View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0150-INSERTION-9 (Length: 583)

Name: NF0150-INSERTION-9
Description: NF0150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0150-INSERTION-9
NF0150-INSERTION-9
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (25-579)||(26728685-26729239)
chr3 (7-506)||(8343165-8343664)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (7-330)||(17810794-17811117)
chr1 (25-503)||(44613215-44613692)
chr1 (7-434)||(11543569-11543996)
chr1 (9-296)||(35899798-35900082)
chr1 (7-215)||(44145766-44145977)
chr1 (25-220)||(44794646-44794841)
chr1 (381-477)||(44794945-44795041)
chr1 (243-296)||(44794845-44794898)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-431)||(29506666-29507084)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (7-541)||(28271-28808)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (7-541)||(169984-170521)
scaffold0017 (7-556)||(181059-181608)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 25 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 26729239 - 26728685
Alignment:
Q  25 tctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttcaatgaggaagtaagttgtc 124  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||  || || |||||||||||||||||||||||||    
T  26729239 tctccaatccatgcaggtaatggaccatgaaacatattttctccaaggtccaacaaagccaacttgtttgaacaattcttcaatgaggaagtaagttgtc 26729140  T
Q  125 cactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaatttgttattgcttaggtcaac 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||  |||| ||||||||||| | ||||||    
T  26729139 cactcaaactattatttcttaaaatcaaagcctctatgttaacaagagcacccattgaggatggaatatttccccacaacttgttattgctcaagtcaac 26729040  T
Q  225 atagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaaatggtaggtttacttttg 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||| ||||||||||   |||||||| |||| |||||||||    
T  26729039 atagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactcgtcctttaattgattgtttgataaatccaacatcgccaaaatgttaggcttacttttg 26728940  T
Q  325 ttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatggaaccttcaagttgattcg 424  Q
     |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||  |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  26728939 ctgcatataaaggaagttaaatctgaaaatttattattggagagatgtagtcctagggcttgtcgtaaaaaagaaggaatggaaccttcgagttgatttg 26728840  T
Q  425 aactcaagtctattacaagatagttggtaagattgagttccaaattaggaatccttccagtgagattgctatttgaaatgtccatgaatgttagtgtttg 524  Q
    ||||||| |||| | ||||||| | ||| ||||||||||||| ||  |||||||| ||| |||||||| | |||||||||| ||  | |  |||||||||    
T  26728839 aactcaaatctagttcaagataatgggttagattgagttccatatctggaatcctaccactgagattgttgtttgaaatgttcaatagttctagtgtttg 26728740  T
Q  525 caatttgacccaaaaccgctgaggtagtggagccaaattagcgacatttgaaagg 579  Q
    ||||||  |||||||||  ||||||| | | ||||||||| | ||||||||||||    
T  26728739 caattttccccaaaaccattgaggtatttgcgccaaattacctacatttgaaagg 26728685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 8343664 - 8343165
Alignment:
Q  7 actaattggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttca 106  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| || ||| |  ||||| || ||||    
T  8343664 actaattgatgtaagttgtctccaatccatgaaggtaatggaccatgaaacttattttctccaatttccaacaaagtcaacttttttgagcaatttttca 8343565  T
Q  107 atgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaattt 206  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| || || ||   || |  |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  8343564 aggaggaaggaagttgtccactcaaactattacttcttaaaattaaagcttcgatatttggaacgttacccattgagaatggaatctttcccgacaactt 8343465  T
Q  207 gttattgcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaa 306  Q
    |||||| || ||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| ||| ||||| | |||||| | |||||||    
T  8343464 gttattactaaggtcaagatagtataatgaggttaaattattccaacaatcgggcaactcaccctttaattcattgtttgatacatccaaaagtcccaaa 8343365  T
Q  307 atggtaggtttacttttgttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatgg 406  Q
      | ||||| || ||||| |||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  || |||||||    
T  8343364 tagttaggtctaattttgctgcatagtaaggaaactatatctgaaaatttattattggagagatgcaatgctactgcttgcaataaaagtgagggaatgg 8343265  T
Q  407 aaccttcaagttgattcgaactcaagtctattacaagatagttggtaagattgagttccaaattaggaatccttccagtgagattgctatttgaaatgtc 506  Q
    ||||||||||||  || |||||||| |||||| || ||| || ||||  || ||||| |||||| | |||  | || |||| |||| | |||||||||||    
T  8343264 aaccttcaagtttgtttgaactcaaatctatttcaggattgtaggtataatcgagtttcaaattggaaatgttgccggtgatattgttttttgaaatgtc 8343165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 7 - 330
Target Start/End: Original strand, 17810794 - 17811117
Alignment:
Q  7 actaattggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17810794 actaattggtgtaaattgtctccaacccatgaaggtaatggaccatgaaacttattttctccgaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttca 17810893  T
Q  107 atgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaattt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17810894 atgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaactt 17810993  T
Q  207 gttattgcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaa 306  Q
    |||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| ||||| |||||||| | |||||||    
T  17810994 gttatttctgaggtcaacaaattgtaatgatgctaagttattccaacaatcaggcaactcaccctttaattcattgtttgataaatccaaaattcccaaa 17811093  T
Q  307 atggtaggtttacttttgttgcac 330  Q
    ||| | |  |||||||||||||||    
T  17811094 atgttggtcttacttttgttgcac 17811117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 25 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 44613692 - 44613215
Alignment:
Q  25 tctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttcaatgaggaagtaagttgtc 124  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||  ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  44613692 tctccaatccatgaaggtaatggaccatgaaacttattttctccaagatccaacaaagccaacttgtttgagcaattcttcaaagaggaaggaagttgtc 44613593  T
Q  125 cactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaatttgttattgcttaggtcaac 224  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||| |||| ||||||    
T  44613592 cactcaaactattatttcttaaaatcaaagcctccatatttgtaagggtacccattgagaatggaatctttccccataatttgttatttcttaagtcaac 44613493  T
Q  225 atagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaaatggtaggtttacttttg 324  Q
    | | | ||| || | || |||||||||||||||||| ||||| |||  || |||||| ||||| |||||||| | | |||||||| |||  |||||| ||    
T  44613492 aaattttaacgaggttagattattccaacaatcaggtaactcaccctttatttgattgtttgataaatccaaaatttccaaaatgttagaattacttctg 44613393  T
Q  325 ttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatggaaccttcaagttgattcg 424  Q
    ||||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||||| |||   | | ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  44613392 ttgcatagaaa-aaaactaaatctgaaaagttattattggacagaaatagtgctcctgcttgcaataaaaaagaaggaatggaaccttcaaactgatttg 44613294  T
Q  425 aactcaagtctattacaagatagttggtaagattgagttccaaattaggaatccttccagtgagattgctatttgaaat 503  Q
    ||||||| | ||| | |  || ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||| | ||||||||    
T  44613293 aactcaaatttatcatagtattgttggtaagattgagttccaaattaggaatcatgcctgtgatattgttgtttgaaat 44613215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 7 - 434
Target Start/End: Original strand, 11543569 - 11543996
Alignment:
Q  7 actaattggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttca 106  Q
    |||| ||| |||||| || |||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||| |||||| ||||| |||||||    
T  11543569 actagttgttgtaaactgcctccaatccatgaaggtaacggaccatgaaacgtattttctccaaggtccaagatagccaacttgtctgagcaattcttca 11543668  T
Q  107 atgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaattt 206  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| | | ||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||| ||    
T  11543669 atgaagaaggaagttgtccactcaaactattatttcttagaaccaaatcttgcatgttaacaagggcacccatcgacaatgggatctttcccgacaactt 11543768  T
Q  207 gttattgcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaa 306  Q
    |||||| || ||||||||||||| ||  || | ||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||| ||||| | |||||| |  || | |    
T  11543769 gttattactgaggtcaacatagtatagcgaggttaaattattccaacaatcaggcagctcaccctttaattgattgtttgatatatccaaaaggcctaga 11543868  T
Q  307 atggtaggtttacttttgttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatgg 406  Q
      | |||||||| | ||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||    
T  11543869 gagttaggtttaatattgctgcatagaaaggacactaaatctgaaaatttattattggagagatgcaatgctactgcttgcaataaaagagaaggaatgg 11543968  T
Q  407 aaccttcaagttgattcgaactcaagtc 434  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  11543969 aaccttcaagttgatttgaacttaagtc 11543996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 35900082 - 35899798
Alignment:
Q  9 taattggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttcaat 108  Q
    ||||||||| ||| | ||||||| |||  |||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| |||||||  ||    ||||| ||||| |||    
T  35900082 taattggtgcaaactatctccaatccataaaggtaatggaccatgaaatatattttctccaagatccaataaagccaagttt---gagcaattctttaat 35899986  T
Q  109 gaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaatttgt 208  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||  ||||||| ||||| ||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  35899985 gaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgt 35899886  T
Q  209 tattgcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaa 296  Q
    |||| || ||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||| ||| |||||||| |||||    
T  35899885 tatttctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatcagacaactcaccctttaattcattgtttgacaagtccaa 35899798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 7 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 44145977 - 44145766
Alignment:
Q  7 actaattggtgtaaattgtctccaacccacgaag---gtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttct 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||   ||||  ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||  ||||| ||||    
T  44145977 actaattggtgtaaactatctccaatccatgaagaaggtaacagaccatgaaacatattttctccaagatccaacaaagccaacttgtttgagcaattct 44145878  T
Q  104 tcaatgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaa 203  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  44145877 tcaatgaagaaggaagttgtccactcaaattatcatttcttaaaatcaaagcctccatgttagaaagggcacccattgagattggaatctttcctgacaa 44145778  T
Q  204 tttgttattgct 215  Q
     |||||||||||    
T  44145777 cttgttattgct 44145766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 25 - 220
Target Start/End: Original strand, 44794646 - 44794841
Alignment:
Q  25 tctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttcaatgaggaagtaagttgtc 124  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||  ||| | |||||||| ||||||| ||||||||    
T  44794646 tctccaatccatgaaggtaatggaccatgaaacttattttctccaagatccaacaaagccaacttgtttgagaaattcttcaaagaggaaggaagttgtc 44794745  T
Q  125 cactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaatttgttattgcttaggt 220  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||   |||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||    
T  44794746 cactcaaactattatttcttaaaaccaaattgtccatgctagcaagggaacccattgagaatggaatctttcctgtcaacttattattgctgaggt 44794841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 381 - 477
Target Start/End: Original strand, 44794945 - 44795041
Alignment:
Q  381 tgcttgcgataaaaaagaaggaatggaaccttcaagttgattcgaactcaagtctattacaagatagttggtaagattgagttccaaattaggaatc 477  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44794945 tgcttccgataaaaaggaaggaatggaaccttcaaactgatttgaactcaaatctattacaggaattttggtaagattgagttccaaattaggaatc 44795041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 243 - 296
Target Start/End: Original strand, 44794845 - 44794898
Alignment:
Q  243 attattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaa 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||| | ||||||    
T  44794845 attattccaacaatcaggcaactctccctttaattcattgtttgatatatccaa 44794898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 431
Target Start/End: Original strand, 29506666 - 29507084
Alignment:
Q  13 tggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttcaatgagg 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||  || || |||||||| ||||    
T  29506666 tggtgtaaactgtctccaatccatgaaggtattggaccatgaaacatattttctccaaggtccaacaaagccaatttgtttgaacaattcttcaaggagg 29506765  T
Q  113 aagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaatttgttatt 212  Q
    ||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  29506766 aaggaaattgtccactcaaactgttatttcttaaaatcaaagcctccatattaacaagagcacccattgagaatggaatcttacccgacaagttgttatt 29506865  T
Q  213 gcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaaatggta 312  Q
    ||| || |||||| | |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||| | ||| | || ||    
T  29506866 gctcagttcaacaaactgtaatgaggttagattattccaacaatcaggcaactcaccctttaattgattgtttgacaaatccaacattgccagattgtta 29506965  T
Q  313 ggtttacttttgttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatggaacctt 412  Q
    || ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | | ||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  29506966 ggcttactattgttgcatacaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggaaagatgcagtgcaactgcttgaaataaaaaggaaggaatggaacctt 29507065  T
Q  413 caagttgattcgaactcaa 431  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  29507066 caagttgatttgaactcaa 29507084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 7 - 541
Target Start/End: Original strand, 28271 - 28808
Alignment:
Q  7 actaattggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttca 106  Q
    ||||||||  |||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||| ||||| |||||  ||| | |||||||    
T  28271 actaattgtcgtaagttgtctccaatccatgaaggtaatggaccttgaaacatattttctccaagatccaacatagccaacttgtttgagaaattcttca 28370  T
Q  107 atgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaattt 206  Q
    | ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  | |||||    
T  28371 aagaggaaggaagttggccactcaaactattatttcttaaaaccaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagatgggaatttttccccataattt 28470  T
Q  207 gttattgcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaa 306  Q
    ||||||||| ||||||||| | | |||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| ||||  |  ||||| ||| |||||    
T  28471 gttattgctgaggtcaacaaattttaatgaggttagattattccaacaatcaggcaactcgccctttaattcattgtttgctatttccaaaacttccaaa 28570  T
Q  307 atggtaggtttacttttgttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatgg 406  Q
    ||| |||| ||| || | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  | | || |||| ||||| || |||||||||||||    
T  28571 atgttaggcttatttctattgcatagaaaggaaactaaatctgaaaatttattattggaaagatatagtgctcttgcctgcgacaagaaagaaggaatgg 28670  T
Q  407 aaccttcaagttgattcgaactcaagtctattacaagatagttggt---aagattgagttccaaattaggaatccttccagtgagattgctatttgaaat 503  Q
    |||||| ||  ||||| ||| |||| ||||| | | ||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||| | ||||||||    
T  28671 aacctttaaactgatttgaaatcaaatctataaaaggattgttggtaccaagattgagttctaaattaggaatcatgccagtaagattgttgtttgaaat 28770  T
Q  504 gtccatgaatgttagtgtttgcaatttgacccaaaacc 541  Q
    ||||| |   |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  28771 gtccaagctagttattgtttgcaattttccccaaaacc 28808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 7 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 170521 - 169984
Alignment:
Q  7 actaattggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttca 106  Q
    ||||||||  |||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||| ||||| |||||  ||| | |||||||    
T  170521 actaattgtcgtaagttgtctccaatccatgaaggtaatggaccttgaaacatattttctccaagatccaacatagccaacttgtttgagaaattcttca 170422  T
Q  107 atgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaattt 206  Q
    | ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  | |||||    
T  170421 aagaggaaggaagttggccactcaaactattatttcttaaaaccaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagatgggaatttttccccataattt 170322  T
Q  207 gttattgcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaa 306  Q
    ||||||||| ||||||||| | | |||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| ||||  |  ||||| ||| |||||    
T  170321 gttattgctgaggtcaacaaattttaatgaggttagattattccaacaatcaggcaactcgccctttaattcattgtttgctatttccaaaacttccaaa 170222  T
Q  307 atggtaggtttacttttgttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatgg 406  Q
    ||| |||| ||| || | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  | | || |||| ||||| || |||||||||||||    
T  170221 atgttaggcttatttctattgcatagaaaggaaactaaatctgaaaatttattattggaaagatatagtgctcttgcctgcgacaagaaagaaggaatgg 170122  T
Q  407 aaccttcaagttgattcgaactcaagtctattacaagatagttggt---aagattgagttccaaattaggaatccttccagtgagattgctatttgaaat 503  Q
    |||||| ||  ||||| ||| |||| ||||| | | ||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||| | ||||||||    
T  170121 aacctttaaactgatttgaaatcaaatctataaaaggattgttggtaccaagattgagttctaaattaggaatcatgccagtaagattgttgtttgaaat 170022  T
Q  504 gtccatgaatgttagtgtttgcaatttgacccaaaacc 541  Q
    ||||| |   |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  170021 gtccaagctagttattgtttgcaattttccccaaaacc 169984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 7 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 181608 - 181059
Alignment:
Q  7 actaattggtgtaaattgtctccaacccacgaaggtaatggaccatgaaacttattttctcctaggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttca 106  Q
    ||||||||||||||| | | ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||   |||| |||||||    
T  181608 actaattggtgtaaactttgtccaatccatgcaggtaatggaccatgaaacttattttctccaagatccaacagagccaacttgttttagcaattcttca 181509  T
Q  107 atgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaagggcacccattgagaagggaatctttcctgacaattt 206  Q
    |  |||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  181508 aacaggaaggaagttgaccactcatactattatttcttaaaaccaaaacctccatatttgtaagggtacccattgagaagggaatctttccggacaactt 181409  T
Q  207 gttattgcttaggtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactctccccctaattgattctttgacaaatccaacactcccaaa 306  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||  |||| |||||||| | | |||||    
T  181408 gttattgctcagatcaacatattgtaatgaggttaaatcattccaacaatcaggcaactcaccctttaattcattgcttgataaatccaaaattaccaaa 181309  T
Q  307 atggtaggtttacttttgttgcacagaaaggaagctaaatctgaaaatttattattggagagatgcaattctattgcttgcgataaaaaagaaggaatgg 406  Q
     || | || ||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || | | ||  ||||||| |||||||  ||||||||     
T  181308 ttgcttggcttacttttgctgcatgtgaaggaagctaaatctgaaaatttattatcggaaagttgtactgctcctgcttgcaataaaaataaaggaatgc 181209  T
Q  407 aaccttcaagttgattcgaactcaagtctattacaagatagttggtaagattgagttccaaattaggaatccttccagtgagattgctatttgaaatgtc 506  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||| |||||   | ||  |||||| || |||||||||||||||||| || | || || |||||| | |||||||||||    
T  181208 aaccttcaaattgatttaaactcaaatctatatgaggactgttggtgagtttgagttccaaattaggattcatgccggtcagattgttgtttgaaatgtc 181109  T
Q  507 catgaatgttagtgtttgcaatttgacccaaaaccgctgaggtagtggag 556  Q
    ||||     |||||||||||||||  |||||||||  ||||||| |||||    
T  181108 catgtcacatagtgtttgcaatttttcccaaaaccagtgaggtattggag 181059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 543 times since January 2019
Visitors: 2229