View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0134_1D_high_18 (Length: 254)

Name: NF0134_1D_high_18
Description: NF0134_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0134_1D_high_18
NF0134_1D_high_18
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (41-246)||(19254-19459)
scaffold0197 (41-242)||(14403-14604)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (41-246)||(149045-149250)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (41-246)||(35745182-35745387)
chr8 (41-242)||(10684358-10684559)
chr8 (67-194)||(39784965-39785091)
chr8 (72-207)||(6311121-6311254)
chr8 (67-194)||(25328420-25328545)
chr8 (72-207)||(7290055-7290188)
chr8 (96-162)||(18853353-18853418)
chr8 (96-200)||(10689289-10689392)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (42-246)||(16838536-16838740)
chr6 (42-246)||(6005209-6005413)
chr6 (41-246)||(5343271-5343477)
chr6 (41-248)||(33330532-33330741)
chr6 (42-248)||(33336029-33336237)
chr6 (67-228)||(28155676-28155837)
chr6 (40-229)||(6438292-6438480)
chr6 (41-200)||(11856764-11856921)
chr6 (67-194)||(14737718-14737843)
chr6 (67-194)||(28184320-28184448)
chr6 (67-200)||(14742571-14742702)
chr6 (70-200)||(22010832-22010960)
chr6 (96-200)||(30125940-30126044)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (42-246)||(2785167-2785371)
chr5 (39-246)||(31401939-31402146)
chr5 (41-246)||(31397082-31397287)
chr5 (41-246)||(33791107-33791312)
chr5 (41-246)||(33767970-33768175)
chr5 (42-228)||(37561551-37561740)
chr5 (41-228)||(37556729-37556919)
chr5 (42-229)||(28807678-28807868)
chr5 (72-207)||(1457290-1457423)
chr5 (72-207)||(27444793-27444926)
chr5 (72-207)||(27449637-27449770)
chr5 (92-207)||(43592120-43592235)
chr5 (72-207)||(43598547-43598680)
chr5 (72-207)||(43604039-43604172)
chr5 (72-207)||(43609531-43609664)
chr5 (67-194)||(15044507-15044630)
chr5 (92-193)||(30631249-30631349)
chr5 (141-193)||(24135742-24135794)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (42-246)||(2340-2544)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (41-248)||(10207724-10207932)
chr3 (38-248)||(2677174-2677386)
chr3 (38-248)||(2673018-2673230)
chr3 (41-242)||(8516886-8517088)
chr3 (42-242)||(8512007-8512208)
chr3 (42-242)||(32475276-32475476)
chr3 (41-242)||(32480132-32480334)
chr3 (100-246)||(24967957-24968103)
chr3 (38-228)||(18656224-18656410)
chr3 (70-200)||(22173330-22173458)
chr3 (96-207)||(2671725-2671836)
chr3 (96-207)||(7167092-7167201)
chr3 (92-207)||(28503995-28504108)
chr3 (96-162)||(8739249-8739314)
chr3 (96-162)||(9091487-9091552)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (39-242)||(182058-182261)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (41-242)||(16879863-16880064)
chr7 (41-242)||(16884719-16884920)
chr7 (41-242)||(24261417-24261618)
chr7 (42-242)||(24266296-24266496)
chr7 (42-234)||(21812339-21812532)
chr7 (42-229)||(19992104-19992292)
chr7 (67-212)||(24024451-24024594)
chr7 (67-200)||(12396730-12396861)
chr7 (67-200)||(12406150-12406281)
chr7 (67-194)||(31109725-31109849)
chr7 (67-188)||(4866548-4866667)
chr7 (96-220)||(20357672-20357797)
chr7 (96-162)||(2057806-2057871)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (39-221)||(43988580-43988762)
chr1 (38-229)||(39445288-39445479)
chr1 (42-229)||(25445195-25445382)
chr1 (67-212)||(44023997-44024140)
chr1 (42-229)||(1055117-1055304)
chr1 (67-152)||(41386566-41386650)
chr1 (67-160)||(41398055-41398147)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (41-242)||(19349069-19349270)
chr2 (42-242)||(19344212-19344412)
chr2 (42-194)||(32246577-32246728)
chr2 (67-194)||(39812129-39812255)
chr2 (70-200)||(44312759-44312887)
chr2 (96-207)||(9296540-9296651)
chr2 (142-207)||(14291380-14291446)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (42-229)||(18855519-18855706)
chr4 (42-212)||(3813816-3813986)
chr4 (41-200)||(9224542-9224699)
chr4 (38-228)||(5732454-5732640)
chr4 (67-200)||(9229329-9229460)
chr4 (42-194)||(45347959-45348109)
chr4 (42-194)||(45357438-45357588)
chr4 (71-207)||(56146840-56146974)
chr4 (72-207)||(51520280-51520413)
[»] scaffold0464 (1 HSPs)
scaffold0464 (41-229)||(154-342)
[»] scaffold0355 (2 HSPs)
scaffold0355 (67-212)||(9764-9907)
scaffold0355 (67-212)||(13-148)
[»] scaffold0135 (1 HSPs)
scaffold0135 (67-200)||(35197-35328)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (67-152)||(34132-34216)
[»] scaffold0777 (1 HSPs)
scaffold0777 (41-90)||(6292-6341)
[»] scaffold0479 (1 HSPs)
scaffold0479 (41-130)||(13140-13228)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 41 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 19459 - 19254
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19459 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 19360  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19359 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaaca 19260  T
Q  241 aacacc 246  Q
    ||||||    
T  19259 aacacc 19254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 14604 - 14403
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14604 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 14505  T
Q  141 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14504 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 14406  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  14405 aaa 14403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 41 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 149250 - 149045
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  149250 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 149151  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  149150 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaaca 149051  T
Q  241 aacacc 246  Q
    ||||||    
T  149050 aacacc 149045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 41 - 246
Target Start/End: Original strand, 35745182 - 35745387
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35745182 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 35745281  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  35745282 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaaca 35745381  T
Q  241 aacacc 246  Q
    ||||||    
T  35745382 aacacc 35745387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 10684559 - 10684358
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10684559 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 10684460  T
Q  141 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10684459 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 10684361  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  10684360 aaa 10684358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 39785091 - 39784965
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  39785091 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaataacaacaaaacagc 39784993  T
Q  167 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39784992 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 39784965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Original strand, 6311121 - 6311254
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  6311121 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtttccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 6311218  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6311219 actagtgtatagcaaaaccacactaagagataacaa 6311254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 25328545 - 25328420
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaac-ag 165  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| |     
T  25328545 aaccttcacaacaatga-aataaatcaatgatgtgcggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacaac 25328447  T
Q  166 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  25328446 cctaa--ctagtgtatagcaaaaccacac 25328420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 7290188 - 7290055
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||  ||    
T  7290188 tcacaccaatga-aataaac-attgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaacaaacaacaacaaagcagccctag 7290091  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7290090 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 7290055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 96 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 18853418 - 18853353
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 162  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  18853418 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaacaacaaaaaaa 18853353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 96 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 10689392 - 10689289
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||| |||||| ||  ||| || |||| |||||||||||||    
T  10689392 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-ctaatggtttccaagc-aacaacaacaaaaacaaccctagtgtagtgtagagcaaaaccacac 10689295  T
Q  195 taagag 200  Q
     |||||    
T  10689294 aaagag 10689289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 42 - 246
Target Start/End: Original strand, 16838536 - 16838740
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16838536 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatatgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 16838635  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 241  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16838636 ttcaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaacaa 16838735  T
Q  242 acacc 246  Q
    |||||    
T  16838736 acacc 16838740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 42 - 246
Target Start/End: Original strand, 6005209 - 6005413
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6005209 tgttgtaaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 6005308  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 241  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  6005309 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaacaa 6005408  T
Q  242 acacc 246  Q
    |||||    
T  6005409 acacc 6005413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 41 - 246
Target Start/End: Original strand, 5343271 - 5343477
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5343271 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataagtcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 5343370  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  5343371 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaaagtatagcaaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaac 5343470  T
Q  240 aaacacc 246  Q
    |||||||    
T  5343471 aaacacc 5343477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 41 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 33330741 - 33330532
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33330741 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaattagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 33330642  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaacgaa 238  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||| |||    
T  33330641 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaagaa 33330542  T
Q  239 caaacaccaa 248  Q
    ||||||||||    
T  33330541 caaacaccaa 33330532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 42 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 33336237 - 33336029
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33336237 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 33336138  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatag-caaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||| ||||    
T  33336137 tccaaactaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagtaaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaagaac 33336038  T
Q  240 aaacaccaa 248  Q
    |||||||||    
T  33336037 aaacaccaa 33336029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 67 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28155837 - 28155676
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  28155837 aaccttcacaccaatgc-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtcttcaagctaacaacaacaaaacagc 28155740  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaa 228  Q
    ||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  28155739 ctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaa 28155676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 229
Target Start/End: Original strand, 6438292 - 6438480
Alignment:
Q  40 tttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 139  Q
    |||||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  | |||||    
T  6438292 tttgttgtgattccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaaccaatgg 6438389  T
Q  140 cctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 229  Q
    | ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  6438390 cttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 6438480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Original strand, 11856764 - 11856921
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  |||||||     
T  11856764 ttgttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggt 11856861  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  11856862 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 11856921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 14737843 - 14737718
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14737843 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 14737746  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  14737745 cctagactagtgtatagcaaaaccacac 14737718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Original strand, 28184320 - 28184448
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa--tggcctccaagcaaacaacaacaaaaca 164  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28184320 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaca 28184418  T
Q  165 gcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    |||  || ||| ||||||||||||||||||    
T  28184419 gccctagactagtgtatagcaaaaccacac 28184448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 67 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 14742702 - 14742571
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  14742702 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcatacaacaacaaaacagc 14742605  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  14742604 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 14742571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 70 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 22010960 - 22010832
Alignment:
Q  70 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 169  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||      
T  22010960 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccct 22010863  T
Q  170 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    || | | |||||||||||||||||| |||||    
T  22010862 agacaagtgtatagcaaaaccacacaaagag 22010832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30126044 - 30125940
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||  || ||| |||| |||||||||||||    
T  30126044 gatgtgtggagcaagaggtagtgataatctatgag-ccaaatggtctccaagctaactacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacac 30125946  T
Q  195 taagag 200  Q
     |||||    
T  30125945 aaagag 30125940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 42 - 246
Target Start/End: Original strand, 2785167 - 2785371
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2785167 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 2785266  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 241  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  2785267 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaacaa 2785366  T
Q  242 acacc 246  Q
    |||||    
T  2785367 acacc 2785371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 39 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 31402146 - 31401939
Alignment:
Q  39 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 138  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31402146 ttttgttgtgaattcggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 31402047  T
Q  139 gcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaa 238  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31402046 gcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaa 31401947  T
Q  239 caaacacc 246  Q
    ||||||||    
T  31401946 caaacacc 31401939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 41 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 31397287 - 31397082
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31397287 ttgttgtgaattcggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 31397188  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  31397187 ctccaagctaacaacaacaaaacatcctaagcctaatgtaaagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacaaaca 31397088  T
Q  241 aacacc 246  Q
    ||||||    
T  31397087 aacacc 31397082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 41 - 246
Target Start/End: Original strand, 33791107 - 33791312
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33791107 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 33791206  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  33791207 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacatatagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaaca 33791306  T
Q  241 aacacc 246  Q
    ||||||    
T  33791307 aacacc 33791312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 41 - 246
Target Start/End: Original strand, 33767970 - 33768175
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33767970 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacatcaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgac 33768069  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||    
T  33768070 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacatatagagctaacaagcatacaggataaacgataaaaggaaaagaaca 33768169  T
Q  241 aacacc 246  Q
    ||||||    
T  33768170 aacacc 33768175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 42 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 37561740 - 37561551
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  37561740 tgttgtgaatccggttcaactaatcaaaccttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatggc 37561641  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaa 228  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  37561640 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaa 37561551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 41 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 37556919 - 37556729
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaac-cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 139  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  37556919 ttgttgtgaatccggttcaactaatcaaatcttcacaccaatgataataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatctatgagagcaaatgg 37556820  T
Q  140 cctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaa 228  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  37556819 cctccaagctaacaacaacaaaacagcctatgacttgtgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaa 37556729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 28807868 - 28807678
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  28807868 tgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggc 28807770  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagc--aaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 229  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  28807769 ttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaaaccactcaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 28807678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 1457423 - 1457290
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  1457423 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 1457326  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1457325 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 1457290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Original strand, 27444793 - 27444926
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||  ||    
T  27444793 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27444890  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27444891 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 27444926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Original strand, 27449637 - 27449770
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||  ||    
T  27449637 tcacaccaatga-aataaac-aatgatatgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagtacaaatggtctccaagcaaacaacaacatagcagccctag 27449734  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27449735 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 27449770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Original strand, 43592120 - 43592235
Alignment:
Q  92 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 191  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  || ||| |||||||||||||||    
T  43592120 caatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctagactagtgtatagcaaaacca 43592219  T
Q  192 cactaagagctaacaa 207  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  43592220 cacaaagagataacaa 43592235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Original strand, 43598547 - 43598680
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43598547 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43598644  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43598645 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43598680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Original strand, 43604039 - 43604172
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43604039 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43604136  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43604137 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43604172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Original strand, 43609531 - 43609664
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  43609531 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 43609628  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43609629 actagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 43609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Original strand, 15044507 - 15044630
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||   |||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  15044507 aaccttcacaccaatga-aata---caatgacgtgtagagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaaaccaacaacaacaaaacagc 15044602  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  15044603 cctagactagtgtatagcaaaaccacac 15044630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 193
Target Start/End: Original strand, 30631249 - 30631349
Alignment:
Q  92 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 191  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||| ||    
T  30631249 caatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagaacaaatggttttcaagc-aacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaatca 30631347  T
Q  192 ca 193  Q
    ||    
T  30631348 ca 30631349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 193
Target Start/End: Original strand, 24135742 - 24135794
Alignment:
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccaca 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||| ||||| ||||||    
T  24135742 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaacaccaca 24135794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 42 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 2544 - 2340
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2544 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgataaagataatccatgagtgcaaatggcc 2445  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaa 241  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2444 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaacaa 2345  T
Q  242 acacc 246  Q
    |||||    
T  2344 acacc 2340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 41 - 248
Target Start/End: Original strand, 10207724 - 10207932
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10207724 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 10207823  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  ||| ||||    
T  10207824 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaagaac 10207923  T
Q  240 aaacaccaa 248  Q
    |||||||||    
T  10207924 aaacaccaa 10207932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 38 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 2677386 - 2677174
Alignment:
Q  38 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2677386 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaa 2677287  T
Q  137 tggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaac 235  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  |||     
T  2677286 tggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaa 2677187  T
Q  236 gaacaaacaccaa 248  Q
    |||||||||||||    
T  2677186 gaacaaacaccaa 2677174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 38 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 2673230 - 2673018
Alignment:
Q  38 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  2673230 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagtaaa 2673131  T
Q  137 tggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat-acaagataaacgataaaacaaaac 235  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||  |||     
T  2673130 tggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcataacaagataaaccatgaaaagaaaa 2673031  T
Q  236 gaacaaacaccaa 248  Q
    |||||||||||||    
T  2673030 gaacaaacaccaa 2673018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 8516886 - 8517088
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8516886 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggc 8516985  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagat-aaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  8516986 ttccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcatacaagataaaacgataaacgaaaacgaac 8517085  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  8517086 aaa 8517088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Original strand, 8512007 - 8512208
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  8512007 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatggct 8512106  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagat-aaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  8512107 tccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtgtagcacaaccacactaagagttaacaagcatacaagataaaacgataaacgaaaacgaaca 8512206  T
Q  241 aa 242  Q
    ||    
T  8512207 aa 8512208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Original strand, 32475276 - 32475476
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32475276 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcc 32475375  T
Q  142 tccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32475376 tccaaactaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaaca 32475474  T
Q  241 aa 242  Q
    ||    
T  32475475 aa 32475476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 32480132 - 32480334
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa-ccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32480132 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatccaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatgg 32480231  T
Q  140 cctccaagcaaa-caacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaa 238  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32480232 cctccaaactaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaa 32480330  T
Q  239 caaa 242  Q
    ||||    
T  32480331 caaa 32480334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 100 - 246
Target Start/End: Original strand, 24967957 - 24968103
Alignment:
Q  100 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaaga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24967957 tgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaaga 24968056  T
Q  200 gctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaacaaacacc 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24968057 gctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaacaaacacc 24968103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 228
Target Start/End: Original strand, 18656224 - 18656410
Alignment:
Q  38 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 137  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||  |||||    
T  18656224 tttttgttgtgaatccggttcca--aagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaat 18656318  T
Q  138 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaac-aagcatacaagataaacgataaa 228  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  18656319 ggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagaaaaaccacacaaagagctaacaaagcaaacaagataaacggtaaa 18656410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 70 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 22173458 - 22173330
Alignment:
Q  70 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 169  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  22173458 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagccct 22173361  T
Q  170 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  22173360 agactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 22173330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 2671836 - 2671725
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| || ||||||||||    
T  2671836 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagc-caaatggtctccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagaaaaaccacac 2671738  T
Q  195 taagagctaacaa 207  Q
     ||||| ||||||    
T  2671737 aaagagataacaa 2671725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 96 - 207
Target Start/End: Original strand, 7167092 - 7167201
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacact 195  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||   ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  || ||| |||| |||||||||||||     
T  7167092 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaa-caacaacaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacaca 7167189  T
Q  196 aagagctaacaa 207  Q
    ||||| ||||||    
T  7167190 aagagataacaa 7167201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 92 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 28504108 - 28503995
Alignment:
Q  92 caatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaacca 191  Q
    ||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||   ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||   | ||| |||||||||||||||    
T  28504108 caatgatgtgtggagcaaaaggtagtgataatctatgagaa-aaatggtttccaagcaa-caacaacaaaacagcccttgactagtgtatagcaaaacca 28504011  T
Q  192 cactaagagctaacaa 207  Q
    ||| ||||| ||||||    
T  28504010 cacaaagagataacaa 28503995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 8739314 - 8739249
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 162  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  8739314 gatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 8739249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 9091552 - 9091487
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 162  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  9091552 gatgtgtggagcaagaaatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaataacaacaaaa 9091487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 39 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 182261 - 182058
Alignment:
Q  39 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  182261 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatg 182162  T
Q  139 gcctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacga 237  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  182161 gcctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacga 182063  T
Q  238 acaaa 242  Q
    |||||    
T  182062 acaaa 182058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 16879863 - 16880064
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16879863 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 16879962  T
Q  141 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16879963 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 16880061  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  16880062 aaa 16880064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 16884719 - 16884920
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16884719 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 16884818  T
Q  141 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16884819 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 16884917  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  16884918 aaa 16884920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24261618 - 24261417
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24261618 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggc 24261519  T
Q  141 ctccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24261518 ctccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaagaaaacgaac 24261420  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  24261419 aaa 24261417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24266496 - 24266296
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24266496 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaatcaaagatgtgtggagcaagagatagaggtaatctatgagtgcaaatggcc 24266397  T
Q  142 tccaagc-aaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24266396 tccaagctaatcaacaacaaaacagcctaagcctaatgta-agcaaatccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaggaaaacgaaca 24266298  T
Q  241 aa 242  Q
    ||    
T  24266297 aa 24266296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 21812532 - 21812339
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  21812532 tgttgtgaatccgattcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggc 21812434  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaacaaaa 234  Q
     ||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||    
T  21812433 ttccaagctaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagttaacaagcataaacaagataaacggtaaaagaaaa 21812339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Original strand, 19992104 - 19992292
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatg-aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  19992104 tgttgtgaatccggttcaactaatggaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaggtgatagtgataatcaatgagaacaaatggc 19992202  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 229  Q
     |||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  19992203 ttccaagcttacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 19992292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 67 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 24024594 - 24024451
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24024594 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 24024497  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 212  Q
    ||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24024496 ctatgactagtatatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 24024451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 67 - 200
Target Start/End: Original strand, 12396730 - 12396861
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12396730 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagc 12396827  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12396828 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 12396861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 67 - 200
Target Start/End: Original strand, 12406150 - 12406281
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12406150 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagc 12406247  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12406248 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 12406281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 31109849 - 31109725
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 165  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  31109849 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtgcagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 31109752  T
Q  166 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    |||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  31109751 cctaa--ctagtgtatagcaaaaccacac 31109725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 188
Target Start/End: Original strand, 4866548 - 4866667
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  4866548 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgaggacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagt 4866645  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaa 188  Q
    |  || ||| ||||||||||||    
T  4866646 cctagactagtgtatagcaaaa 4866667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 96 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 20357797 - 20357672
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaac-aaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || ||| |||| |||||||||||||    
T  20357797 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgag-ccaaatggtctccaagctaacaacaacaaaaacagccctagactagtgtagagcaaaaccacac 20357699  T
Q  195 taagagctaac-aagcatacaagataa 220  Q
     ||||| |||| ||||| |||||||||    
T  20357698 aaagagataacaaagcaaacaagataa 20357672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 96 - 162
Target Start/End: Original strand, 2057806 - 2057871
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa 162  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  2057806 gatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagt-caaatggtttccaagcaaacaacaacaaaa 2057871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 39 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 43988762 - 43988580
Alignment:
Q  39 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatg 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43988762 ttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacgccaatgagaataaatcaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagagcaaatg 43988663  T
Q  139 gcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaa 221  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43988662 gcttccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcacaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaa 43988580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 38 - 229
Target Start/End: Original strand, 39445288 - 39445479
Alignment:
Q  38 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 137  Q
    |||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||||    
T  39445288 tttttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaat 39445386  T
Q  138 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 229  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  39445387 ggcttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 39445479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 25445382 - 25445195
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||     
T  25445382 tgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagcgatagtgataatcaatgagaacaaatggct 25445284  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagc--atacaagataaacgataaaa 229  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| |||||    
T  25445283 tccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcgtaaacaagataaacggtaaaa 25445195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 67 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 44024140 - 44023997
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 165  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  44024140 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaactgatagtgataatcaatgagaacaaatggcttccaagcaaacaacaac-aaacagc 44024043  T
Q  166 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 212  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44024042 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcata 44023997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1055304 - 1055117
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||||| |     
T  1055304 tgttgtgaatccggttctacaatcgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgtgaacaaatgtct 1055206  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 229  Q
    |||||||  |||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  1055205 tccaagcttacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 1055117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 152
Target Start/End: Original strand, 41386566 - 41386650
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaac 152  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  41386566 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 41386650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 160
Target Start/End: Original strand, 41398055 - 41398147
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaa 160  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  41398055 aaccttcacaccaatga-aataaaccaattatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacatatggtctccaagcaaacaacaacaa 41398147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 19349069 - 19349270
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatgg 139  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  19349069 ttgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatgg 19349167  T
Q  140 cctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaac 239  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  19349168 cctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaac 19349267  T
Q  240 aaa 242  Q
    |||    
T  19349268 aaa 19349270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Original strand, 19344212 - 19344412
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaa-ccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  19344212 tgttgtgaatccggttcaactaatgaaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagagatagtggtaatctatgagagcaaatggc 19344310  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaacaaaacgaaca 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  19344311 ctccaagctaacaacaacaaaacagcctaagcctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcatacaagataaacgataaaaggaaaagaaca 19344410  T
Q  241 aa 242  Q
    ||    
T  19344411 aa 19344412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Original strand, 32246577 - 32246728
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  32246577 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 32246675  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |  || ||| ||||||||||||||||||    
T  32246676 tccaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatagcaaaaccacac 32246728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 67 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 39812255 - 39812129
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  39812255 aaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagccaacaacaacaaaacagc 39812157  T
Q  167 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  39812156 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac 39812129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 70 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 44312887 - 44312759
Alignment:
Q  70 cttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagccta 169  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||      
T  44312887 cttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagccgccct 44312790  T
Q  170 agtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    || | | |||||||||||||||||| |||||    
T  44312789 agacaagtgtatagcaaaaccacacaaagag 44312759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 96 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9296651 - 9296540
Alignment:
Q  96 gatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaa-cagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    ||||||||||||||  | ||| | |||||||||||   ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||| |||||||||||||    
T  9296651 gatgtgtggagcaaaaggtagtggtaatctatgagca-aaatggtttccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagtctagtgtagagcaaaaccacac 9296553  T
Q  195 taagagctaacaa 207  Q
     ||||| ||||||    
T  9296552 aaagagataacaa 9296540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 142 - 207
Target Start/End: Original strand, 14291380 - 14291446
Alignment:
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaa-cagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  14291380 tccaagcaaacaacaacaaaaacagccctagactaatgtagagcaaaaccacacaaagagataacaa 14291446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 42 - 229
Target Start/End: Original strand, 18855519 - 18855706
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||     
T  18855519 tgttgtgaatccggttctacaagcgaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggct 18855617  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 229  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  18855618 tccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 18855706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 42 - 212
Target Start/End: Original strand, 3813816 - 3813986
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| |    
T  3813816 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatcaatgagagcaaatggtc 3813914  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagc-aaaaccacactaagagctaacaagcata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  || ||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  3813915 tccaagcaaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtatcgcaaaaaccacacaaagagctaacaagcata 3813986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 9224699 - 9224542
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  |||||||     
T  9224699 ttgttgtgaatccggttcaaaaaaaaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggt 9224602  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9224601 ctccaagcaaacaacaacaaaacagccctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 9224542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 228
Target Start/End: Original strand, 5732454 - 5732640
Alignment:
Q  38 tttttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaat 137  Q
    |||||||||||||||||| || |  ||  ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||  |||||    
T  5732454 tttttgttgtgaatccggttcca--aagaaaccttcacaccaatgaaaata---caatgatgtgtggagcaagtgatggtggtaatcaatgagaacaaat 5732548  T
Q  138 ggcctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaac-aagcatacaagataaacgataaa 228  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  5732549 ggtctccaagctaacaacaacaaaacagccctaag-ctagtgtatagtaaaaccacacaaagagctaacaaagcaaacaagataaacggtaaa 5732640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 67 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 9229460 - 9229329
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9229460 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 9229363  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9229362 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 9229329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 45348109 - 45347959
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  45348109 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 45348012  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||    
T  45348011 ttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacac 45347959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 45357588 - 45357438
Alignment:
Q  42 tgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcc 141  Q
    |||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |    
T  45357588 tgttgtgaatccggttctacaaagaaaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagtgatagtggtaatctatgagaacaaatggtc 45357491  T
Q  142 tccaagcaaacaacaacaaaacagcctaagtctaatgtatagcaaaaccacac 194  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||    
T  45357490 ttcaagctaacaacaacaaaacagtcctagactagtgtaaagcaaaaccacac 45357438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 71 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 56146974 - 56146840
Alignment:
Q  71 ttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaa 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||  |    
T  56146974 ttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaattggtctccaagcaaacaacaacaaagcagcccta 56146877  T
Q  171 gtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
    | ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  56146876 gactagtgtatagcaaaaccacacaaagagataacaa 56146840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Original strand, 51520280 - 51520413
Alignment:
Q  72 tcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagcctaag 171  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  51520280 tcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaagcagccctag 51520377  T
Q  172 tctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaa 207  Q
     ||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  51520378 actagtgtatagcaaaaccatacaaagagataacaa 51520413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0464 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0464
Description:

Target: scaffold0464; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 41 - 229
Target Start/End: Original strand, 154 - 342
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggc 140  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  ||||||||    
T  154 ttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatgtgtggagcaagtgatggtgataatcaatgagaacaaatggc 252  T
Q  141 ctccaagcaaacaacaacaaaacag-cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcat--acaagataaacgataaaa 229  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  253 ttccaagcaaacaacaac-aaacagccctaag-ctagtgtatagcaaaaccacacaaagagctaacaagcataaacaagataaacggtaaaa 342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 67 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 9907 - 9764
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacag- 165  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  9907 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagagcaaatggtctccaaccaaacaacaacaaaacagc 9809  T
Q  166 cctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 212  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9808 cctaag-ctagtatatagcaaaaccacac-aagagctaacaagcata 9764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 67 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 148 - 13
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||      ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  148 aaccttcacaccaatta-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgata------atcaatgagagcaaatggtctccaagtaaacaacaacaaaacagc 56  T
Q  167 c-taagtctaatgtatagcaaaaccacactaagagctaacaagcata 212  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  55 cctaag-ctagtgtatagcaaaaccacac---gagctaacaagcata 13  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 67 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 35328 - 35197
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaacaacaacaaaacagc 166  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35328 aaccttcacaccaatga-aataaac-aatgatgtgtggagcaagagatagtggtaatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaacaacaacaaaacagc 35231  T
Q  167 ctaagtctaatgtatagcaaaaccacactaagag 200  Q
    |  || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  35230 cctagactagtgtatagcaaaaccacacaaagag 35197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 34216 - 34132
Alignment:
Q  67 aaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgagtgcaaatggcctccaagcaaac 152  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  34216 aaccttcacaccaatga-aataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagtgataatcaatgagaacaaatggtctccaagcaaac 34132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0777 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0777
Description:

Target: scaffold0777; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 90
Target Start/End: Original strand, 6292 - 6341
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa 90  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6292 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaa 6341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 130
Target Start/End: Original strand, 13140 - 13228
Alignment:
Q  41 ttgttgtgaatccggctcaactaatgaaccttcacaccaatgagaataaaccaatgatgtgtggagcaagtgatagagataatctatgag 130  Q
    ||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  13140 ttgttgtgaatccggttctacaaacgaaccttcacaccaatga-aataaaccaaagatatgtggagcaagtgatagtgataatcaatgag 13228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2011 times since January 2019
Visitors: 1439