View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0154-Insertion-3 (Length: 960)

Name: NF0154-Insertion-3
Description: NF0154
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0154-Insertion-3
NF0154-Insertion-3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-960)||(37117811-37118766)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (255-632)||(36247313-36247684)
chr3 (93-161)||(36247130-36247198)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 908; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 908; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 960
Target Start/End: Complemental strand, 37118766 - 37117811
Alignment:
Q  7 aagatgtagatatagtagaatgtaaaacaccattttcaaaagccttctctttaagtaatttcaataatatttgtatttatggtggctcagtttccaggct 106  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118766 aagatgtagatatagtagcatgtaaaacaccattttcaaaagccttctctttaagtaatttcaataatatttgtatttatggtggctcagtttccaggct 37118667  T
Q  107 tgaaggttttgtttccaacagggagcagtcttatgaagatcctattgaagagtaaaacagctgtttcagtctgtgtttacatcatttttgtttaaacttt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118666 tgaaggttttgtttccaacagggagcagtcttatgaagatcctattgaagagtaaaacagctgtttcagtctgtgtttacatcatttttgtttaaacttt 37118567  T
Q  207 atgtttccatattgttcaagtaattacggaccttttgttttcaggctgttgtatgcagtttttgtagtctcaaatgaaaatgcaactgttcgtgagctgg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118566 atgtttccatattgttcaagtaattacggaccttttgttttcaggctgttgtatgcagtttttgtagtctcaaatgaaaatgcaactgttcgtgagctgg 37118467  T
Q  307 caacaaccctacaggctgaattgttacaattacagtctgctgcttcttttgtgtgtcgtttgggatgggcgacaaaagtgattgatccagaatctattct 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118466 caacaaccctacaggctgaattgttacaattacagtctgctgcttcttttgtgtgtcgtttgggatgggcgacaaaagtgattgatccagaatctattct 37118367  T
Q  407 tggagattcaagtataccaatgtcgcctagaagtacagtcagtgacgatgatgcttctgttgctagtcagggttctgaaaatatgtttattgacaatgac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118366 tggagattcaagtataccaatgtcgcctagaagtacagtcagtgacgatgatgcttctgttgctagtcagggttctgaaaatatgtttattgacaatgac 37118267  T
Q  507 tccactcatcaaggggatgtttcagcttcaggaaacaatggtccacgttctgcctttactcgtgtcgctttcatagttgacgctaatattacgtcctatc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118266 tccactcatcaaggggatgtttcagcttcaggaaacaatggtccacgttctgcctttactcgtgtcgctttcatagttgacgctaatattacgtcctatc 37118167  T
Q  607 ttatgatgggattggtttcaccaggtatagatcttttgctcctcctttcttggagcttaaattcatttggtatagttctcagaattatgtcaatttgtgc 706  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118166 ttatgatgggatcggtttcaccaggtatagatcttttgctcctcctttcttgaagcttaaattcatttggtatagttctcagaattatgtcaatttgtgc 37118067  T
Q  707 tgacatagaaagttgtgagtaatccatattaagggtgctcatgactttccgttaatgtgctcattgatagcatagaaaatcagtcatgtgaatccatttc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37118066 tgacatagaaagttgtgagtaatccatattaagggtgctcatgactttccgttaatgtgctctaagatagcatagaaaatcagtcatgtgaatccatttc 37117967  T
Q  807 agcaggaataagagatatggtatgactgtcagctagggcatgtattgtaatatttaatgcaagtatctgacaagaaaaatcaaggtagaaacttaacttt 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37117966 agcaggaataagagatatggtatgactgtcagctagggcatgtattgtaatatttaatgcaagtatctgacaagaaaaatcaaggtagaaacttaacttt 37117867  T
Q  907 aataattgtgtgtt-ggctagtaaatctatataggttt-cattttctcccacttca 960  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37117866 aataattatgtgttgggctagtaaacctatataggtttccattttctcccacttca 37117811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 255 - 632
Target Start/End: Original strand, 36247313 - 36247684
Alignment:
Q  255 ttgtatgcagtttttgtagtctcaaatgaaaatgcaactgttcgtgagctggcaacaaccctacaggctgaattgttacaattacagtctgctgcttctt 354  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||  |||  |||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||| || |    
T  36247313 ttgtatgcagtgtttgttgtttcaaatgaaaatgcatctgttgctgaattggcaacaactctacaggctgacttgtcacaattgcaggctgctgcatcat 36247412  T
Q  355 ttgtgtgtcgtttgggatgggcgacaaaagtgattgatccagaatctattcttggagattcaagtataccaatgtcgcctagaagtacagtcagtgacga 454  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||| |||  |||| ||||||||||   |||||| |||||| || |||| || ||    
T  36247413 ttgtatgtcgattgggatgggcaacaaaagtcattgatccatcatctatacttcaagatacaagtatacctgggtcgccaagaagtgcaatcagcgatga 36247512  T
Q  455 tgatgcttctgttgctagtcagggttctgaaaatatgtttattgacaatgactccactcatcaaggggatgtttcagcttcaggaaacaatggtccacgt 554  Q
     |||| |||| ||||| |||| |||| ||| |||||   ||  || |||||      |  ||||||||||| ||||| |||||| ||  ||||||| |||    
T  36247513 agatgtttctcttgctggtcatggttttgacaatatccataccgataatga------tattcaaggggatgcttcaggttcaggcaattatggtcctcgt 36247606  T
Q  555 tctgcctttactcgtgtcgctttcatagttgacgctaatattacgtcctatcttatgatgggattggtttcaccaggt 632  Q
    || |||| |||||| || || ||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  36247607 tcggcctatactcgcgttgccttcatagttgatgccaatataacatcctatcttatgatgggttctgtttcaccaggt 36247684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 93 - 161
Target Start/End: Original strand, 36247130 - 36247198
Alignment:
Q  93 tcagtttccaggcttgaaggttttgtttccaacagggagcagtcttatgaagatcctattgaagagtaa 161  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36247130 tcagtttcaaagcttgaaggttttgtatccaacagggagcagtcttatgaagatccgattgaagagtaa 36247198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University