View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0175-Insertion-13 (Length: 866)

Name: NF0175-Insertion-13
Description: NF0175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0175-Insertion-13
NF0175-Insertion-13
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (7-866)||(4355331-4356190)
chr1 (7-866)||(4674722-4675581)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (69-830)||(38248980-38249738)
chr3 (125-688)||(38254153-38254713)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (433-688)||(20656984-20657241)
chr6 (433-688)||(12036669-12036924)
chr6 (433-552)||(12035936-12036055)
chr6 (462-601)||(20655965-20656105)
chr6 (190-290)||(20656262-20656362)
chr6 (190-290)||(12036193-12036293)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (433-688)||(22177405-22177660)
chr2 (433-688)||(22169130-22169385)
chr2 (190-290)||(22177165-22177265)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 812; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 812; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 866
Target Start/End: Original strand, 4355331 - 4356190
Alignment:
Q  7 agttacatcctctacctgaagacagacaatcttctggtgttcctgagaaggttcttagattactatcaaattcaactagtgtcttagcttcaggtaatgg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355331 agttacatcctctacctgaagacagacaatcttctggtgttcctgagaaggttcttagattactatcaaattcaactagtgtcttagcttcaggtaatgg 4355430  T
Q  107 tttgcttctttgccaaaccattaatgatcatggtccaattgagtttttcatatttaatccaatcaccaagtgtaggtctttcattcctaccccagagtca 206  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355431 tttacttctttgccaaaccattaatgatcatggtccaattgagtttttcatatttaatccaatcaccaagtgtaggtctttcattcctaccccagagtca 4355530  T
Q  207 cttcaaagaaatcatgattttgttaatataaccatcatgttagattgctcttcagatcattacaaagtgtttctttttgaaaacccaatggaatggtcat 306  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355531 cttcaaagaaatcatgattttgctaatataaacatcatgttagatttctcttcagatgattacaaggtgtttctttttgaaaacccaatggaatggtcat 4355630  T
Q  307 caaaaaattgctatacatgtcgtgtttatcatgaaaaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttccttgctggtggaagaaacatgaacttcga 406  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355631 caataaattgctatacatgtcgtgtttatcatgaaaaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttccttgctggtggaagaaacatgaacttcga 4355730  T
Q  407 catgaacgtgtttcacaacaaagccattcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttat 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355731 catgaacgtgtttcacaacaaagccattaatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttat 4355830  T
Q  507 aatctcgagaatggaatctcaacaatgctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaagg 606  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355831 catctcgagaatggaaactcaacaatgctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaagg 4355930  T
Q  607 tgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatggcagaaagt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4355931 tgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatggcagaaagt 4356030  T
Q  707 gttgaaagttagagtgagaggactaggattacaagagaaaaatcctcaagttaccgggtttacagttacaaatggagatctcttggtttttgctactgaa 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4356031 gttgaaagttagagtgagaggactaggattacaagagaaaaatcctcaagttaccgggtttacagttacaaatggagatatcttggtttttgctactgaa 4356130  T
Q  807 gaaaaagtttatagttgtggtttgaatgaagaaagatttatgatggtagaggaaataggg 866  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4356131 gaaaaagtttatagttgtggtttgaatgaagaaagatttatgatggtcgaggaaataggg 4356190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 808; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 4675581 - 4674722
Alignment:
Q  7 agttacatcctctacctgaagacagacaatcttctggtgttcctgagaaggttcttagattactatcaaattcaactagtgtcttagcttcaggtaatgg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675581 agttacatcctctacctgaagacagacaatcttctggtgttcctgagaaggttcttagattactatcaaattcaactagtgtcttagcttcaggtaatgg 4675482  T
Q  107 tttgcttctttgccaaaccattaatgatcatggtccaattgagtttttcatatttaatccaatcaccaagtgtaggtctttcattcctaccccagagtca 206  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675481 tttacttctttgccaaaccattaatgatcatggtccaattgagtttttcatatttaatccaatcaccaagtgtaggtctttcattcctaccccagagtca 4675382  T
Q  207 cttcaaagaaatcatgattttgttaatataaccatcatgttagattgctcttcagatcattacaaagtgtttctttttgaaaacccaatggaatggtcat 306  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675381 cttcaaagaaatcatgattttgctaatataaacatcatgttagatttctcttcagatgattacaaggtgtttctttttgaaaacccaatggaatggtcat 4675282  T
Q  307 caaaaaattgctatacatgtcgtgtttatcatgaaaaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttccttgctggtggaagaaacatgaacttcga 406  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675281 caataaattgctatacatgtcgtgtttatcatgaaaaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttccttgctggtggaagaaacatgaacttcga 4675182  T
Q  407 catgaacgtgtttcacaacaaagccattcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttat 506  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675181 catgaacttgtttcacaacaaagccatttatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttat 4675082  T
Q  507 aatctcgagaatggaatctcaacaatgctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaagg 606  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4675081 catctcgagaatggaaactcaacaatgctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaagg 4674982  T
Q  607 tgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatggcagaaagt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4674981 tgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatggcagaaagt 4674882  T
Q  707 gttgaaagttagagtgagaggactaggattacaagagaaaaatcctcaagttaccgggtttacagttacaaatggagatctcttggtttttgctactgaa 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4674881 gttgaaagttagagtgagaggactaggattacaagagaaaaatcctcaagttaccgggtttacagttacaaatggagatatcttggtttttgctactgaa 4674782  T
Q  807 gaaaaagtttatagttgtggtttgaatgaagaaagatttatgatggtagaggaaataggg 866  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4674781 gaaaaagtttatagttgtggtttgaatgaagaaagatttatgatggtcgaggaaataggg 4674722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 5e-83; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 69 - 830
Target Start/End: Original strand, 38248980 - 38249738
Alignment:
Q  69 ctatcaaattcaactagtgtcttagcttcaggtaatggtttgcttctttgccaaaccattaatgatcatggtccaattgagtttttcatatttaatccaa 168  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||| |  || || | || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |  ||||||     
T  38248980 ctatcaaattcaatttgtgtcttagcttctagtaatggtctagttgttggtcacaccattaatgatcatgacccaattgagtttttcatctgcaatccag 38249079  T
Q  169 tcaccaagtgtaggtctttcattcctaccccagagtcacttcaaagaaatcatgattttgttaatataaccatcatgttagattgctcttcagatcatta 268  Q
    |||| |||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||  || || || ||||| | || ||||||||||||||| |||| | ||    
T  38249080 tcacaaagtcttggtcttccattcctacccccgagtcacttcaaagaaaccatagttctggtagtataaacctcgtgttagattgctctttagatgacta 38249179  T
Q  269 caaagtgtttctttttgaaaacccaatggaatggtcatcaaaaaattgctatacatgtcgtgtttatcatgaaaaggaaggtgtgtggaaaacaatggat 368  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||  ||||||||| |   || ||| ||||||||| ||||||| |||   |||||||||||||||| |||||||||     
T  38249180 caagttgtttctttttgaaaacacaagtgaatggtcacc---aacttgttatacatgtagtgtttaccatagcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaa 38249276  T
Q  369 aatgg-tttccttgctggtggaagaaacatgaacttcgacatgaacgtgtttcacaacaaagccattcatgttatctcagattgttctcattattttgca 467  Q
    | ||| ||| | || ||||||  |||||||||| || ||||||   |||||||||||   || | ||||| ||||||||||| |   || ||| ||||||    
T  38249277 agtggtttttcatg-tggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgca 38249375  T
Q  468 aaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatggaatctcaacaatgctgaggttgccaagagaagccattagaggttgcc 567  Q
    ||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || | |||||| |    
T  38249376 aaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatatagagaacggaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtc 38249475  T
Q  568 ataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttg 667  Q
    |||  |||   | |||||| ||||| |||||||||||   | |||| |  ||  | || ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||    
T  38249476 ataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttg 38249575  T
Q  668 gtatttgaaagattatgagtcgagttcatggcagaaagtgttgaaagttagagtgagaggactaggattacaagagaaaaatcctcaagttaccgggttt 767  Q
    |  ||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| | | |||||  | |||||| ||||| | ||||  ||||||    
T  38249576 ggttttaaaagactatgagtcaggttcatggcaaaaagtattgaaagtgagagtaagagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggttt 38249675  T
Q  768 acagttacaaatggagatctcttggtttttgctactgaagaaaaagtttatagttgtggtttg 830  Q
    |  ||||  || || ||||| ||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  38249676 atggttatgaacggtgatcttttaatttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttg 38249738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 125 - 688
Target Start/End: Original strand, 38254153 - 38254713
Alignment:
Q  125 cattaatgatcatggtccaattgagtttttcatatttaatccaatcaccaagtgtaggtctttca-ttcctaccccagagtcacttcaaagaaatcatga 223  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||| | |||| ||||||| | || ||||   ||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||| |||      
T  38254153 cattaatgatcatgatccgattgagtttgtaatatgtaatccagttactaagtcctggtctttcacttcctactcctgagtcatttcaaagaaaccatag 38254252  T
Q  224 ttttgttaatataaccatcatgttagattgctcttcagatcattacaaagtgtttctttttgaaaacccaatggaatggtcatcaaaaaattgctataca 323  Q
    |||||||  ||||| | |||| |||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||| |||||| ||   |  |||||| |   || ||  ||||||    
T  38254253 ttttgttggtataaacctcatattag-ttgctctttagatgactacaaggtgtttcttttggaaaactcaggtgtgtggtcacc---aacttcttataca 38254348  T
Q  324 tgtcgtgtttatcatgaaaaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttccttgctggtggaagaaacatgaacttcgacatgaacgtgtttcaca 423  Q
    ||| |||||||| ||   || ||||| ||||||| ||||||| |  || ||||     || |||| || |||||| | || |||||| | || |||||||    
T  38254349 tgtagtgtttatgatagcaaagaaggcgtgtggacaacaatgaaacatagtttttcacctagtggtaggaacatggaatttgacatgcatgtatttcaca 38254448  T
Q  424 acaaagccattcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatggaat 523  Q
    |   |  | ||||| |||||||||||||  ||  |||  |||||| | |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38254449 agggatgccttcattttatctcagattgcgcttcttacattgcaagatctagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaat 38254548  T
Q  524 ctcaacaatgctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacga 623  Q
     ||||| ||| | | ||||  ||| ||||| || | |||||| ||||  |||   |||||||||||||| || | ||||||   | |||| |  ||  |     
T  38254549 ttcaaccatgattaagttgtgaagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatgggcatattcaactagggtaaaaagacaagttacaatagt 38254648  T
Q  624 tctatttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtc 688  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| || ||||| || ||||||| | | ||||| ||||||||    
T  38254649 tctatttgtttggtgcaattaagaaattctgttttcacggtttggtttataaaagactatgagtc 38254713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 1e-31; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 433 - 688
Target Start/End: Original strand, 20656984 - 20657241
Alignment:
Q  433 ttcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatggaatctcaacaat 532  Q
    ||||| |||||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  20656984 ttcattttatctcagattgcacttcttactttgcaaaatctaggcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactat 20657083  T
Q  533 gctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaatt--ggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctattt 630  Q
    ||| ||||||||||| |||||  | | |||||| ||||  |||  ||||||||||||||| || |  |||||||   |  ||| |  ||  | |||||||    
T  20657084 gcttaggttgccaagggaagctgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatattcaactggggggtaaaaagagaagtttcaatagttctattt 20657183  T
Q  631 gtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtc 688  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  20657184 gtttggtgaaattaagaaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtc 20657241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 433 - 688
Target Start/End: Original strand, 12036669 - 12036924
Alignment:
Q  433 ttcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatggaatctcaacaat 532  Q
    ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  12036669 ttcattttatctcagattgtgattcttactttgcaaaatctagtcctttttataagccatatacaatgtcttataatctagagaatggaatctcaaccat 12036768  T
Q  533 gctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgt 632  Q
    ||| | |||| |||| |||||  | | |||||| ||||  |||  ||||||||||||||| || ||||||||   |  ||| || ||    |||||||||    
T  12036769 gcttaagttgtcaagggaagctgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatattcaactggggtaaaaagagaagttccaataattctatttgt 12036868  T
Q  633 ttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtc 688  Q
    ||||||||| ||||||| |  ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  12036869 ttggtgaaattaagaaattttgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtc 12036924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 433 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 12036055 - 12035936
Alignment:
Q  433 ttcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatggaatctcaacaat 532  Q
    ||||| |||||||||||||  |   ||| ||||||||| |||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  12036055 ttcattttatctcagattgcgcctcttactttgcaaaatctagtcctttttataagctatatataatgtcttataatctagagaatgaaatctcaactat 12035956  T
Q  533 gctgaggttgccaagagaag 552  Q
    ||| ||||||||||| ||||    
T  12035955 gcttaggttgccaagggaag 12035936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 462 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 20656105 - 20655965
Alignment:
Q  462 tttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatg-gaatctcaacaatgctgaggttgccaagagaagccattaga 560  Q
    ||||||||| |||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| ||||   | | |    
T  20656105 tttgcaaaatctagtcctttttataagccatatgtaatgtcttataatctagagaatgagaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagttgtaaaa 20656006  T
Q  561 ggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattgggg 601  Q
    ||||| ||||  |||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  20656005 ggttgtcatattatgtgtaacatgggcatattcaattgggg 20655965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 190 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 20656362 - 20656262
Alignment:
Q  190 ttcctaccccagagtcacttcaaagaaatcatgattttgttaatataaccatcatgttagattgctcttcagatcattacaaagtgtttctttttgaaaa 289  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||| | |||||| | ||||||||||||||| || |||| | ||||| ||||||||||| |||||    
T  20656362 ttcctacccctgagtcatttcaaagaaatcatagttttgctgatataaacctcatgttagattgctatttagatgactacaaggtgtttcttttggaaaa 20656263  T
Q  290 c 290  Q
    |    
T  20656262 c 20656262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 190 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 12036293 - 12036193
Alignment:
Q  190 ttcctaccccagagtcacttcaaagaaatcatgattttgttaatataaccatcatgttagattgctcttcagatcattacaaagtgtttctttttgaaaa 289  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| |||  ||||| | |||||| | |||||||||||||||||  |||| | | ||| |||||||| || |||||    
T  12036293 ttcctaccccggagtcatttcaaagaaaccatagttttgctgatataaacctcatgttagattgctctatagatgactgcaaggtgtttctgttggaaaa 12036194  T
Q  290 c 290  Q
    |    
T  12036193 c 12036193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 433 - 688
Target Start/End: Original strand, 22177405 - 22177660
Alignment:
Q  433 ttcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatggaatctcaacaat 532  Q
    ||||| |||||||||||||  ||  ||| ||||||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  22177405 ttcattttatctcagattgcgcttcttactttgcaaaatccagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatttcaaccat 22177504  T
Q  533 gctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgt 632  Q
    | | | ||||||||| ||||| || | |||||| ||||  |||   |||||||||||||| || ||||||||   | |||| ||  |  | |||||||||    
T  22177505 gtttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatgggcatattcaactggggtaaaaagacaagttccgatagttctatttgt 22177604  T
Q  633 ttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtc 688  Q
    ||||||||| ||| ||| |  ||||| |||||||||| ||| ||||| || |||||    
T  22177605 ttggtgaaattaataaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtc 22177660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 433 - 688
Target Start/End: Original strand, 22169130 - 22169385
Alignment:
Q  433 ttcatgttatctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttataatctcgagaatggaatctcaacaat 532  Q
    ||||| |||||||||||||  ||  ||| | ||||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||    
T  22169130 ttcattttatctcagattgcgcttcttactatgcaaaatccagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaattgcaaccat 22169229  T
Q  533 gctgaggttgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgt 632  Q
      | | ||||||||| ||||| || | |||||| ||||  |||   ||||||| |||||| || ||||||||   | |||| |  ||  | | |||||||    
T  22169230 aattaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatggacatattcaactggggtaaaaagacaagtttcaatagttatatttgt 22169329  T
Q  633 ttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtc 688  Q
    ||||||||| ||| ||| || ||||| |||||||||| ||| ||||| || |||||    
T  22169330 ttggtgaaattaaaaaattctgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtc 22169385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 190 - 290
Target Start/End: Original strand, 22177165 - 22177265
Alignment:
Q  190 ttcctaccccagagtcacttcaaagaaatcatgattttgttaatataaccatcatgttagattgctcttcagatcattacaaagtgtttctttttgaaaa 289  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||||  ||||| |  ||||| | |||||||||||||||||| |||| | | ||| ||||||||||| |||||    
T  22177165 ttcctactcctgagtcatttcaaagaaatcatagttttgctggtataaacctcatgttagattgctctttagatgacttcaacgtgtttcttttggaaaa 22177264  T
Q  290 c 290  Q
    |    
T  22177265 c 22177265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 672 times since January 2019
Visitors: 2235