View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0181-16-Insertion-2 (Length: 807)

Name: NF0181-16-Insertion-2
Description: NF0181-16
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0181-16-Insertion-2
NF0181-16-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-807)||(31262833-31263634)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 807
Target Start/End: Original strand, 31262833 - 31263634
Alignment:
Q  7 aaatgccagggtttgttttagacgataaagttgaagaaagtgttgatgacatggaagggaataacgatgacatggcatggtttttgccacgttggataca 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31262833 aaatgccagggtttgttttagacgataaagttgaagaaagtgtttatgacatggaagggaataacgatgacatggcatggtttttgccacgatggataca 31262932  T
Q  107 aaagagagtgaaggaaacgcagtgggtttactcagaggtgggggaggagttaagggtatgtagcaggaattcaccatacttaaaaggtgttaatattgcc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31262933 aaagagagtgaaggaaacgcagtgggtttactcagaggtgggggaggagttaagggtatgtagcaggaattcaccatacttaaaaggtgttaatattgcc 31263032  T
Q  207 acgtgtcatgatttgaagacatatttgcatcttgttgacggctttgtcagttctgaatgtccttttagatctactgccaggaggttccttcagctgtaac 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31263033 acgtgtcatgatttgaagacatatttgcatcttgttgacggctttgtcagctctgaatgtccttttagatctactgccaggaggttccttcagctgtaac 31263132  T
Q  307 tttttgaaagaatataaattttgaacatagaaagatgatagtacatatacacattcgtgtgtatagagagattttgtcacagagggataaatttttgtca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31263133 tttttgaaagaatataaattttgaacatagaaagatgatagtacatatacacattcgtgtgtatagagagattttgtcacagagggataaatttttgtca 31263232  T
Q  407 tgtaaatgtgggtgtatatgaattgttgagattgaaagttattccactaagttcagattgattagtgatacgtcannnnnnnnataagtgttgtttttta 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||    
T  31263233 tgtaaatgtgggtgtatatgaattgttgagattgaaagttattccactaagttcagattgattagtgatacgtca-tttttttataagtgttgtttttta 31263331  T
Q  507 ctcattagttttaaaagtgattattgcc-aaaaaagattattaaaagtgtactcaatcactattgttattctcttaactataaggaaaaagtttagacga 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31263332 ctcattagttttaaaagtgattattgccaaaaaaagattattaaaagtgtactcaatcattattgttattctcttaactataaggaaaaagtttagacga 31263431  T
Q  606 gttagactaaaagaacgcttacataagtatttataaattacttatcaaggaggttctaatgttggcaacaaaagttgaacttacgcctttgtgggatatg 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  31263432 gttagactaaaagaacgcttacataaatatttataaattatttatcaacgaggttctaatgttggcaacaagagttgaacttacacctttgtggaatatg 31263531  T
Q  706 agtcaactccctactaatttgaccaatcctcaattgttgagaccggtttatgtggtttttatctaacttaattt-aattctaatatggtgctaaaatgag 804  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31263532 agtcaactccctactaacttgaccaatcttcaattgtcaagacgggtttatgtggtttttatctaacttaatttaaattctaatatggtgctaaaatgag 31263631  T
Q  805 tct 807  Q
    |||    
T  31263632 tct 31263634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 597 times since January 2019
Visitors: 2233