View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0160-INSERTION-2 (Length: 872)

Name: NF0160-INSERTION-2
Description: NF0160
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0160-INSERTION-2
NF0160-INSERTION-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-868)||(7864855-7865714)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 810; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 868
Target Start/End: Complemental strand, 7865714 - 7864855
Alignment:
Q  8 ttcttctctctaattttgctcaaaatgttacgttaaaattcgagttgggcatatagcctcgcatttaggactggagcgtaattgaaatgattgataatga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  7865714 ttcttctctctaattttgctcaaaatgttacgttaaaattcgagttgggcatatagcctcgcatttaggactggagtataattgaaatgattgataatga 7865615  T
Q  108 gtgactgagcgcccttcaataagctttgttgcatcttaaaatttaagtctaatttaaatgaatcttacaaaattatagtgaggcacgagtttagtgtatg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7865614 gtgactgagcgcccttcaataagctttgttgcatcttaaaatttaagtctaatctaaatgaatcttacaaaattatagtgaggcacgagtttagtgtatg 7865515  T
Q  208 accggccaannnnnnnnnagtgtatgagactttcgcagctagatttgcatgaaattcccttgactgtgttctcataagtttacttatttattgacagagg 307  Q
    |||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7865514 accggccaatttttttttagtgtatgagactttcgcagctagatttgcatgaaattcccttgactgtgttctcataagtttacttatttattgacagagg 7865415  T
Q  308 cttggcattggcactttcatattttgcacaatttgcgcaaggtactgttgcagcaagccgtgtattctacattatagagagaattcctgagattgatccc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7865414 cttggcattggcactttcatattttgcacaatttgcgcaaggtactgttgcagcaagccgtgtattctacattatagagagaattcctgagattgatccc 7865315  T
Q  408 tacaatcctgagggaaggaagctctcatctgttcgtggaaggattgaactaaagaatgttatttttgcatatccatctcgtcctgattcacttatactta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7865314 tacaatcctgagggaaggaagctctcatctgttcgtggaaggattgaactaaagaatgttatttttgcatatccatctcgtcctgattcacttatactta 7865215  T
Q  508 attcaattaacttggtttttccatcttcaaaaaccttggcattggttggtgcaagtggaggtggaaaatcaactatctttgctctcattgagaggttcta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7865214 attcaattaacttggtttttccatcttcaaaaaccttggcattggttggtgcaagtggaggtggaaaatcaactatctttgctctcattgagaggttcta 7865115  T
Q  608 tgaccctatagaaggtataagggaattcgtcttgttagtcgctaaagtatacgaaaatctgtcatgttattttatagcatattgtcaataaatggcactt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7865114 tgaccctatagaaggtataagggaattcgtcttgttagtcgctaaagtatacgaaaatctgtcatgttattttctagcatattgtcaataaatggcactt 7865015  T
Q  708 agctttgttgagtttgaaaatgtttgcagggattattaccttggatggtcatgatttgaggacactgcaagtaaagtggttaagggatcaaattggggat 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7865014 agctttgttgagtttgaaaatgtttgcagggattattaccttggatggtcatgatttgaggacactgcaagtaaagtggttaagggatcaaatt-gggat 7864916  T
Q  808 ggttggtcaagagccaattctttttgctacatccatacttgaaaatgtgatgatggggaaa 868  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7864915 ggttggtcaagagccaattctttttgctacatccatacttgaaaatgtgatgatggggaaa 7864855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 552 times since January 2019
Visitors: 2229