View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0154_2D_low_16 (Length: 798)

Name: NF0154_2D_low_16
Description: NF0154_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0154_2D_low_16
NF0154_2D_low_16
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (14-779)||(24322985-24323742)
chr5 (14-779)||(24359609-24360366)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 779
Target Start/End: Original strand, 24322985 - 24323742
Alignment:
Q  14 gtttggtgttgcaaaatacacaaaaccaatctacatacttttcagagtttaatttctcgtttccatgaagagaaaacatctttttatatttcctaaactg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24322985 gtttggtgttgcaaaatacacaaaaccaatctacatacttttcagagtttaatttctcgtttccatgaagagaaaacatctttttatatttcctaaactg 24323084  T
Q  114 aaaaatttcttacctataatcatcatcaagacataatatacaactttattaaccttgtttcacttcaaggcactgctgttgtaatcgggagcaacataaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24323085 aaaaatttcttacctataatcatcatcaagacataatatacaactttattaaccttgtttcacttcaaggcactgctgttgttatcgggagcaacataaa 24323184  T
Q  214 atgtctttgtcgcggctatggcagaatcccctctcttgacaattttctcaagctcctcaaccttctccaacaaggatgcaacatttgaattggtactttg 313  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24323185 atgcctttgtcgcggctatggcggaatcccctctcttgacaattttctcaagctcctcaaccttctccaacaaggatgcaacatttgaattggtactttg 24323284  T
Q  314 aaccagcttgtttgcagtatctagagaagtacataactgaacaaagaataataaaccacattattcacataataagctgaagatattaaatgaaagagaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24323285 aaccagcttgtttgcagtatctagagaagtacataactgaacaaagaataataaaccacattattcacataataagctgaagatattaaatgaaagagaa 24323384  T
Q  414 agataaccagtaggaaaatctagatttaactcctttaaaatgaacaatccctcatcattggttttgtcccactgggttttacaagaaaggttattaacaa 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  24323385 agataaccagtaggaaaatctagatttaactcctttaaaatgaacaatccctc----------ttgtcccactgggttttacaagaaaggtttttaacga 24323474  T
Q  514 ggcagtggcttgttatccacatgattgttaccttaggttttggtctagtcccccaaacactttccctaattttattttaatatggttgttagggtgttgc 613  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24323475 ggcactggcttgttatccacatgattgttaccttaggttttggtctagtccccc-agcactttcccaaattttattttaatatggttgttagggtgttgc 24323573  T
Q  614 aaatgatagttagtagctacggggtgccaacatagttgggatctcatagtcaccatatgatgtttatacacctaatgctttataaaataaatctactctt 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24323574 aaatgatagttagtagctacggggtgccaacatagttgggatctcatagtcaccatacgatgtttatacacccaatgctttataaaataaatctactctt 24323673  T
Q  714 atc---aaataaagtaagcaatttcacacactaaagggcagtccagtgcacaaagctcccgcatataca 779  Q
    |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24323674 atcaaaaaataaagtaagcaatttcacacactaaagggcagtccagtgcacaaagctcccgcatataca 24323742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 779
Target Start/End: Original strand, 24359609 - 24360366
Alignment:
Q  14 gtttggtgttgcaaaatacacaaaaccaatctacatacttttcagagtttaatttctcgtttccatgaagagaaaacatctttttatatttcctaaactg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24359609 gtttggtgttgcaaaatacacaaaaccaatctacatacttttcagagtttaatttctcgtttccatgaagagaaaacatctttttatatttcctaaactg 24359708  T
Q  114 aaaaatttcttacctataatcatcatcaagacataatatacaactttattaaccttgtttcacttcaaggcactgctgttgtaatcgggagcaacataaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24359709 aaaaatttcttacctataatcatcatcaagacataatatacaactttattaaccttgtttcacttcaaggcactgctgttgttatcgggagcaacataaa 24359808  T
Q  214 atgtctttgtcgcggctatggcagaatcccctctcttgacaattttctcaagctcctcaaccttctccaacaaggatgcaacatttgaattggtactttg 313  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24359809 atgcctttgtcgcggctatggcggaatcccctctcttgacaattttctcaagctcctcaaccttctccaacaaggatgcaacatttgaattggtactttg 24359908  T
Q  314 aaccagcttgtttgcagtatctagagaagtacataactgaacaaagaataataaaccacattattcacataataagctgaagatattaaatgaaagagaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24359909 aaccagcttgtttgcagtatctagagaagtacataactgaacaaagaataataaaccacattattcacataataagctgaagatattaaatgaaagagaa 24360008  T
Q  414 agataaccagtaggaaaatctagatttaactcctttaaaatgaacaatccctcatcattggttttgtcccactgggttttacaagaaaggttattaacaa 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  24360009 agataaccagtaggaaaatctagatttaactcctttaaaatgaacaatccctc----------ttgtcccactgggttttacaagaaaggtttttaacga 24360098  T
Q  514 ggcagtggcttgttatccacatgattgttaccttaggttttggtctagtcccccaaacactttccctaattttattttaatatggttgttagggtgttgc 613  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24360099 ggcactggcttgttatccacatgattgttaccttaggttttggtctagtccccc-agcactttcccaaattttattttaatatggttgttagggtgttgc 24360197  T
Q  614 aaatgatagttagtagctacggggtgccaacatagttgggatctcatagtcaccatatgatgtttatacacctaatgctttataaaataaatctactctt 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24360198 aaatgatagttagtagctacggggtgccaacatagttgggatctcatagtcaccatacgatgtttatacacccaatgctttataaaataaatctactctt 24360297  T
Q  714 atc---aaataaagtaagcaatttcacacactaaagggcagtccagtgcacaaagctcccgcatataca 779  Q
    |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24360298 atcaaaaaataaagtaagcaatttcacacactaaagggcagtccagtgcacaaagctcccgcatataca 24360366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1839 times since January 2019
Visitors: 2198