View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0134_2D_high_4 (Length: 582)

Name: NF0134_2D_high_4
Description: NF0134_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0134_2D_high_4
NF0134_2D_high_4
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-582)||(33730849-33731430)
chr4 (1-582)||(11035224-11035800)
chr4 (103-582)||(11972778-11973254)
chr4 (42-571)||(5527321-5527851)
chr4 (42-579)||(3731338-3731874)
chr4 (103-582)||(13021744-13022221)
chr4 (103-580)||(44815449-44815924)
chr4 (103-582)||(12218374-12218846)
chr4 (315-582)||(54315565-54315832)
chr4 (42-320)||(42574744-42575021)
chr4 (456-582)||(42574617-42574744)
chr4 (85-192)||(22139764-22139871)
chr4 (261-389)||(24638537-24638666)
chr4 (462-582)||(23693478-23693598)
chr4 (473-576)||(53321023-53321124)
chr4 (93-192)||(22139079-22139178)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (55-582)||(35369933-35370459)
chr3 (42-579)||(28098270-28098808)
chr3 (42-582)||(53360897-53361430)
chr3 (122-582)||(7107078-7107538)
chr3 (179-518)||(44823560-44823899)
chr3 (315-582)||(3420419-3420686)
chr3 (326-582)||(51137756-51138012)
chr3 (42-241)||(51138029-51138228)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (42-582)||(44506262-44506802)
chr1 (43-582)||(20131359-20131898)
chr1 (1-579)||(24161187-24161771)
chr1 (107-582)||(14495656-14496128)
chr1 (179-581)||(20608982-20609364)
chr1 (329-582)||(4088-4340)
chr1 (249-434)||(29697273-29697458)
chr1 (46-214)||(29697467-29697635)
chr1 (261-581)||(25219627-25219947)
chr1 (464-582)||(29697154-29697272)
chr1 (401-555)||(8272901-8273055)
chr1 (510-581)||(20609587-20609658)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (1-579)||(49354-49930)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (42-582)||(19708112-19708656)
chr6 (103-574)||(17588701-17589178)
chr6 (163-580)||(2537851-2538267)
chr6 (179-582)||(32248344-32248746)
chr6 (179-521)||(23913998-23914340)
chr6 (315-582)||(19579439-19579706)
chr6 (323-582)||(19595894-19596157)
chr6 (249-581)||(3083072-3083396)
chr6 (103-275)||(16307261-16307433)
chr6 (427-582)||(16307520-16307674)
chr6 (509-582)||(3677566-3677639)
chr6 (175-559)||(17100663-17101047)
chr6 (335-389)||(16307441-16307495)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (42-571)||(20653824-20654352)
chr7 (42-582)||(20615106-20615645)
chr7 (103-582)||(9301034-9301513)
chr7 (103-582)||(9305472-9305951)
chr7 (179-539)||(35493649-35494009)
chr7 (106-486)||(20480913-20481293)
chr7 (179-539)||(25800006-25800366)
chr7 (275-580)||(41754651-41754956)
chr7 (253-363)||(39678355-39678465)
chr7 (485-582)||(39678463-39678560)
chr7 (467-582)||(9245746-9245861)
chr7 (499-574)||(9330398-9330473)
chr7 (261-508)||(1461503-1461755)
chr7 (531-581)||(20481307-20481357)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-582)||(42772675-42773263)
chr5 (299-582)||(28256761-28257052)
chr5 (42-241)||(28257084-28257282)
chr5 (476-582)||(33133886-33133992)
chr5 (462-582)||(43102265-43102385)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (102-582)||(25046730-25047209)
chr2 (196-582)||(35191040-35191429)
chr2 (1-290)||(27340321-27340609)
chr2 (315-582)||(311567-311834)
chr2 (198-425)||(19900046-19900276)
chr2 (1-179)||(19900271-19900449)
chr2 (407-582)||(44537259-44537434)
chr2 (459-582)||(27340612-27340735)
chr2 (261-582)||(18922160-18922481)
chr2 (264-540)||(31554653-31554929)
chr2 (127-207)||(43528933-43529013)
chr2 (344-408)||(44537919-44537983)
chr2 (509-576)||(43529038-43529105)
[»] scaffold0990 (1 HSPs)
scaffold0990 (45-582)||(1619-2154)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (42-533)||(24447164-24447653)
chr8 (179-579)||(26529985-26530375)
chr8 (1-274)||(23637116-23637389)
chr8 (270-579)||(24411117-24411426)
chr8 (333-582)||(24043474-24043722)
chr8 (2-274)||(23637428-23637696)
chr8 (261-582)||(9188350-9188664)
chr8 (261-541)||(37370767-37371046)
chr8 (350-458)||(32372529-32372637)
chr8 (377-458)||(32359998-32360079)
chr8 (378-458)||(32343392-32343472)
chr8 (378-458)||(32355879-32355959)
[»] scaffold0742 (1 HSPs)
scaffold0742 (315-582)||(1923-2190)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (30-582)||(200146-200698)
scaffold0003 (80-582)||(193462-193964)
[»] scaffold0077 (1 HSPs)
scaffold0077 (80-582)||(43087-43589)
[»] scaffold0149 (2 HSPs)
scaffold0149 (80-550)||(12900-13370)
scaffold0149 (439-582)||(18525-18668)
[»] scaffold0092 (1 HSPs)
scaffold0092 (297-425)||(7252-7379)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 582
Target Start/End: Original strand, 33730849 - 33731430
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33730849 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagccataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 33730948  T
Q  101 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  33730949 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttattgtcatttgacgaggttgaaggggatactcataacttatatcaacgggaattcttaaac 33731048  T
Q  201 tcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33731049 tcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgta 33731148  T
Q  301 atgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||    
T  33731149 atgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtgaaaatcctaacaggaagcaatgctggaaaaagagcattcctgcccaaaat 33731248  T
Q  401 taaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaa 500  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33731249 taaattaaaaacaaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaattttccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaa 33731348  T
Q  501 gggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33731349 gggcggaccattcccaatgtcaggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 33731430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 11035800 - 11035224
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  11035800 atatttttccacaattagatttgcatggatgagatgcatcatatatggtcgaacgagccataattacacctacaaatgacgatgtttaaaaattgaatga 11035701  T
Q  101 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaac 200  Q
    ||||||||||||||   || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  11035700 cataattatcaatc---ttccaggagacgaacacaatttgttgtcatttgacgaggttgaagaggatactcataacttatatcaacatgaattcttaaac 11035604  T
Q  201 tcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgta 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||       ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  11035603 tcaattgctcaaggaagaatcccaccaaatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacattcgacgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcctgtgta 11035504  T
Q  301 atgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaat 400  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| | || |||||    
T  11035503 atggaacacgattgttatgtcgtagtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacgggaagcaatgctggaaaa-gagcattcttgcctagaat 11035405  T
Q  401 taaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaa 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||| |||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11035404 taaattaaaaacaaatgcgagttccggacatccctttgtgcttagtagaaaacagttttccgttaaactaagttttgcaattaccataaataagtcacaa 11035305  T
Q  501 gggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11035304 gggcagaccattctcaatgtctgaatctatcttccatgacat-ttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 11035224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 103 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 11973254 - 11972778
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  11973254 taattatca-tcatttttcaggagaagaacatactttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatactcataacttatatcaacatgaattcttaaactc 11973156  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||   ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  11973155 aattgctcaaggaagtatcccaccgtat---ttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctcgatatgggttgtgtaat 11973059  T
Q  303 gggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaaga-gcattcctacccagaatt 401  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | |||||| | |||| ||||    
T  11973058 gggacatgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaagtcctaacaggaagcaatgctggaaaaaaaagcattctttcccataatt 11972959  T
Q  402 aaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaag 501  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11972958 aaattaaaaacaaatgtgagttcataacttccctttgtgcttagttgaaaacagttttccgttagactaagttttgctattaccataaataagtcacaag 11972859  T
Q  502 ggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11972858 ggcagaccattcccaatgtcggaatctatcttccacgacatgttttcagtcatggtcaattatatgtagctttatcaagag 11972778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 42 - 571
Target Start/End: Original strand, 5527321 - 5527851
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5527321 tatatggttgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaatggaatgacataattatcaattagttttcatgagaataacataatttgt 5527420  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| |||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  5527421 tgtcatttaacgatgttgaagggaatactcataacttatatcaacatgaatttttaaactcaactgctcaaggaagaatcccatcacatattttaaagat 5527520  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatg 341  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||   ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5527521 aaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcatgtgtaattaaacatgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatg 5527620  T
Q  342 ttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgc 441  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| || |||    
T  5527621 ttgaatgtggaaatcctaacaggaagcaatgctggaaaaagagcatttttgtccagaattaaatgaaaaacaaatgtgagttcatgacttccctttgtgc 5527720  T
Q  442 ttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgaca 541  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||| ||||||| ||    
T  5527721 ttagtagaaaacagtttcctgttaaactaagtttttctattaccataaataagtcacaagggcagaccatttttaatgtcggaatctattttccacggca 5527820  T
Q  542 t-gttttcagccatggtcaatgatatgtagc 571  Q
    |  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5527821 tctttttcagccatggtcaattatatgtagc 5527851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 42 - 579
Target Start/End: Original strand, 3731338 - 3731874
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||  | ||||| ||||||||||||    
T  3731338 tatatggttgaaagagtcataattacacctacgaatgatgatgttcaaaaattgaatgacataattatcatttagtttctaagagaataacataatttgt 3731437  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| || || | |||||| ||   | | || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3731438 tgtcatttaatgaggttgaaggggatacttataatttatattaagagggactcctaaactcaactgctcaaggaagtatcacaccacatattttaaaggt 3731537  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatg 341  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  3731538 aaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatag-ccctagatatggcctgtgtaatggaacatgattattatgtcgtggtttatataagaatagg 3731636  T
Q  342 ttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgc 441  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||    
T  3731637 ttggatgagaaaatcctaacaagaagcaatgctggaaaaagagcattattgtccagaattaaattaaaaacaaatgcgagttcatgacttccctttgtgc 3731736  T
Q  442 ttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgaca 541  Q
    ||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3731737 ttagtagaaaatagttttccgttagactaagttttgctactaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcggactctatcttccacgaca 3731836  T
Q  542 tgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaa 579  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  3731837 tgttttcagccatgatcaattatatgtagctttatcaa 3731874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 103 - 582
Target Start/End: Original strand, 13021744 - 13022221
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  13021744 taattatcaatcagtttccaagagaagaatataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggagatcctcataacttatatcaacatgaattcctaaactc 13021843  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaat 302  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  13021844 aattgttcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtaaaaaa-gatgcacctttgatgttgttgcgaaacatagactctagatatggtctgtgtaat 13021942  T
Q  303 gggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaatta 402  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  13021943 gagacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaattcctaacaggaagtaatgctagaaaaagagcattcttgcccaaaatta 13022042  T
Q  403 aattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattt-tgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaag-ttttgctattaccataaataagtcacaa 500  Q
    |||||| |||||||| ||||||  |||||   |||| |||||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||  |||| |||||||||||||||||    
T  13022043 aattaacaataaatgtgagttccggactt--tatttgtgcttagtagaaaacagtttcctg-tagactaagttttttatattgccataaataagtcacaa 13022139  T
Q  501 gggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13022140 gggcagaccattcccaatgtcggaatctatcttccacgacatgctttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 13022221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 103 - 580
Target Start/End: Original strand, 44815449 - 44815924
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    |||||||||||||||||  | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||| |||||  |||||| |||||||    
T  44815449 taattatcaatcagtttctacgagaatgacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggg-atactcgtaacttat-tcaacaggaattcctaaactc 44815546  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaat 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  44815547 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctt-gatgttgttgtgaaacatagaccctagatatgacctgtgtaat 44815645  T
Q  303 gggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaatta 402  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||||   |||| |||||    
T  44815646 gggacacgattgttatgtcgttgtttatttaagaatatgttagatgtggaaatcctaacaggaagcaatgttggaaaaataacattctagcccaaaatta 44815745  T
Q  403 aattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattt-tgcttagtagaaaacaatttc-ccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaa 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44815746 aattaaaaataaatgtgagttcatgacttcccttttgtacttagta-aaaacagtttcaccgttgcactaagttttgctattaccataaataagtcacaa 44815844  T
Q  501 gggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaag 580  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44815845 gggcagaccattcccaatgtcagaatctatcttccacgacatgttttcaggcatggtcaattatatgtagctttatcaag 44815924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 103 - 582
Target Start/End: Original strand, 12218374 - 12218846
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||   ||||| || |||     
T  12218374 taattatcaaccagtttcaaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatactcatagtttatatcaacagaaattcctacactt 12218473  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaat 302  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| || ||||||    
T  12218474 aattgttcaaggaagtatcccaccatatattttataggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagac-------atggcctgtgtaat 12218566  T
Q  303 gggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaatta 402  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | |||| |||||    
T  12218567 gggacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtgaaaatcctaacaagaagcaatgctgaaaaaagagcattcttgcccaaaatta 12218666  T
Q  403 aattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagg 502  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| | |  || |||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12218667 aattaaaaataaatgtgagttcaagaccttcatttgtgctcagtagaaaacagtttcccattagactaagttttgctattaccataaataagtcacaagg 12218766  T
Q  503 gcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||| ||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12218767 gcataccattctcaatgtcaaaatctatcttccacgacatgttttcaaccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 12218846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 315 - 582
Target Start/End: Original strand, 54315565 - 54315832
Alignment:
Q  315 ttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataa 414  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||    
T  54315565 ttatgttgtggtttatttaagaatgtgttggatgtggaaatcctaataggaagcaatgctggaaaaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaa 54315664  T
Q  415 atgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcc 514  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  54315665 atgcgagttcaagacttccctttgtgcttagtagaaaatagtttcccgttagactaagttttgccattaccatgaataagtcataagggcagaccattcc 54315764  T
Q  515 caatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  54315765 caatgtcggaatctatcttccatgacatgttttcagccatggtcaattatatgtaactttatctagag 54315832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 42 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 42575021 - 42574744
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||    
T  42575021 tatatggtcgaaagagccataattacacctataaatgatgatgttcaaaaattaaatgacatagttatcaattagtttgcacgagaataacataatttgt 42574922  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42574921 tgtcatttaactagattgaaggggatactcataacttatatcaacatgaattcctaaactcaactgctcaaggaagtatcccaacacatattttaaaggt 42574822  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgt 320  Q
            ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||    
T  42574821 aaaaaaa-gtgtaactttgatgttgttgtgaaacatagaccctatgtatggcctgagtaatggaacacgattgttatgt 42574744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 456 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 42574744 - 42574617
Alignment:
Q  456 tttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattccc-aatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccat 554  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  42574744 tttcccgttaaagtaagttttgctattaccataaataagtcacaacggcagaccatttttgaatgtcggaatctatcttccatgacatattttcagccat 42574645  T
Q  555 ggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42574644 ggtcaattatatgtagctttatcaagag 42574617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 85 - 192
Target Start/End: Original strand, 22139764 - 22139871
Alignment:
Q  85 tgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatca 184  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  || ||||||||||    
T  22139764 tgcaaatattgaatgacataattattgaccagtttcctggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggtgacacaaataacttatatca 22139863  T
Q  185 acgagaat 192  Q
    || |||||    
T  22139864 acaagaat 22139871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 261 - 389
Target Start/End: Original strand, 24638537 - 24638666
Alignment:
Q  261 atgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacga-ttattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatccta 359  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||  | ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  24638537 atgttgttgcgaaacatagatcctaaatatggtctgtgtaatgggacataaattattatgttgtggtttgtttatgaatatgttggatgtgaaaatccta 24638636  T
Q  360 acatgaagcaatgctagaaaaagagcattc 389  Q
     || ||| ||| | |  |||||||||||||    
T  24638637 tcaggaaacaacgttgaaaaaagagcattc 24638666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 462 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 23693598 - 23693478
Alignment:
Q  462 gttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaat 561  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||| || ||| |||||||| | | |||||||||||| |  || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23693598 gttagactaagttttgttgttaccatgaacaagccacaagggaatatcattcccaatgttgaaatttattttccacgacatgttttcagtcatggtcaat 23693499  T
Q  562 gatatgtagctttatcaagag 582  Q
     ||||||||| ||||||||||    
T  23693498 tatatgtagccttatcaagag 23693478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 473 - 576
Target Start/End: Original strand, 53321023 - 53321124
Alignment:
Q  473 ttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagct 572  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  53321023 ttttgctattattataaataagtcataaggacagaccatttccactgtcagaatctatcttccacgac--gttttcaacgatggtcaattatatgtagct 53321120  T
Q  573 ttat 576  Q
    ||||    
T  53321121 ttat 53321124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 93 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22139178 - 22139079
Alignment:
Q  93 ttgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaat 192  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||  |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||| |||||    
T  22139178 ttgaatgacatgattattgatcagttccctagagaagaatataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggtgacgcacatgacttatatcaacaagaat 22139079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 582
Target Start/End: Original strand, 35369933 - 35370459
Alignment:
Q  55 gagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacga 154  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35369933 gagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaattgaatgacataattatcaatcagtttccaggagaagaacataatttgttgttatttgacga 35370032  T
Q  155 ggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgca 254  Q
    |||||||||| || ||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  35370033 ggttgaaggg-atactcataacttatatcaacaggaactcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtaaaaaaaggtgca 35370131  T
Q  255 cctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaa 354  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35370132 cctttgatgttattgccaaacatagatcctagatatgtcctgtgtaatgggacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaa 35370231  T
Q  355 tcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaaca 454  Q
    || ||||| ||||||||||  |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  35370232 tcataacaggaagcaatgcatgaaaaagagcattcttgtccagaattaaattaaaaacaaatgcgagttcaggacttccctttgtgcttagtagaaaaca 35370331  T
Q  455 atttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccat 554  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35370332 gtttcccgttagactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcataccattcctaatgtcggagtctatcttccccgacatgttttcagccat 35370431  T
Q  555 ggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35370432 gatcaattatatgtagctttatcaagag 35370459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 42 - 579
Target Start/End: Original strand, 28098270 - 28098808
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  28098270 tatatggtcgaaagagccataattacacctacaaatcttgatgttcaaaaattgaatgacataattatcaattatttttcaggagaataacataatttgt 28098369  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28098370 tgtcatttaacgaggttgaaggggatactcataacttatatcaacatgaattcctaaactcatttgctcggggaagtatcccaccacatattttaaaggt 28098469  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata--gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaata 339  Q
           | ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28098470 aaaaaaagatgcacctttgatgttgttgtgaaacatatagaccctagatatggcctgtgtaatggaacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaata 28098569  T
Q  340 tgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccatttt 439  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |    
T  28098570 tgttgcatgtggaaattctaacaggaaacaatgctggaaaaagagcattcttgcccaaaattaaattaaaaacaaatgtgagttcatgacttccctttgt 28098669  T
Q  440 gcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacga 539  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||| || |||| || |||||||    
T  28098670 gcttagtagaaaacagttttccgctagacaaagttttgctattaccataattaagtcacaagagcagaccattttcaatgttggaatctttc-tccacga 28098768  T
Q  540 catgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaa 579  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  28098769 catgttttcagccatggtcaattatatatagctttgtcaa 28098808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 42 - 582
Target Start/End: Original strand, 53360897 - 53361430
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  53360897 tatatggtcgaaagagc-ataactacacctacaaatgatgatgtttcaaaattgaatgacataattatcaattagttttcaggagaataatataatttgt 53360995  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||   |||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  53360996 tgtcatttaacgaggttgaaggagatactcataacttatatcaataggaattcatatactcaactgctcaagaaagtatcccaccacatatttttaaggt 53361095  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatg 341  Q
           |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  53361096 aaaaaa-ggtgcatctttgatgttgttgtgaaacatataccctagatatggtctgtgtaaaggaacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatttg 53361194  T
Q  342 ttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgc 441  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||    
T  53361195 ttggatgtggaaatcgtatcaggaagcaatgctggaaaaagagcattcttgcccagaactaaattaaaaacaaatgcgagttcatgacttccctttgtgc 53361294  T
Q  442 ttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgaca 541  Q
    ||||||||||||| |||||     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||| |||    
T  53361295 ttagtagaaaacagtttcc-----aactaagtttcgctattaccataaataagtcacaagggcataccattcgcaatgttggaatctatcttccacaaca 53361389  T
Q  542 tgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  53361390 tgttttcagccatggtcaattatatgtagttttatcaagag 53361430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 122 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 7107538 - 7107078
Alignment:
Q  122 aggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgaga-attcttaaactcaattgctcaaggaagtat 220  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  7107538 aggagaagaacttaatttgtt--catttgacgaggttgaaagggatactcataacttatatcaac-agatattcctaaactcaattgctcagggaagtat 7107442  T
Q  221 cccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgt 320  Q
    ||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || ||||||    
T  7107441 cccactacatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagacc-tagatatggtctgtgtaatgggacacggttgttatgt 7107343  T
Q  321 cgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctaccc---agaattaaattaaaaataaatg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| | ||||  | |||   | ||||||||||||||||||||    
T  7107342 cgtggtttatttaagaatatgttagatgtgaaaatcctaacaggaagcaatgatggaaaaacatcatttttgcccaaaataattaaattaaaaataaatg 7107243  T
Q  418 cgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaa 517  Q
     ||||||| | |||||| || |||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  7107242 tgagttcaagccttccctttgtgcttattagaaaacaatttccggttcgactaagttttgctattaccataaataagtcacgagggcagaccattctcaa 7107143  T
Q  518 tgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7107142 tgtcaaaatctatcttccacgacattttttcacccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 7107078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 179 - 518
Target Start/End: Original strand, 44823560 - 44823899
Alignment:
Q  179 atatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 278  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44823560 atatcaaccggaattcttaaactcaattactcaagtaagtatcccaccatatattttaaaggtaaaaagaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 44823659  T
Q  279 gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaa 378  Q
     |||||||||||||  | ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  44823660 aaccctagatatggtatgtgtaatgggacacgaatgttatgtcgtgatttatttaagaatatgttgaatgtggaaatcctaacgggaagcaatgctagaa 44823759  T
Q  379 aaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgc 478  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||     
T  44823760 aaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgcgagttcaagacttccctttgtgcttagtagaaaacaattttctgttagactaagttttgt 44823859  T
Q  479 tattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaat 518  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  44823860 tattaccataaataagtcgcaagggcataccatttccaat 44823899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 315 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 3420686 - 3420419
Alignment:
Q  315 ttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataa 414  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  3420686 ttatgtcgttgtttatttaagaatatgttggatgtggaaattctaacaggaaacaatgctggaaaatgagcattcttgcccagaattaaattaaaaataa 3420587  T
Q  415 atgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcc 514  Q
    |||| |||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  3420586 atgcaagttcaggacttccctttgtgcttagtagaaaatagtttcccgttaaactaagtttttctattaccataaataagtcacaaggacagatcattcc 3420487  T
Q  515 caatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3420486 caatgtcggaatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 3420419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 326 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 51138012 - 51137756
Alignment:
Q  326 tttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttca 425  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  51138012 tttatttaaaaatatgttggatgtggaaatcctaacaggaagcaatactggaaaaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgcgagttca 51137913  T
Q  426 tgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcggga 525  Q
    | ||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | |    
T  51137912 taacttccctttgtgcttagtagaaaacagttttccgttagactaagttttgctattaccataaataagtcacaacggcagaccattcccaacgtcagaa 51137813  T
Q  526 tctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51137812 tctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 51137756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 42 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 51138228 - 51138029
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  51138228 tatatggtcgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttaaaaaattgaatgacataattgtcaatgagttttcaggagaataacataatttgt 51138129  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||    
T  51138128 tttcatttaacgaggttgaaggggatactcataacttatatcaacagaaattcctaaactcaactgctcaagcaagtatcccaccacgtattttcaaggt 51138029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 582
Target Start/End: Original strand, 44506262 - 44506802
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||    
T  44506262 tatatggttgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttaaaaaattgaatgacatatttatcaattagtttttgggagaataacataatttgt 44506361  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||  |||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44506362 tgtcatttaacggggttgaaggggatattcataacttatatcaacaggaattcctaaactcaactgctgaaggaattatcccaccacatattttaaaggt 44506461  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatg 341  Q
           |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||    
T  44506462 aaaaaaaggtgcaactttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcctgtgtaatggaacacgatttttatatcgtggtttatttaagaaaatg 44506561  T
Q  342 ttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgc 441  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||    
T  44506562 ttggatgtggaaatcctaacaggaagcaatgctggaaaaagagcattcttgcccagaattaaattaaaaacaaatgcgagttcatgactttcctttgtgc 44506661  T
Q  442 ttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgaca 541  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||    
T  44506662 ttagtagaaaacagttttccgttagactaagttttgttgttaccataaataagtcacaagggcataccattcgcaatgtcagaatctatcttccacgaca 44506761  T
Q  542 tgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  44506762 tattttcagccatggtcaattttatgtagctttatcaagag 44506802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 43 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 20131898 - 20131359
Alignment:
Q  43 atatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgtt 142  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  20131898 atatggtcgaaagagccataattacacctacaaatgtggatgttcaaaaattaaatgacataattatcaattagttttcaggagaataacataatttgtt 20131799  T
Q  143 gtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtn 242  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  20131798 gtcatttaacgaggttgaaggggatactcataacttatatcaacaggaattcctaaactcaactgctcatggaagtatcccaccacatattttaaaggta 20131699  T
Q  243 nnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgt 342  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||    
T  20131698 caaaaaagtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgacctgtgtgatggaacacgattgttatgtcgttgtttatttaagtaaatgt 20131599  T
Q  343 tggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgct 442  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  20131598 tggatgtggaaatcctaacacgaagcaatgctggaaaaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgtgagttcatgacttccctttgtgct 20131499  T
Q  443 tagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacat 542  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||    
T  20131498 tagtagaaaacagtttcccattagactaagtttttcaattaccataaataagtcacaagggcagaccattctcaatgtcggattctatcttccacaacat 20131399  T
Q  543 gttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | ||| ||||| | ||||| ||||||| |||||| |||||    
T  20131398 gctttgagccacgatcaattatatgtaactttatgaagag 20131359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 24161771 - 24161187
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24161771 atatttttccacaattatatttgcatggatgggatgcaccgtatacgatcgaaagagccataattacatctacaaatgatgatgttcaaaatttgaatga 24161672  T
Q  101 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaac 200  Q
    |||||||||||||    || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  24161671 cataattatcaata---ttccaggagacgaacatattttgttgtcatttgacgaggttgaagaggatactcataacttatatcaacatgaattcttaaac 24161575  T
Q  201 tcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgta 300  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||       |||| | |||||||  ||||||||||||||||||| | |||||   | || |    
T  24161574 ttagttgctcaaggaagtatcccgccacatgttttaaaggtaaaaaaaggtgtatctttgattctgttgcgaaacatagaccccatatatgtcttgtgaa 24161475  T
Q  301 atgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaac--------atgaagcaatgctagaaaaagagcat--tcc 390  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||        |||||||||||||  |||||||||||  |      
T  24161474 atgggacacgattgttatgtcgtgttttatttaagaatatgttggatgtgaaaatcctaacatgaagcaatgaagcaatgctgaaaaaagagcattatat 24161375  T
Q  391 tacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaa 490  Q
    | || |||||||||||| ||| ||||| |||| || |||||||| || |||| | | ||||||| ||| |||||| ||||| |||||| ||| |||||||    
T  24161374 tgcctagaattaaattagaaacaaatgtgagtccaggacttccctttgtgctcaatggaaaacagttttccgttagactaaattttgcaattgccataaa 24161275  T
Q  491 taagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaa 579  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24161274 taagtcacaagggcagaccatt-ccaatgtcggaatctgtcttccatgacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaa 24161187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 107 - 582
Target Start/End: Original strand, 14495656 - 14496128
Alignment:
Q  107 tatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaatt 206  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||| ||||||  |||   |||||| ||||| |||||    
T  14495656 tatcaatcagtttccgggagaagaacataatttgttgtcatttgatgaggctgaaagggatactcataacttattgcaagaggaattcctaaacacaatt 14495755  T
Q  207 gctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatggga 306  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||       |||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  14495756 gcttaaggaaatatcccaccacatattgcaaaggtaaaaaaaggtgcagctttgatgttgt---gaaacatagaccttagatatggcctgtgtaatggga 14495852  T
Q  307 cacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaatt 406  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||| ||||  | |||| |||||||||    
T  14495853 cacgattattatgtcgtggtttttttgagaatatgttggatgtggaaatcctaataggaagcattgctggaaaaagaacattattgcccataattaaatt 14495952  T
Q  407 aaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcag 506  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| | || |||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  14495953 aaaaacaaatgtgagttcaggacttcgctttgtgcttagtagaaaatagttttccgttagactaagttttactattaccataaataagtcacaaggacat 14496052  T
Q  507 accattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14496053 accattcccaatgtcggaatctatcttccacgacatgttttcatgcatggtcaattatatgtagctttatcaagag 14496128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 179 - 581
Target Start/End: Original strand, 20608982 - 20609364
Alignment:
Q  179 atatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 278  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20608982 atatcaacatgaattcctaaactcaaatgttcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtaaaacaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 20609081  T
Q  279 gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaa 378  Q
    || ||||||||||  || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||| | |||    
T  20609082 gaacctagatatgacctgtgtaaagggacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtgaaaatcttaataggaaccaatgttggaa 20609181  T
Q  379 aaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgc 478  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||  |||||                   |||||| ||||||||||||    
T  20609182 aaagagcattcttgcccataattaaattaaatacaaatgcgagttcaggacttcc--ttttg------------------tccgttagactaagttttgc 20609261  T
Q  479 tattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatca 578  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  20609262 tagtaccataaataagtcacaagggcatactgttcccaatgtcagaatctatcttccacgacatgttttcagtcatggtcaattatatgtagctttatca 20609361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 329 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 4340 - 4088
Alignment:
Q  329 atttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatga 428  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4340 atttaaggatacgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctggaaaaagagcatccttgccaagaattaaattaaaaacaaatgcgagttcatga 4241  T
Q  429 cttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatct 528  Q
    |||    || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  4240 cttatgtttgtgcttagtagaaaacagtttcccgttagactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggtagaccattcccaatgtcggaatct 4141  T
Q  529 atcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4140 attttccacgacat-ttttcagccatggtcaattatatgtagcttaatcaagag 4088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 249 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 29697458 - 29697273
Alignment:
Q  249 ggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatg 348  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  29697458 ggtgcacctttgatgtttttgcgaaacatagaccctagatatggcctatgtaatgaaacacgattgttatgtcgttgtttatttaacaatatgttggatg 29697359  T
Q  349 tggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttccc 434  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  29697358 tggaaatcctaacatgaagtaatgctgaaaaaagagcattcttaccaataattaaattaaaaacaaatgcgagttcattacttccc 29697273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 46 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 29697635 - 29697467
Alignment:
Q  46 tggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtc 145  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29697635 tggtcgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaattgaatgacataattatcaattagttttcaggagaataacataatttgttgtc 29697536  T
Q  146 atttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaagg 214  Q
     ||| |||||||||||| | || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29697535 gtttaacgaggttgaagagaatactcataacttatatcaacaagaattcttaaactcaactgctcaagg 29697467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 261 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 25219947 - 25219627
Alignment:
Q  261 atgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaa 360  Q
    ||||||||| |||||||||||| || |||| |  | |||||| |  ||| |||||||||| |||| ||||| | |||| ||||||||||||||||| ||     
T  25219947 atgttgttgtgaaacatagaccgtaaatatagcatgtgtaatagttcacaattattatgttgtggattattcatgaatgtgttggatgtggaaatcgtat 25219848  T
Q  361 catgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaa-tgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttc 459  Q
    || ||| |||  || |||||| |||||||   | || | |||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||  || ||||||||||| |||| |||     
T  25219847 caggaaacaacactggaaaaatagcattctagctcatacttaaattaaaaaaaaaatgcaagttcaagacttcct-ttgtgcttagtagataacagttta 25219749  T
Q  460 ccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtca 559  Q
    | || | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  25219748 ctgtgagactgagttttgctattaccataaataaatcacaagggcagttcattcccaattttggaatctatcttccacaacatgttttaagctatggtca 25219649  T
Q  560 atgatatgtagctttatcaaga 581  Q
    || |||| ||||||||||||||    
T  25219648 attatatatagctttatcaaga 25219627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 464 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 29697272 - 29697154
Alignment:
Q  464 taaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatga 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  29697272 taaactaagttttgctattaccataaataagtcgcaaggacataccattctcaatgtcagaatctatcttccacgacatgttttcagctatggtcaatta 29697173  T
Q  564 tatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  29697172 tatgtagctttaccaagag 29697154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 401 - 555
Target Start/End: Original strand, 8272901 - 8273055
Alignment:
Q  401 taaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaa 500  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||||||||    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8272901 taaattaaaaacaattgcgagttcaagacttccttttgtgcttagtagataacaattttttattagactaaattttgctattaccataaataagtcacaa 8273000  T
Q  501 gggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatg 555  Q
    ||||| |||||| ||| ||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  8273001 gggcataccatttccattgttggaatctatcttccacaacatattttcagccatg 8273055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 510 - 581
Target Start/End: Original strand, 20609587 - 20609658
Alignment:
Q  510 attcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaaga 581  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20609587 attcccaatgtcggaatctatcttccacgacatgttttcagtcatggtcaattatatgtagctttatcaaga 20609658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 579
Target Start/End: Original strand, 49354 - 49930
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 100  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||    
T  49354 atatttttccacaatttgatttgcatggatggaatgcatcgtatatagtcgaaagagccataattacacctacaaattataatgttcaaaaactgaatga 49453  T
Q  101 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaac 200  Q
    ||||||||||||||   || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||||||||||    
T  49454 cataattatcaatc---ttccaggagatgaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatactcataatttatatcaacatgaattcttaaac 49550  T
Q  201 tcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnn---ggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctct 297  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  49551 tcaattgcttaaggaagtatccctcaacatattttaaaggtaaaaaaatgaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcctgt 49650  T
Q  298 gtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccag 397  Q
     || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | || ||    
T  49651 ttattgggacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacaggaagcaatgctggaaaaagagcattcttgcctag 49750  T
Q  398 aattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtca 497  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||  | || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49751 aattaaattaaaaacaaatgcgagttcaggacctacctttgtgcttagtagaaaaacagtttccgttagactaagttttgcaattaccataaataagtca 49850  T
Q  498 caagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaa 579  Q
    |  |||||||||||||||  |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  49851 c--gggcagaccattccccttgtcggaatttatcttccatgacatgttttcagccatggtcaattatatatagctttatcaa 49930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 19708656 - 19708112
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  19708656 tatatggtcgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgtttaaaaattgaataacctaattatcaattatttttcaggagaataacataatttgt 19708557  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||  |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19708556 tgtcatttaacgacgttgaaggggatactcataatttatatcaacaggaatttataaactcaactgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 19708457  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatat- 340  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||     
T  19708456 aaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcctgtgtaatggaacacaattgttatgtcatggtttatttaagaatata 19708357  T
Q  341 -gttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgc--tagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccatt 437  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  ||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  19708356 tgttggatgtggaaatcctaacaggaagcaatgcgctgaaaaaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgcgagttcatgacttcccttt 19708257  T
Q  438 ttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccac 537  Q
     |||||||||||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19708256 gtgcttagtagaaaacagttttctgttagactaagttttgctattaccataaataagtcataagggcataccattcccaatgtcggaatctatcttccac 19708157  T
Q  538 gacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19708156 atcatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 19708112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 103 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 17589178 - 17588701
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    ||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  17589178 taattatca-tcggtttccaggagaagaacatactttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatactca--acttatatcaacatgaattcttaaactc 17589082  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| | ||||||    
T  17589081 aattgctcaaggaagtatcccaccatattttttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaacctcaatatgggttgtgtaat 17588982  T
Q  303 gggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgct----------agaaaaagagcattccta 392  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          | ||||| ||||||| |     
T  17588981 gggacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacaggaagcaatgctggaaagaaaaaaaaaaaaagcattcttg 17588882  T
Q  393 cccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaata 492  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||||||| ||||||| |||   |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17588881 cccataattaaattaaaaacaaatgtgagttcataacttccctttgtgcttagttgaaaacagttttttgttagactaaattttgctattaccataaata 17588782  T
Q  493 agtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagcttt 574  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17588781 agtcacaagggctgaccattcccaatgtcggaatctatcttccacg-catgttttcagccatggtcaattatatgtagcttt 17588701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 163 - 580
Target Start/End: Original strand, 2537851 - 2538267
Alignment:
Q  163 gggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgat 262  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||       ||||||||||||||    
T  2537851 gggattctcataacttatatcaacagaaattcctaaactcaactgctgaaggaagtatcccaccatattttttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgat 2537950  T
Q  263 gttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaaca 362  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||  | |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||    
T  2537951 gttgttgtgaaacatagatcctagatatggcatgtgtaatggaacacgattgttatgtcgttgtttatttaagaatatgttgaatatggatatcctagca 2538050  T
Q  363 tgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccg 462  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| | || | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||    
T  2538051 ggaagcaatgctggaaaaagagcattcttgcc-ataattaaattaaaaacaaatgtgagttaatgacttccctttttgcttagtagaaaatagttttccg 2538149  T
Q  463 ttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatg 562  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| |     
T  2538150 ttagactaacttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccatttccaatgtcggaatctatcttccacgacatgttttcagtcttggtcagtt 2538249  T
Q  563 atatgtagctttatcaag 580  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2538250 atatgtagctttatcaag 2538267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 179 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 32248746 - 32248344
Alignment:
Q  179 atatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 278  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32248746 atatcaacaggaattcctaaactcaattactcaaggaaatatcctagcacatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 32248647  T
Q  279 gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaa 378  Q
    |||| || |||||   | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| | |    
T  32248646 gaccataaatatgacatgtgtaatgggacaccattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatttggaaatcctaacaggaagcactgctggga 32248547  T
Q  379 aaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgc 478  Q
    ||||||||||  | |||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |  | |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||    
T  32248546 aaagagcatttttgcccataattaaattaaaaacaaatgcgagtttaagacttctctctgtgcttagtagaaaacagtttcctgtt-aactaagtattgc 32248448  T
Q  479 tattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatca 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32248447 tattaccataaataagtcacaagggcagcccattctcaatgtcagaatctatcttccaaaacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatca 32248348  T
Q  579 agag 582  Q
    ||||    
T  32248347 agag 32248344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 179 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 23914340 - 23913998
Alignment:
Q  179 atatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 278  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23914340 atatcaaccggaattcttagactcaattactcaagtaagtatcccaccacatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 23914241  T
Q  279 gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaa 378  Q
     ||||||||||||| || |||||| |||||||  | |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||    
T  23914240 aaccctagatatggtctgtgtaataggacacggatgttatgtcgtaatttatttaagaatatgttgaatgtggaaatcctaacgggaagcaatgcttgaa 23914141  T
Q  379 aaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgc 478  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  23914140 aaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgcgagttcaagacttccctttgtgcttagtagaaaacagtttcccgttagactaagttttgc 23914041  T
Q  479 tattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtc 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  23914040 tattaccataaataagtcacaagggcataccattctcaatgtc 23913998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 315 - 582
Target Start/End: Original strand, 19579439 - 19579706
Alignment:
Q  315 ttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataa 414  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||    
T  19579439 ttatgttgtggtttatttaagaatatgtttgaagtggaaatcctaacaagaagcaatgctgaaaaaagagtattcttgcccagaattaaattaaaaacaa 19579538  T
Q  415 atgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcc 514  Q
    ||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19579539 atgcgagttcaggacttcactttatgcttagtagaaaatagtttcccgttagactaagttttgctattaccataaataagtcacaaggtcagaccattcc 19579638  T
Q  515 caatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19579639 caatgttggaatctatcttccacgacatgttttcacccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 19579706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 323 - 582
Target Start/End: Original strand, 19595894 - 19596157
Alignment:
Q  323 tggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagt 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  19595894 tggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacaggaatcaatgctggaaaaagagaattcttgcccaaaattaaattaaaaacaaatgcgagt 19595993  T
Q  423 tcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattacc----ataaataagtcacaagggcagaccattcccaat 518  Q
    ||| |||||||| || |||||||||||||| | || ||| ||| ||||||||||| | |||||    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19595994 tcaggacttccctttatgcttagtagaaaatagttacccattagactaagttttgttgttaccataaataaataagtcacaagggcagaccagtcccaat 19596093  T
Q  519 gtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    || || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19596094 gttggaatctatcttccacgacatgatttcacccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 19596157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 249 - 581
Target Start/End: Original strand, 3083072 - 3083396
Alignment:
Q  249 ggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatg 348  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| | || |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3083072 ggtgcacctttgatgttgctgcgaaacatagaccttaaatatagcctgtgtagtggaacatgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatg 3083171  T
Q  349 tggaaatcctaacatgaagcaatgct------agaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgct 442  Q
    |||||||||||||| |||||||||||      | ||||| ||||||  |   ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||                 
T  3083172 tggaaatcctaacaagaagcaatgctggaaaaaaaaaaaaagcatttttgttcagaattaaattaaaaacaaatgtgagttcatgac------------- 3083258  T
Q  443 tagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacat 542  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||||  | |||    
T  3083259 tagtagaaaacagttttccgttagactcagttttgctattaccataaataagtcacaaggacagatcattcccaatgtcggaatctatattccttg-cat 3083357  T
Q  543 gttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaaga 581  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  3083358 gttttcagccatggttaattatatgtagctttatcaaga 3083396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 103 - 275
Target Start/End: Original strand, 16307261 - 16307433
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  16307261 taattatcaatcagttttcaagagaagaacataatttgttctcatttgacgaggttgaaggggatactcataacttatatcaacaagaattcctaaactc 16307360  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaac 275  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||||    
T  16307361 aatttctcaaggaagtatccgaccatatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcaaaac 16307433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 427 - 582
Target Start/End: Original strand, 16307520 - 16307674
Alignment:
Q  427 gacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggat 526  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  16307520 gacttccctttgtgcttagtagaaaacagtttcccattagactaagtttagcttttaccataaataagtcacaagggcaaaccattcccaatgtcgaaat 16307619  T
Q  527 ctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  16307620 ctatattccacggcatgttttcagtcatgg-caattatatgtagctttatcaagag 16307674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 509 - 582
Target Start/End: Original strand, 3677566 - 3677639
Alignment:
Q  509 cattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  3677566 cattcccaatgtcggaatctatcttccacgacatgttttcagccatgggcaattatatgtagctttatcaagag 3677639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 175 - 559
Target Start/End: Original strand, 17100663 - 17101047
Alignment:
Q  175 acttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaa 274  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||| |||||||    |||||| | |||||||||||||||||| |       || || || |||||||||||||||||    
T  17100663 acttatatcaacaggaatacataaacacaattgcaactggaagtttaccaccacatattttaaagctaaaaaagggagctccattgatgttgttgcgaaa 17100762  T
Q  275 catagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgct 374  Q
    ||||||||| | |||||  || ||||| |||||| || |  |||||| |||||||||    ||| | |||||||| ||||| |||||| |||||||  ||    
T  17100763 catagaccccaaatatgaactttgtaacgggacaagacttctatgtcatggtttattccgaaatttattggatgtcgaaatactaacaggaagcaacact 17100862  T
Q  375 agaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagtt 474  Q
     |||| ||||  ||| | ||||||| |||  | ||||  | ||   || || |||||||  || |||| ||| ||||||| || || || ||||||| ||    
T  17100863 ggaaatagagttttcttgcccagaactaagcttaaaaccactgaaggtgcaggacttccttttgtgctaagtggaaaacagttccctgtcaaactaaatt 17100962  T
Q  475 ttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtca 559  Q
    |||| || || ||||| || ||||||||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  17100963 ttgcaatcactataaacaaatcacaagggcaaacaattccgaaagttggaatctatcttccacgacatgttttcagtcttggtca 17101047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 335 - 389
Target Start/End: Original strand, 16307441 - 16307495
Alignment:
Q  335 gaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattc 389  Q
    ||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  16307441 gaatatgttggatatgaaaatcgtagcaggaagcaatgctggaaaaagagcattc 16307495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 42 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 20654352 - 20653824
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20654352 tatatggttgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaattgaatgacataattatcaattagtttccaggagaataacataatttgt 20654253  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| |||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  20654252 tgtcatttaacgaggttgaagggaatactcataacttatatcaacatgaatttttaaactcaactgctaaaggaagattcccatcacatattttaaaggt 20654153  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatg 341  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20654152 aaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcctgtgtaatggaacgcgatt-ttatgtcgtggtttatttaagaatatg 20654054  T
Q  342 ttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgc 441  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| || |||    
T  20654053 ttgaatgtggaaatcctaacaggaagcaatgctggaaaaagagcatttttgtccagaattaaatgaaaaacaaatgtgagttcatgacttccctttgtgc 20653954  T
Q  442 ttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgaca 541  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||| ||    
T  20653953 ttagtagaaaacagtttcccattagactaagtttttctattaccataaataagtcacaaaggcagaccattttcaatgtcggaatctattttccacggca 20653854  T
Q  542 tgttttcagccatggtcaatgatatgtagc 571  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20653853 tgttttcagccatggtcaattatatgtagc 20653824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 42 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 20615645 - 20615106
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20615645 tatatggttgaaagagccataattacacttacaaatgatgatgttcaataatt-aataacataattatcaattagtttccaggagaataacataatttgt 20615547  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  20615546 tgtcatttaacgaggttgaagggaatactcataacttatatcaacatgaatttttaaactcaactgctcaaggaagaatcccatcacatattttaaagat 20615447  T
Q  242 nnnnnnn-ggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatat 340  Q
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20615446 aaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcctgtgtaatggaacgcgatt-ttatgtcgtggtttatttaagaatat 20615348  T
Q  341 gttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttg 440  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  20615347 gttgaatgtggaaatcttaacaggaagcaatgctggaaaaagagcatttttgtccagaattaaatgaaaaacaaatgtgagttcatgacttcccattgtg 20615248  T
Q  441 cttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgac 540  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||| |    
T  20615247 cttagaagaaaacagtttcctgttaaactaactttttctattaccataaataagtcacaaaggcagaccattttcaatgtcggaatctattttccacggc 20615148  T
Q  541 atgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  20615147 atgttttcagccatggtcaattatatgtagccttttcaagag 20615106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 103 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 9301513 - 9301034
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  9301513 taattatcaaccagtttctaggagaagaacataatttgttgtcatttgatgaggttgaaggggttactcataacttatatcaacatgaattcctaaactc 9301414  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaat 302  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||       |||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||| ||| || ||||||    
T  9301413 aattgctcaaggaagtatccctccatatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttagtgtgaaacatagtccctagatttggcctgtgtaat 9301314  T
Q  303 gggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaatta 402  Q
    ||||||||||| ||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| ||||||  | | ||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||    
T  9301313 gggacacgattgttatgtcatgggctttttaagaatatgttggatgtgaaaatccctataggaagcaatgctggaaagagagcattcttgcccagaatta 9301214  T
Q  403 aattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagg 502  Q
    ||||||||| |||||   |||||||||||||| || ||||||||||||| || |||    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  9301213 aattaaaaacaaatgttggttcatgacttccctttgtgcttagtagaaatcagtttttaattagactaagttttgttattaccataaataagtcacaggg 9301114  T
Q  503 gcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | ||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9301113 gaagaccattttcaatgtcgaaatctatcttccacgacatattttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 9301034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 103 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 9305951 - 9305472
Alignment:
Q  103 taattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactc 202  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  9305951 taattatcaaccagtttctaggagaagaacataatttgttgtcatttgatgaggttgaaggggttactcataacttatatcaacatgaattcctaaactc 9305852  T
Q  203 aattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaat 302  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||       |||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||| ||| || ||||||    
T  9305851 aattgctcaaggaagtatccctccatatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttagtgtgaaacatagtccctagatttggcctgtgtaat 9305752  T
Q  303 gggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaatta 402  Q
    ||||||||||| ||||||| |||  | ||||||||||||||||||||| ||||||  | | ||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||    
T  9305751 gggacacgattgttatgtcatgggctttttaagaatatgttggatgtgaaaatccctataggaagcaatgctggaaagagagcattcttgcccagaatta 9305652  T
Q  403 aattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagg 502  Q
    ||||||||| |||||   |||||||||||||| || ||||||||||||| || |||    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  9305651 aattaaaaacaaatgttggttcatgacttccctttgtgcttagtagaaatcagtttttaattagactaagttttgttattaccataaataagtcacaggg 9305552  T
Q  503 gcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | ||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9305551 gaagaccattttcaatgtcgaaatctatcttccacgacatattttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 9305472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 179 - 539
Target Start/End: Original strand, 35493649 - 35494009
Alignment:
Q  179 atatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 278  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35493649 atatcaacatgaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccatatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 35493748  T
Q  279 gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaa 378  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||| || |||    
T  35493749 gaccctatatatggcctgtgtaatgggacacaattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtgaacatcctaataggaagcaatactggaa 35493848  T
Q  379 aaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgc 478  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  35493849 aaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgcgagttcaggacttccctttgtgcttagtagaaaacagtttcccgttacactaagatttgc 35493948  T
Q  479 tattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacga 539  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  35493949 tattaccataaataagtcacaagagcagaccattcccaacgtcgaaatctatcttccacga 35494009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 106 - 486
Target Start/End: Original strand, 20480913 - 20481293
Alignment:
Q  106 ttatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaat 205  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||     
T  20480913 ttatcaatcaactttcaggagaagaacataatttgttatcatttgacaaggttgaaggggatactcataacttatatcaacaagaatttctaaactcaac 20481012  T
Q  206 tgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatggg 305  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||       |||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||      
T  20481013 tactcaaagaagtattccaccacatattttaaaggtaaaaaaaggtgtatctctgattttgttgcgaaacatagaccctagatatgacctgtgtaatgaa 20481112  T
Q  306 acacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaat 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||   | |||| ||||||||    
T  20481113 acacgattgttatgtcgtggtttctttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacagaaagctatgctggaaaaagagcatgtttgcccataattaaat 20481212  T
Q  406 taaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattacca 486  Q
    |||||| ||||  || ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20481213 taaaaacaaatatgaattcatgacttccctttgtgcttagtagaaaacagtttcccgttatactaagttttgctattacca 20481293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 179 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 25800366 - 25800006
Alignment:
Q  179 atatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 278  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25800366 atatcaacaggaattcctaaactcaatttctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtaaaaaacagtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 25800267  T
Q  279 gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaa 378  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  25800266 gaccctagatatggcttgtgtaatgggacacgattgttatattgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcgtaacaggaagcaatgctggaa 25800167  T
Q  379 aaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgc 478  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||   ||| || | |||||| || |||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||    
T  25800166 aaagagcattcttgcccaaaattaaattaaaaacaaatagaagtgcagggcttccctttgtgcttagtagaaaatagtttcccgttagactaatttttgc 25800067  T
Q  479 tattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacga 539  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||   || ||||||||||||    
T  25800066 tactaccataaataagtcacaaaggcagaacatttccaatgtcaaaatatatcttccacga 25800006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 275 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 41754956 - 41754651
Alignment:
Q  275 catagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgct 374  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  41754956 catagaccctagatatggtctgtgtaatggaacatgattgttatgtcgtggtttatttaagaatacgttggatgcggaaatcctaacaagaagcaatgct 41754857  T
Q  375 agaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagtt 474  Q
     |||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||| || ||||||| |||||| | ||| |||||| ||||||||    
T  41754856 ggaaaaagagcattcttacccataattaaattaagaacaaatgtgagatcatgacttccctttgtgcttagaagaaaatagttttccgttagactaagtt 41754757  T
Q  475 ttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagcttt 574  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41754756 ttattattactataaataagtcacaagggtagaccattctcaatgtcggaatctatcttctacgacatgttttcagccatggtcaattatatgtagcttt 41754657  T
Q  575 atcaag 580  Q
    ||||||    
T  41754656 atcaag 41754651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 253 - 363
Target Start/End: Original strand, 39678355 - 39678465
Alignment:
Q  253 cacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtgga 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39678355 cacctttgatgttgttgcgaaacattgaccctatatatggtctgtgtaatgggacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtgga 39678454  T
Q  353 aatcctaacat 363  Q
    |||||||||||    
T  39678455 aatcctaacat 39678465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 485 - 582
Target Start/End: Original strand, 39678463 - 39678560
Alignment:
Q  485 cataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39678463 cataaataagtcacaagggcaaactattcccaatgtcggaatctatctttcacaacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 39678560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 467 - 582
Target Start/End: Original strand, 9245746 - 9245861
Alignment:
Q  467 actaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatat 566  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |  |||||| ||| | |||||||||| | ||| ||||||| ||||    
T  9245746 actaagttttgttgttaccataaataaatcacaatggcagaccattcctaatgttgaaatctattttctaggacatgtttttaaccacggtcaattatat 9245845  T
Q  567 gtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||||    
T  9245846 gtagctttatcaagag 9245861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 499 - 574
Target Start/End: Original strand, 9330398 - 9330473
Alignment:
Q  499 aagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagcttt 574  Q
    |||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  9330398 aagggcagaccatttccaatatctgaatctatcttccacgacatgttttcaaccatggtcaattatatgtagcttt 9330473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 261 - 508
Target Start/End: Original strand, 1461503 - 1461755
Alignment:
Q  261 atgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgat-tattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatccta 359  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||     ||||||||||||  |  |||||||| ||||||| |||   ||||||||||||||| |||| |||    
T  1461503 atgttgctgggaaacatagaccatagatatgacaggtgtaatgggacataaactattatgttgtggtttgtttctaaatatgttggatgtgaaaattcta 1461602  T
Q  360 acatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcc---cattt-tgcttagtagaaaacaa 455  Q
      |  ||  ||||||  ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||   | ||| ||| |||||||||| |     
T  1461603 ttagaaaataatgctgaaaaaatagcattcatacccataattaaattaaaaacaaatgagagatcgggacttccttccttttgtgcatagtagaaaaaag 1461702  T
Q  456 tttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagac 508  Q
    ||| |  ||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  1461703 ttttctattagattaagttttgctattacgataaataagtcccaagggcagac 1461755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 531 - 581
Target Start/End: Original strand, 20481307 - 20481357
Alignment:
Q  531 cttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaaga 581  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20481307 cttccacaacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaaga 20481357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 42773263 - 42772675
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcg----aaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattga 96  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||     ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  42773263 atatttttccacaattagatttgcatagatgagatgcatcatatatggtctgtcaaaatagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaattga 42773164  T
Q  97 atgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatca-----acgagaa 191  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||     |   |||    
T  42773163 atgatataattatgaatcagtttccaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaagttgaagggaatactcataacttatatcatatcaatatgaa 42773064  T
Q  192 ttcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||       |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  42773063 ttcttaaactcaattgctcaaggaagtattccaccatatattttaaaggtaaaaaaaggtgcaacgttgatgctgttgcgaaacatagaccctatatatg 42772964  T
Q  292 ggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcct 391  Q
    |  | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |    
T  42772963 gcatgtgtaatggaacacgattgttatgccgtggtttatttaagaatatgttggatatggaaatcctaacatgaagcaatgctgaaaaaagagcattctt 42772864  T
Q  392 acccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaat 491  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||| || ||||||||| |||| | ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  42772863 acccataattaaattaaaaacaaatgtgagttcagaacttccctttgtgcttagta-aaaaaagttttccgttagactaggttttgctatta-cataaat 42772766  T
Q  492 aagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42772765 aagtcacaagggaaaaccattcccaatgtcggaatctatcttccacaacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 42772675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 299 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 28257052 - 28256761
Alignment:
Q  299 taatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgct-agaaaaagagcattcctacccag 397  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||     
T  28257052 taatggaacacgattgttatgtcttggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctgaaaaaaagagcattcttgcccat 28256953  T
Q  398 aattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtca 497  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28256952 aattaaattaaaaacaaatgcgagttcatgacttccctttgtgcttagtagaaaacagtttcccgttagactaagtttttctattaccataaataagtca 28256853  T
Q  498 caagggcagaccattccca-------atgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||| ||| || | |       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28256852 caagggcaaaccgtttctaatgtcggatgtcggaatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 28256761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 42 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28257282 - 28257084
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28257282 tatatggtcgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaaatgaatgacataattatcaattagttttcaggagaataacataatttgt 28257183  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28257182 tgtcatttaacgaggttgaa-gagatactcataacttatatcaacaggaattcctaaactcagctgcttaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 28257084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 476 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 33133992 - 33133886
Alignment:
Q  476 tgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagcttta 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  33133992 tgctattaccataaataagtcacaaggacagaccatttccaatgtcggaatttatcttccacgacatgttttcaaccatgatcaattatatgtagcttta 33133893  T
Q  576 tcaagag 582  Q
    |||||||    
T  33133892 tcaagag 33133886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 462 - 582
Target Start/End: Original strand, 43102265 - 43102385
Alignment:
Q  462 gttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaat 561  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||  |  |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  43102265 gttagactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcaaaccatttttaatgctgaaatctatattccacaacatgttttcaaccatggtcaat 43102364  T
Q  562 gatatgtagctttatcaagag 582  Q
     |||||||| ||||| |||||    
T  43102365 tatatgtagttttataaagag 43102385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 102 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 25047209 - 25046730
Alignment:
Q  102 ataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaact 201  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||  |||||| ||||||    
T  25047209 ataattatcaatcagtttccaagagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatactcataacttatttcaacatgaattcctaaact 25047110  T
Q  202 caattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaa 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||  || |||||    
T  25047109 caattgctcaaggaagt-tcccaccacatattttaaaggtaaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgtgaaacatagaccataaatatgacctgtgtaa 25047011  T
Q  302 tgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaatt 401  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||| ||||  | || ||||||    
T  25047010 tgggacatgactgttatgtcgtggtttatttaagaatgtgttggatgtggaaatcctatcattaaacaatgctggaaaaagaacatttttgcctagaatt 25046911  T
Q  402 aaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaag 501  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  25046910 aaattaaaaacaaatgcgagttcaggacttccctttgtgcttagtagaaaacagttttccgttagactaagttttgcagttaccataaataagtcacaag 25046811  T
Q  502 ggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | ||||||||||| |||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  25046810 gacagaccattcctaatgtcgaaatctatcttcaatgacatgttttcagccatggtcaattatacgtagcattatcaagag 25046730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 196 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 35191429 - 35191040
Alignment:
Q  196 taaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggct 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35191429 taaactcaattgctcaaggaagtatcccaccatatagtttaaaggtaaaaaaaggtgcacatttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatggcct 35191330  T
Q  296 ctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctaccc 395  Q
     ||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||  || | | |||    
T  35191329 gtgtaaagggacacgattgttttgttgtggtttatttaaaaatacgttgaatgtggaaattctaacaggaagcaatgttggaaaaagaatatgcttgccc 35191230  T
Q  396 agaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagt 495  Q
    | |||||||||||||| || || ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||| || |||||||||  |||    
T  35191229 ataattaaattaaaaacaactgggagttcaggacttccctttgtgcttagtagaaaacagtttcctgttagcctaagttttgttaataccataaactagt 35191130  T
Q  496 cacaaggg---cagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  35191129 cacaagggaaaaagaccattcccaatgtcggaatctatcttccacaacatgttttcagtcatggttagttatatgtagctttatcaagag 35191040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 27340321 - 27340609
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 100  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  27340321 atatttttccataattagatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcaaaagagccataattacacctgcaaatgatgattttcaaaaattgaatga 27340420  T
Q  101 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaac 200  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  27340421 cataattatcaatcggttttcaagagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgtaggggatactcataacttatatcaacaggaattcttaaac 27340520  T
Q  201 tcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatat 290  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||       |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27340521 tcaattgctcaaggaaagat-ccaccacatattttaacggtaaaaaaaggtgcatctttgatgttgttgtgaaacatggaccctagatat 27340609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 315 - 582
Target Start/End: Original strand, 311567 - 311834
Alignment:
Q  315 ttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataa 414  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| | |||| |||||||||||||| ||    
T  311567 ttatgttgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcttaacaagaagcaatgctggaaaaatagcattcttgcccataattaaattaaaaacaa 311666  T
Q  415 atgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcc 514  Q
    ||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  311667 atgtgagttcaagacttccctttatgtttagtagaaaatagttttccgttagactaagttttgccattaccatgaataagtcacaagggcagactattcc 311766  T
Q  515 caatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  311767 caatgtcggaatgtatcttccatgacatgttttcagtcatggtcaattatatgtagctttatcaagag 311834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 198 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 19900276 - 19900046
Alignment:
Q  198 aactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctct 297  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |    
T  19900276 aacttaattgctcaaggaagtatcctaccacatattttaaaggtaaaataaggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagatcctagatatagcctgt 19900177  T
Q  298 gtaatgggacacgattattatgtcgtggtttattta---agaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacc 394  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| | ||    
T  19900176 gtaatgggacacgattgttatgtcgtggtttatttaagaagaatatgttggatgtggaaattctaacatgaagtaatacttgaaaaagagcattcttgcc 19900077  T
Q  395 cagaattaaattaaaaataaatgcgagttca 425  Q
     |||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  19900076 tagaattaaattaaaaacaaatgcaagttca 19900046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 19900449 - 19900271
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19900449 atatttttccacaattagatttgaatggatgagatgcattgtatatggtcgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaattgaatga 19900350  T
Q  101 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattactta 179  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  19900349 cataattatcaatcagtttccataagaagatgataatttgttgtcgtgtgacgaggttgaaggggatactcataactta 19900271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 407 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 44537434 - 44537259
Alignment:
Q  407 aaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcag 506  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  44537434 aaaaacaaatgtgagttcatgacttccctttgtgcccagtagaaaacaatttcccgtttgagtaagctttgctattgccataaataagtcacaagggaag 44537335  T
Q  507 accattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  44537334 accattcccaatgtcggaatctatcttctacggcatgttttcagccattgtcaattatatgtagctttatcaagag 44537259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 459 - 582
Target Start/End: Original strand, 27340612 - 27340735
Alignment:
Q  459 cccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtc 558  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  27340612 cccgttagactaagttttgctattaccgtaaataagtcacaagggaagaccattgccaatgtcggaatctatcatccacgaaatgttttcagccatggtc 27340711  T
Q  559 aatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||| |||||||| |||||||||||    
T  27340712 aattatatgtagttttatcaagag 27340735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 261 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 18922481 - 18922160
Alignment:
Q  261 atgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaa 360  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||   | | ||||| ||||| ||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||     
T  18922481 atgttgttgcgaaacatatatcctaaatatgacatatttaatgtgacacaatttttatgttgtgagttatttatgaatatgttggatgtgtaaatcatat 18922382  T
Q  361 catgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcc 460  Q
     | ||| |||  ||  ||||||||||| | |  | |  |||||||||| || ||||| ||||||| |||||||  || || |||||||| |  | ||| |    
T  18922381 taggaaacaacactgtaaaaagagcatccttgtcaattattaaattaataacaaatgtgagttcaagacttccttttgtgtttagtagatattagttttc 18922282  T
Q  461 cgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaa 560  Q
      ||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||| || ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18922281 tattagactaagttttgttattatcataaatacgtgacaagagcatacaattcataatgttgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaa 18922182  T
Q  561 tgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | |||| ||| |||||||||||    
T  18922181 ttatatttagatttatcaagag 18922160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 264 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 31554929 - 31554653
Alignment:
Q  264 ttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacat 363  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| |   ||||||||  ||   ||||||||||| || | || |||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  31554929 ttgttgcaaaacatagaccctaaataagacttctgtaataagatgtgattattatgttgtagattgtttatgaatatgttggatgtgaaaatcctatcat 31554830  T
Q  364 gaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgt 463  Q
    ||| |||  ||  |||| |||||||| | |||| ||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||   || |||| |||||| || |  ||   ||    
T  31554829 gaaacaacactgaaaaacgagcattcttgcccataattaaattaaaaaccaatacgagttcaggacttcatgttgtgctaagtagataagagctttatgt 31554730  T
Q  464 taaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgac 540  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  31554729 tagactaagttttgctattaccataaataagtcagaagagcagactatttccaatgttggaatctatcttccacgac 31554653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 207
Target Start/End: Original strand, 43528933 - 43529013
Alignment:
Q  127 aagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||| ||||||||||||    
T  43528933 aagaacataatttgttgtcatttgatgaggttgaaggggatactcataacttatattaacagaaattcctaaactcaattg 43529013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 344 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 44537983 - 44537919
Alignment:
Q  344 ggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaa 408  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  44537983 ggatgtagaaatcctaacatgaagtaatgctggaaaaagagcattcttttccagaattaaattaa 44537919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 509 - 576
Target Start/End: Original strand, 43529038 - 43529105
Alignment:
Q  509 cattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttat 576  Q
    ||||| ||||||||| |||||| || |||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  43529038 cattctcaatgtcggaatctatatttcacggcatgttttcaggcatggtcaattatatttagctttat 43529105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0990 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: scaffold0990
Description:

Target: scaffold0990; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 45 - 582
Target Start/End: Original strand, 1619 - 2154
Alignment:
Q  45 atggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgt 144  Q
    ||||| |||||| | |||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||| |||||||||| ||||    
T  1619 atggttgaaagatccataattacaactacaaatgatgatgttcaaaatttgaatgacataattaacaattagttttaaggtgaataacataattttttgt 1718  T
Q  145 catttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnn 244  Q
    ||||| | || |||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||       
T  1719 catttaatgaagttgaaggggatactcataacttatatcaacatgaattcctaaactcaactgctcaaggaagttttccaccacatattttaaaggtaaa 1818  T
Q  245 nnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttg 344  Q
        |||| || |||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1819 aaaaggtgtacgtttgatgttgtttcgtaacatagacccaagaaatggcctgtgtaatggaacacgattgttatgtcgtgggttatttaagaatatgttg 1918  T
Q  345 gatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgctta 444  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| | | || |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| || ||||||    
T  1919 gatgtggaaatcctaacaggaagcaacgctaaaaaaagagcattcttgctcaaaattaaattaaaaacaaatgcaagttcatgagttccctttgtgctta 2018  T
Q  445 gtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgt 544  Q
    |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||||    
T  2019 gtagaaaacagtttcctgttagactaagttttgctattatcatagataaatcacaagggtagaccattaccaatgtcggaatctgtctttcacgacatgt 2118  T
Q  545 tttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||    
T  2119 tttcagccatggtcaat--tatatagctttattaagag 2154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 42 - 533
Target Start/End: Original strand, 24447164 - 24447653
Alignment:
Q  42 tatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgt 141  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||    
T  24447164 tatatggtcttaagagccataattacacctacaaatgatgatgttaaaaaattaaatgacataattatcaattagttttcaggagattaacataaattgt 24447263  T
Q  142 tgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 241  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24447264 tgtcatttaacgaggttgaa-gggatactcataacttatatcaacaggaattcttaaactcaactgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggt 24447362  T
Q  242 nnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatg 341  Q
           |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  24447363 aaaaaaaggtgcacctttgatgttgttgcaaaacatacacgctagatacggtatgtgtaatggaacacgattgttatgtcgtgatttatttaagaatatg 24447462  T
Q  342 ttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgc 441  Q
    |||||||| |||||||||||   || ||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||    
T  24447463 ttggatgtcgaaatcctaaccgaaaacaatgct-ggaaaagagcattcttccccagaattaaattaaaaacaaatgtgagttcataacttccctttgtgc 24447561  T
Q  442 ttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattacc-ataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatctt 533  Q
    ||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  24447562 ttaatagaaaataattttccgttagactaagttttgctattaccaaaaaataagtcacaa-ggcacaccattcccaatgttggaatctatctt 24447653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 179 - 579
Target Start/End: Original strand, 26529985 - 26530375
Alignment:
Q  179 atatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacata 278  Q
    ||||||||  |||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||            | |||||||||||||||||||||||    
T  26529985 atatcaacaggaattcctaaattcaattgctcaatgaagtattccaccacatattttaaaggtaaa---------aactttgatgttgttgcgaaacata 26530075  T
Q  279 gaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaa 378  Q
    |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||    
T  26530076 gaccttagatatggtctgtgtaatgggacacgattgttatgtcgtggtttctttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacaaaaagcaatgctggaa 26530175  T
Q  379 aaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgc 478  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||||||| |    
T  26530176 aaagagcattctttcccagaattaaattaaaaacaaatgcgagttcaggacttccctttttgcttagtaaaaaacagtttcccattagactaagtttttc 26530275  T
Q  479 tattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatca 578  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  26530276 tattaccataaattagtcacaagggtagaccattctcaatgacgaaatcgatcttccacgacatg-tttcagtcatgatcaattatatgtagctttatca 26530374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 23637389 - 23637116
Alignment:
Q  1 atatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatga 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23637389 atatttttccacaattagatttgcatggatgggatgcatcatatatggtcgaaagagccataattacacctacaaatgatgatgttcaaaaattgaatga 23637290  T
Q  101 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |  ||||||||||||    
T  23637289 cataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcgtttgacgaggttgaaggggatacttataacttatatcagcaggaattcttaaac 23637190  T
Q  201 tcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaa 274  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  23637189 tcaattgcttaaggaagtatcccaccatatattttaaaggtaaaataaggtgcacctttgatgttgttgcgaaa 23637116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 270 - 579
Target Start/End: Original strand, 24411117 - 24411426
Alignment:
Q  270 cgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagca 369  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  24411117 cgaaacatagaccctagatatggcatgtgtaatgggacacaattgttatatcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaatataaagca 24411216  T
Q  370 atgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaact 469  Q
    ||| | |||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| || || |||||| |||||| ||| |||||| |||    
T  24411217 atgttggaaaaagagcattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgtgagttcatgaattccctttgtgattagtaaaaaacagttttccgttagact 24411316  T
Q  470 aagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgta 569  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  24411317 aacttttgctattaccataaataagtcacaaaggcagaccattctcaatgtcgaaatctatcttccacgacatgttttcagccgtggtcaattatatgta 24411416  T
Q  570 gctttatcaa 579  Q
    ||||||||||    
T  24411417 gctttatcaa 24411426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 333 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 24043722 - 24043474
Alignment:
Q  333 aagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttc 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  24043722 aagaatatgttggatgtggaaatcctaacaggaagcaatgctggaaaaagagcattcttgcccaaaat-aaattaaaatcaaatgcgagttcatgacttc 24043624  T
Q  433 ccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatct 532  Q
    || || |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  24043623 cctttgtgcttagtagaaaacagtttcctgttagactaagttttgctattaccatgaataagtcaaaggggcagaccattcccaatgtcgaaatctatct 24043524  T
Q  533 tccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24043523 tccacgacatgctttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 24043474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 274
Target Start/End: Original strand, 23637428 - 23637696
Alignment:
Q  2 tatttttccacaattaaatttgcatggatgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgac 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || || ||||||||||||||| |||||||||||        
T  23637428 tatttttccacaattagatttgcatggatgggatgcatcgtatatgatcgaaagagccataactaaacctacaaatgatgatgttcaaaaattgaa---- 23637523  T
Q  102 ataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaact 201  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||| ||    
T  23637524 ataattatcaatcagtttccaagataagaacataatgtgttgtcgtttgacaaggttgtaggggatactcataacttatatcagcaagaattcttaagct 23637623  T
Q  202 caattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaa 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||       |||| |||||||||||||||||||||    
T  23637624 caattgctcaaggaagtatcccaccatatattttaaaagtaaaaaaaggtgtacctttgatgttgttgcgaaa 23637696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 261 - 582
Target Start/End: Original strand, 9188350 - 9188664
Alignment:
Q  261 atgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaa 360  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||       || ||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||||||     
T  9188350 atgttgttgtgaaacatagaccctaaatatggcct-------ggaacacgattattatgttgtggattgtttatgaatatgttggatgtggaaatcctat 9188442  T
Q  361 catgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcc 460  Q
    || ||| ||| | | |||||||| ||||| | |||  | | |||||||||| ||||| ||||||||||||||   || ||||||||| | |||  ||| |    
T  9188443 caagaaacaacgttggaaaaagatcattcttgcccgtactcaaattaaaaacaaatgagagttcatgacttctttttgtgcttagtaaataactgttttc 9188542  T
Q  461 cgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaa 560  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||  | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  9188543 tgttagactaaattttgctattaccataagtatgtaacaagggcagaccactctcaatgttcgaatctatcttctacgacatgttttaagccatggtcaa 9188642  T
Q  561 tgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  9188643 ttatatgtagctttatcaagag 9188664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 261 - 541
Target Start/End: Original strand, 37370767 - 37371046
Alignment:
Q  261 atgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaa 360  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| || |||||| |||||||||||   |     
T  37370767 atgttcttgtgaaacatagaccctaaatatggcccgtgtaatgggacacgattattatgttgtggattgtttatga-tatgttagatgtggaaatataat 37370865  T
Q  361 catgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcc 460  Q
    |  ||| ||   ||  ||||||| ||||  |  ||| | |||||||||||| |||||||||| || || ||||  || |||||| ||||  |||||||      
T  37370866 ccggaaacatctctgaaaaaagaacattattgtccatacttaaattaaaaacaaatgcgagtccaggatttccttttgtgcttaatagattacaatttta 37370965  T
Q  461 cgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgaca 541  Q
     | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  37370966 tggtagattaagttttgctattaccataaataagtcacaaggacatatcattcccaatgttggaatatatcttccacgaca 37371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 350 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 32372637 - 32372529
Alignment:
Q  350 ggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtaga 449  Q
    ||||||||||  | ||| ||| ||| ||||||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||  || |||||||||||    
T  32372637 ggaaatcctattaggaaacaacgctggaaaaagagaattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgtgagtttaggacttccttttgtgcttagtaga 32372538  T
Q  450 aaacaattt 458  Q
    |||||||||    
T  32372537 aaacaattt 32372529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 32360079 - 32359998
Alignment:
Q  377 aaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaattt 458  Q
    |||||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  32360079 aaaaagagaattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgtgagtttaggacttccttttgtgcttagtagaaaacaattt 32359998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 378 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 32343472 - 32343392
Alignment:
Q  378 aaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaattt 458  Q
    ||||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||  || ||||||||||||||||||||    
T  32343472 aaaagagaattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgtgagtttaggatttccttttgtgcttagtagaaaacaattt 32343392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 378 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 32355959 - 32355879
Alignment:
Q  378 aaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaattt 458  Q
    ||||||| |||| | |||| |||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||  || ||||||||||||||||||||    
T  32355959 aaaagagaattcttgcccataattaaattaaaaacaaatgtgagtttaggatttccttttgtgcttagtagaaaacaattt 32355879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0742 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0742
Description:

Target: scaffold0742; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 315 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 2190 - 1923
Alignment:
Q  315 ttatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataa 414  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  2190 ttatgttgtggtttatttaagaatatgttggatttggaaatcctaacaggaagcagtgctggaaaaagagcattcttgcccaaaattaaattaaaaataa 2091  T
Q  415 atgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcc 514  Q
    ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2090 atgtgagttcaggacttccctttgtgcttagtagaaaacagttttccgttagactatgtgttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcc 1991  T
Q  515 caatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1990 caatgtcagaatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaattatatgtagctttatcaagag 1923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 30 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 200698 - 200146
Alignment:
Q  30 tgggatgcatcgtatatggtcgaaagagctataattacacttacaaatgatgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaag 129  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||| | || |  |  |||  |||||||||||  ||||||||||| |||||  | || ||    |||||||    
T  200698 tgggatgcatcttatatggtagaaagagccatactcactccaaagaatcgtgatgtgcaaatgttgaatgacattattattgaccatttccttggagaag 200599  T
Q  130 aacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattacttatatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccaca 229  Q
    |||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||  | ||| ||||||||||||  |||| ||||||| |||||||    |||||| | ||||||||    
T  200598 aacataatctaatgtcatttgacgaggttgagggtgacacgcataacttatatcaacaggaatacttaaacacaattgcaattggaagtttaccaccaca 200499  T
Q  230 tattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatagaccctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggttta 329  Q
    |||||||||| |       || || || |||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||| |||||| || |  ||||||||||||||    
T  200498 tattttaaagctaaaaaagggagctccattgatgttgttgcgaaacatagaccccaaatatggactttgtaacgggacaagacttctatgtcgtggttta 200399  T
Q  330 tttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgac 429  Q
    ||    ||| | |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||| ||| | ||||| |||||  | |||| || ||   || || |||    
T  200398 ttccgaaatttattggatgtcgaaatactaacaggaagcaacgctggaaatagagctttcttgcccaggattaagcttaaaacaactgaaggtgcaggac 200299  T
Q  430 ttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatcta 529  Q
    ||||  || |||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| || ||||| || || || |||||    
T  200298 ttccttttgtgctaagtagaaaacaattccctgtcaaactaagttttgcaatcactataaacaaatcacaagggcaaacaattccgaaagttggaatcta 200199  T
Q  530 tcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||| ||||    
T  200198 tcttccacgacatgttttcagtcatggtcagttgtatgttgctttatctagag 200146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 80 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 193964 - 193462
Alignment:
Q  80 tgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattactta 179  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||  | |||||  | | ||||||||||||| | || ||||||||||||||||| || ||  | ||| |||||    
T  193964 tgatgtgaaaatgttgaatgacataattattgaccagttccctgcagaagaacataatctattttcatttgacgaggttgagggtgactcgcataactta 193865  T
Q  180 tatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatag 279  Q
    |||||||  |||| ||||||| |||||||    |||||| | |||||||||||||||||| |       || || || ||||||||||||| ||||||||    
T  193864 tatcaacaggaatacttaaacacaattgcaactggaagtttaccaccacatattttaaagctaaaagagggagctccattgatgttgttgcaaaacatag 193765  T
Q  280 accctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaa 379  Q
    |||| | |||||| || ||||| | |||| || |  ||||||||||||||||    ||| | |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| | ||    
T  193764 accccaaatatggactttgtaacgagacaagacttctatgtcgtggtttattctgcaatttattggatgtcgaaatactaacaggaagcaacgctgggaa 193665  T
Q  380 aagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgct 479  Q
     ||||| ||| | |||||||||||  | ||||  | ||   || || |||||||  || |||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||     
T  193664 tagagctttcttgcccagaattaagcttaaaaccactgaaggtgcaggacttccttttgtgctaagtagaaaacaattccctgtcaaactaagttttgca 193565  T
Q  480 attaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaa 579  Q
    || || ||||| || ||||||||| | || ||||| || || || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||| |    
T  193564 atcactataaacaaatcacaagggaaaacaattccgaaagttggaatctatcttacacgacatgttttcagtcatggtcagttgtatgttgctttatcta 193465  T
Q  580 gag 582  Q
    |||    
T  193464 gag 193462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0077 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0077
Description:

Target: scaffold0077; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 80 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 43589 - 43087
Alignment:
Q  80 tgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattactta 179  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||  | |||||| |  |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||  | ||| |||||    
T  43589 tgatgtgcaaatgttgaatgacataattattgaccagtttcctagagaagaacataatctaatgtcatttgacgaggttgagggtgacacgcataactta 43490  T
Q  180 tatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatag 279  Q
    |||||||  ||||  |||||| |||||||    |||||| | |||||||||||||||||| |       || || || |||||||||||||| |||||||    
T  43489 tatcaacaggaatatttaaacacaattgcaactggaagtttaccaccacatattttaaagctaaaaaagggagctccattgatgttgttgcgcaacatag 43390  T
Q  280 accctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaa 379  Q
    |||| | |||||| || ||||| |||||| || |  ||||||||||||||||    ||| | |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| ||||    
T  43389 accccaaatatggactttgtaacgggacaagacttctatgtcgtggtttattccgaaatttattggatgtcgaaatactaacaggaagcaacgctggaaa 43290  T
Q  380 aagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgct 479  Q
     ||||| ||| | ||||| |||||  | ||||    ||   || ||||||||||  || |||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||     
T  43289 tagagctttcttgcccaggattaagcttaaaaccgctgaaggtgcatgacttccttttgtgctaagtagaaaacaattccctgtcaaactaagttttgca 43190  T
Q  480 attaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaa 579  Q
    || || ||||| || ||||||||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |  ||||| |||||||| |    
T  43189 atcactataaacaaatcacaagggcaaacaattccgaaagttggaatctatcttccacgacatgttttcagtcacggtcagttgtatgttgctttatcta 43090  T
Q  580 gag 582  Q
    |||    
T  43089 gag 43087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0149 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 2)
Name: scaffold0149
Description:

Target: scaffold0149; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 80 - 550
Target Start/End: Original strand, 12900 - 13370
Alignment:
Q  80 tgatgtgcaaaaattgaatgacataattatcaatcagttttcaggagaagaacataatttgttgtcatttgacgaggttgaaggggatgctcattactta 179  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||  | |||||    ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||  | ||| |||||    
T  12900 tgatgtgcaaatgttgaatgacacaattattgaccagttccttggagaagaacataatctaatgtcatttgacgaggttgagggtgacacgcataactta 12999  T
Q  180 tatcaacgagaattcttaaactcaattgctcaaggaagtatcccaccacatattttaaaggtnnnnnnnggtgcacctttgatgttgttgcgaaacatag 279  Q
    |||||||  |||| ||||||| |||||||    |||||| | |||||||||||||||||| |       || || || ||||||||||||||||||||||    
T  13000 tatcaacaggaatacttaaacacaattgcaactggaagtttaccaccacatattttaaagctaaaaaagggagctccattgatgttgttgcgaaacatag 13099  T
Q  280 accctagatatgggctctgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaa 379  Q
    || | | |||||| || ||||| |||||| || |  ||||||||||||||||    | | | |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| ||||    
T  13100 acgccaaatatggactttgtaacgggacaagacttctatgtcgtggtttattccgaagtttattggatgtagaaatactaacaagaagcaacgctggaaa 13199  T
Q  380 aagagcattcctacccagaattaaattaaaaataaatgcgagttcatgacttcccattttgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgct 479  Q
     ||||| ||| | ||||| |||||  | ||||  | ||   || ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||     
T  13200 tagagctttcttgcccaggattaagcttaaaaccactgaaggtgcatgacttccttttgtgctaagtagaaaacaatttcatgtcaaactaagttttgca 13299  T
Q  480 attaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacgacatgttttcag 550  Q
    || || ||||| || ||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13300 atcactataaacaaatcacaagggcaaacaattccgaaagttggaatctatcttccacgacatgttttcag 13370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0149; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 439 - 582
Target Start/End: Original strand, 18525 - 18668
Alignment:
Q  439 tgcttagtagaaaacaatttcccgttaaactaagttttgctattaccataaataagtcacaagggcagaccattcccaatgtcgggatctatcttccacg 538  Q
    |||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||||||    
T  18525 tgctaagtagaaaacaattccctgtcaaactaagttttgcaatcactataaacaaatcacaagggcaaacaattccgaaagttggaatctatcttccacg 18624  T
Q  539 acatgttttcagccatggtcaatgatatgtagctttatcaagag 582  Q
    |||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||| ||||    
T  18625 acatgttttcagtcatggtcagttgtatgttgctttatctagag 18668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0092 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0092
Description:

Target: scaffold0092; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 425
Target Start/End: Original strand, 7252 - 7379
Alignment:
Q  297 tgtaatgggacacgattattatgtcgtggtttatttaagaatatgttggatgtggaaatcctaacatgaagcaatgctagaaaaagagcattcctaccca 396  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| || |||| |||||| |||||| || ||||| | | | ||| ||| ||| |||||||||||||| | || |    
T  7252 tgtaatgggacatgattattatgttgtggattgtttatgaatatattggatatgaaaatcat-ataagaaacaacgctggaaaaagagcattcttgccta 7350  T
Q  397 gaattaaattaaaaataaatgcgagttca 425  Q
     | |||||||||||  |||||||||||||    
T  7351 tacttaaattaaaagcaaatgcgagttca 7379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1823 times since January 2019
Visitors: 1430