View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0158_low_1 (Length: 991)

Name: NF0158_low_1
Description: NF0158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0158_low_1
NF0158_low_1
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (23-908)||(40986495-40987380)
chr1 (23-475)||(31462867-31463319)
chr1 (25-569)||(40994651-40995192)
chr1 (23-457)||(31462411-31462847)
chr1 (23-334)||(31476697-31477009)
chr1 (23-373)||(31477013-31477355)
chr1 (685-731)||(40994498-40994544)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (61-569)||(21179648-21180153)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 814; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 814; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 40987380 - 40986495
Alignment:
Q  23 tcatcaaaaattggattgcacaattcactggccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcgaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaacgttg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40987380 tcatcaaaaattggattgcacaattcactagccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaacgttg 40987281  T
Q  123 tgttgctttcgtaacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgttc 222  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40987280 tgttgctttcgtgacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgttc 40987181  T
Q  223 caattgccaacacatgtttatcaactcggatcgtcgctcaaatcactaaaattgtattcatgtagttttcatatgctgaatattcttaactttggtgcac 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  40987180 caattgccaacacatgtttatcaactcggatcgttgctcaaatcactaaaattgtattcatgcagttttgatatgccggatattcttaactttggtgcac 40987081  T
Q  323 tcaaagacgtttctttgggttggattgaagttcccatgaatactctcaaaacgttgttatcaacttgcaggactattgagaatttgagtttgaagaggtg 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40987080 tcaaagacgtttctttgggttggattgaagttcccatgaatactctcaaaacgttgttatcaacttgcaagactattgagaatttgagtttgaagaggtg 40986981  T
Q  423 ttggaatttggtggactttgatttaaaagatattgtacaacttgggttaaaaagattggtgctaaacaagtgtgatacacggtgtatcaaattagatgca 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40986980 ttggaatttggtggactttgatttaaaagatattgtacaacttgggttaaaaagaatggtgctaaacaagtgtgatacacagtgtatcaaattagatgca 40986881  T
Q  523 ccaaatcttaaattcttcaagtattctggggatgtgtttacttcagagatatgtgtaagtccaaatgttatagaagaggtagacattggtttttccacag 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40986880 ccaaatcttaaattcttcaagtattctggggatgtgtttacttcagagatatgtgtaagtccaaatgttatagaataggtagacattggtttttccacag 40986781  T
Q  623 aaccaaaattctataaacttcatgccaatggactatgtcaaatactgattgatttcaaagatgctaagattctaacagtttgcagctatctactccaggt 722  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40986780 aaccaaaattttataaacttcatgccaatggactatgtcaaatactgattgatttcaaagatgctaagattctaacagtttgcagctatctactccaggt 40986681  T
Q  723 acacttttattcatttagttgacatccaatttgtgattatagattaattttacattgatatttgttattatgtttatttctaaacattttgtcttttgtt 822  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40986680 acaattttattcatttagttgacatccaatttgtgattatagattaattttacattgatatttgttattgtgtttatttctaaacattttgtcttttgtt 40986581  T
Q  823 atacacaaaaaggttgctccatccgcacgtgacctagtaacagtgagtacaaaaacttatttgaatgtaagacatttgattctaaa 908  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40986580 atgcacaaaaaggttgctccatccgcaggtgacctagtaacagtgagtgcaaaaacttatttgaatgtaagacatttgattctaaa 40986495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 23 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 31463319 - 31462867
Alignment:
Q  23 tcatcaaaaattggattgcacaattcactggccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcgaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaacgttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||  || ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  31463319 tcatcacaaattggattgcacacttgtctagccgtcgcattaacaaattttctctcatggtttcaaaccctcaaatttgtggggaaacaattgaacattg 31463220  T
Q  123 tgttgctttcgtaacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgttc 222  Q
    |||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |  |||| ||||||||||||||||||| | ||||     
T  31463219 tgttgctttcgcgatacaacgcggtgtgaaagatttaactcttgatttctctgatcctaaatgggactagaacgatttggatgataaacatgtgttgttt 31463120  T
Q  223 caattgccaacacatgtttatcaactcggatcgtcgctcaaatcactaaaattgtattcatgtagttttcatatgctgaatattcttaactttggtgcac 322  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||| ||   |  ||  |||| || |||||||||||||||  |||| |||||||  || || |||||||||||||||    
T  31463119 caattgtcaatgcatgtttatcaactcagactattccttgaatctctgaaattgtattcatgtgattttgatatgctagatttttttaactttggtgcac 31463020  T
Q  323 tcaaagacgtttctttgggttggattgaagttcccatgaatactctcaaaacgttgttatcaacttgcaggactattgagaatttgagtttgaagaggtg 422  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  31463019 tcaaaaacgtttctttgggttggattgaagttcacatcgatactctcaaaactttgttatcaacttgtaagactattgagagtttgagtcttaagaggtg 31462920  T
Q  423 ttggaatttggtggactttgatttaaaagatattgtacaacttgggttaaaaa 475  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||    
T  31462919 ttggaatttagtggactttgatttgaaagaaattgtacgactgggattaaaaa 31462867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 25 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 40995192 - 40994651
Alignment:
Q  25 atcaaaaattggattgcacaattcactggccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcgaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaacgttgtg 124  Q
    |||| |||||||||||| || |||||| ||| |   || |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  40995192 atcacaaattggattgcgcagttcactagccatgacatcaacaagttttctctcacgatttcaaaccctcaaacttgtggggaaacaattgaaggttgtg 40995093  T
Q  125 ttgctttcgtaacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgttcca 224  Q
    ||||||| |  ||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||| || ||| | || ||  ||||||||  |||||||||| |||||||    
T  40995092 ttgcttttgcgacacaacagggcgtgaaagatttaacatttgatttctctgatcctaagtgggaagacaacaatttggattgtaaacatgcgttgttcca 40994993  T
Q  225 attgccaacacatgtttatcaactcggatcgtcgctcaaatcactaaaattgtattcatgtagttttcatatgctgaatattcttaactttggtgcactc 324  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||| |||||||| |||||||    
T  40994992 attgccaacgcaggtttatcaactcggatcatcacttgaatcacttaaattgtattcatgtggttttgatatgcaaaatcttcataactttgttgcactc 40994893  T
Q  325 aaagacgtttctttgggttggattgaagttcccatgaatactctcaaaacgttgttatcaacttgcaggactattgagaatttgagtttgaagaggtgtt 424  Q
    |||||  | |||||||||||||||||||||   || || ||||||||||  |||||||||||||| || || ||||| ||||||||| |  |||  ||||    
T  40994892 aaagatttgtctttgggttggattgaagttgaaatcaaaactctcaaaaaattgttatcaacttgtagaacgattgataatttgagtcttgagaaatgtt 40994793  T
Q  425 ggaatttggtggactttgatttaaaagatattgtacaacttgggttaaaaagattggtgctaaacaagtgtgatacacggtgtatcaaattagatgcacc 524  Q
     ||||||||   ||||||||||   |||   || || |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |   || | ||| |||  |||||||    
T  40994792 tgaatttggcaaactttgatttgggaga---tgaaccacttggattaacaagattggtggtaaacaagtgtgatgctgagtatttcatatttaatgcacc 40994696  T
Q  525 aaatcttaaattcttcaagtattctggggatgtgtttacttcaga 569  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  40994695 aaatcttaaatacttcaaatattctggggctgtgtttacttcaga 40994651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 457
Target Start/End: Original strand, 31462411 - 31462847
Alignment:
Q  23 tcatcaaaaattggattgcacaattcactggccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcgaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaacgttg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||| | |||| ||||| | ||||||||  ||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||     
T  31462411 tcatcacaaattggattgcacactacactagccgttgcattaacaaaatttctctcacgattttgaaccctcaaacttgtggagaaacaatcgaatgttt 31462510  T
Q  123 tgttgctttcgtaacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgttc 222  Q
    ||||||||||| ||  ||||| |||  | || |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||   ||     
T  31462511 tgttgctttcgcaatgcaacgaggtacgcaatatttaactcttgatttctatgatcctaaatggtatgagaacaatttggatgataaacatgcgtaattt 31462610  T
Q  223 caattgccaacacatgtttatcaactcggatcgtcgctcaaatcactaaaattgtattcatgtagttttcatatgctgaatattcttaactttggtgcac 322  Q
    |||||  |||||||| |||||||||| ||||| | |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | | || ||||||||||| ||||||    
T  31462611 caattttcaacacatttttatcaactaggatcattgcttgaatcactaaaattgtattcatgtggttttgatattccgcattttcttaactttagtgcac 31462710  T
Q  323 tcaaagacgtttctttg--ggttggattgaagttcccatgaatactctcaaaacgttgttatcaacttgcaggactattgagaatttgagtttgaagagg 420  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||| |||  || |||  ||||| || ||||||  ||| | |||||| |||| ||||||| | | ||||    
T  31462711 tcaaagacgtttctttgatttttggattgaagttcacatcgatgctcctaaaactttattatcactttgtaagactatcgagagtttgagtctaacgagg 31462810  T
Q  421 tgttggaatttggtggactttgatttaaaagatattg 457  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  31462811 tgttgaaatttggtggactttgatttggaagatattg 31462847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Original strand, 31476697 - 31477009
Alignment:
Q  23 tcatcaaaaattggattgcacaattcactggccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcgaaccctcaaacttgtggggaaacaa-tcgaacgtt 121  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||  |||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  31476697 tcatcacaaattggattgcacacttcactggccgtcacattaaaaaaatttctctcacggttttgaacactcaaacttgcggggaaacaaatcgaatgtt 31476796  T
Q  122 gtgttgctttcgtaacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgtt 221  Q
     |||||||||||| |||||||| ||| || |||||| |||| ||||||||||| || | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||    
T  31476797 ttgttgctttcgtgacacaacgaggtatggaagattaaacttttgatttctctgattctaaatggtatgataatgatttggatgataaacatgcgttatt 31476896  T
Q  222 ccaattgccaacacatgtttatcaactcggatcgtcgctcaaatcactaaaattgtattcatgtagttttcatatgctgaatattcttaactttggtgca 321  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||| | |||  ||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||  ||| |||||| ||||  ||||    
T  31476897 ccaattgacaacacatgtttattaactaggatcattgcttcaatcactgaaattgtattcatgtggtttggatatgccaaattttcttatctttactgca 31476996  T
Q  322 ctcaaagacgttt 334  Q
    || ||||| ||||    
T  31476997 cttaaagaagttt 31477009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 23 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 31477355 - 31477013
Alignment:
Q  23 tcatcaaaaattggattgcacaattcactggccgtcgaattaacaagttttctctcactgtttcgaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaacgttg 122  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||| || |||  |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  31477355 tcatcacaaattggatcgcacacttcactagctgtcatattaacaaattttccctcatggtttcgaaccctcaaacttgttgggaaacaatcgaacgtta 31477256  T
Q  123 tgttgctttcgtaacacaacggggtgtgaaagatttaactcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgttc 222  Q
    |||||||||||  | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |   ||| |||||||||        |||| |||||    
T  31477255 tgttgctttcgcgatacaacgctgtgtgaaagatttaactcttgatttctcaaatcctaaataggactcgaacgatttggat--------tgcgttgttc 31477164  T
Q  223 caattgccaacacatgtttatcaactcggatcgtcgctcaaatcactaaaattgtattcatgtagttttcatatgctgaatattcttaactttggtgcac 322  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||  |   |  ||||||||||| ||||||||| |||||  |||| ||||||   || ||||||||||| ||||||    
T  31477163 caattgccaatgcatgtttatcaactcaaactattcctcaaatcactgaaattgtatgcatgtgattttgatatgccagattttcttaacttttgtgcac 31477064  T
Q  323 tcaaagacgtttctttgggttggattgaagttcccatgaatactctcaaaa 373  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||    
T  31477063 tcaaagacgtttctttaggttggattgaagttcacatcgatactctcaaaa 31477013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 685 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 40994544 - 40994498
Alignment:
Q  685 gctaagattctaacagtttgcagctatctactccaggtacactttta 731  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  40994544 gctaagattctaacagtttgcagttatctactccaggtactctttta 40994498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 159; Significance: 4e-84; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 61 - 569
Target Start/End: Original strand, 21179648 - 21180153
Alignment:
Q  61 attaacaagttttctctcactgtttcgaaccctcaaacttgtggggaaacaatcgaacgttgtgttgctttcgtaacacaacggggtgtgaaagatttaa 160  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||   | ||||||||| |||||||| ||||    
T  21179648 attaacaggttttctctcacggtttcgaatcctcaaacttgtggggaaacaattgagcgttgtgttgctttcacgatacaacggggagtgaaagagttaa 21179747  T
Q  161 ctcttgatttctctaatcccaaatggaatgagaatgatttggatgataaacatgcgctgttccaattgccaacacatgtttatcaactcggatcgtcgct 260  Q
     |||||||||| |  |||| |||||| | || |||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  21179748 ttcttgatttcccggatccaaaatgggaagataatgattttgatggtaaacatgcgttgtttcaattgccaacgcatgtttatcaactcggattgtcgct 21179847  T
Q  261 caaatcactaaaattgtattcatgtagttttcatatgctgaatattcttaactttggtgcactcaaagacgtttctttgggttggattgaagttcccatg 360  Q
      ||||||||||| ||||||| ||| ||||  ||  ||   || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||   ||     
T  21179848 tgaatcactaaaactgtattcttgtggtttcgatgcgcaagattttcttaactttggtgcactcaaagacttatctttgggttggattgaagttaaaatc 21179947  T
Q  361 aatactctcaaaacgttgttatcaacttgcaggactattgagaatttgagtttgaagaggtgttggaatttggtggactttgatttaaaagatattgtac 460  Q
    || || || ||||  |||||||||| ||| ||||| ||||| | ||||| | | ||||  || |||||||||| | ||||||||||   |||   || ||    
T  21179948 aaaaccctaaaaaaattgttatcaatttgtaggacgattgaaagtttgaatcttaagaaatgctggaatttggcgaactttgatttgggaga---tgaac 21180044  T
Q  461 aacttgggttaaaaagattggtgctaaacaagtgtgatacacggtgtatcaaattagatgcaccaaatcttaaattcttcaagtattctggggatgtgtt 560  Q
     |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |   || | ||| |||  ||||||||||||| |||| |||||| |||||||| | ||||||    
T  21180045 cacttggattaacaagattggtggtaaacaagtgtgattctgagtatttcatatttaatgcaccaaatctgaaatacttcaaatattctggagttgtgtt 21180144  T
Q  561 tacttcaga 569  Q
    |||||||||    
T  21180145 tacttcaga 21180153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 726 times since January 2019
Visitors: 2236