View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0151_1D_high_1 (Length: 627)

Name: NF0151_1D_high_1
Description: NF0151_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0151_1D_high_1
NF0151_1D_high_1
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (19-627)||(41715887-41716495)
chr5 (22-627)||(41706087-41706692)
chr5 (163-624)||(41664997-41665458)
chr5 (180-626)||(41648162-41648608)
chr5 (123-626)||(41656194-41656699)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (88-626)||(2440407-2440948)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 627
Target Start/End: Original strand, 41715887 - 41716495
Alignment:
Q  19 acatcaaatattgtaaccaaggtttcactaccattgtggatgcaatacaattttacaagttacaatgcgtttctatccattttggggtgatcgccccaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41715887 acatcaaatattgtaaccaaggtttcactaccattgtggatgcaatacaattttacaagttacaatgcgtttctatccattttggggtgatcgccccaaa 41715986  T
Q  119 tggattcaccatttcctcattctctttagggtacaccctctccctttcacaaagcatttgtatcaatgatgcatggttgatccaactcgagggagaagca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41715987 tggattcaccatttcctcattctctttagggtacaccctctccctttcacaaagcatttgtatcaatgatgcatggttgatccaactcgagggagaagca 41716086  T
Q  219 caatttgctgtgacccaaaggtcatttgctaggagacgaccaacattgactggctcacccttaaggattgcagtcagtaagtttgcttttagaatggtca 318  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41716087 caatttgctgtgacccaaatgtcatttgctaggagacgaccaacattgactggctcacccttaaggattgcagtcagtaagttagcttttagaatggtca 41716186  T
Q  319 agtctgatctatttgaacatgggagcaaggtgcgcaaaacaaacattgcccatactttagcaacgggagtgaggtcacacgtgcgaagttttgctggtgt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41716187 agtctgatctatttgaacatgggagcaaggtgcgcaaaacaaacattgcccatactttagcaacgggagtgaggtcacacgtgcgaagttttgctggtgt 41716286  T
Q  419 tccatctttgttcctaacccaatcagcctcgggcctacacaaagtactacgaatctcctgatgatcaatgttagaacccttggcctttcttgcttcaaat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41716287 tccatctttgttcctaacccaatcagcctcgggcctacacaaagtactacgaatctcctgatgatcaacgttagaacccttggcctttcttgcttcaaat 41716386  T
Q  519 gaacacttctcatagttctcaagcctaaacatttgattgataattttatcatgaaatggaaccttcttccctctgacaaaactagtgaatttcattcgat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41716387 gaacacttctcatagttctcaagcctaaacatttgattgataattttatcatgaaatggaaccttcttccctctgacaaaactagtgaatttcattcgat 41716486  T
Q  619 cattcttag 627  Q
    |||||||||    
T  41716487 cattcttag 41716495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 627
Target Start/End: Original strand, 41706087 - 41706692
Alignment:
Q  22 tcaaatattgtaaccaaggtttcactaccattgtggatgcaatacaattttacaagttacaatgcgtttctatccattttggggtgatcgccccaaatgg 121  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||  ||| ||||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  41706087 tcaaatattgtaaccaaagttgcgctacccgtgtagatgctatactattttacaagctacaatgggtttctatccattttgcagtgatcgccccagatgg 41706186  T
Q  122 attcaccatttcctcattctctttagggtacaccctctccctttcacaaagcatttgtatcaatgatgcatggttgatccaactcgagggagaagcacaa 221  Q
     |||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||    
T  41706187 cttcaccatttcctccttctttttagggtacaccttcaccctttcacaaagcttgcgtatcaatgatgcatggttgatgtaactcgatggagaagaacaa 41706286  T
Q  222 tttgctgtgacccaaaggtcatttgctaggagacgaccaacattgactggctcacccttaaggattgcagtcagtaagtttgcttttagaatggtcaagt 321  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41706287 ttggctgtgacccaaaggtcatctgctaggagacgaccaacattgactggttcacccttaaggattgctgtcagcaagtttgcttttagaatggtcaagt 41706386  T
Q  322 ctgatctatttgaacatgggagcaaggtgcgcaaaacaaacattgcccatactttagcaacgggagtgaggtcacacgtgcgaagttttgctggtgttcc 421  Q
    ||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||  ||||||||    
T  41706387 ctgacacatttgaacacgggagcaaggtacgcaaaacaaacattgcccatactttagcaaggggtgtgaggtcagaagtgcgaagttttgtcggtgttcc 41706486  T
Q  422 atctttgttcctaacccaatcagcctcgggcctacacaaagtactacgaatctcctgatgatcaatgttagaacccttggcctttcttgcttcaaatgaa 521  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41706487 gtctttgttcctaacccaatcggcctcgggcctacacagagtactacgaatctcctgatgatcaatgttagaacccttggcctttcttgcttcaaaggaa 41706586  T
Q  522 cacttctcatagttctcaagcctaaacatttgattgataattttatcatgaaatggaaccttcttccctctgacaaaactagtgaatttcattcgatcat 621  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  41706587 cactgctcatagttctcaagcccaaacaattcattgataatattatcatgaaatggaacattcttccctctgataaaactagtgaatttcattcgctcat 41706686  T
Q  622 tcttag 627  Q
    ||||||    
T  41706687 tcttag 41706692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 163 - 624
Target Start/End: Original strand, 41664997 - 41665458
Alignment:
Q  163 tttcacaaagcatttgtatcaatgatgcatggttgatccaactcgagggagaagcacaatttgctgtgacccaaaggtcatttgctaggagacgaccaac 262  Q
    ||||||||||| | |  ||||| ||||||||||||||  | |||  |||||| | ||| || |||||| |||  || |||||||||||||||||||| ||    
T  41664997 tttcacaaagcttgttgatcaacgatgcatggttgatatagctcttgggagaggaacagttcgctgtggcccggagatcatttgctaggagacgaccgac 41665096  T
Q  263 attgactggctcacccttaaggattgcagtcagtaagtttgcttttagaatggtcaagtctgatctatttgaacatgggagcaaggtgcgcaaaacaaac 362  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||     
T  41665097 attgactggttcacccttaagaattgcagtcagcaaggttgctttctgaatggtcaagtctgacacatttgaacacgggagcaaggttcgcaaaataaat 41665196  T
Q  363 attgcccatactttagcaacgggagtgaggtcacacgtgcgaagttttgctggtgttccatctttgttcctaacccaatcagcctcgggcctacacaaag 462  Q
     |||||||| ||||||||| ||| ||||||||| | ||| | ||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  41665197 gttgcccatgctttagcaatgggtgtgaggtcagaagtgtggagtcttgatggtgttccatcttttctcctaacccaatcagcctcgggcctgcacagag 41665296  T
Q  463 tactacgaatctcctgatgatcaatgttagaacccttggcctttcttgcttcaaatgaacacttctcatagttctcaagcctaaacatttgattgataat 562  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  41665297 tgctacgaatctcctgatgatcaatgttagagcccttggtctttcttgcttcaaacgaacactgctcatagttctcaagcccaaacaattgattgataat 41665396  T
Q  563 tttatcatgaaatggaaccttcttccctctgacaaaactagtgaatttcattcgatcattct 624  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  41665397 tttctcatgaaatggcaccttcttccctctcacaaaactagtgaatttcatcagatcattct 41665458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 180 - 626
Target Start/End: Original strand, 41648162 - 41648608
Alignment:
Q  180 atcaatgatgcatggttgatccaactcgagggagaagcacaatttgctgtgacccaaaggtcatttgctaggagacgaccaacattgactggctcaccct 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  41648162 atcaatgatgcatggttgatccaactcgaggaagaagaagaattttccgtgacccaaaggtcttctgctaggagacgaccaacattgattggttcaccct 41648261  T
Q  280 taaggattgcagtcagtaagtttgcttttagaatggtcaagtctgatctatttgaacatgggagcaaggtgcgcaaaacaaacattgcccatactttagc 379  Q
    | |||||||||||||| ||| | | |||  |||||||||| |||||   ||||||||||||||| || ||  ||||||||||  ||| |||| |||| ||    
T  41648262 tcaggattgcagtcagcaaggtcgatttcggaatggtcaactctgacgcatttgaacatgggagtaatgtatgcaaaacaaatgttgtccatgctttcgc 41648361  T
Q  380 aacgggagtgaggtcacacgtgcgaagttttgctggtgttccatctttgttcctaacccaatcagcctcgggcctacacaaagtactacgaatctcctga 479  Q
    || ||| |||||   | | ||| | ||| ||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  41648362 aatgggtgtgagactagaagtgtggagtcttaatggtgtttcatcattgttcctaacccaatcggcctcgggcctacacagagtactgtgaatctcctga 41648461  T
Q  480 tgatcaatgttagaacccttggcctttcttgcttcaaatgaacacttctcatagttctcaagcctaaacatttgattgataattttatcatgaaatggaa 579  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41648462 tgatcaatgttagagcccttggtctttcttgtttcaaaggaacactcctcattgttctcaagcccaaacaattgattgataattttatcatgaaatggaa 41648561  T
Q  580 ccttcttccctctgacaaaactagtgaatttcattcgatcattctta 626  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  41648562 ccttcttccctctcacaaaactagtgaattgcattagatcattctta 41648608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 123 - 626
Target Start/End: Original strand, 41656194 - 41656699
Alignment:
Q  123 ttcaccatttcctcattctctttagggtacaccctctccctttcacaaagcatttgtatcaatgatgcat--ggttgatccaactcgagggagaagcaca 220  Q
    ||||| ||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||| | |  ||||| |||| ||  |||||||  | |||  |||||| | |||    
T  41656194 ttcacaatttcctcattcttttcatggtacaccctcaccctttcacaaagcttattgatcaacgatgtatatggttgatgtagctcttgggagaggaaca 41656293  T
Q  221 atttgctgtgacccaaaggtcatttgctaggagacgaccaacattgactggctcacccttaaggattgcagtcagtaagtttgcttttagaatggtcaag 320  Q
     || |||||| || ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||||||||| |  ||| |||||||  ||| || ||||    
T  41656294 gttcgctgtggccgaaaggtcatttgctaggagacggacgacattgactggttcgcccttaaggattgcagttatcaaggttgctttctgaaggggcaag 41656393  T
Q  321 tctgatctatttgaacatgggagcaaggtgcgcaaaacaaacattgcccatactttagcaacgggagtgaggtcacacgtgcgaagttttgctggtgttc 420  Q
    |||||   ||||||||  || ||||||||  |||||| |||  || ||||| ||||||||| ||| || |||||| | | |  |||||||  ||||||||    
T  41656394 tctgacacatttgaactcggaagcaaggtatgcaaaataaatgtttcccatgctttagcaatgggtgtcaggtcagaagagttaagttttattggtgttc 41656493  T
Q  421 catctttgttcctaacccaatcagcctcgggcctacacaaagtactacgaatctcctgatgatcaatgttagaacccttggcctttcttgcttcaaatga 520  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  41656494 catctttcttcctaatccaatcggcctcgggcctgcacagagtactaagaatctcctgatgatcaatgttagatccctttgcctttcttgcttcaaatga 41656593  T
Q  521 acacttctcatagttctcaagcctaaacatttgattgataattttatcatgaaatggaaccttcttccctctgacaaaactagtgaatttcattcgatca 620  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  41656594 acactgctcatagttctctagcccaaacaatcgattgataattttctcatgaaatggcaccatcttgcctctgacaaaactagtgaatttcatcaaatca 41656693  T
Q  621 ttctta 626  Q
    ||||||    
T  41656694 ttctta 41656699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 88 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 2440948 - 2440407
Alignment:
Q  88 tttctatccattttggggtgatcgccccaaatggattcaccatttcctcattctctttagggtacaccctctccctttcacaaagcatttgtatcaatga 187  Q
    ||||||||||||| | |||||| | |||| |||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||| ||| |||||||||| | |  ||||||||    
T  2440948 tttctatccatttcgcggtgattggcccagatggcttcacaatttcctcattcttttccgggtacaccctcacccattcacaaagcttgttgatcaatga 2440849  T
Q  188 tgcatggttgatccaactcgagggagaagcacaatttgctgtgacccaaaggtcatttgctaggagacgaccaacattgactggctcacccttaaggatt 287  Q
    ||||||| | ||  | ||||  ||||||| |   || |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2440848 tgcatggctaatgtagctcgttggagaagaattgttcgctgtggcccaaaggtcatttactaggagacggccaacattgactggttcacccttaaggatt 2440749  T
Q  288 gcagtcagtaagtttgcttttagaatggtcaagtctgatctatttgaacatgggagcaaggtgcgcaaaacaaacattgcccatactttagcaacgggag 387  Q
    ||||| || ||| |||||||  ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||||||| ||| |    
T  2440748 gcagttagcaaggttgctttctgaatggtcaagtctgacacatttgaacatgggagcaaggtatgcaaaacaaatgttgcccatgctttagcaatgggtg 2440649  T
Q  388 tgaggtcacacgtgcgaagttttgctggtgttccatctttgttcctaa-------cccaatcagcctcgggcctacacaaagtactacgaatctcctgat 480  Q
    | ||||||   | | ||||||||  ||||||||| |||||||||||||       ||||||| ||||| |||   |||| ||||||| ||||||||||||    
T  2440648 tcaggtcagtagagtgaagttttcttggtgttccgtctttgttcctaaatcctaacccaatcggcctcaggcg--cacagagtactaagaatctcctgat 2440551  T
Q  481 gatcaatgttagaacccttggcctttcttgcttcaaatgaacacttctcatagttctcaagcctaaacatttgattgataattttatcatgaaatggaac 580  Q
    ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||| ||    
T  2440550 gatcaatgttagatcccttgccatttcttgcttcaaatgaacactgctcatagttctcaagcctaaacaattgattgataattt--ccctgaaatggcac 2440453  T
Q  581 cttcttccctctgacaaaactagtgaatttcattcgatcattctta 626  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  2440452 cttcttccctctaacaaaactagtgaatttcatcaaatcattctta 2440407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1066 times since January 2019
Visitors: 1523