View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0122_high_3 (Length: 479)

Name: NF0122_high_3
Description: NF0122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0122_high_3
NF0122_high_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (30-460)||(33860033-33860463)
chr2 (248-356)||(16231484-16231592)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (49-357)||(45984363-45984671)
chr1 (38-357)||(38138519-38138838)
chr1 (38-357)||(43067370-43067689)
chr1 (38-375)||(43044284-43044621)
chr1 (38-357)||(43083146-43083465)
chr1 (38-375)||(3300018-3300355)
chr1 (38-369)||(43077247-43077578)
chr1 (39-357)||(7891612-7891930)
chr1 (198-357)||(50911743-50911902)
chr1 (112-154)||(40035429-40035471)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (35-350)||(16348456-16348771)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (38-350)||(4230774-4231086)
chr4 (186-356)||(19965332-19965504)
chr4 (38-153)||(19965214-19965329)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (73-356)||(4618992-4619275)
chr8 (43-319)||(4788124-4788400)
chr8 (38-319)||(4296780-4297061)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (130-375)||(7530010-7530255)
chr6 (130-375)||(7520473-7520718)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 33860463 - 33860033
Alignment:
Q  30 catcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgac 129  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  33860463 catcgatcacccagccacggaagccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggctttacacctattcttgac 33860364  T
Q  130 tgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaaga 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860363 tgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaaga 33860264  T
Q  230 gtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaa 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33860263 gtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacag 33860164  T
Q  330 gcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaagatcactgagtcagcattgatgaattgaatcgtgcaggatgatgatatggatgta 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860163 gcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaagatcactgagtcagcattgatgaatggaatcgtgcaggatgatgatatggatgta 33860064  T
Q  430 tttgtggaaaaacaatatcagaagaggaaga 460  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33860063 tttgtggaaaaacaacatcagaagaggaaga 33860033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 248 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 16231592 - 16231484
Alignment:
Q  248 ttaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttt 347  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| | ||  | | |||||| | || || ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |    
T  16231592 ttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgt 16231493  T
Q  348 tggcgtcat 356  Q
    ||| |||||    
T  16231492 tggagtcat 16231484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 49 - 357
Target Start/End: Original strand, 45984363 - 45984671
Alignment:
Q  49 gaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| ||||||||| |||| |||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  45984363 gaggccgctcactttacatctcttgttatcattacgaatcaccctggccagattcgaaatggctacacacctgttcttgactgccacacctcccacattg 45984462  T
Q  149 ctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctat 248  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||||||| ||||||  |||| |||| |||||||||| ||| |  |||    
T  45984463 ctgtcaagtttgctgagcttatttccaaggttgacaggtgttctggtgaggaaattgagagggagcccaaatttttgatgagtggtgatactggtattat 45984562  T
Q  249 taagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggctttt 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||   |||||||||||||||||||||||||  ||||||  || ||||||||||||| ||    
T  45984563 taagatgattcccaccaagcctatggtggtagagcctttctctctatatcctccactcggccgttttgttgtcagagactggcatcaaactgtggctgtt 45984662  T
Q  349 ggcgtcatc 357  Q
    || ||||||    
T  45984663 ggagtcatc 45984671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 357
Target Start/End: Original strand, 38138519 - 38138838
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||||||| |  ||||||||||| ||| |  |||||| ||||  ||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  38138519 acccagccacggaggctgctaaatttacatcccgtgttatcatcacgaatcaaactggccggattcaaaatggctatacacctattctggactgccacac 38138618  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    |||||||||| |||||| ||||| | ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||  |||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  38138619 ctcccacgttcctgtcaagtttgctaagcttgttaccaagtttgacaggttttctggtttggaaatcgagaaggagcccaaattcttgaagaatggtgat 38138718  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaa 337  Q
    |||| || | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||  |||||||||||| |||||||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  38138719 gctggtgttgttaagatgattcccaccaagtccatggtggtagaggatttttctacttatcctccacttggccgttttgctgtcagagacatgcgtcaaa 38138818  T
Q  338 ctgtggcttttggcgtcatc 357  Q
    |||||||| |||| ||||||    
T  38138819 ctgtggctgttggagtcatc 38138838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 357
Target Start/End: Original strand, 43067370 - 43067689
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  43067370 acccagccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatcataatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacac 43067469  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | ||| ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||    
T  43067470 ctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaagattgataggcgttctggtaaggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgat 43067569  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaa 337  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  43067570 gctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccactcggccgttttgctgttagagacatgcgtcaaa 43067669  T
Q  338 ctgtggcttttggcgtcatc 357  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  43067670 ctgtggctgttggcgtcatc 43067689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 38 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 43044621 - 43044284
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  43044621 acccagccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatcataatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacac 43044522  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | ||| ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||    
T  43044521 ctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaagattgataggcgttctggtaaggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgat 43044422  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaa 337  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  43044421 gctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccactcggccgttttgctgttagagacatgcgtcaaa 43044322  T
Q  338 ctgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 375  Q
    |||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  43044321 ctgtggctgttggggtcatcaaggctgtggagaagaag 43044284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 43083465 - 43083146
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    ||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  43083465 acccagccaaggaagctgctaactttacatctcaagtgatcatcatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacac 43083366  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | ||| ||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||    
T  43083365 ctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaagattgataggcgttctggtaaggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgat 43083266  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaa 337  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | |||||||||||||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  43083265 gctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccactcggtcgttttgctgttagagacatgcgtcaaa 43083166  T
Q  338 ctgtggcttttggcgtcatc 357  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  43083165 ctgtggctgttggcgtcatc 43083146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 38 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 3300355 - 3300018
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    |||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  3300355 accctgccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatcattatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacac 3300256  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    ||||||| |||||||||  |||| ||||||| || | ||| ||||| ||  || ||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||    
T  3300255 ctcccacattgctgtcaaatttgctgagcttgttactaagattgacaggcgttctggaaaggagattgagaaggagcccaaattcttgaagaacggtgat 3300156  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaa 337  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | ||||||||||| |||||||| | ||  || || | |||||| |    
T  3300155 gctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgagtatcctccacttggccgtttcgctgtcagggatatgcgtcaga 3300056  T
Q  338 ctgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 375  Q
    |||||||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  3300055 ctgtggctgttggtgtcatcaaggctgtggagaagaag 3300018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 38 - 369
Target Start/End: Original strand, 43077247 - 43077578
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || |||  ||| ||||||||  ||||  ||| || ||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  43077247 acccagccaaggaggccgctaactttacatctcaagtcgtcgtcatgaatcaccctggcaagattgaaaatggctatgcacctgttcttcactgccacac 43077346  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    || |||| ||  ||||| ||||| ||||||| || ||||| ||||  ||  || ||||| ||  ||||||| | ||||  ||||| ||| || |||||||    
T  43077347 cttccacattcttgtcaagtttgatgagcttgttaccaagattgataggcgttctggtatggtgattgagacgaagcccaaattcctgatgaatggtgat 43077446  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaa 337  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | ||||||||||| |||||||||  |   || |||||||||||||    
T  43077447 gctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccacttggccgttttactatcagggacaagcgtcaaa 43077546  T
Q  338 ctgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggag 369  Q
    |||||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  43077547 ctgtggctgttggtgtcatcacggctgtggag 43077578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 7891612 - 7891930
Alignment:
Q  39 cccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacc 138  Q
    |||||| | |||||| ||| | ||||||||||| |||||||||   ||| | ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  7891612 cccagctatggaggctgctgaatttacatctcatgttatcatcttgaatcatcctggccagattagaaatggctatacacctattctcgactgccacacc 7891711  T
Q  139 tcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatg 238  Q
    |||||| ||||||||| |||||   ||||| ||  |||| ||||| ||  |  |  |   ||| |||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||    
T  7891712 tcccacattgctgtcaagtttgccaagcttgttagcaagtttgacaggaatactaatgttgaatttgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgatg 7891811  T
Q  239 ctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaac 338  Q
    ||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  ||   |||||| |||| || ||||||| ||  ||||||| |||||||||    
T  7891812 ctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggtagagacttttactgcatatccttcacttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaac 7891911  T
Q  339 tgtggcttttggcgtcatc 357  Q
    ||||||| |||| ||||||    
T  7891912 tgtggctattggagtcatc 7891930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 198 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 50911902 - 50911743
Alignment:
Q  198 ggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattat 297  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||| || |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||  |  | | |    
T  50911902 ggaaattgagaaggagcccaaattcttgaagaatggtgacgctggtgttattgagatgattcccaccaagcccatgttggtagagactttttccaaattt 50911803  T
Q  298 cctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcatc 357  Q
    ||| ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  50911802 ccttcactcggccgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggagtcatc 50911743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 112 - 154
Target Start/End: Original strand, 40035429 - 40035471
Alignment:
Q  112 tatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtca 154  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  40035429 tatacacctattgttgactgccacacctcccacattcctgtca 40035471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 35 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 16348771 - 16348456
Alignment:
Q  35 atcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgcca 134  Q
    |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||  ||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  16348771 atcacccagccaaggaggccattaactttacatctcaagttatcatcacgaatcaccctggccaaattgaaaagggttatacacctgttcttaactgcca 16348672  T
Q  135 cacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggt 234  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||| |||||| ||| |||  ||||| |||||||||  ||||||||||||  |||    
T  16348671 cacctcctacattgctgtcaagtttgctaagcttcttgccaaggtagacaggttttctggcaagataattgtgaaggagcccaaattcttgaagaaaggt 16348572  T
Q  235 gatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtc 334  Q
    |||| ||    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  || | |||||| |||||||||||||| |||  ||||| | || ||    
T  16348571 gatggtggcattattcagatgattcccaccaagcccatggtggtagagactttttctgaatatccttcactcggccgttttattgtcagagatacgcatc 16348472  T
Q  335 aaactgtggcttttgg 350  Q
    ||||||||||| ||||    
T  16348471 aaactgtggctattgg 16348456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 38 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 4231086 - 4230774
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||| || || ||||  ||| ||||||||| |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  4231086 acccagccaaggaggctgctaacttcacatctcaggtgattatcatgaatcaccctggccagattggaaatggttatgcccctgttcttgactgccacac 4230987  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    ||||||| |||| |||| ||||| ||||||| || | ||| ||||| ||  || ||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||| ||| |||    
T  4230986 ctcccacattgcagtcaagtttgctgagcttgttactaagattgacaggcgttctggtaaggagatcgagaaggagcctaaattcctgaagaatggagat 4230887  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaa 337  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||| || | ||||||||||| |||||||||| ||  ||||| | ||| ||||    
T  4230886 gctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccacttggccgttttgctgtcagagatatgcggcaaa 4230787  T
Q  338 ctgtggcttttgg 350  Q
    |||||||| ||||    
T  4230786 ctgtggctgttgg 4230774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 186 - 356
Target Start/End: Original strand, 19965332 - 19965504
Alignment:
Q  186 gttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtg--atgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagagg 283  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||  ||| | |||||||| || |||||  ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19965332 gttttctggtaaggaaattgcaaagatgcccggattcttgatgaatggtgtgatgctgctgttgttaagatgattcccgccaagcctatggtggtagagg 19965431  T
Q  284 atttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcat 356  Q
     |||| || | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  19965432 ctttctctcaatatcctccactcggctgttttgttgctagagacatgcgtcaaactgtggcttttggagtcat 19965504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 153
Target Start/End: Original strand, 19965214 - 19965329
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19965214 acccagccatgggggccgctgactttacatcttatcttatcattacaaaggaccctggcatgattcaaactggctatacacctgttcttgactgccacac 19965313  T
Q  138 ctcccacgttgctgtc 153  Q
    ||||||| ||||||||    
T  19965314 ctcccacattgctgtc 19965329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 96; Significance: 7e-47; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 73 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4619275 - 4618992
Alignment:
Q  73 gttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattg 172  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||| |||| |||| || ||||||||| ||||| | |||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||| | |    
T  4619275 gttatcatcaggaatcaccctggccagattggaaatggctatacacctgttcttcattgccacacctcccacactgctgtcaagtttgataagcttctag 4619176  T
Q  173 ccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctat 272  Q
    ||||| ||||| ||| || |||||||| ||||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||| ||    
T  4619175 ccaagattgacaggtgttctggtaaggtaattgagaatgagcccaaattcctgaagaatggtgatgctggcattattaagatgattcccaccaagcccat 4619076  T
Q  273 ggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaagcgtcaaactgtggcttttggcgtcat 356  Q
    ||||||||||  |||  || |||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||  |||| ||| |||||| |||| |||||    
T  4619075 ggtggtagagactttttctaattatccttcactcggccgttttgctgtcagagacatacgtcgaacagtggctgttggagtcat 4618992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 43 - 319
Target Start/End: Original strand, 4788124 - 4788400
Alignment:
Q  43 gccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctccc 142  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||  |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4788124 gccaaggaggccgattactttacatctcatgttatcatcacaaatcaccctggacagattgaaaaaggctatacgcctattcttcactgccacacctccc 4788223  T
Q  143 acgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgatgctgc 242  Q
    |  ||||||||   |||| ||||||||||  ||||||||||     || |||| ||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||     
T  4788224 aaattgctgtcgaatttgatgagcttatttgcaaggttgacaatcattctggttaggtaattgaggagaggcctgcattcttgaagaatggtgatgatgg 4788323  T
Q  243 tgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttg 319  Q
    |  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||  |   ||||||||||| |||| ||||||||    
T  4788324 tcttattgagatggttcccaccaagcctatggtggtagagcctttctatctatatcctccacttggccattttgttg 4788400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 4297061 - 4296780
Alignment:
Q  38 acccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacac 137  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||  | |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4297061 acccagccaaggaggtcactcactttacatctcatgttatcatcacaaatcaccctagccagattgaagaaggctatacacctattcttcactgccacac 4296962  T
Q  138 ctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaagagtggtgat 237  Q
    ||||||| || ||||||  |||| ||||||||||  |||||||||||  | || |  ||||  ||||||||||   ||   ||||||||||| ||||||     
T  4296961 ctcccacattcctgtcaaatttgctgagcttatttacaaggttgactattgttctcataagataattgagaagcgcccaccattcttgaagaatggtgac 4296862  T
Q  238 gctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttg 319  Q
      |  |  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||   | |||||||||| ||||||||||||    
T  4296861 aattgtcttattaagatgattcccaccgagtctatggtggtagagcctttctctctatctcctccactcagccgttttgttg 4296780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 130 - 375
Target Start/End: Original strand, 7530010 - 7530255
Alignment:
Q  130 tgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaaga 229  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| | ||||| ||| ||| || ||||| ||||| ||   | ||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||    
T  7530010 tgccacacctctcacattgctgtgaagtttgctgaacttgttaccaagattgacaggcgatctggtaaggagattgagaaggagcccaagttcttgaaga 7530109  T
Q  230 gtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaa 329  Q
     ||||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||   || ||| | |||||||| || || ||||||| ||  || ||||     
T  7530110 atggtgatgctggtatcattaagatggttcccaccaagcccatggtggttgagacctttgctgaatatcctcctcttggacgttttgctgtcagggacat 7530209  T
Q  330 gcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 375  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  7530210 gcgtcaaactgttgctgttggtgtcatcaaggctgtggagaagaag 7530255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 130 - 375
Target Start/End: Original strand, 7520473 - 7520718
Alignment:
Q  130 tgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaaggagcctgaattcttgaaga 229  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| | ||||| ||| ||| || ||||| ||||| ||   | ||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||    
T  7520473 tgccacacctctcacattgctgtgaagtttgctgaacttgttaccaagattgacaggcgatctggtaaggagattgagaaggagcccaagttcttgaaga 7520572  T
Q  230 gtggtgatgctgctgctattaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaa 329  Q
      |||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||   |||||| | |||||||| || || |||||||  |  || ||||     
T  7520573 acggtgatgctggtatcattaagatggttcccaccaagcccatggtggttgagaccttcgctgaatatcctcctcttggacgttttgccgtcagggacat 7520672  T
Q  330 gcgtcaaactgtggcttttggcgtcatcgcgtctgtggagaggaag 375  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||  | ||||||||| ||||    
T  7520673 gcgtcaaactgttgctgttggtgtcatcaaggctgtggagaagaag 7520718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1618 times since January 2019
Visitors: 1426