View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0126_low_7 (Length: 292)

Name: NF0126_low_7
Description: NF0126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0126_low_7
NF0126_low_7
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (49-224)||(46706895-46707070)
chr7 (49-221)||(5289607-5289779)
chr7 (49-221)||(5310437-5310609)
chr7 (49-221)||(5284348-5284520)
chr7 (49-221)||(5302536-5302708)
chr7 (49-221)||(5315151-5315323)
chr7 (67-164)||(32530975-32531072)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (49-224)||(44128614-44128789)
chr1 (49-224)||(44132819-44132994)
chr1 (49-224)||(44141241-44141416)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (58-221)||(1505026-1505189)
chr5 (49-221)||(1478039-1478211)
chr5 (49-221)||(1492208-1492380)
chr5 (49-221)||(1482233-1482405)
chr5 (49-221)||(1486710-1486882)
chr5 (49-205)||(1499280-1499436)
chr5 (49-221)||(1509164-1509336)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (54-221)||(24163700-24163867)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (55-218)||(37863303-37863466)
chr3 (67-218)||(37859277-37859428)
chr3 (55-218)||(39030117-39030280)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (67-209)||(35250869-35251011)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 46707070 - 46706895
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46707070 gcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 46706971  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 224  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46706970 aactcacaaaactcttcggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 46706895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5289779 - 5289607
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5289779 gcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatc 5289680  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5289679 aactcacaaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcagg 5289607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 5310437 - 5310609
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5310437 gcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatc 5310536  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5310537 aactcacaaaactcttgggccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcagg 5310609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 5284348 - 5284520
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5284348 gcagtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatc 5284447  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5284448 aactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcagg 5284520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 5302536 - 5302708
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  5302536 gcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatc 5302635  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5302636 aactcaccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcagg 5302708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 5315151 - 5315323
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  5315151 gcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatc 5315250  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5315251 aactcaccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcagg 5315323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 67 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 32531072 - 32530975
Alignment:
Q  67 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactctt 164  Q
    ||||||||||||||||| || || || |||||| || |  | ||||| |||  ||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  32531072 gaatggggtcaaccaaaatccaaaatcacccacgtagttttctgcacaacttctggtgtagacatgccgggtgccgattaccaactcactaaactctt 32530975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 9e-76; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 44128614 - 44128789
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128614 gcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 44128713  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 224  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128714 aactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 44128789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 44132819 - 44132994
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44132819 gcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 44132918  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 224  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44132919 aactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 44132994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 44141241 - 44141416
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141241 gcagtgaaggccataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 44141340  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 224  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141341 aactcacaaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggagg 44141416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 58 - 221
Target Start/End: Original strand, 1505026 - 1505189
Alignment:
Q  58 gctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaa 157  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1505026 gctataaaagaatggggtcagccaaagtcaaagattactcacttaattgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacca 1505125  T
Q  158 aactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  1505126 aactcttaggtcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgttttgcagg 1505189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 1478039 - 1478211
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1478039 gcagtgaaagctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttgatcttttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattacc 1478138  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  1478139 aactcaccaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgttttgcagg 1478211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 1492208 - 1492380
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| |    
T  1492208 gcagtgaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatc 1492307  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||| |||||||| |||||||  |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  1492308 aactcactaaactcttaggtcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcagg 1492380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 1482233 - 1482405
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  1482233 gcagtgaaggctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttaatattttgtaccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattacc 1482332  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1482333 aactcacaaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgctttgcagg 1482405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 1486710 - 1486882
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |  |||||| ||| ||||||||| || |||||||    
T  1486710 gcagtgaaagctataaaagaatagggccaaccaaagtcaaagattacacacttaatattttgcaccatgagtggtataggcatgcctggtgccgattacc 1486809  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||  |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1486810 aactcacaaaactcttaggtctttgcccggatgtgaaacggtatatgatataccaacaaggatgctttgcagg 1486882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 49 - 205
Target Start/End: Original strand, 1499280 - 1499436
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||  |||||||   ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  1499280 gcagtgaaggctatcgaagaatggggtcaaccgaagtcaaatattacacatttaattttttgcacctatagtggtgtagacatgcctggtgcggattacc 1499379  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaac 205  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1499380 aactaacaaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaac 1499436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Original strand, 1509164 - 1509336
Alignment:
Q  49 gcagagaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattacc 148  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| || |||||||| || ||| |||||||| |||| |    
T  1509164 gcagtgaaggctataaaagaatggggccagccaaaatcaaagattacacatttaatcttttgcaccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatc 1509263  T
Q  149 aactcacaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    |||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||    
T  1509264 aacttaccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaaaggtgttttgcagg 1509336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 7e-52; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 54 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 24163867 - 24163700
Alignment:
Q  54 gaaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactc 153  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  24163867 gaaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagatcacacacttaatattttgcactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactc 24163768  T
Q  154 acaaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcagg 221  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  24163767 acaaaactcttaggtcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcagg 24163700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 55 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37863466 - 37863303
Alignment:
Q  55 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactca 154  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||  ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || || ||||    
T  37863466 aaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctca 37863367  T
Q  155 caaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgc 218  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  37863366 caaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgc 37863303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 67 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37859428 - 37859277
Alignment:
Q  67 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttgg 166  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||| ||||||| || ||||| || |||||||| || || || || || || ||||| |||||||    
T  37859428 gaatggggtcaacctaagtccaagattacccacctcatcttttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgactatcagctgacaaagctcttgg 37859329  T
Q  167 gtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgc 218  Q
    | ||||  |||||||||||  | || |||||||||||||||||||| |||||    
T  37859328 gccttcgtccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgc 37859277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 55 - 218
Target Start/End: Original strand, 39030117 - 39030280
Alignment:
Q  55 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactca 154  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||| | |||| ||  | ||  |||||||| | |||||||| || |||||||||||||| || || ||||    
T  39030117 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 39030216  T
Q  155 caaaactcttgggtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgc 218  Q
    |||| ||||| || |||   |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39030217 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgc 39030280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 209
Target Start/End: Original strand, 35250869 - 35251011
Alignment:
Q  67 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttgg 166  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||  |||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||| |  | |    
T  35250869 gaatggggtcaaccaaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaattgctag 35250968  T
Q  167 gtcttcacccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagg 209  Q
    | ||||  || |  |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  35250969 gacttcgtccgtcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagg 35251011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1789 times since January 2019
Visitors: 1427