View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0157-INSERTION-2 (Length: 692)

Name: NF0157-INSERTION-2
Description: NF0157
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0157-INSERTION-2
NF0157-INSERTION-2
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (7-685)||(34320306-34320985)
chr8 (24-646)||(34329231-34329853)
chr8 (508-582)||(34333815-34333889)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (24-646)||(36632686-36633294)
chr5 (24-614)||(36627146-36627727)
chr5 (280-646)||(36621886-36622252)
chr5 (27-208)||(36622306-36622487)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 685
Target Start/End: Original strand, 34320306 - 34320985
Alignment:
Q  7 accccacagataaaatattgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgttt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320306 accccacagataaaatattgaaccctttgtttcccgacaaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgttt 34320405  T
Q  107 cgcatgtggaggaatggcgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320406 cgcatgtggaggaatggcgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaa 34320505  T
Q  207 aaattacaagaagaagaagaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320506 aaattacaagaagaagaagaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttctgtttttccacaaagggatttaactattt 34320605  T
Q  307 tcccagaacttgtgttaacgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctag 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34320606 tcccagaacttgtgttaacgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatggcaacttctag 34320705  T
Q  407 ttctatgcattcacctccatcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttattt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320706 ttctatgcattcacctccatcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttattt 34320805  T
Q  507 agcatgggtgtagatcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaagg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320806 agcatgggtgtagatcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgtaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaagg 34320905  T
Q  607 aaatggaattacatgagttggtatccaaaataaaagaa-ggttatcgcagtttgatgactttattccagaaacatttgga 685  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  34320906 aaatggaattacatgagttggtatccaaaataaaagaagggttatcgcagtttggtgactttattccggaaacatttgga 34320985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 24 - 646
Target Start/End: Original strand, 34329231 - 34329853
Alignment:
Q  24 ttgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 123  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34329231 ttgaaccctttgttcccggatgaattgcaatggaaagaaatggattggagtgaaactttaatagccattcaaatcaactgttttgcatgtggaggaatgg 34329330  T
Q  124 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattac---aagaaga 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||   ||||| |    
T  34329331 cgataagtgtttgcatgagtcacaaaattggtgatggttcgacacttttcaacttcatgaatgattggtccattatcaacgaaaatttaccaaaagaaaa 34329430  T
Q  221 agaagaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtg 320  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||     
T  34329431 agaaggagaaaaagggttattagaattaccctttcatttccttgatggaggagcttcaatgtttccacaaagagatttacctatttttcaagaacttgtt 34329530  T
Q  321 ttaacgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcac 420  Q
     | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  ||||||       
T  34329531 cttaagagagaaaacaatgtggtgtgtaaaagatttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaagaaaatggcaacttctagttcggtgcatt--- 34329627  T
Q  421 ctccatcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtaga 520  Q
    ||||  ||||||||||||  || |||||||||||||| ||  |  | |||||| ||| ||||||||||||| ||||  | || ||||| |||| ||| ||    
T  34329628 ctcccacacgtgtacaagttgtgactgcatggatttacaaatgcacggtttcaataacgggattaaatttcaagacatcattgtttagtatggctgttga 34329727  T
Q  521 tcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatggaattacat 620  Q
    | |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |     
T  34329728 ttttcgcaaaagaatggttcctccgttgtctgaaaaatgtgtagggaacatattttggttctcgtctatgtttgcagataagaaggaaatggaactaaag 34329827  T
Q  621 gagttggtatccaaaataaaagaagg 646  Q
    || ||||||| |||||||||||||||    
T  34329828 gatttggtatgcaaaataaaagaagg 34329853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 508 - 582
Target Start/End: Original strand, 34333815 - 34333889
Alignment:
Q  508 gcatgggtgtagatcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttct 582  Q
    |||||| ||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||| || |||||||    
T  34333815 gcatggctgtggatcttcgtagaagaatggttcctccattgtctgataagtctgtaggaaacatagtatggttct 34333889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 5e-98; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 24 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 36633294 - 36632686
Alignment:
Q  24 ttgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 123  Q
    |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  36633294 ttgaaccctttgttccctgatgaattacaatggaaagacatggattggagtgcaagttttatagccattcaaataaactgctttgcatgtggaggaatgg 36633195  T
Q  124 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattacaagaagaaga 223  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||     || ||||| |     
T  36633194 ctataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcttcaaccgttttcaacttcatgaatgattgggccactatcaaccaaa-----caggaagatgg 36633100  T
Q  224 agaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgtta 323  Q
    | ||||      ||||||||||| ||| ||   ||||||||||| ||||||     |||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| |  |    
T  36633099 aaaaga------gttattagtatcacccttaagtttacttgatgcaggagcaataatttttccacaaagggatttgcctgttttcccagagattgcggga 36633006  T
Q  324 acgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcacctc 423  Q
    | |||| |||||||||| || | |||||||||| | ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||  ||||||||   ||    
T  36633005 aagagagaaaacaatgtcgtatttaaaaggtttttttttcaacctgcaatgatcaaatctcttaaggcaatggtaacttctagtttcatgcattc---tc 36632909  T
Q  424 catcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatct 523  Q
    |  ||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||| |||| ||||    
T  36632908 ccacacatgtacaagttgtaactgcatggatttacaagcatacagtttcaataatggggttaaatttccaaacggcgtcgttttgcatggctgtaaatct 36632809  T
Q  524 tcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatggaattacatgag 623  Q
    | | |||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||    |||| |||| | ||| ||||||||||||||||  || |||||    
T  36632808 tagaaaaagaatggatcctccattgtcggaaaaatgtgcagggaacatagtttgcaattcgtatatgttggcaaataagaaggaaatggagctagatgag 36632709  T
Q  624 ttggtatccaaaataaaagaagg 646  Q
    ||||| | |||||||||||||||    
T  36632708 ttggtctgcaaaataaaagaagg 36632686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 24 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 36627727 - 36627146
Alignment:
Q  24 ttgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 123  Q
    |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  | ||| |||||  ||||||| || || ||  |||||||||||||||    
T  36627727 ttgaaccctttgttccctgatgaattacaatggaaagaaatggattggagagcaagttttatagccattcaaataaattggtttacatgtggaggaatgg 36627628  T
Q  124 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattacaagaagaaga 223  Q
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||  |      ||| ||    
T  36627627 taataagtatttgcatgactcacaaaattggtgatgcttcaaccattttcaaattcatgaatgattgggccattatcaaccaaaagat------agagga 36627534  T
Q  224 agaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgtta 323  Q
    |||  | |||| ||||||||||| ||| ||   ||||||||||| ||| ||  |  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| | ||| ||    
T  36627533 agataaaaaagagttattagtatcacccttgagtttacttgatgcaggggcaacaatttttccacaaagggatttgcctatcttcccagaaatggtgata 36627434  T
Q  324 acgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcacctc 423  Q
    | || | |||||||||| || | |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||   |||    
T  36627433 aagaaagaaaacaatgtcgtatttaaaaggtttgtttttcaacctgcaatgattaagtctcttaaggcaatggtgacttctagttccatgcatt---ctc 36627337  T
Q  424 catcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatct 523  Q
    |  | |  |||||||  ||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||    
T  36627336 ccacgcaagtacaagttgtaactgcatggatttacaagcatgccgtttcaataatggggttaaatttccagacggcaatgtttagcatgattgtcgatct 36627237  T
Q  524 tcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatggaa 614  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||||  ||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  36627236 tcgtagaagaatggttcctccattgtctgaacattgtgtagggaacatattttggttttcgtctatgttggcaaataagaaggaaatggaa 36627146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 280 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 36622252 - 36621886
Alignment:
Q  280 tttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgttaacgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaa 379  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||| | || |||||||||||| ||||||||  | ||||||||    
T  36622252 tttttccacaaagggatttacctattttcccagaaaatgtgttaaagagagaaaacaatgttgagtttaaaaggtttgtttttcaacctgcgatgatcaa 36622153  T
Q  380 gtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcacctccatcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatg 479  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||| |||| ||   ||||  |||| || ||||  |||| |||||||||||| |||| ||| || ||| |||||    
T  36622152 gtctcttaaggcaatggtaacttctagttccatgcctt---ctcccacacgcgtgcaagttgtaattgcatggatttacaagcatgctgtatcaataatg 36622056  T
Q  480 ggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggt 579  Q
    || |||||||||||||||||||  |||  ||||| |||  |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||| |||||  ||||||    
T  36622055 gggttaaatttccagacggcttcgttttacatggttgtgaatctacgcaaaagaatggttcctccgttgtctgaaaaatgtgtagggaacatactttggt 36621956  T
Q  580 tctcgtctatg--gttg-cagataagaaggaaatggaattacatgagttggtatccaaaataaaagaagg 646  Q
    | |||||||||  | || || |||||||||||||| || || | |||||||||| |||||||||||||||    
T  36621955 tttcgtctatgatgatgacaaataagaaggaaatgaaactagaagagttggtatgcaaaataaaagaagg 36621886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36622487 - 36622306
Alignment:
Q  27 aaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatggcga 126  Q
    ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  | ||| |||||  ||||| | || || || ||||| ||||||||||  |    
T  36622487 aaccctttgttccctgatgaattacaatggaaagaaatggattggagagcgagttttatagccattcaagtaaattggtttgcatgcggaggaatggtaa 36622388  T
Q  127 taagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaa 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  36622387 taagtatttgcattagtcacaaaattggtgatgctgcaaccattttcaacttcatgaatgattgggccattatctaccaaaa 36622306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 622 times since January 2019
Visitors: 2233