View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0144-INSERTION-7 (Length: 599)

Name: NF0144-INSERTION-7
Description: NF0144
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0144-INSERTION-7
NF0144-INSERTION-7
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-519)||(44870209-44870735)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-449)||(47523767-47524212)
chr3 (26-449)||(47529139-47529570)
chr3 (74-396)||(47550873-47551198)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (12-472)||(9819367-9819838)
chr5 (12-472)||(9854142-9854613)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 519
Target Start/End: Original strand, 44870209 - 44870735
Alignment:
Q  7 attatcatcaagcagtgcgaggccatataggtatattcagtggtttaaggcacatgatagagttgtgaa-ttctaagaaagtattatcaataagtttaca 105  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44870209 attatcatcaagcaatgcgaggccatataggtatattcagtggtttaaggcacatgatagagttgtgaaattctaagaaagtattatcaataagtttaca 44870308  T
Q  106 cttgtcttcactcgtcaacctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatgaatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcga 205  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44870309 cttgtcttcactcgtcatcctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatgaatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcga 44870408  T
Q  206 gtcaactgttcctcaagctcatccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatattgctccttggtagccac-aaaactatctctgcaaccttttgac 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44870409 gtcaactgttcctcaagctcatccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatgttgctccttggtagccacaaaaactatctctgcaaccttttgac 44870508  T
Q  305 caaaaatccttatagttgccaccg-aatcactt-ccccattttctccaaaatcacagtatagaaaccacggaagttcaagcgtttatgttctg-atctct 401  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44870509 caaaaatccttatagttgccaccgaaatcacttcccccattttctccaaaatcacagtatagaaaccacggaagttcaagcgtttatgttctgaatctct 44870608  T
Q  402 act-aaaacaagatc-ttaatcaactctctt-cagataaagcatcaatag-tggattaaa--cctcatacaataca-caagagctgcattc-acttatgc 493  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  44870609 actaaaaacaagatctttaatcaactctcttccagataaagcatcaatagttggattaaaaccctcatacaatacaccaagagctgcattcaacttatgc 44870708  T
Q  494 ttctcttgact-aactcattagaagta 519  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  44870709 ttctcttgactaaactcattagaagta 44870735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 12 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 47524212 - 47523767
Alignment:
Q  12 catcaagcagtgcgaggccatataggtatattcagtggtttaaggcacatgatagagttgtgaa-ttctaagaaagtattatcaataagtttacacttgt 110  Q
    ||||||||| | | |||||||| |||| ||||||| | |||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||| || || ||||||||    
T  47524212 catcaagcaatacaaggccatacaggtctattcagggatttatggcacatgatagtgttctgaaattctaagaaagttttatcaacaaattgacacttgt 47524113  T
Q  111 cttcactcgtcaacctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatgaatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcgagtcaa 210  Q
    |||| |  || | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  47524112 cttctccggttatcctagcaaaaccaaacgcttttgtccacgtgtctatagcatcctcggaggaatgcaaaaccaagcttccaactcctaagcgtgtcaa 47524013  T
Q  211 ctgttcctcaagctcatccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatattgctccttggtagccac-aaaactatctctgcaaccttttgaccaaaa 309  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47524012 ctgttcctcaagctcgtgcatcaacaaacgacacattccttgtcttcgatattgttccttggtagctacaaaaactatctctgcaaccttttgaccataa 47523913  T
Q  310 atccttatagttgccaccg-aatcac-ttccccattttctccaaaatcacagtatagaaaccacggaagttcaagcgtttatgttctga-tctctact-a 405  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||  ||||||| |    
T  47523912 atccttatagttgcaaccgaaatgactttacccattttctctaaaatcacattatagaaactatgaaagttcaagcgtttatgttgtgagcctctactaa 47523813  T
Q  406 aaacaagatc-ttaatcaactctctt-cagataaagcatcaatagt 449  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  47523812 aaacaacatctttaatcaattctcttccggataaagcatcaatagt 47523767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 26 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 47529570 - 47529139
Alignment:
Q  26 aggccatataggtatattcagtggtttaaggcacatgatagagttgtgaa-ttctaagaaagtattatcaataagtttacacttgtcttcactcgtcaac 124  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||||| |||||| || || || |||||||| ||  |||| |    
T  47529570 aggccatttaggtttcttcagtggtttaaggcacatgacagtgtcctgaaattctaagaaagtaatatcaacaaattgacgcttgtctttacctgtcatc 47529471  T
Q  125 ctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatgaatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcgagtcaactgttcctcaagct 224  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  47529470 ctctcaaaaccaaaagattttgtccatgtgtctatagcatcctcggatgaatgcaaaaccatgctttctactcctaagcgagtcaattgtttctcaagtt 47529371  T
Q  225 catccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatattgctccttggtagcc-acaaaactatctctgcaaccttttgaccaaaaatccttatagttgc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  47529370 catccatcaacaaacgacacattccttgtcctcgatgttctttcttggtggccaagaaaactatctcagcaaccttgtgaccataaatccttatagtagc 47529271  T
Q  324 caccg-aatcacttcc-ccattttctccaaaatcacagtatagaaaccacggaagttcaagcgtttatgttctga-tctctact-aaaacaagatct-ta 418  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||| | || |||||||| |||||||  ||| ||    
T  47529270 caccgaaatcacttcctccattttctccaaaatcacattatagaaaccacaaaagttcaagcgcttatgtaccgagtctctactaaaaacaatgtctcta 47529171  T
Q  419 atcaactctctt-cagataaagcatcaatagt 449  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47529170 atcaactctcttccagataaagcatcaatagt 47529139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 74 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 47551198 - 47550873
Alignment:
Q  74 aattctaagaaagtattatcaataagtttacacttgtcttcactcgtcaacctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatg 173  Q
    ||||| |||||||||| || || || |||||||||||||||| |||||| |  | |||||  ||| |||||| ||||||||| ||||||||| |  || |    
T  47551198 aattcaaagaaagtataatgaacaaatttacacttgtcttcattcgtcatctcaacaaaatgaaatgattttttccaagtgtctatagcatccttggagg 47551099  T
Q  174 aatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcgagtcaactgttcctcaagctcatccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatattgctccttggt 273  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||  | |||| |||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||  |  |||||    
T  47551098 aatgcaaaaccaagctcccaactcctaagttaatcaattgttcctcaagccccttcatcaacaaacaacacattccttgtcttcgatatttttttttggt 47550999  T
Q  274 agcca-caaaactatctctgcaaccttttgaccaaaaatccttatagttgccaccgaa-tcac-ttccccattttctccaaaatcacagtatagaaacca 370  Q
     ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||  || |||| || |||  |||||| | |||||||||||||||||||    
T  47550998 ggccatgaaaacaatctcagcaaccttttgaccataaatccttacggttgccacataactcactttaccccctttctctataatcacagtatagaaacca 47550899  T
Q  371 cggaagttcaagcgtttatgttctga 396  Q
    || |||||||| ||||| | ||||||    
T  47550898 cgaaagttcaaacgtttctcttctga 47550873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 12 - 472
Target Start/End: Original strand, 9819367 - 9819838
Alignment:
Q  12 catcaagcagtgcgaggccatataggtatattcagtggtttaaggcacatgatagagttgtgaa-ttctaagaaagtattatcaataagtttacacttgt 110  Q
    ||||||||| ||| ||||||| ||||| | ||||||| ||| || |||||| ||   || |||| |||||| ||||||| ||||||||  | |||||| |    
T  9819367 catcaagcaatgcaaggccatttaggtgttttcagtgctttgagacacatggtactattctgaaattctaaaaaagtatgatcaataaactgacacttat 9819466  T
Q  111 cttcactcgtcaacctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatgaatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcgagtcaa 210  Q
    ||| ||| | || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||||| ||  ||| |  | |||||||||||||| ||    
T  9819467 ctttactggccatcctggcaaaaccaaatgatcttgtccaagtgttcatagcatcctctgaggaatgcagaagtaatttctcaactcctaagcgagttaa 9819566  T
Q  211 ctgttcctcaagctcatccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatattgctccttggtagccac-aaaactatctctgcaaccttttgaccaaaa 309  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  9819567 ctgtttctcaatctcatccatcaacaaatgacacattccttgtcgtcgatattgttccttggtggccacgaaaactacctctgcaaccttttgaccataa 9819666  T
Q  310 atccttatagttgccaccg-aatcacttc-cccattttctccaaaatcacagtatagaaaccacggaagttcaagcgtttatgttctga-tctctact-a 405  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||| ||||| || |    
T  9819667 atccttacagttgccactgaaatcacttcacccattttctccaaaattacattatagaaaccacaaaagtttaagcgattgtgttctgattctctgctaa 9819766  T
Q  406 aaacaagatc-ttaatcaactctctt-cagataaagcatcaatag-tggattaaa--cctcatacaatacac 472  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||    
T  9819767 aaacaacatctttaatcaactctcttcctgataaagcatcaaaagttggattaaaaccctcatacaatacac 9819838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 9854613 - 9854142
Alignment:
Q  12 catcaagcagtgcgaggccatataggtatattcagtggtttaaggcacatgatagagttgtgaa-ttctaagaaagtattatcaataagtttacacttgt 110  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||| | ||||||| ||| || |||||| ||   || |||| |||||| ||||||| ||||||||  | |||||| |    
T  9854613 catcaagcaatgcaagaccatataggtgttttcagtgctttgagacacatggtactattctgaaattctaaaaaagtatgatcaataaactgacacttat 9854514  T
Q  111 cttcactcgtcaacctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatgaatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcgagtcaa 210  Q
    ||| ||| | || ||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| || || ||||||| ||  ||| |  | |||||||||||||| ||    
T  9854513 ctttactggccatcctggcaaaaccaaatgattttgtccaaatgttcatagcatcctctgaggaatgcagaagtaatttctcaactcctaagcgagttaa 9854414  T
Q  211 ctgttcctcaagctcatccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatattgctccttggtagccac-aaaactatctctgcaaccttttgaccaaaa 309  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  9854413 ctgtttctcaatctcatccatcaacaaatgacagattccttgtcgtcgatattgttccttggtggccacgaaaactacctctgcaaccttttgaccataa 9854314  T
Q  310 atccttatagttgccaccg-aatcacttc-cccattttctccaaaatcacagtatagaaaccacggaagttcaagcgtttatgttctga-tctctact-a 405  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||| ||||| || |    
T  9854313 atccttacagttgccactgaaatcacttcacccattttctccaaaattacattatagaaaccacaaaagtttaagcgattgtgttctgattctctgctaa 9854214  T
Q  406 aaacaagatc-ttaatcaactctctt-cagataaagcatcaatag-tggattaaa--cctcatacaatacac 472  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||    
T  9854213 aaacaacatctttaatcaactctcttcctgataaagcatcaaaagttggattaaaaccctcatacaatacac 9854142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1478 times since January 2019
Visitors: 1423