaagtgatctcttacagcttaactagatgtcgtgagtttgaatctagttctaag 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |  |    
T  16840263 ttgattaaaacaacggaaaataacccatgattacttgggtaagatgaaagtgatctcttccagcttaaccagatgtcgtgagtttgaatccggttatggg 16840362  T
Q  178 aatgcaataatgttaa 193  Q
    ||||||| ||||||||    
T  16840363 aatgcaacaatgttaa 16840378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  591 c-agttggtcctttaa 605  Q
    | ||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 492 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194410
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaa 48194410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 57
Target Start/End: Original strand, 16841203 - 16841238
Alignment:
Q  22 cttagtttcaggttatgtttcctatataaatagagg 57  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16841203 cttagtttcaggttatgtttcctatataaatagagg 16841238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 505 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  505 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 579  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 516 - 591
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  516 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 490 - 592
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323368
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  590 aca 592  Q
    |||    
T  2323366 aca 2323368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 513 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013786
Alignment:
Q  513 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataa 34013786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889667
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| |||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaaca 22889667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941331
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| |||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaaca 22941331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 507 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 22519846 - 22519774
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 579  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| || |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||| |||||||||    
T  22519846 gtcttttaagttaattaattataacaagttgatcctttaagttttttctgtatcaattaggtcatttaagtta 22519774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 591
Target Start/End: Original strand, 31095106 - 31095186
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||||||||| || ||| || || ||||||||||| || |  ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  31095106 tttaagttatttaattataacaagttaatcatttaagtattgtttgtaacacttaggttctttaagttatttaattgtaac 31095186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 510 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717586
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaatt 34717586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 492 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331325
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  592 -agttggtcctttaa 605  Q
     ||||||| ||||||    
T  41331339 aagttggttctttaa 41331325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 507 - 586
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 510 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctt 602  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 490 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804640
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaatt 32804640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 510 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa-cagttggtcctt 602  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||  |||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532278
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataaca 1532278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128538
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaatt 18128538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctttaa 605  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 490 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422354
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  590 aca 592  Q
    |||    
T  12422356 aca 12422354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 525 - 590
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  525 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 510 - 586
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 439
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  404 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 439  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 591
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  512 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 603
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtccttt 603  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 490 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21921072
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || |||||||||||||||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaa 21921072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 500 - 592
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389726
Alignment:
Q  500 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaaca 20389726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 21921085 - 21921012
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||| |||  ||||| || ||| | ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  21921085 tttaagttaattaactgtaacaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaa 21921012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 490 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 589  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  590 ac-agttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 627  Q
    || ||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277214
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaaca 2277214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 510 - 590
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 592
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907788
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 527 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  527 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctttaa 605  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 492 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 574  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 492 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  592 -agttggtcctttaa 605  Q
     ||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 507 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566886
Alignment:
Q  507 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaaca 32566886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  488 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 580  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 584
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  539 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 514 - 590
Target Start/End: Original strand, 3806856 - 3806932
Alignment:
Q  514 aagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    ||||||||||  ||||| || ||  |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3806856 aagttatttaactgtaacaagttagtcatttaagtatttttcgtagcacttaggtccttttaattatttaattataa 3806932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 575
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 575  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 492 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198666
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaatt 8198666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 492 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203426
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaatt 8203426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558877
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctttaannn 608  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  609 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatt 639  Q
        | |||||||||||||||| |||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatt 4558877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 404 - 471
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  404 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 471  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 586
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923522
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| ||||    
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaatt 4923522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 494 - 560
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  494 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 560  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 569
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 569  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 542 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 8198650 - 8198608
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8198650 tttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaa 8198608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 569
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 569  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 542 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 8203410 - 8203368
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8203410 tttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaa 8203368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 490 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  490 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 565  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 510 - 602
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctt 602  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 492 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656381
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaatt 12656381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470263
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaa 18470263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026181
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaa 16026181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 511 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctttaa 605  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 492 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  591 c 591  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  404 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726623
Alignment:
Q  512 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaatta 583  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||    
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaatta 47726623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 512 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747929
Alignment:
Q  512 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaatta 583  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||    
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaatta 47747929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 505 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130430
Alignment:
Q  505 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaaca 48130430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 492 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530413
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 587  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  588 taaca 592  Q
    |||||    
T  46530417 taaca 46530413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530244
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaaca 46530244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 492 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttt-acgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  ||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  591 c-agttggtcctt 602  Q
    | |||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547832
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaaca 33547832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 542 - 592
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202350
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaaca 7202350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 505 - 605
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419695
Alignment:
Q  505 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcc 600  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  601 tttaa 605  Q
    |||||    
T  16419691 tttaa 16419695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 510 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544298
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 590  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataa 10544298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 509 - 592
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314595
Alignment:
Q  509 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataaca 31314595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 511 - 584
Target Start/End: Original strand, 16419660 - 16419732
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| ||||    
T  16419660 tttaagttaattaattgtaacaagttggtcatttaagtttttt-cgtaccaatttgatcctttaagttatttaa 16419732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 511 - 591
Target Start/End: Original strand, 33547811 - 33547890
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||  || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  33547811 tttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtttttt-cataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaac 33547890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 492 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200381
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaatt 582  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| ||||||    
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaatt 48200381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 511 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265902
Alignment:
Q  511 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataaca 51265902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 510 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  510 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac-agttggtcctttaa 605  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 33291676 - 33291582
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 586  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||  |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  33291676 taaattacaacataagtcctttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaaactttttttataccacttatgtcatttaagttaattaatt 33291582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 542 - 592
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291075
Alignment:
Q  542 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataaca 592  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaaca 44291075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 492 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662258
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 591  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 492 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 14747167 - 14747077
Alignment:
Q  492 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 584  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  14747167 taaattacacaaaaagtcttttaatttatttaattgtaacaatttgat-ttttaagtttttt-tttaccacttaggtcatttatgttatttaa 14747077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2545 times since January 2019
Visitors: 7211