View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0123_low_9 (Length: 283)

Name: NF0123_low_9
Description: NF0123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0123_low_9
NF0123_low_9
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (46-229)||(46306187-46306372)
chr3 (47-229)||(13328943-13329127)
chr3 (46-209)||(5385092-5385257)
chr3 (58-178)||(13952794-13952913)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (46-229)||(35876915-35877101)
chr2 (46-229)||(35884404-35884590)
chr2 (46-229)||(36724117-36724303)
chr2 (46-229)||(3396403-3396587)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (46-229)||(33956111-33956296)
chr5 (46-229)||(20833822-20834008)
chr5 (46-229)||(20035377-20035565)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (58-224)||(20037327-20037495)
chr8 (46-229)||(42712780-42712967)
chr8 (58-224)||(20029566-20029734)
chr8 (46-229)||(12924744-12924930)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (46-209)||(3471557-3471722)
chr1 (46-229)||(14272626-14272812)
chr1 (46-229)||(14282492-14282679)
[»] scaffold0206 (1 HSPs)
scaffold0206 (58-224)||(1496-1664)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (46-224)||(142556-142736)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (46-229)||(20885060-20885246)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (46-229)||(15947983-15948170)
chr7 (46-229)||(33292773-33292959)
chr7 (46-229)||(14635350-14635537)
chr7 (46-229)||(14645050-14645237)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (46-229)||(23883896-23884082)
chr6 (46-229)||(22065695-22065882)
[»] scaffold0771 (1 HSPs)
scaffold0771 (58-178)||(4934-5053)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 139; Significance: 9e-73; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 46306187 - 46306372
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgc 145  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  46306187 agagacttgggaagaaagcatgtagagaatatttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattgtagagcacgtgc 46306286  T
Q  146 ttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46306287 ttgctagttggtgatgagttgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcttgatgatgtc 46306372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 47 - 229
Target Start/End: Original strand, 13328943 - 13329127
Alignment:
Q  47 gagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgct 146  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13328943 gagacttgggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagtcacaaccaaacttgaacgaaattgtagatcatgtgct 13329042  T
Q  147 tgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  13329043 tgctagttggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgatatcatcttgatgatgtc 13329127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 46 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 5385257 - 5385092
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgc 145  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||    
T  5385257 agagacttgggaagaaagcatgttgaaaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagtcccaaccaaacttgaacgaaattgtaaagcacgtgc 5385158  T
Q  146 ttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgccacc--cttgatgatttttgct 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||  ||||||||| ||||||    
T  5385157 ttgctagttggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctacccacttgatgatatttgct 5385092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 178
Target Start/End: Original strand, 13952794 - 13952913
Alignment:
Q  58 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgcttgctagttggt 157  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||| ||||||  | ||||||||| | ||    
T  13952794 agaaaccatgtagagaatatttcttcagtct-gcctagaacattctcttagtcctaaccaatcttgaacgaaattgtagagcgcgcgcttgctagcttgt 13952892  T
Q  158 gatgagttgtgatcaagcctt 178  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  13952893 gatgagctgtgatcaagcctt 13952913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 35877101 - 35876915
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||    
T  35877101 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaactaaattgtagagcacgtg 35877002  T
Q  145 cttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35877001 cttgctagtaggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcttgatgatgtc 35876915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 35884590 - 35884404
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||    
T  35884590 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaactaaattgtagagcacgtg 35884491  T
Q  145 cttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35884490 cttgctagtaggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcttgatgatgtc 35884404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 36724303 - 36724117
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||    
T  36724303 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaactaaattgtagagcacgtg 36724204  T
Q  145 cttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36724203 cttgctagtaggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcttgatgatgtc 36724117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 3396587 - 3396403
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgc 145  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  3396587 agagaattgggaagaaaccatgtagagaatgtttcttcagttttgcc-agaacattctctcagtcccaactaaacttgaacgaaattgtagagcacgtgc 3396489  T
Q  146 ttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  3396488 ttgctagctgatgatgagttgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccccttgatgatttttgctgatgtcatcttgatgatgtc 3396403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 33956111 - 33956296
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgc 145  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||     
T  33956111 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccaggacattctctcagtcccaaccaaacttgaacgaaattgtagagcacgtgt 33956210  T
Q  146 ttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||   |||||||  | | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  33956211 ttgctagttggtgatgagctgcgatcaagccttttgaaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcatgatgatgtc 33956296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 20834008 - 20833822
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  20834008 agagacttggggagaaagtatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagaacattctctcagtcccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcatgtg 20833909  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  20833908 cttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagccttt-gtaacttgctgcccacttgatgatgtttgctaaggtcatcttgatgatgtc 20833822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 20035565 - 20035377
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgc 145  Q
    |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  20035565 agagacttgggaagagagcatgtaaagaatgtttcttcagtttttaccagaacattctcccagtcccatccaaacttgaacgaaattgtagagcacgtgc 20035466  T
Q  146 ttgctagttggtg---atgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    |||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  20035465 ttgctagttggtgatgatgaggtgtgatcaaaccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgatgtcatcttgatgatgtc 20035377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 58 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 20037495 - 20037327
Alignment:
Q  58 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgcttgctagttggt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20037495 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagaacattctcttagtcccaaccaaacttgaacgaaattgtagagcacgtgcttgctagttggt 20037396  T
Q  158 gatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatg 224  Q
    |||||| ||||| |||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20037395 gatgagatgtgaccaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcttgatg 20037327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 42712780 - 42712967
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  42712780 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacgtg 42712879  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42712880 cttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttaatgatttttgctgaagtcatcttgatgatgtc 42712967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 58 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 20029734 - 20029566
Alignment:
Q  58 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgcttgctagttggt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20029734 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagaacattcttttagtcccaaccaaacttgaacgaaattgtagagcacgtgcttgctagttggt 20029635  T
Q  158 gatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatg 224  Q
    |||||| ||||| |||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20029634 gatgagatgtgaccaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcttgatg 20029566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 12924930 - 12924744
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  12924930 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcacagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacgtg 12924831  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgccacc--cttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  12924830 cttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagccttt-gtaacttgctacccacttgatgatgtttgctaaggtcatcttgatgatgtc 12924744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 46 - 209
Target Start/End: Original strand, 3471557 - 3471722
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgc 145  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  3471557 agagacttgggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttttcccagaatattctctcagtcccaaccaaacttgaacgaaattgtagagtacgtgc 3471656  T
Q  146 ttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgct 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  3471657 ttgctagttggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgct 3471722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 14272626 - 14272812
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  14272626 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagaacattctctcagtcccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacgtg 14272725  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  14272726 cttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagccttt-gtaacttgctgcccacttgatgatgtttgcttagatcatcttgatgatgtc 14272812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 14282492 - 14282679
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttg-cccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgt 143  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||    
T  14282492 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgccccagaacattctctcagtcccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacgt 14282591  T
Q  144 gcttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  14282592 gcttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagccttt-gtaacttgctgcccacttgatgatgtttgcttagatcatcttgatgatgtc 14282679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0206 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0206
Description:

Target: scaffold0206; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 58 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1664 - 1496
Alignment:
Q  58 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgcttgctagttggt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  1664 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagaacattcttttagtcccaaccaaacttgaacgaaattgtagagcacgtgcttgctagttggt 1565  T
Q  158 gatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatg 224  Q
    |||||| ||||| |||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1564 gatgagatgtgaccaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagtcatcttgatg 1496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 142736 - 142556
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgc 145  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  142736 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcacctagaacattctctcagtgccaaccaaacttgaacgaaattgtagagcacatgc 142637  T
Q  146 ttgctagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatg 224  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  142636 ttgctagttggtgatgagctgtgatcaagccttttgtaacttgctgcccacttgatgatttttgctgaagttatcttgatg 142556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 20885060 - 20885246
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  20885060 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagaacattctctcagtcccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacgtg 20885159  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||  | | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  20885160 cttgcttagttggtgatgaggtgtgatcaaaccttt-gtaacttgctgcccacttgatgatgtttgctaaggtcatcttgatgatgtc 20885246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 15947983 - 15948170
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  15947983 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacgtg 15948082  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttg-atgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  | | |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  15948083 cttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagccttt-gtaacttgctgcccacttgaatgatgtttgctaaggtcatcttgatgatgtc 15948170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 33292773 - 33292959
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  33292773 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagtttcacccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacgtg 33292872  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgccaccc--ttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  |||  |||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  33292873 cttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagccttt-gtaacttgctgcccagttgatgatgtttgcttagatcatcttgatgatgtc 33292959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 14635350 - 14635537
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacg-aaattatagagcatgt 143  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  14635350 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgttccttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaaattatagagcacgt 14635449  T
Q  144 gcttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| |||| | ||  ||||||||  | | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  14635450 gcttgcttagttggtgatgagctgtgaccaagac-ttggtaacttgctgcccacttgatgatgtttgcttagatcatcttgatgatgtc 14635537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Original strand, 14645050 - 14645237
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacg-aaattatagagcatgt 143  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  14645050 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgttccttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaaattatagagcacgt 14645149  T
Q  144 gcttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| |||| | ||  ||||||||  | | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  14645150 gcttgcttagttggtgatgagctgtgaccaagac-ttggtaacttgctgcccacttgatgatgtttgcttagatcatcttgatgatgtc 14645237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 23884082 - 23883896
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacgaaattatagagcatgtg 144  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||    
T  23884082 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaattgtagagcacatg 23883983  T
Q  145 cttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||  | | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  23883982 cttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagcc-ttggtaacttgctgcccacttgatgatgtttgcttagatcatcttgatgatgtc 23883896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 46 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22065882 - 22065695
Alignment:
Q  46 agagacttaggaagaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaacc-aaacttgaacg-aaattatagagcatgt 143  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  22065882 agagacttggggagaaagcatgtagagaatgttccttcagtttcgcccagatcattctctcagttccaaccaaaacttgaacgaaaattgtagagcacgt 22065783  T
Q  144 gcttgc-tagttggtgatgagttgtgatcaagcctttattaacttgc--cacccttgatgatttttgctaaagtcatcttgatgatgtc 229  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||  | | ||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  22065782 gcttgcttagttggtgatgagctgtgatcaagcc-ttggtaacttgctgcccacttgatgatgtttgcttagatcatcttgatgatgtc 22065695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0771 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0771
Description:

Target: scaffold0771; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 178
Target Start/End: Original strand, 4934 - 5053
Alignment:
Q  58 agaaagcatgtagagaatgtttcttcagttttgcccagaacattctctcagttccaaccaaacttgaacgaaattatagagcatgtgcttgctagttggt 157  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||| ||||||  | ||||||||| | ||    
T  4934 agaaaccatgtagagaatatttcttcagtct-gcctagaacattctcttagtcctaaccaatcttgaacgaaattgtagagcgcgcgcttgctagcttgt 5032  T
Q  158 gatgagttgtgatcaagcctt 178  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  5033 gatgagctgtgatcaagcctt 5053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1377 times since January 2019
Visitors: 1419