View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0154_2D_low_201 (Length: 310)

Name: NF0154_2D_low_201
Description: NF0154_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0154_2D_low_201
NF0154_2D_low_201
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (9-265)||(40052658-40052919)
chr4 (9-265)||(40053367-40053628)
chr4 (9-264)||(39219986-39220246)
chr4 (9-264)||(39226511-39226771)
chr4 (9-247)||(47113360-47113605)
chr4 (42-265)||(235970-236190)
chr4 (127-265)||(34859265-34859401)
chr4 (127-259)||(20974891-20975022)
chr4 (156-265)||(20975030-20975139)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (9-265)||(29672831-29673095)
chr3 (127-265)||(10567422-10567556)
chr3 (127-265)||(10570672-10570806)
chr3 (74-205)||(8546760-8546899)
chr3 (200-265)||(20283695-20283760)
chr3 (34-80)||(8546657-8546703)
chr3 (213-264)||(8547201-8547252)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (9-265)||(16860418-16860682)
chr1 (42-234)||(19405912-19406101)
chr1 (156-264)||(26337844-26337948)
chr1 (190-264)||(40772252-40772328)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (9-265)||(38486135-38486398)
chr5 (127-264)||(5911211-5911344)
chr5 (127-264)||(6751135-6751268)
chr5 (127-264)||(5918159-5918292)
chr5 (127-265)||(35417376-35417510)
chr5 (127-260)||(36100320-36100447)
chr5 (119-264)||(41194183-41194328)
chr5 (136-264)||(36361854-36361982)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (164-265)||(21593308-21593408)
chr8 (127-265)||(28967958-28968094)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (156-265)||(47018754-47018861)
chr7 (32-139)||(39510521-39510624)
chr7 (190-264)||(24189507-24189581)
chr7 (42-90)||(47018942-47018989)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (139-265)||(20471371-20471493)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 40052919 - 40052658
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40052919 attcatatggtcaattgtgtacacatatggaaatgatctttatgtgtattaaacacaattatatgaagttaaagatggtcaatgtcttcatattagtcaa 40052820  T
Q  104 acacgtttttctttctttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtc 203  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40052819 acacgtttttctttttttttaagtaaattagcattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcactaagatgagtc 40052720  T
Q  204 aacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40052719 aacacattctatttgatagtagtgtgtgtgacctataaatagacctcaagtgatttgatcaa 40052658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 265
Target Start/End: Original strand, 40053367 - 40053628
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40053367 attcatatggtcaattgtgtacacatatggaaatgatctttatgtgtattaaacacaattatatgaagttaaagatggtcaatgtcttcatattagtcaa 40053466  T
Q  104 acacgtttttctttctttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtc 203  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40053467 acacgtttttctttttttttaagtaaattagcattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcactaagatgagtc 40053566  T
Q  204 aacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40053567 aacacattctatttgatagtagtgtgtgtgacctataaatagacctcaagtgatttgatcaa 40053628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 9 - 264
Target Start/End: Original strand, 39219986 - 39220246
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttatgtgtat--tatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39219986 attcatatggtcaattgtgtacacatatggaaatgatctttatgtgtgtgttatacacaattatatgaagttaaagatggtcaatgtcttcatattagtc 39220085  T
Q  102 aaacacgtttttctttctttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgag 201  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39220086 aaac--gtttttctttctttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgag 39220183  T
Q  202 tcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39220184 tcaacacattctatttgatagtagtgtgtttgatctataaatagaccttaagtgatttgatca 39220246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 9 - 264
Target Start/End: Original strand, 39226511 - 39226771
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttatgtgtat--tatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39226511 attcatatggtcaattgtgtacacatatggaaatgatctttatgtgtgtgttatacacaattatatgaagttaaagatggtcaatgtcttcatattagtc 39226610  T
Q  102 aaacacgtttttctttctttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgag 201  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39226611 aaac--gtttttctttctttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgag 39226708  T
Q  202 tcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39226709 tcaacacattctatttgatagtagtgtgtttgatctataaatagaccttaagtgatttgatca 39226771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 47113605 - 47113360
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttat--gtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtc 101  Q
    |||||||| |||||||||||||     |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47113605 attcatatagtcaattgtgtacacatatggaaatggtctttatatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatggtcaatgtcttcatattagtc 47113506  T
Q  102 aaacacgtttttctttctttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgc-atttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatga 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47113505 aaacacgtttttctttc-ttttaagtaaattagcattgacatatgttaattgctttttacaatgattgaccatatgaatttaaaagagtcattaagatga 47113407  T
Q  201 gtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagac 247  Q
    |||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  47113406 gtcaacactttcaatttaatagtagtgtgtgtgacttataaatagac 47113360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 42 - 265
Target Start/End: Original strand, 235970 - 236190
Alignment:
Q  42 tttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaaacacgt---ttttctttctttttaagtaaattaacatt 138  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| || | ||| ||  ||||   ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  235970 tttatgtatattatacacaattatatgaaattaaa-atggtcaatgtctt-atgt-agttaacaacgtccattttctttctttt-aagtaa-ttagcatt 236064  T
Q  139 aacatatgttaattgca-tttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacct 237  Q
    ||| | ||||||||||  |||||||| ||||||||||| || ||||||   ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||| |    
T  236065 aacctttgttaattgctctttacaataattgaccatataaaattaaaaaggtcattaagatgagtcaacc--ttctatttgatagtagtgtgtgtgactt 236162  T
Q  238 ataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  236163 ataaatagactttaagtgatttgatcaa 236190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 265
Target Start/End: Original strand, 34859265 - 34859401
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgc-atttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtac 225  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||| |||||||  ||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||     
T  34859265 taaattagcattatcatatgttaattgctttttaaaaggattgaccatatgaaattaaaag-gtcactaagaagagtcaacaccttctatttgacagta- 34859362  T
Q  226 tgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
      ||| |||| |||||||||||||||  | ||||||||||    
T  34859363 -atgtatgacttataaatagaccttagctaatttgatcaa 34859401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 20975022 - 20974891
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcattt-acaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtac 225  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||     
T  20975022 taaattagcattaacgtatgttgattgctttttacaaagattgaccatatgaaattaaaaaggtcattaagacgagtcaacaccttctattcgacagta- 20974924  T
Q  226 tgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgattt 259  Q
      |||||||| ||||| ||||| |||||| ||||    
T  20974923 -atgtgtgacttataagtagacattaagtaattt 20974891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 156 - 265
Target Start/End: Original strand, 20975030 - 20975139
Alignment:
Q  156 tttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtg 255  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||   |  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||  || | | || ||||||||||| ||||||     
T  20975030 tttacaaatattgaccatatgaaattaaaaaggttgttaagttgagtcaacaccttctatttgatagtagcgtatataacttataaatagactttaagta 20975129  T
Q  256 atttgatcaa 265  Q
    |||| |||||    
T  20975130 atttaatcaa 20975139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 9 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 29673095 - 29672831
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  29673095 attcatatggtcaattgtgtacacatatggaaatgatctttatgtgtattaaacacaattatatgaagttaaaaatggtcaatgtcttcatattagtcaa 29672996  T
Q  104 acacgtttttctttc---tttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatga 200  Q
    ||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29672995 acacgtttttcttttctttttttaagtaaattagcattaacatatgttaattgcatttacaatgattgatcatatgaatttaaaagaatcactaagatga 29672896  T
Q  201 gtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29672895 gtcaacacattctatttgatagtagtgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 29672831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 265
Target Start/End: Original strand, 10567422 - 10567556
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtact 226  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  ||||   |||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  10567422 taaattagcattaacatgtgttaattgtttttat--tgattgaccatatgaaataaaagg--tcattaagatgagtcaacacattttatttgatagtagt 10567517  T
Q  227 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10567518 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 10567556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 265
Target Start/End: Original strand, 10570672 - 10570806
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtact 226  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  ||||   |||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  10570672 taaattagcattaacatgtgttaattgtttttat--tgattgaccatatgaaataaaagg--tcattaagatgagtcaacacattttatttgatagtagt 10570767  T
Q  227 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10570768 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 10570806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 74 - 205
Target Start/End: Original strand, 8546760 - 8546899
Alignment:
Q  74 aaagatgatcaatgtcttcatattagtcaaacacgtttttctttctttttaagtaaattaacatta--------acatatgttaattgcattt-acaatg 164  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||        ||||||||||||| | ||| ||||||    
T  8546760 aaagatggtcattgtcttcataatagtcaaacacgtttttctttctttt-aagtaaattagcattattgcattaacatatgttaattactttttacaatg 8546858  T
Q  165 attgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaa 205  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8546859 attgactatatgaatttaaaagagtcattaagatgagtcaa 8546899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 200 - 265
Target Start/End: Original strand, 20283695 - 20283760
Alignment:
Q  200 agtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20283695 agtcaacacattctatttgatagtagtgtgtgtgacttataaatagacattaagtgatttgatcaa 20283760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 80
Target Start/End: Original strand, 8546657 - 8546703
Alignment:
Q  34 aaatgatctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatg 80  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8546657 aaatggtctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatg 8546703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 213 - 264
Target Start/End: Original strand, 8547201 - 8547252
Alignment:
Q  213 tatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8547201 tatttgatagtagtgtgtgtggcttataaatagaccttaagtgatttaatca 8547252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 9 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 16860682 - 16860418
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16860682 attcatatggtcaattgtgtacacatatggaaatgatctttatgtgtattaaacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaa 16860583  T
Q  104 acacgtttttctttcttttt---aagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatga 200  Q
    |||||||||| ||| |||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16860582 acacgttttttttttttttttttaagtaaattagcattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcactaagatga 16860483  T
Q  201 gtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16860482 gttaacacattctatttgatagtagtgtgtgtgacctataaatagaccttaaatgatttgatcaa 16860418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 42 - 234
Target Start/End: Original strand, 19405912 - 19406101
Alignment:
Q  42 tttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaaacacgt---ttttctttctttttaagtaaattaacatt 138  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |   |||||||  ||||   ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  19405912 tttatgtatattatacacaattatatgaagttaaa-atggtcaatgtct--aatgtagtcaacaacgtccattttctttctttt-aagtaa-ttagcatt 19406006  T
Q  139 aacatatgttaattgca-tttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtga 234  Q
    ||| | | ||||||||  |||||||| ||||||||||| || ||||||   ||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||    
T  19406007 aacctttattaattgctctttacaataattgaccatataaaattaaaaaggtcattaaaatgagtca--actttctatttgatagtaatgtgtgtga 19406101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 156 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 26337948 - 26337844
Alignment:
Q  156 tttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtg 255  Q
    |||| |||||||||| ||||||| | ||||||  ||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26337948 tttataatgattgactatatgaaat-aaaagac-catcaagatgagtcaacacctcctatttgattgta--gtgtgtgacttataaatagactttaagtg 26337853  T
Q  256 atttgatca 264  Q
    |||||||||    
T  26337852 atttgatca 26337844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 190 - 264
Target Start/End: Original strand, 40772252 - 40772328
Alignment:
Q  190 cattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaat--agaccttaagtgatttgatca 264  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||| || |||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  40772252 cattatgatgagtcaacacctcctatttgattgtagtgtgtgtaacttataaatagagatcttaagtgatttgatca 40772328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 9 - 265
Target Start/End: Original strand, 38486135 - 38486398
Alignment:
Q  9 attcatatggtcaattgtgtac-----tggaaatgatctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  38486135 attcatatggtcaattgtgtacacatatggaaatgatctttatgcgtattaaacacaattatatgaagttaaatatggtcaatgtcttcatattagtcaa 38486234  T
Q  104 acacgtttttctttctttt--taagtaaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgag 201  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38486235 acacgtttttctttttttttttaagtaaattagcattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcactaagatgag 38486334  T
Q  202 tcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  38486335 tcaacacattctatttgatagtaatgtgtgtgacctataaatagatctcaagtgatttgatcaa 38486398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 127 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 5911344 - 5911211
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtact 226  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  ||||   |||||||||||||||| | ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5911344 taaattagcattaacatgtgttaattgtttttat--tgattgaccatatgaaataaaagg--tcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtagt 5911249  T
Q  227 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5911248 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 5911211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 127 - 264
Target Start/End: Original strand, 6751135 - 6751268
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtact 226  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  ||||   |||||||||||||||| | ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6751135 taaattagcattaacatgtgttaattgtttttat--tgattgaccatatgaaataaaagg--tcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtagt 6751230  T
Q  227 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6751231 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 6751268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 5918292 - 5918159
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtact 226  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  ||||   |||||||||||||||| | ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5918292 taaattagcattaacatgtgttaattgtttttat--tgattgaccatatgaaataaaagg--tcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtagt 5918197  T
Q  227 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5918196 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtaatttgatca 5918159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 127 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 35417510 - 35417376
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtact 226  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||  ||||   |||||||||||||||| | ||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35417510 taaattagcattaacatgtgttaattgtttttat--tgattgaccatatgaaataaatgg--tcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtagt 35417415  T
Q  227 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35417414 gtgtgtgatctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 35417376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 127 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 36100447 - 36100320
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcatttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtact 226  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||  ||||  | |||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  36100447 taaattagcattaatatgtgttaatt--atttttattgattgaccatatgaaataaaagg--tcattaagatgagtcaacacattctatttgatagta-- 36100354  T
Q  227 gtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttg 260  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36100353 gtgtgtgatctataaatagaccttaagtgatttg 36100320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 119 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 41194328 - 41194183
Alignment:
Q  119 tttttaagtaaattaacattaacatatgttaattgcattt-acaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctattt 217  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||| |||||||  |||||||||| |||||| || | ||||||    
T  41194328 ttttcaagtaaattaacattaagatatgttaattgctttttatcatgattgatcatatgaaattaaaagg-tcattaagattagtcaatacctcctattt 41194230  T
Q  218 gatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    |||   | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  41194229 gatgagagtgtgtgtgacttataaataaaccttaagtgatttgatca 41194183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 136 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 36361982 - 36361854
Alignment:
Q  136 attaacatatgttaattgcattt-acaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtga 234  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |  || ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||     
T  36361982 attaacatgtgttaattgcttttcattataattaaccatatgaaagtaaaaga-tcattaagatgagtcaacacttcctatttgatggtagtgtgtgtgg 36361884  T
Q  235 cctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    | |||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  36361883 cttataaatagatcttaagtaatttaatca 36361854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 164 - 265
Target Start/End: Original strand, 21593308 - 21593408
Alignment:
Q  164 gattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatc 263  Q
    ||||| ||||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  21593308 gattggccatatgaaattaaaatg-tcatttagatgagtcaacactttctatttgatagtagtgtgtatgacttataaatagaccttaagtaatttgatc 21593406  T
Q  264 aa 265  Q
    ||    
T  21593407 aa 21593408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 28968094 - 28967958
Alignment:
Q  127 taaattaacattaacatatgttaattgcattt-acaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtac 225  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||||||| || |||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  28968094 taaattagcattatcatatgttaattgctttttaaaaggattgaccatataaaattaaaagg-tcactaagatgagtcaacaccttctatttgatagta- 28967997  T
Q  226 tgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
      |||||||| ||||| |||| ||||| | ||||||||||    
T  28967996 -atgtgtgacttataagtagatcttaactaatttgatcaa 28967958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 156 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 47018861 - 47018754
Alignment:
Q  156 tttacaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtg 255  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||  | | ||||||| |||||||||    
T  47018861 tttacaataattgaccatataaaattaaaaagatcattaagatgagtcaacc--ttctatttgatagtagtgtgtgtatcttttaaataggccttaagtg 47018764  T
Q  256 atttgatcaa 265  Q
    ||||||||||    
T  47018763 atttgatcaa 47018754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 39510624 - 39510521
Alignment:
Q  32 ggaaatgatctttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtcttcatattagtcaaacacgtttttctttctttttaagtaaat 131  Q
    ||||||| || | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  39510624 ggaaatggtcatcatgtatattatacacaattatataaagttaaagatggtcaatgtcttcattttag--aaaca-ttttttctttc-ttttaagtaaat 39510529  T
Q  132 taacatta 139  Q
    || |||||    
T  39510528 tagcatta 39510521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 264
Target Start/End: Original strand, 24189507 - 24189581
Alignment:
Q  190 cattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacctataaatagaccttaagtgatttgatca 264  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||| || ||| |||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||    
T  24189507 cattatgatgagtcaacatatcctatttaattgtattgtgtgtgacttgtaaatagactttaattgatttgatca 24189581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 47018989 - 47018942
Alignment:
Q  42 tttatgtgtattatacacaattatatgaagttaaagatgatcaatgtct 90  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  47018989 tttatgtatattatacacaattatatgaaattaaa-atggtcaatgtct 47018942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 139 - 265
Target Start/End: Original strand, 20471371 - 20471493
Alignment:
Q  139 aacatatgttaattgcattt-acaatgattgaccatatgaatttaaaagaatcattaagatgagtcaacacattctatttgatagtactgtgtgtgacct 237  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||   |||||||| |    
T  20471371 aacatatgttaattgctttttataatgattgaccaaatgaaattaaaaga-tcattaagatgagt-aatactttctatttgatagta---tgtgtgactt 20471465  T
Q  238 ataaatagaccttaagtgatttgatcaa 265  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||    
T  20471466 ataagtagaccttaagtaatttaatcaa 20471493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1668 times since January 2019
Visitors: 2195