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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0158_low_5 (Length: 475)
Name: NF0158_low_5
Description: NF0158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0158_low_5 |
 | |
|
| [»] scaffold0038 (5 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0019 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 28227236 - 28227614
Alignment:
| Q |
1 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatact |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28227236 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggccaccaaatcaatcctaggtaccgtagttcactcatgttttacattcttacatatgtcatact |
28227335 |
T |
|
| Q |
101 |
tctttaatattctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaat |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28227336 |
tctttaatattctattttctaactatttcatctcactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaa-ttacttgtatgtcaaaacaat |
28227434 |
T |
|
| Q |
201 |
atttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatg |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28227435 |
atttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatgattgtgaatttgtgatgcatttactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatg |
28227533 |
T |
|
| Q |
301 |
agtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctg |
381 |
Q |
| |
|
| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
28227534 |
aatgcgagtttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgattaccctg |
28227614 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Original strand, 28181400 - 28181772
Alignment:
| Q |
1 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatact |
100 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| || ||| | |
|
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| T |
28181400 |
ggaagattgctcttactcaaactgctaacttctctggccaccaaatcaatcctaggtaccgtagtgcactcatgttttacattcaaacataggtgatatt |
28181499 |
T |
|
| Q |
101 |
tctttaatattctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaat |
200 |
Q |
| |
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|||| ||| |||||||||| |||||||| |||| | || |||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
28181500 |
tcttgaatgttctattttcgaactgttttatcttatagttgaaataggtaatattaattttattcttaacaagtgtaaggtacttgtatgtcaaatcaat |
28181599 |
T |
|
| Q |
201 |
atttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcattta-ctcaaacttatttgattgggtaggaatggctat |
299 |
Q |
| |
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| T |
28181600 |
atttgaattgtatt-atacaactattattaa-aaattgatgtggttgagcatttatgatgtattttgctcaaacttatttgattgggtaggaatggatat |
28181697 |
T |
|
| Q |
300 |
gagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgat |
374 |
Q |
| |
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|| | |||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
28181698 |
gaatatgagtttatcgaaaagatagtcaaatacgtttccaaaaagatcaattgtgttcctttatatgttgccgat |
28181772 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 28325763 - 28326140
Alignment:
| Q |
1 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatact |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||| |||| | ||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| | |
|
|
| T |
28325763 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctcaggccaccatttcagtcctgggtaacctacttaactaatgttttgtgttcttacatat---atatt |
28325859 |
T |
|
| Q |
101 |
tctttaatattctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| | ||||||| || || |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28325860 |
tctttaattttctattttctaaccgattcatcttacagttgaaattggaaatattaattttattcttaacaagtgtaagttacttgtatgtcaaaacaat |
28325959 |
T |
|
| Q |
201 |
atttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28325960 |
atttgaattgtattcatacaacagttatcaacacattgatgttattgtgaatttgcgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatg |
28326059 |
T |
|
| Q |
301 |
agtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctg |
381 |
Q |
| |
|
| | |||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||| | |||||||||| ||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
28326060 |
aatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcctttatatgttgcggattaccctg |
28326140 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 195 - 370
Target Start/End: Original strand, 28185869 - 28186044
Alignment:
| Q |
195 |
aacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatg |
294 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
28185869 |
aacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatgtggctgtgaatttgtgatgcacttaatcaaacttattttattgggtaggaatg |
28185968 |
T |
|
| Q |
295 |
gctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgc |
370 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
28185969 |
gctatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgc |
28186044 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 28297606 - 28297262
Alignment:
| Q |
9 |
gctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatacttctttaat |
108 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
28297606 |
gctcttactcaaactgctaacttctctggccaccatttcaatcctaggtaccccacttcactcatgttttgcattctta------------------aat |
28297525 |
T |
|
| Q |
109 |
attctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaatatttgaat |
208 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| |||||||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
28297524 |
attctattttccaaccgtttcatcatattgtttaaatagaaaatattatttctattcttaacaagtgaaagttattt-tatgtcaaaacaatatttgatt |
28297426 |
T |
|
| Q |
209 |
tgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgag |
308 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| || | || ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||| |
|
|
| T |
28297425 |
tgtattcatacaaccat-------acatggatcttattgtatatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgag |
28297333 |
T |
|
| Q |
309 |
tttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccc |
379 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28297332 |
tttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaatcgtgttcctttatatgttgccgattaccc |
28297262 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 379
Target Start/End: Original strand, 28514467 - 28514811
Alignment:
| Q |
9 |
gctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatacttctttaat |
108 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |
|
|
| T |
28514467 |
gctcttactcaaactgctaacttctctggccaccatttcaatcctaggtaccccacttcactcatgttttgcattctta------------------aat |
28514548 |
T |
|
| Q |
109 |
attctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaatatttgaat |
208 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| |||||||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
28514549 |
attctattttccaaccgtttcatcatattgtttaaatagaaaatattatttctattcttaacaagtgaaagttattt-tatgtcaaaacaatatttgatt |
28514647 |
T |
|
| Q |
209 |
tgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgag |
308 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| || | || ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||| |
|
|
| T |
28514648 |
tgtattcatacaaccat-------acatggatcttattgtatatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgag |
28514740 |
T |
|
| Q |
309 |
tttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccc |
379 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28514741 |
tttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaatcgtgttcctttatatgttgccgattaccc |
28514811 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 192
Target Start/End: Original strand, 28185660 - 28185846
Alignment:
| Q |
9 |
gctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatccta---ggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatacttcttt |
105 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
28185660 |
gctcttactcaaactgctaacttctctggccaccatttcaatcctgctgggtaccccacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatatctcttt |
28185759 |
T |
|
| Q |
106 |
aatattctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtc |
192 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28185760 |
aatattctattatcttactgtttcatcttacggtttaaatagaatatattctttttattcttaacaagtgtaagttacttgtatgtc |
28185846 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 381
Target Start/End: Original strand, 28243098 - 28243457
Alignment:
| Q |
9 |
gctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgt--------catact |
100 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||| | |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| | || | | |
|
|
| T |
28243098 |
gctctaactcaaacagctaacttctctggccaccatttcagttctaggtacaccacttaactcatgtttagcattcttacatagttacatataacacatt |
28243197 |
T |
|
| Q |
101 |
tctttaatattctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| ||||||| || || |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
28243198 |
tctttaattttctattttctaaccaattcatcttacagttgaaatagaaaatattaaatttattcttaacaagtgtaagttacttgtatg-caaaacaat |
28243296 |
T |
|
| Q |
201 |
atttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28243297 |
atttgaattgtatttatacaactattatcaata--------------------tatgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatg |
28243376 |
T |
|
| Q |
301 |
agtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctg |
381 |
Q |
| |
|
| | |||||||| ||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||| ||||||| || ||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
28243377 |
aatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgttcctctatatgttgctgattaccctg |
28243457 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 172 - 381
Target Start/End: Original strand, 28235022 - 28235227
Alignment:
| Q |
172 |
agtttaagttacttgtttgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaa |
271 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| | ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||| || | |
|
|
| T |
28235022 |
agtttaaggtacttgtatatcaaacgaaaatttgaattgttattatacaattattattaatacaacgatgtgactg--aatttgtgatgcattaaccaag |
28235119 |
T |
|
| Q |
272 |
acttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgcc |
371 |
Q |
| |
|
||||||||| || |||||||||| ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
28235120 |
acttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgcc |
28235217 |
T |
|
| Q |
372 |
gataaccctg |
381 |
Q |
| |
|
||| |||||| |
|
|
| T |
28235218 |
gattaccctg |
28235227 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 28098082 - 28097975
Alignment:
| Q |
262 |
atttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttat-cgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctt |
360 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| || |||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| | || |
|
|
| T |
28098082 |
atttactcaaacttatcttattggccaggaatggatatgaattcgagtttattcgggaa-atagtcaaatatgtatccaacaaattgaatcatgtccttt |
28097984 |
T |
|
| Q |
361 |
tacatgttg |
369 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
28097983 |
tacatgttg |
28097975 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 28098258 - 28098188
Alignment:
| Q |
1 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactc |
71 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||| | |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28098258 |
ggaagatggctcttaaccaagcagctaacttgtccggccaccatttcaatcctaggtaccatacttcactc |
28098188 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 379
Target Start/End: Original strand, 28140084 - 28140195
Alignment:
| Q |
268 |
tcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgt |
367 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||| ||| | ||||| |||||||| |||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
28140084 |
tcaaacttattttattggttaggaatgaatatgagtatgagattattacaaagatagttaaagaagtatcgaacaagataaatcgtactcctttacatgt |
28140183 |
T |
|
| Q |
368 |
tgccgataaccc |
379 |
Q |
| |
|
||| ||| |||| |
|
|
| T |
28140184 |
tgcggattaccc |
28140195 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Original strand, 28234849 - 28234900
Alignment:
| Q |
1 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcc |
52 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
28234849 |
ggaagatggctcttactcaaacatctaacttttctggccaccatttcaatcc |
28234900 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 5)
Name: scaffold0038
Description:
Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 27734 - 28112
Alignment:
| Q |
1 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatact |
100 |
Q |
| |
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| T |
27734 |
ggaagattgctcttactcaaactgctaacttctctggccaccaaatcaatcctaggtaccgtagttcactcatgttttacattcttacatatgtcatact |
27833 |
T |
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| Q |
101 |
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200 |
Q |
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| T |
27834 |
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27932 |
T |
|
| Q |
201 |
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300 |
Q |
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| T |
27933 |
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28031 |
T |
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381 |
Q |
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| T |
28032 |
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28112 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 117078 - 117455
Alignment:
| Q |
1 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctctggctaccacttcaatcctaggtaccgtacttcactcatgttttacattcttacatatgtcatact |
100 |
Q |
| |
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| T |
117078 |
ggaagatggctcttactcaaactgctaacttctcaggccaccatttcagtcctgggtaacctacttaactaatgttttgtgttcttacatat---atatt |
117174 |
T |
|
| Q |
101 |
tctttaatattctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaat |
200 |
Q |
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| T |
117175 |
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117274 |
T |
|
| Q |
201 |
atttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatg |
300 |
Q |
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| T |
117275 |
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117374 |
T |
|
| Q |
301 |
agtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctg |
381 |
Q |
| |
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| | |||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||| | |||||||||| ||||||| ||| |||||| |
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| T |
117375 |
aatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcctttatatgttgcggattaccctg |
117455 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 381
Target Start/End: Original strand, 43260 - 43619
Alignment:
| Q |
9 |
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100 |
Q |
| |
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||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||| | |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| | || | | |
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| T |
43260 |
gctctaactcaaacagctaacttctctggccaccatttcagttctaggtacaccacttaactcatgtttagcattcttacatagttacatataacacatt |
43359 |
T |
|
| Q |
101 |
tctttaatattctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaat |
200 |
Q |
| |
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| T |
43360 |
tctttaattttctattttctaaccaattcatcttacagttgaaatagaaaatattaaatttattcttaacaagtgtaagttacttgtatg-caaaacaat |
43458 |
T |
|
| Q |
201 |
atttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatg |
300 |
Q |
| |
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| T |
43459 |
atttgaattgtatttatacaactattatcaata--------------------tatgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatg |
43538 |
T |
|
| Q |
301 |
agtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctg |
381 |
Q |
| |
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| | |||||||| ||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||| ||||||| || ||||||| ||| |||||| |
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| T |
43539 |
aatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgttcctctatatgttgctgattaccctg |
43619 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 172 - 381
Target Start/End: Original strand, 35184 - 35389
Alignment:
| Q |
172 |
agtttaagttacttgtttgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaa |
271 |
Q |
| |
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| T |
35184 |
agtttaaggtacttgtatatcaaacgaaaatttgaattgttattatacaattattattaatacaacgatgtgactg--aatttgtgatgcattaaccaag |
35281 |
T |
|
| Q |
272 |
acttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgcc |
371 |
Q |
| |
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| T |
35282 |
acttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgcc |
35379 |
T |
|
| Q |
372 |
gataaccctg |
381 |
Q |
| |
|
||| |||||| |
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| T |
35380 |
gattaccctg |
35389 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0038; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Original strand, 35011 - 35062
Alignment:
| Q |
1 |
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52 |
Q |
| |
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| T |
35011 |
ggaagatggctcttactcaaacatctaacttttctggccaccatttcaatcc |
35062 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0019 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:
Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 9 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 58175 - 57814
Alignment:
| Q |
9 |
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108 |
Q |
| |
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| T |
58175 |
gctcttactcagactgctaacttctctggccaccatttcaatactaggtaccccactttactcatgttttacattcttacatatgtcatatctctttaat |
58076 |
T |
|
| Q |
109 |
attctattttctaactgtttcatctgactatttaaattgaaaatattatttttattcttaacaagtttaagttacttgtttgtcaaaacaatatttgaat |
208 |
Q |
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| T |
58075 |
attctattttataaccgtttcatattaaagtttaaatagaaaaaat-atttttattcttaacaagtgtaagt-----------caaaacaatatttgaat |
57988 |
T |
|
| Q |
209 |
tgtatttatacaactattattaataaattgatatggttgtgaatttgtgatgcatttactcaaacttatttga-ttgggtaggaatggctatgagtttga |
307 |
Q |
| |
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| T |
57987 |
tgtatttatacaactattattaataaattgacgcggttgtgaatttatgatgcatttactcaaacttatttcatttgggtaggaatggatatgaatgcga |
57888 |
T |
|
| Q |
308 |
gtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccctg |
381 |
Q |
| |
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| T |
57887 |
gtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttatatgttgccgattaccctg |
57814 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 253 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 5090601 - 5090475
Alignment:
| Q |
253 |
ttgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgagtttgagtttatcgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatca |
352 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||| ||| ||||| | |||||||| ||| |||||||| |||||| || |||||||||||||| |
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| T |
5090601 |
ttgtgatgcatttattcaaatttatctgatttgataggactggatatgaatacgagtttattcagatgatagtcacatatgtctccaacaagatcaatca |
5090502 |
T |
|
| Q |
353 |
tgttcctttacatgttgccgataaccc |
379 |
Q |
| |
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| T |
5090501 |
cactcctttacatgttgctgattaccc |
5090475 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 379
Target Start/End: Original strand, 3280261 - 3280319
Alignment:
| Q |
321 |
atagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatgttcctttacatgttgccgataaccc |
379 |
Q |
| |
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| T |
3280261 |
atagtcaaaaatgtatccaacaagataaatcgtgctcctttacatgttgtcgattaccc |
3280319 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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