View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0135-INSERTION-12 (Length: 599)

Name: NF0135-INSERTION-12
Description: NF0135
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0135-INSERTION-12
NF0135-INSERTION-12
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (11-541)||(5852771-5853315)
chr3 (21-378)||(5847642-5847998)
chr3 (11-344)||(5801277-5801611)
chr3 (19-271)||(5485744-5485996)
chr3 (21-365)||(20344592-20344943)
chr3 (23-268)||(5491169-5491414)
chr3 (19-413)||(5826874-5827262)
chr3 (19-269)||(5526803-5527053)
chr3 (19-269)||(5503960-5504210)
chr3 (12-465)||(5455972-5456407)
chr3 (12-311)||(5447410-5447700)
chr3 (423-485)||(5447803-5447866)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 5853315 - 5852771
Alignment:
Q  11 ttgatcagtaagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatg 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | || ||||||||||||||     
T  5853315 ttgatcagtaagtttcatcattgcagttgagttttgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagtgcttggtgatatattcttgtaccatata 5853216  T
Q  111 ccaaagtattggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttg 210  Q
    || ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853215 ccgaagtattggcgttgtgaatcgccaaagttgaaaaatcctgcttcatacctctcagctgcagaaacaagagtatcaccgaattgcataaactgatttg 5853116  T
Q  211 gagcaatagtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaagtgcaaacaattagcattgacaccttagtatggttctccat 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5853115 gagcaatagtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataaaaaagtgcaaacaattagcattggcaccttagtatggttctccat 5853016  T
Q  311 tgtgt----------ttgtttgttttgtcctaatcattttcattatatcaaattccatattcaattgacatggcttaggtgtctaagtcttcccgtttgc 400  Q
    |||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||    
T  5853015 tgtgtttgtgttggtttgtttgttttgtcctaatcattttcattatatcaaattccatattcaattgacatggcttagtcgtctaagtcgtcctgtttgc 5852916  T
Q  401 gtgctaattgatgcaatttttc--aacaaaatcaacaagtttgtggtgcataatctagtctactcacctaaaacttggcatgttga-caagacttctagc 497  Q
    ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  5852915 gtgctaattgatgcaatttttcaaaaaaaaatcaacaagtttatggtgcataatctagtctactcaacttaaagttggcatgttgaccaagacttctagc 5852816  T
Q  498 tttgcgtgtaacatggatgatggaaaa-ggaatgctgtcaaatat 541  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  5852815 tttccgtgtaacatggatgatggaaaagggaatgctgccaaatat 5852771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 21 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 5847998 - 5847642
Alignment:
Q  21 agtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgccaaagtatt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||    
T  5847998 agtttcagcattgctgttgagttacgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagtccttggtgatatgttcttgtaccatataccgaagtatt 5847899  T
Q  121 ggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggagcaatagt 220  Q
    |||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5847898 ggcgttgtggatctccaaagtagaaaaatcctgcttcaaaccttccagttccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggggcaatagt 5847799  T
Q  221 agtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaagtgcaaacaattagcattgacaccttagtatggttctccattgtgtttgtt 320  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||  |||||||  | || |||||||||  || |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  5847798 agtaaaagtgttctgtttagagaaagtgggcattaagcaaaaggagaaagtagacaccattagcattagcatcttattatggttttccattgtgtttgtt 5847699  T
Q  321 tgttttgtcctaatcattttcattatatcaaattccatattcaattgacatggcttag 378  Q
    |  |||||||| |||||||||||| |||||||||  | |||||| |||||||||||||    
T  5847698 t-atttgtcctcatcattttcattttatcaaatttaaaattcaaatgacatggcttag 5847642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 11 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 5801611 - 5801277
Alignment:
Q  11 ttgatcagtaagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatg 110  Q
    ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||     
T  5801611 ttgatcattgagtttcagcattgctgctgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagtccttggtgatatcttcttgtaccatata 5801512  T
Q  111 ccaaagtattggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttg 210  Q
    || ||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5801511 ccgaagtattggcgttgggaatcgccaaagttgaaaaatccggcttcatacattccagctgcagaaacaagagtatcaccgtattgcataaactgatttg 5801412  T
Q  211 gagcaatagtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaagtgcaaacaattagcattgacaccttagtatggttctccat 310  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||   | || |||||||||  | ||||  ||| |||||||||    
T  5801411 gagcaatagtagtaaaatagttttgtctagagaaagtgggcatggagcaaaagaagaaagaaaacaccattagcattagccccttgttattgttctccat 5801312  T
Q  311 tgtgtttgt-ttgttttgtcctaatcattttcatt 344  Q
    ||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||    
T  5801311 tgtgtttgtgttggtttgttctcatcattttcatt 5801277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Original strand, 5485744 - 5485996
Alignment:
Q  19 taagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgccaaagta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | || |||||||||||||| || |||||    
T  5485744 taagtttcagcattgctgttgagttttgtgcaggagtatttctattggcaacccatacaatagtccttggtgatatattcttgtaccatataccgaagta 5485843  T
Q  119 ttggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggagcaata 218  Q
    |||  | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5485844 ttgatgttgtgaatcgccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctgcagagacaagcgtatcaccgaattgcataaattgatttggagcaata 5485943  T
Q  219 gtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaagt 271  Q
    | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5485944 gcagtaaaagtgttctgtgtagacaaagtgggcatggagcaaaataagaaagt 5485996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 365
Target Start/End: Original strand, 20344592 - 20344943
Alignment:
Q  21 agtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgccaaagtatt 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||    
T  20344592 agtttcagcatcgctgttgagttttgtacaggcgtatttctattggcaacccacacaatagtccttggtgatatgttcttgtaccatataccgaagtatt 20344691  T
Q  121 ggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggagcaatagt 220  Q
    ||||   || ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||    
T  20344692 ggcgtagtggatctctaaagttgaaaaatcctgcttcaaacaatccatctccagaaacaagtgtatcactgtattgcataaactgatttgaagcaatggt 20344791  T
Q  221 agtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatgg------agcaaaataagaaagtgcaaacaattagcattgacaccttagtatggttctccattgtg 314  Q
    ||||| ||| || ||||||||  ||||||||||||      ||||||| ||||||||  | || |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  20344792 agtaagagttttatgtttagagtaagtgggcatggccatgaagcaaaagaagaaagtaaacaccattagcattagcaccttattatggttctccattgtg 20344891  T
Q  315 tttgt-ttgttttgtcctaatcattttcattatatcaaattccatattcaat 365  Q
    ||||| | | ||||||||  | ||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  20344892 tttgtgtcgatttgtcctcgttattttcattttatcaaattccaaattcaat 20344943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 268
Target Start/End: Original strand, 5491169 - 5491414
Alignment:
Q  23 tttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgccaaagtattgg 122  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  5491169 tttcagcattgctgttgagttttgtgtaggagtatttctattggcaacccacacaatagtccttggtgatatgttcttgtaccatataccgaagtattgg 5491268  T
Q  123 cgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggagcaatagtag 222  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5491269 cgttgtgaatcgccaaagttgaaaaatcctgcttcatacctctcagctgcagaaacaagagtatcaccgtattgcataaactgatttggagcaatagtag 5491368  T
Q  223 taaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaa 268  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||  |||||||| |||| |||||    
T  5491369 taaaagttttctgtgtagagaaagttagcatggaggaaaagaagaa 5491414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 5827262 - 5826874
Alignment:
Q  19 taagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgccaaagta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| || |||||    
T  5827262 taagtttcagcattgctgttgagttttgtacaggagtatttcgattagcaacccacacaatagtccttggtgatatgttcttgtaccatataccgaagta 5827163  T
Q  119 ttggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggagcaata 218  Q
    ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||| || |||    |||||||||||||||||||           
T  5827162 ttgacgctgtgaatcgccaaagttgaaaaatcctgcttcatacattccagctgaagaaacaagggtttcatgatattgcataaactgatttgg------- 5827070  T
Q  219 gtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaagtgcaaacaattagcattgacaccttagtatggttctccattgtgtttg 318  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| || || ||||| |||  ||||||| |||| || | |||||||||||    
T  5827069 --agtaagagtgttctgtttagataaagtgggcttgaagcaaagtaagaaagtacacaccattagaattagcaccttattatgctttttcattgtgtttg 5826972  T
Q  319 tttg------ttttgtcctaatcattttcattatatcaaattccatattcaattgacatggcttaggtgtctaagtcttcccgtttgcgtgctaattgat 412  Q
    ||||      ||||||| | || ||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||| ||||   ||| |||| ||||| | |||||||||||||||    
T  5826971 tttgtgtttattttgtcatcataattttcattttatcaaattccaaattcaactgagatgactta---gtccaagtattcccatgtgcgtgctaattgat 5826875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 269
Target Start/End: Original strand, 5526803 - 5527053
Alignment:
Q  19 taagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgccaaagta 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||   || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||| || |||||    
T  5526803 taagtttcaacattgctgttgagttttgtgtcggggtatttctattggcaacccacacaatagtccttggcgatatgttcttgtaccatataccgaagta 5526902  T
Q  119 ttggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggagcaata 218  Q
    |||  | | || |||||||||||||||||| ||||||||| || | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5526903 ttgatgttgtggatctccaaagttgaaaaaacctgcttcatacatcccagctgcagaaacaagagtatcaccaaattgcataaactgatttggagcaata 5527002  T
Q  219 gtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaa 269  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5527003 gtagtaaaagttttctgtgtagataaattgggcatggagcaaaagaagaaa 5527053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 269
Target Start/End: Original strand, 5503960 - 5504210
Alignment:
Q  19 taagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgccaaagta 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||   || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||| || |||||    
T  5503960 taagtttcaacattgctgttgagttttgtgtcggggtatttctattggcaacccacacaatagtccttggcgatatgttcttgtaccatataccgaagta 5504059  T
Q  119 ttggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttggagcaata 218  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||    
T  5504060 ttggcgttgtgaatcaccaaagttgaaaaatcctgcttcatacattccagctgcagaaacaagagtatcaccgtattgcataaattgatttggagctata 5504159  T
Q  219 gtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaa 269  Q
    |||||||| || |||||  |||| ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5504160 gtagtaaaggttttctgcgtagagaaattgggcatggagcaaaagaagaaa 5504210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 465
Target Start/End: Original strand, 5455972 - 5456407
Alignment:
Q  12 tgatcagtaagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||||| |    
T  5455972 tgatcattgagtttcagcattgctgttgagttttgtacaggagtatttctattggcaacccacacaattgtccttggtgatatgttcttgtaccatatac 5456071  T
Q  112 caaagtattggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttgg 211  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||  |||||||||| || |||    |||| |||||| |||||||    
T  5456072 caaagtattggcgttgtggatctccaaaattgaaaaaacctgcttcaaaggttccagcagcagaaacaagggtttcattatattggataaacagatttgg 5456171  T
Q  212 agcaatagtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaagtgcaaacaattagcattgacaccttagtatggttctccatt 311  Q
              |||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||  || |||| |||| |||||||||    
T  5456172 ---------tgtaagagtgttcagtttagagaaagtgggcatgaagcaaaataagaaagtacacaccattagcattatcagcttattatgcttctccatt 5456262  T
Q  312 gtgtttgtttg-ttttgtcctaatcattttcattatatcaaattccatattcaattgacatggcttaggtgtctaagtcttcccgtttgcgtgctaattg 410  Q
    ||||||||  |  |||||| | ||||||||| || ||| |||||||       ||||| | | ||||   ||| |||| ||||  ||||| |||||||||    
T  5456263 gtgtttgtgggagtttgtcttcatcattttccttttatgaaattcc-------attgagaagactta---gtccaagtattcctatttgcatgctaattg 5456352  T
Q  411 atgcaatttttcaacaaaatcaacaagtttgtggtgcataatctagtctactcac 465  Q
     ||||| ||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  5456353 ttgcaaattccaaacaaaatcaacaagtttgtggtgtataatctagcctactcac 5456407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 5447410 - 5447700
Alignment:
Q  12 tgatcagtaagtttcagcattgctgttgagttatgtacaggagtatttctattggcaacccacacaatagcccttggtaaaatgttcttgtaccatatgc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| | || |||||||| |    
T  5447410 tgatcagtgagtttcagcattgctgttgagttttgtacaggggtgtttctattggcaacccacacaacagtcctaggtaaaatgctgttataccatatac 5447509  T
Q  112 caaagtattggcgctatgaatctccaaagttgaaaaatcctgcttcaaaccttccagctccagaaacaagtgtatcaccgaattgcataaactgatttgg 211  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||    |||||||||| || |||    |||| ||| ||||||||||    
T  5447510 caaagtattggcgttgtggatctccaaaattgaaaaatcctgcttcaaaggttccaatagcagaaacaagggtttcattatattggatatactgatttgg 5447609  T
Q  212 agcaatagtagtaaaagtgttctgtttagataaagtgggcatggagcaaaataagaaagtgcaaacaattagcattgacaccttagtatggttctccatt 311  Q
             ||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||  |||| || ||||||||| ||||    
T  5447610 ---------agtaagagttttcagtttagataaagcgggcatggaggaaaataagaaagtacacactattagcattagcaccatattatggttctgcatt 5447700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 423 - 485
Target Start/End: Original strand, 5447803 - 5447866
Alignment:
Q  423 aacaaaatcaacaagtttgtggtgcataatctagtctactcacc-taaaacttggcatgttgac 485  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  5447803 aacaaaatcaacaagtttgtggtgtataatctagcctaatcaccttaaatcttggcatgttgac 5447866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1505 times since January 2019
Visitors: 1423