View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0150-INSERTION-1 (Length: 699)

Name: NF0150-INSERTION-1
Description: NF0150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0150-INSERTION-1
NF0150-INSERTION-1
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (8-681)||(39882105-39882779)
chr2 (12-681)||(39920795-39921457)
chr2 (12-682)||(39909475-39910138)
chr2 (8-554)||(39804617-39805156)
chr2 (12-554)||(39824654-39825189)
chr2 (12-546)||(39813153-39813680)
chr2 (12-52)||(39926705-39926745)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 39882779 - 39882105
Alignment:
Q  8 catttttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39882779 catttttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactg 39882680  T
Q  108 acagagacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39882679 acagagacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaa 39882580  T
Q  208 tccggaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39882579 tccggaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaac 39882480  T
Q  308 tatatataaaggtattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39882479 tatatataaaggtattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagttt 39882380  T
Q  408 ttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39882379 ttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatac 39882280  T
Q  508 atgattccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctgaattctaaaatttccaacatacagttatacaattaggacttacatattgg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  39882279 atgattccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctaaattctaaaatttccaacatacagttataaaattaggaattacatcttgg 39882180  T
Q  608 agtctcacaagtgatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaatttt-acaatataactatgttactccta 681  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  39882179 agtttcacaagtgatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaattttaaaaatataactatgttactccta 39882105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 39921457 - 39920795
Alignment:
Q  12 tttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactgacag 111  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39921457 tttccttgtgaagaatttactcaactctgatcctgatacctgggatgagttaattattaaacaca--ttagtcagttttctatctatgaaatactgacag 39921360  T
Q  112 agacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccg 211  Q
    || |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39921359 aggcacaaacatcgaacacgacgccgacacatagtgaagtt----gtttgtttgtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccg 39921264  T
Q  212 gaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactata 311  Q
    |||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39921263 gaaaataccgacactggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatataaacaaaccatatcattaaatggattagcaagattaatcaaattata 39921164  T
Q  312 tataaaggtattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttga 411  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39921163 tataaaggtattgcttatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttga 39921064  T
Q  412 ccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatga 511  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39921063 ccctccccaatattcgacaaataaaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcattctcatacatga 39920964  T
Q  512 ttccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctgaattctaaaatttccaacatacagttatacaattaggacttacatattggagtc 611  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||| |||||||     
T  39920963 atccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctaaattctaaaatttccaacatacagt--ttcaattaggaattacatcttggagtt 39920866  T
Q  612 tcacaagtgatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaatttt-acaatataactatgttactccta 681  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  39920865 ttacaagtgatctcaagttcctatattttttcttcactttaaattttaaaaatctaactatgttactccta 39920795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 39910138 - 39909475
Alignment:
Q  12 tttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactgacag 111  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |  ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39910138 tttccttgtgaagaatttactcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattattaaacata--ttagtcagttttctatctatgaaatactgacag 39910041  T
Q  112 agacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccg 211  Q
    || |||| ||||| ||| |||| | ||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||    
T  39910040 aggcacagacatcaaactcaacaccgacacatagtgaagtt----gtttgttagtttccttacattaaatgcggattcaaggatttgaggctcgaatccg 39909945  T
Q  212 gaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactata 311  Q
    |||| ||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  39909944 gaaaataccgacactggagctcctcctccaatatagaatgactacaaacatgtaaaccaaccatatcattaaatggattagcaacattaatcaaattata 39909845  T
Q  312 tataaaggtattggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttga 411  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39909844 tataaaggtattgattatacaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttga 39909745  T
Q  412 ccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatga 511  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  39909744 ccctccccaatatttgacaaataaaatgcagaaccagctggaatttgatacacatcccccttcttcaattcactctcctccaattcattctcatacatga 39909645  T
Q  512 ttccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctgaattctaaaatttccaacatacagttatacaattaggacttacatattggagtc 611  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||     
T  39909644 atccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactcctaaattctaaaatttccaacatacagttat--aattaggaattacatcttggagtt 39909547  T
Q  612 tcacaagtgatctcaagttcctatatttttacttcactgtaaatttt-acaatataactatgttactcctat 682  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  39909546 tcgcaagtgatctcaagttcctatatttttacttcactttaaattttaaaaatctaactatgttactcctat 39909475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 8 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39805156 - 39804617
Alignment:
Q  8 catttttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||  ||  | ||||| ||| | ||||||  |||    
T  39805156 catttttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctgtgatgagttaatcatttaacaca--ttagtaagtttgctagcaatgaaacgctg 39805059  T
Q  108 acagagacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaa 207  Q
    |||||||||   ||||||||||||| || ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39805058 acagagacaaggacatcgaacacaatgccgacacgtagtgaagtt----gtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaa 39804963  T
Q  208 tccggaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaac 307  Q
    |||||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |  ||||    |||||  ||||| |||||| |||  |     
T  39804962 tccggaaagtaccgacagtggggctccacctccaatatagaaagactac-aacatataaacaagccata----ttaatttattagaaagattgatcgtat 39804868  T
Q  308 tatatataaaggt----attggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaa 403  Q
    |||||||||||||    |||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  39804867 tatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaa 39804768  T
Q  404 gtttttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctc 503  Q
    | |||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||||    
T  39804767 gcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctc 39804668  T
Q  504 atacatgattccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactc 554  Q
    ||  | || ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||    
T  39804667 atttacgaatcccacctttgcttctcctgaaattcatttacaagttaactc 39804617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 12 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 39825189 - 39824654
Alignment:
Q  12 tttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactgacag 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||  ||  |  |||| ||| ||||||||  |||| ||    
T  39825189 tttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctgatacctatgatgaattaattatttaacaca--ttagtatgtttgctagctatgaaacgctgatag 39825092  T
Q  112 agacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccg 211  Q
    |||||   |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39825091 agacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtgaagtt----gtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccg 39824996  T
Q  212 gaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactata 311  Q
    ||| ||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||   |||||  ||||| ||||||||||| | ||||    
T  39824995 gaaggtactgacagtggggctccacctccaatatagaaagactacaa-catataaa-caagc-tata--ttaatttattagaaagattaatcatattata 39824901  T
Q  312 tataaaggtat----tggttatgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagttt 407  Q
    ||| || ||||    || |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  39824900 tatgaaagtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagctt 39824801  T
Q  408 ttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatac 507  Q
    |||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||| |||     
T  39824800 ttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatat 39824701  T
Q  508 atgattccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaacttaactc 554  Q
    |||| ||| ||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||    
T  39824700 atgaatcccacctttgcttatcctgaaatccgttttcaagttaactc 39824654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 12 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 39813680 - 39813153
Alignment:
Q  12 tttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactgacag 111  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  ||  |  |||| |||  ||||||| ||| | ||    
T  39813680 tttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctgatacctgtgatgagttaattatttaacaca--ttagtacgtttgctagttatgaaacactaagag 39813583  T
Q  112 agacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagtgaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccg 211  Q
    ||||| |||||||||||||  | | ||||| |||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39813582 agacataaacatcgaacacggcactgacacatagtaaa----attgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccg 39813487  T
Q  212 gaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactata 311  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |  |||||    ||||  ||| | ||||||||||  | ||||    
T  39813486 gaaagtaccgacactggagctcctcctccaatatagaaagactacaa-catataaacaagccatat----taattcattcgaaagattaatcgtattata 39813392  T
Q  312 tataaaggtattggtt----atgcaaatgcttgtatatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagttt 407  Q
    ||||||||||||| ||    || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  39813391 tataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagctt 39813292  T
Q  408 ttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatac 507  Q
    |||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||||||      
T  39813291 ttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcattt 39813192  T
Q  508 atgattccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaa 546  Q
    |  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39813191 acaaatcccacctttgcttctcctgaaatccattttcaa 39813153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 39926745 - 39926705
Alignment:
Q  12 tttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctgatacct 52  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  39926745 tttccttgtgaataatttcttcaactctgatcctgatacct 39926705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 566 times since January 2019
Visitors: 2229