View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0197AE16 (Length: 841)

Name: NF0197AE16
Description: NF0197
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0197AE16
NF0197AE16
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-680)||(39283434-39284104)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 39284104 - 39283434
Alignment:
Q  9 aaagaaccatataaaaaagatttaaacatatatcggaaaagataaagtttatgttgtaaatttaaatagagtccttaagggataagtaaccnnnnnnnnn 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  39284104 aaagaaccatataaaaaagatttaaacatatatcggaaaagataaagtttatgttgtaaatttaaatagagtccttaagggataagtaacctttttttt- 39284006  T
Q  109 aggcatccgatacgtaactaaaccttaacaaagaaattgcaaaattatagagaaacctaaaacaaacttaccacaacttccttgatctttgatatgagca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39284005 aggcatccgatacgtaactaaaccttaacaaagaaattgcaaaatgatagggaaacctaaaacaaacttaccacaacttccttgatctttgatatgagca 39283906  T
Q  209 actgcacctttcgacctccaatcaacatgcaccggcaactgatcaccggaattaaaagcataccggtgaccagtagtgatcttggttttcataacgttac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  39283905 actgcacctttcgacctccaatcaacatgcaccggcaaccgatcaccggaattaaaagcataccggtgaccggtagtgatcttgattttcataacgttac 39283806  T
Q  309 gtttggcatcattcttcatacccaaatacatgttgcgatattcctcgttggtcatatctgcaaacttgttcaaccctactttgtatgtgtaattttgagc 408  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39283805 gtttggcatcattcttcgtacccaaatacatgttgcgatattcctcgttggtcatatcggcaaacttgttcaaccctactttgtatgtgtaattttgagc 39283706  T
Q  409 attgngctcatcgatgaatcctaagttatccttaaaaatttcaaacctatgatctttctctcctaaaccattatacaccttatggtgttttaccaaccat 508  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39283705 attgtgctcatcgatgaatcctaaattatccttaaaaatttcaaacctttgatctttctctcctaaaccattatacaccttatggtgttttaccaaccat 39283606  T
Q  509 tcctcgtacatggtcatgacctcctcgttgctacgcatggacgtgtccattgccaatgacaaagtgatcaaggaaaagaagagcaatgaggttatggtga 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39283605 tcctcgtacatggtcatgacctcctcattgctacgcatggacgtgtccattgccaatgacaaagtgatcaaggaaaagaagagcaatgaggttatggtga 39283506  T
Q  609 ttgatgccatggttggagtttggctaagganagaaagggtggttaggctttgatgaactanttggaagtttt 680  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39283505 ttgatgccatggttggagtttggctaaggagagaaagggtggttaggctttgatgaactagttggaagtttt 39283434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 915 times since January 2019
Visitors: 1516