View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0200_1D_low_16 (Length: 290)

Name: NF0200_1D_low_16
Description: NF0200_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0200_1D_low_16
NF0200_1D_low_16
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (1-272)||(5828242-5828514)
chr7 (1-272)||(42232259-42232532)
chr7 (1-272)||(21069749-21070021)
chr7 (1-272)||(22844063-22844335)
chr7 (1-272)||(9000832-9001104)
chr7 (1-272)||(7036980-7037252)
chr7 (6-272)||(12780835-12781102)
chr7 (1-197)||(12785751-12785937)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-272)||(3690237-3690509)
chr5 (1-272)||(3876278-3876550)
chr5 (1-272)||(30346316-30346588)
chr5 (1-272)||(25542480-25542752)
chr5 (1-272)||(17871325-17871597)
chr5 (1-272)||(37261563-37261835)
chr5 (43-272)||(24629640-24629870)
chr5 (1-272)||(14192498-14192771)
chr5 (5-272)||(10025242-10025510)
chr5 (1-272)||(27881344-27881616)
chr5 (1-270)||(39883443-39883713)
chr5 (1-272)||(37373196-37373468)
chr5 (1-272)||(8428272-8428533)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-272)||(55558810-55559082)
chr4 (1-272)||(35856167-35856439)
chr4 (1-251)||(1860937-1861188)
chr4 (1-272)||(49710432-49710704)
chr4 (1-272)||(13337495-13337767)
chr4 (1-227)||(617956-618183)
chr4 (1-217)||(38518356-38518573)
chr4 (1-197)||(49786601-49786787)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (1-272)||(17564-17835)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-272)||(21113431-21113703)
chr8 (1-272)||(25218252-25218524)
chr8 (1-272)||(25208734-25209006)
chr8 (1-272)||(7822098-7822370)
chr8 (1-139)||(30307437-30307575)
chr8 (146-272)||(30325880-30326007)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (1-272)||(28406-28678)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-272)||(186814-187086)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (1-272)||(183071-183343)
scaffold0003 (1-272)||(165791-166065)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-272)||(24268757-24269029)
chr2 (1-272)||(27509634-27509906)
chr2 (1-272)||(24246085-24246357)
chr2 (1-272)||(27192749-27193021)
chr2 (1-272)||(27842563-27842835)
chr2 (1-272)||(35609913-35610185)
chr2 (1-272)||(21395630-21395902)
chr2 (1-191)||(17683597-17683788)
chr2 (71-219)||(3642922-3643071)
chr2 (1-197)||(28665945-28666131)
chr2 (1-197)||(37824779-37824965)
chr2 (1-197)||(41919946-41920132)
chr2 (208-272)||(41919884-41919948)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-272)||(10110860-10111132)
chr3 (1-272)||(13530299-13530571)
chr3 (1-272)||(10038890-10039162)
chr3 (1-272)||(10237814-10238086)
chr3 (1-272)||(10968469-10968741)
chr3 (1-272)||(10000667-10000939)
chr3 (1-272)||(33031-33303)
chr3 (5-272)||(50410432-50410700)
chr3 (47-272)||(52918332-52918558)
chr3 (8-272)||(11368906-11369171)
chr3 (1-156)||(11362519-11362676)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (2-272)||(321023-321294)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-270)||(36207475-36207745)
chr1 (1-272)||(2452804-2453076)
chr1 (43-272)||(52500879-52501109)
chr1 (1-272)||(48775022-48775294)
chr1 (1-272)||(2329426-2329698)
chr1 (1-272)||(16042285-16042557)
chr1 (2-272)||(37389839-37390110)
chr1 (1-227)||(48233638-48233865)
chr1 (1-272)||(6310681-6310953)
chr1 (2-119)||(18148949-18149066)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-272)||(2201866-2202138)
chr6 (1-272)||(30881586-30881858)
chr6 (1-272)||(12517534-12517806)
chr6 (1-227)||(18344385-18344612)
chr6 (1-181)||(10187804-10187985)
chr6 (49-197)||(18814054-18814203)
chr6 (1-117)||(15333903-15334019)
chr6 (198-262)||(18857163-18857227)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (1-272)||(19266-19537)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (1-272)||(4947-5219)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (1-272)||(32192-32464)
scaffold0073 (1-272)||(11-283)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (1-271)||(260-531)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (79-272)||(13964-14158)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (1-272)||(1260-1549)
[»] scaffold0107 (2 HSPs)
scaffold0107 (1-156)||(40016-40171)
scaffold0107 (174-272)||(42409-42507)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-197)||(48709-48895)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 5828514 - 5828242
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5828514 gttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaatagtaagc 5828415  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5828414 ctcaacacattaaaataaacccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 5828315  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5828314 aatcaccacctaaaactaatatcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 5828242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 42232259 - 42232532
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||     
T  42232259 gttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctactctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagt 42232358  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42232359 ctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 42232458  T
Q  200 aatcaccacct-aaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  42232459 tatcaccacctaaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 42232532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 21070021 - 21069749
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21070021 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgtcaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 21069922  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||| | | |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  21069921 ctcgatacattacaataaacccatatctttaatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctacctga 21069822  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21069821 aatcaccacctaaaactactgtgattccaccaaatggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 21069749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 22844063 - 22844335
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||| |||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  22844063 gttgccttctctaattaagagtatccaattgccaaaattagcaatttattcctgctctacaggtaccaaagatgcacccaatcccatattaacagtaagc 22844162  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||    
T  22844163 ctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcatga 22844262  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  22844263 aatcaccacctaaaacttttgtctttccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 22844335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 9001104 - 9000832
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9001104 gttgccgtatccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctatgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 9001005  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||| | ||||||||||||| |    
T  9001004 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaa 9000905  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9000904 aatcacaacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgat 9000832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 7036980 - 7037252
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7036980 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 7037079  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| |    
T  7037080 ctcaacacattacaataagcctatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaa 7037179  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   | ||||  |||||||||||| |||||||    
T  7037180 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaagggatcattcttgaacatgat 7037252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 6 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 12781102 - 12780835
Alignment:
Q  6 cgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaa 105  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12781102 cgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctacaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaa 12781003  T
Q  106 catattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatca 204  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  | |||| ||| |||| |||||||| ||||||    
T  12781002 cacattacaataagctcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctccttggactacaggcaacatctgcctaaaatca 12780903  T
Q  205 ccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  12780902 ccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 12780835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 12785937 - 12785751
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||           || ||||    
T  12785937 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagc 12785849  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    ||||| | |||||||||||  ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||  || ||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  12785848 ctcaaaacattacaataagtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcatcgttcctcctcagacaacatgcaatatctgcct 12785751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 3690237 - 3690509
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  3690237 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcagtttcttcctgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaagc 3690336  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  3690337 ctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctga 3690436  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  3690437 aatcaccacctaaaactactatcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggatatgat 3690509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 3876550 - 3876278
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  3876550 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcagtttcttcctgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaagc 3876451  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  3876450 ctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctga 3876351  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  3876350 aatcaccacctaaaactactatcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggatatgat 3876278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 30346588 - 30346316
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||     
T  30346588 gttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagt 30346489  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346488 cttaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 30346389  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  30346388 catcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatagtttaaactcgtttaggggatcaatcttggacatgat 30346316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 25542752 - 25542480
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25542752 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaagttagcaatttctttctgctttgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 25542653  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  25542652 ctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatattctgccacgttccttttcggacaacagacaatatctgcctga 25542553  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  25542552 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 25542480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 17871597 - 17871325
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||| |||| |||| ||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17871597 gttgccttctctaattgagagtatccatttgccaaaattagcaatttattcctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcccatattaacagtaagc 17871498  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  17871497 ctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcctga 17871398  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17871397 aatcaccacctaaaacttttgtctttccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 17871325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 37261563 - 37261835
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  37261563 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcttgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagc 37261662  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  37261663 ctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaattgatcgagacatcaacaatatcctgcctcgttccttttcagacaacaggcaatatcttcctga 37261762  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||    
T  37261763 aatcaccacataaaactattgtcattccaccgaaaggtctaaactcgtttaaaggatcattcctagacatgat 37261835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 43 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 24629870 - 24629640
Alignment:
Q  43 aatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgatt 142  Q
    |||||||| |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24629870 aatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagtctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgatt 24629771  T
Q  143 gatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaa 241  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  24629770 gatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaa 24629671  T
Q  242 actcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  24629670 actcgtttaggggatcattcttggacatgat 24629640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 14192771 - 14192498
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14192771 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgtcaaaattagcaatttcttcctactctacaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 14192672  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14192671 ctcaacacattataataagcccatatctttaatgaattaattggggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgggcaacatgcaatatatgcctga 14192572  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcattta-gaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  14192571 aatcaccacctaaaacaactgtcattccaccaaaaggtctaaactcgtttagggggatcattcttggacatgat 14192498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 272
Target Start/End: Original strand, 10025242 - 10025510
Alignment:
Q  5 ccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctca 104  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  10025242 ccgtctctaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccagtctcatattaacagtaagtctca 10025341  T
Q  105 acatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatc 203  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| | |||    
T  10025342 acacatcaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatattgcctcgttccttttcggacagcaggcaatatctgcctaatatc 10025441  T
Q  204 accacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10025442 accacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 10025510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 27881344 - 27881616
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27881344 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttctacctgctctgcatgtaccgaagatgcacccaatctcatattaacggtaagc 27881443  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||| |||| | ||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  27881444 ctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgaccgaggcatcaacaatatccggccttgttcctcctcggacaacatgcaatatctgcctaa 27881543  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  27881544 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgat 27881616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 39883443 - 39883713
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39883443 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcatgctctgcatgtaccgaagctgcacccaatctcatattaacagtaagc 39883542  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||| ||||  | |||||||| |||||||||||||||    
T  39883543 ctcaacatattacaataagccaatatctttgacgaattgactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctaggacaacaggcaatatctgcctga 39883642  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatg 270  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||||||||    
T  39883643 aatcaccacgtaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatg 39883713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 37373196 - 37373468
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37373196 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 37373295  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  || ||||||| ||||||||||| | |    
T  37373296 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgacgcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcagacaacaggcaatatctgcttaa 37373395  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  37373396 aatcaccacctaaaactactgtgattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 37373468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 8428533 - 8428272
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||           || ||||    
T  8428533 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagc 8428445  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaattcctg-cctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||  ||| ||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| |    
T  8428444 ctcaaaacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaa 8428345  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8428344 aatcaccacctaaaactactgccattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 8428272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 55559082 - 55558810
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||     
T  55559082 gttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagt 55558983  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  55558982 ctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatactgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 55558883  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  55558882 tatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcatttttggacatgat 55558810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 35856167 - 35856439
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35856167 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 35856266  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| |    
T  35856267 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaa 35856366  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35856367 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 35856439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 1860937 - 1861188
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1860937 gttgtcgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 1861036  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  1861037 ctcaacacattaaaataagcccatatctttaatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatttgcctga 1861136  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttag 251  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  1861137 aatcaccaccttacactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttag 1861188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 49710432 - 49710704
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49710432 gttgccgtgtccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgttctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 49710531  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||  || ||||||||||| ||  |||||| ||||  ||| |||||| ||||||||||||| |    
T  49710532 ctcaacacattacaataagctcatatctttaacgaattgacggaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcctcgaacaacaggcaatatctgcctaa 49710631  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  49710632 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccgaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgat 49710704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 13337495 - 13337767
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  13337495 gttgtcgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaaac 13337594  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| |    
T  13337595 ctcaacacattacaataatatcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaa 13337694  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     ||||| ||||||||||||||||||||    
T  13337695 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgtgtttaggggatcattcttggacatgat 13337767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 618183 - 617956
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  618183 gttgtcgtctccaattgagagtattcacttgttaaaattaggaatttcttcctgctctgcagataccaaagatgcactcaatctcatattaacagttagc 618084  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  618083 ctcaacaaattacaataagcctatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcagacaacatgcaatatctgcttga 617984  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattcc 227  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  617983 aatcaccacctaaagctattgtcattcc 617956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 38518356 - 38518573
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38518356 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 38518455  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||| |||||| ||| | |||| ||||  || |||||||   ||||||||||| |    
T  38518456 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgaggcattaacaatatccggtctcgttcctcctcagacaacagttaatatctgcctaa 38518555  T
Q  200 aatcaccacctaaaacta 217  Q
    ||||||||||||||||||    
T  38518556 aatcaccacctaaaacta 38518573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 49786787 - 49786601
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||           || ||||    
T  49786787 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagc 49786699  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    ||||| | |||||||||||  ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||  || ||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  49786698 ctcaaaacattacaataagtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcatcgttcctcctcagacaacatgcaatatctgcct 49786601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 181; Significance: 8e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 17835 - 17564
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17835 gttgctgtctccaattgagagtatccacttgctaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 17736  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17735 ctcaacacattacaa-aagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatagctgcctga 17637  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17636 aatcaccacataaaactcttgtcattccacggaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 17564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 8e-98; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 21113703 - 21113431
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21113703 gttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcgcatattaacagtaagc 21113604  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
     |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21113603 gtcaacacattaaaataagcacatatctgtgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 21113504  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21113503 tatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaacttgtttaggggatcattcttggacatgat 21113431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 25218524 - 25218252
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25218524 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 25218425  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| |    
T  25218424 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaa 25218325  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  25218324 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 25218252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 25209006 - 25208734
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  25209006 gttgtcgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagtaatttcgtcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacattaagc 25208907  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  ||||| |||| ||||||||||||| |    
T  25208906 ctcaacacattacaataagctcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggaaaacaggcaatatctgcctaa 25208807  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     ||||| ||||||||||||||||||||    
T  25208806 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgtctttaggggatcattcttggacatgat 25208734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 7822098 - 7822370
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||  | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7822098 gttgtcgtctccaattgagagtatccacttacaaaaattcgcaatttcttcctgctctacaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaacagtaagc 7822197  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||   | |||||| ||||  |||||||| | ||||||||||||| |    
T  7822198 ctcaacacattacaataagctcatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaataatcggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaa 7822297  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     ||||| |||||||| |||||||||||    
T  7822298 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgtgtttaggggatcatttttggacatgat 7822370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Original strand, 30307437 - 30307575
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30307437 gttgtcgtctccaattgagagtatctacttgcaaaaattagcaatttcttcccactctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 30307536  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattg 139  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30307537 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattg 30307575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 272
Target Start/End: Original strand, 30325880 - 30326007
Alignment:
Q  146 gcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaact 244  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||       
T  30325880 gcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaataggcaatatctgcctaaaatcacaacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtg 30325979  T
Q  245 catttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30325980 cgtttaggggatcattcttggacatgat 30326007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 28678 - 28406
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||  |||||||||||||||||||||     
T  28678 gttgctgtcttcaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcatccaatctcatattaacagtaagt 28579  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28578 ctcaactcattaaaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 28479  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  28478 tatcaccaccttaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 28406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 186814 - 187086
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  186814 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaagtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaggc 186913  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    || || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  186914 cttaaaacattacaataagcccatatctttgatgaattgattggtgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcttga 187013  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  187014 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 187086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 183071 - 183343
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  183071 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcagtttcttcctgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatatcatattaactgtaagc 183170  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  183171 ctcaacacattacaataaggccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcattccttttcggacaacagacaatatctgcctga 183270  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  183271 aatcaccacctaaaactactatcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggatatgat 183343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 165791 - 166065
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatg--cactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaa 98  Q
    |||| ||||||||||| |||||||   |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  165791 gttgtcgtctccaattgagagtatatccacttgccaaaattagcagtttattcttgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaa 165890  T
Q  99 gcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  165891 gcctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcct 165990  T
Q  198 gaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||    
T  165991 gaaatcaccacctaaaactactatcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggtgatcattcttggatatgat 166065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 24269029 - 24268757
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  24269029 gttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcgcatattaacaataagc 24268930  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
     |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24268929 gtcaacacattaaaataagcacatatctgtgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 24268830  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  24268829 tatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaacttgtttaggggatcattcttggacatgat 24268757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 27509634 - 27509906
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  27509634 gttgctgtctccaattgagagtatctacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtagcaaagatgcacccaatcttatattaacagtaagc 27509733  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  27509734 ctcaatacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttcctttttggacaacaggcaatatctgcctga 27509833  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27509834 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaatgtctaaactcatttaggggatcattcttggacatgat 27509906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 24246085 - 24246357
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  24246085 gttgccgtctccaattgagagaatccacatgccaacattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagattcac-caatctcatattaacagtaagc 24246183  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatcctttt-cggacaacatgcaatatctgcctg 198  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  24246184 ctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcatcattcctttttcggacaacatgcaatatctgcctt 24246283  T
Q  199 aaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24246284 aaatcaccacctaaaactactatgattccaccaaaaggtctaaactcatttaggggatcattcttggacatgat 24246357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 27192749 - 27193021
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    ||||||||| ||| || ||||||| |||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||||||   | ||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  27192749 gttgccgtcaccagttgagagtatccacttgtcaaaattatgaatttcttcctgctctacaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacaatcagc 27192848  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27192849 ctcaacaaattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 27192948  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||    
T  27192949 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttgtacatgat 27193021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 27842563 - 27842835
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    ||||||||| ||| || ||||||| |||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||||||   | ||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  27842563 gttgccgtcaccagttgagagtatccacttgtcaaaattatgaatttcttcctgctctacaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacaatcagc 27842662  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27842663 ctcaacaaattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 27842762  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||    
T  27842763 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttgtacatgat 27842835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 35609913 - 35610185
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  35609913 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctaaaggtaccgaagatgcacccaatgtcatattaacagtaagc 35610012  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  35610013 ctcaacacattataataagtccatatctttaatgaattgattggggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgggcaacaggcaatatatgcctga 35610112  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35610113 aatcaccacctaaaacaactgtcattctaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 35610185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 21395630 - 21395902
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21395630 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccgaaattagcaatttcttcctgatctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 21395729  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| |    
T  21395730 ctcaacacattacaataagcccataactttgacgaattgacggaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaa 21395829  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  21395830 aatcaccacctaaaactacggtcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgat 21395902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 17683788 - 17683597
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  17683788 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctacaggtatcgaagatgcacccaatctcatattaacaataagc 17683689  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatat 191  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  17683688 cttaacacattacaataagctcatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaagcaatat 17683597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 71 - 219
Target Start/End: Original strand, 3642922 - 3643071
Alignment:
Q  71 gatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatc 169  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  3642922 gatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacaaattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttc 3643021  T
Q  170 cttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactatt 219  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3643022 cttttcgggcaacaggcaatatctacctgaaatcaccacctaaaactatt 3643071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 28666131 - 28665945
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||           || ||||    
T  28666131 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagc 28666043  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    ||||| | |||||||||||  ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||  || ||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  28666042 ctcaaaacattacaataagtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcatcgttcctcctcagacaacatgcaatatctgcct 28665945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 37824965 - 37824779
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||           || ||||    
T  37824965 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagc 37824877  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    ||||| | |||||||||||  ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||  || ||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  37824876 ctcaaaacattacaataagtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcatcgttcctcctcagacaacatgcaatatctgcct 37824779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 41920132 - 41919946
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||||||  ||||           || ||||    
T  41920132 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattatcaatttcttcctgctctacaggtaccaaagatgcatccaat-----------agcaagc 41920044  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    ||||| | |||||||||||  ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |   |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  41920043 ctcaaaacattacaataagtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatatggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcct 41919946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 41919948 - 41919884
Alignment:
Q  208 cctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  41919948 cctaaaactactgccattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 41919884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 5e-93; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 10110860 - 10111132
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10110860 gttgccgtctccaattcatagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgtaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 10110959  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
     | |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10110960 attaacacattaaaataagctcatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 10111059  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  10111060 aatcaccacctaaaactattgtcattccatcaaatggtttaaactcgtttagggaatcattcttggacatgat 10111132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 13530299 - 13530571
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13530299 gttgccgtctccaattgagagtatatacttgccaaaattagcaatttattcctgctctacaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaacagtaagc 13530398  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  13530399 ctctacacattacaataagcccatatctgtgatgaattgattgaggcatcaacaatatcgtgcctcgttcctttttggacaacaggcaatatctgcctga 13530498  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  13530499 aatcaccagctaaaactactgtcattccatcgaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 13530571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 10038890 - 10039162
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  10038890 gttgccgtcttcaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcttgctctgcacgtaccgaagatgcacctaatctcatattaacaataagc 10038989  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||    
T  10038990 ctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcagacaacatgcaatatcttcttga 10039089  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||    
T  10039090 aatcaccacataaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaagggatcattcctagacatgat 10039162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 10237814 - 10238086
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  | ||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  10237814 gttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctcagcaggtaccaaagatgcatccaatcttatattaacagtaagc 10237913  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    || |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10237914 cttaacacattaaaataagcccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaagcaatatctgcctga 10238013  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||    
T  10238014 aatcaccacctaaaactattgtcattccatcaaatggtttaaactcgtttagggaatcattcctggacatgat 10238086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 10968741 - 10968469
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||| ||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10968741 gttgccatctccaattgagagtgtccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctataggtactgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 10968642  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||    
T  10968641 ctcaacacattacaataaacccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctccctcgatccgtttcggactacagacaatatctgcctga 10968542  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  10968541 aatcaccatctaaaactactgtcattccaccaaaaggtctaaaatcgtttaggggatcattcttggacctgat 10968469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 10000667 - 10000939
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10000667 gttgccgtctccaattcatagtatccacttgccaaaattaacaatttctttctactctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 10000766  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    || |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  10000767 cttaacacattaaaataagcccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacaggcaacatctgcctga 10000866  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  10000867 aatccccacctaaaactattgtcattccatcaaatggtttaaactcgtttagggaatcattcttggacatgat 10000939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 33031 - 33303
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33031 gttgccgtctctaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 33130  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  33131 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccggcgtcgttcctcctcggacaacatgcaatatctgcctaa 33230  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  33231 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 33303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 272
Target Start/End: Original strand, 50410432 - 50410700
Alignment:
Q  5 ccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctca 104  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50410432 ccgtctctaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttattcctgctctacaggtaccgaagatgcactcaatctcatattaacagtaagcctca 50410531  T
Q  105 acatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatc 203  Q
    ||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| | |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  50410532 acacattagaataagccaatatctttgatgaattgattgaggcatcaaaaatatcgtgcctcgttgctttacggacaacaggcagtatctgcctgaaatc 50410631  T
Q  204 accacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  50410632 accacctaaaactactgtcattccacgaaaaggtataaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 50410700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 47 - 272
Target Start/End: Original strand, 52918332 - 52918558
Alignment:
Q  47 tcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatg 146  Q
    ||||||| |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  52918332 tcttcctactctacaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaataagctcgtatctttgatgaattgattgagg 52918431  T
Q  147 catcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactc 245  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  52918432 catcaacaatatcctccctcgatccttttcggactacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtctaaactt 52918531  T
Q  246 atttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||    
T  52918532 gtttaggggatcattcttggacatgat 52918558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 272
Target Start/End: Original strand, 11368906 - 11369171
Alignment:
Q  8 tctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaaca 107  Q
    ||||||||| || |||| |||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11368906 tctccaattgagggtatccacttgccaaaattatcagtttcttccttctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaaca 11369005  T
Q  108 tattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcacc 206  Q
     |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  11369006 cattacaataagtccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatatgcctgaaatcacc 11369105  T
Q  207 acctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||    
T  11369106 acttaaaactactgtcattccaccaaaaggtctaaactcgtataggggatcattcttggatatgat 11369171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 11362519 - 11362676
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatg--cactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaa 98  Q
    |||| ||||||||||| |||||||   |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11362519 gttgtcgtctccaattgagagtatatccacttgccaaaattagcagtttattcttgctctgcaggtcccgaagatgcacccaatctcatattaactgtaa 11362618  T
Q  99 gcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat 156  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11362619 gcctcaacacattacaataagcccatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaat 11362676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 2 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 321294 - 321023
Alignment:
Q  2 ttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcc 101  Q
    |||||||||| |||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  321294 ttgccgtctcaaattgagaatatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaaaagtaagcc 321195  T
Q  102 tcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaa 200  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  321194 tcaacacattacaataagcccatatcgttgatgaattgattaaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctgaa 321095  T
Q  201 atcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  321094 atcaccacctaaaactcttgtcattccaccaaaaggtctaaagttgtttaggggatcattcttggacatgat 321023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 7e-92; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 36207475 - 36207745
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  36207475 gttgccgtcttcaattgagagtatccacttgccaaaattatcaatttcttcctgctttgcaggtaccgaagatgaacccaatctcatattaacagtaagc 36207574  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||| ||||    
T  36207575 ctcaacacattacaataaactcatatctttgatgaattgattgaggcatcaataatatcctgcctctttccttttcagacaacaggcaatatctgtctga 36207674  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatg 270  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  36207675 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttaagggatcattcttggacatg 36207745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 2453076 - 2452804
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2453076 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgtcaaaattagcaatttcttcatgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 2452977  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||| ||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||    
T  2452976 ctcgacacattacaatatgcctatatctttgatgaattgattgaagcatcaacaatatcctgcctcgatccttttcggacaatgggcaatatcttcctga 2452877  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  2452876 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaagttctaaactcgtttaaggggtcattcttggacatgat 2452804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 43 - 272
Target Start/End: Original strand, 52500879 - 52501109
Alignment:
Q  43 aatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgatt 142  Q
    |||||||| |||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52500879 aatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagtctcaacacattaaaataagcacatatctttgatgaattgatt 52500978  T
Q  143 gatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaa 241  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  52500979 gatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctgatatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaa 52501078  T
Q  242 actcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  52501079 actcgtttaggggatcattcttggacatgat 52501109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 48775294 - 48775022
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  48775294 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcagtttctttctgctctgtaggtcccgaagatgcacccaatctgatattaacagtaagc 48775195  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||    
T  48775194 ctcaacacattacaataagcccatatatttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatacaatatttgtctga 48775095  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||    
T  48775094 aatcaccacctaaaactaccgtcattcctccaaaaggtctaaactcgtttaagggatcattcttggatatgat 48775022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 2329426 - 2329698
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  2329426 gttgccgtctctaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaacgaagaggcacccaatctcatattaacagtaagc 2329525  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||| || ||||||| | |||  ||||||||| | | |||||||||||    
T  2329526 ctcaacatattacaataagcccatatctttgatgaattgattaaggcattaacaatatcgtgcctcgttgcttcacggacaacaggtagtatctgcctga 2329625  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2329626 aatcaccacctaaaaccactatcattccacgaaaaggtctaaacttgtttaggggatcattcttggacatgat 2329698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 16042285 - 16042557
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16042285 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcatgtaccgaagctgcacccaatctcatattaacagtaagc 16042384  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||| |||||| ||||  | |||||||| |||||||||||||||    
T  16042385 ctcaacacattacaataagccaatatctttgacgaattaactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctaggacaacaggcaatatctgcctga 16042484  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  16042485 aatcaccacgtaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcattcttggacatgat 16042557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 37390110 - 37389839
Alignment:
Q  2 ttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcc 101  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  37390110 ttgccgtctccaattgagaatatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaatagtaagcc 37390011  T
Q  102 tcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctgaa 200  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  37390010 tcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatccagcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctaaa 37389911  T
Q  201 atcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||  ||||||||||||| ||||||    
T  37389910 atcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaagggatcattcttggccatgat 37389839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 48233638 - 48233865
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| |||||| | || ||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  48233638 gttgtcgtctcaagttgagagtattcacttgtcaaaattaggaatttcttcctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatatcaacagtaagc 48233737  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48233738 ctcaacaaattacaataaacacatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttccttttcggacaacaggcaatatctgcctga 48233837  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattcc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48233838 aatcaccacctaaaactattgtcattcc 48233865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 6310953 - 6310681
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||  ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6310953 gttgccgtctccaatggagactatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 6310854  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||  |||||  ||||  ||||||||||  |||||||||||| |    
T  6310853 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatcaggcctcattcctcctcggacaacagacaatatctgcctaa 6310754  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||   | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6310753 aatcaccacctaaaactattgtcgttccaccaaaaggtttaagtgcgtttaggggatcattcttggacatgat 6310681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 119
Target Start/End: Original strand, 18148949 - 18149066
Alignment:
Q  2 ttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcc 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18148949 ttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagcc 18149048  T
Q  102 tcaacatattacaataag 119  Q
    | |||| |||| ||||||    
T  18149049 ttaacacattaaaataag 18149066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 2202138 - 2201866
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2202138 gttgccttctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcatgctctgcaagtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 2202039  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||| ||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  2202038 ctcgacacattacaatatgcctatatctttgatgaattgatcgaggcatcaacaatatcctgcctcgatccttttcggacaatgggcaatatctgcctga 2201939  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  2201938 agtcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtctaaactcgtttagggggtcattcttggacatgat 2201866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 30881586 - 30881858
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||| |||| |||| ||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  30881586 gttgccttctctaattgagagtatccatttgccaaaattagcaatttattcctgctctgcaggtaccaaagatgcacccaatcccatattaacagtaagc 30881685  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  30881686 ctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaactgattgaggcatcaacaatatcatgcctcgttccttttcggatgacatgcaatatctgcctga 30881785  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30881786 aatcaccacctaaaacttttgtctttccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 30881858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 12517534 - 12517806
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12517534 gttgtcgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggaacagaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 12517633  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
     |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  12517634 ttcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattaactgaggcatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggacaacaggcaatatctgcctga 12517733  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||    
T  12517734 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttagaggatcattcttggacatgat 12517806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 18344385 - 18344612
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||| || |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18344385 gttgtcgtctccaattgagagtattcacttgtcaaaattaggaatttcttcctgctctgtagataccaaagatgcactcaatctcatattaacagtaagc 18344484  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18344485 ctcaacaaattacaataagcccatatctttgataaattgattgaggcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 18344584  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattcc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18344585 aatcaccacctaaaactattgtcattcc 18344612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 10187804 - 10187985
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  10187804 gttgccgtctccaattgagagcatccacgtgcgaaaattagcaatttcttcctgctctacaggtatcgaagatgcacccaatctcatattaacaataagc 10187903  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaa 181  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  10187904 ctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaattgattgaggcatcaacaatatcctgtctcgttccttttcggacaa 10187985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Original strand, 18814054 - 18814203
Alignment:
Q  49 ttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgca 148  Q
    |||||||||| |||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |    
T  18814054 ttcctgctctacaggtaccaacgatgcacccaatctcatattaacagtaagcctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaattgattaaggga 18814153  T
Q  149 tcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18814154 tcaacaatatcatgtctcgttccttttcggacaacatgcaatatctgcct 18814203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Original strand, 15333903 - 15334019
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  15333903 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcttgctctgcaggtatcgaagatgcacctaatctcatattaacagtaagc 15334002  T
Q  101 ctcaacatattacaata 117  Q
     |||||| |||||||||    
T  15334003 ttcaacacattacaata 15334019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 198 - 262
Target Start/End: Original strand, 18857163 - 18857227
Alignment:
Q  198 gaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattct 262  Q
    ||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  18857163 gaaattaccacctaaaacggatgtcattccaccgaaatgtctaaactcattttggggatcattct 18857227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 19266 - 19537
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19266 gttgccgtctccaattcaaagtatccccttgccaaa-ttagcaatttctttctgctctgcaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 19364  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19365 ctcaacacattaaaataagcccatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcggacaacagacaatatctgcctga 19464  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  19465 aattaccacctaaaactattgtcattccaccaaatgatttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 19537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 5219 - 4947
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5219 gttgtcgtctccaagtcagagtatccacttgccaaaattagcaatttctttctgctttgcaggtatcaaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 5120  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||| |    
T  5119 ctcaacacattaaaataagcacatatcttttatgaattgattgatgcatcaacaatatcctgcctcgttccttttcgaacaataggcaatatctgcctaa 5020  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5019 aatcaccatctaaaactattgtcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 4947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 32192 - 32464
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32192 gttgccgtatccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 32291  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||  |||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  32292 ctcaacacattacaataagcacatatctttgacgaattgactgaggcatcaacaatatctggcctcgttcctcgtcggacaacaggcaatatctgcctga 32391  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | ||||  ||||| | ||||||||||||    
T  32392 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttacgggatcgtgcttggacatgat 32464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 11 - 283
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaacagtaagc 110  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||||  ||  |||||||||| ||| |||||| ||||  ||||| || | ||||||||||||| |    
T  111 ctcaaaacattacaataagccaatatatttgacgaattgaccgagacatcaacaatatccggcctcgttcctcctcggaaaaaaggcaatatctgcctaa 210  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   | ||||  |||||||||||| |||||||    
T  211 aatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagtgcgtttaagggatcattcttgaacatgat 283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 531 - 260
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  531 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtaccgaagatgcacccaatctcatattaatagtaagc 432  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcctga 199  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| | ||||  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  431 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgattgaggcatcaacaatatccggccttgttcctcctcggacaacagacaatatctgcctga 332  T
Q  200 aatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatga 271  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||| |||||||||||    
T  331 aatcaccacctaaaactaccttcattccaccaaaaggtttaagcgcgtttaggggatcatgcttggacatga 260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 139; Significance: 9e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 79 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 14158 - 13964
Alignment:
Q  79 caatctcatattaacagtaagcctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcgg 177  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  14158 caatctcatattaatagtaagcctcaacatattaaaataagcccatatatttgatgaattgattgatgcatcaacaatatcttgcctcgttccttttcgg 14059  T
Q  178 acaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  14058 acaacaggcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattatcattccaccaaatggtttaaactcgtttaggggatcattcttggacatgat 13964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Original strand, 1260 - 1549
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| | || ||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1260 gttgtcgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagaaatttcttcctgctatacatgtacctaagatgcacccaatcccatattaacagtaagc 1359  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaa------------------ttcctgcctcgatccttttcggacaac 182  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||                  ||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  1360 ctcaacacattacaataagctcatatctttgatgaattgattgatgcataaataatatcatgcctcaatctttttcctacctcgatctttttcgggcaac 1459  T
Q  183 atgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  1460 aggcaatatctacttgaaatcaccacctaaaactactatcattccaccaaaaggtctaaactcgtttaggggatcattattggacatgat 1549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 156
Target Start/End: Original strand, 40016 - 40171
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40016 gttgccatctccaattgagagtattcacttgccaaagttagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcacacaatctcatattaacagtaagc 40115  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat 156  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  40116 ctcaacacattacaataagcccatatctttgacgaattgactgaggcatcaacaat 40171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 174 - 272
Target Start/End: Original strand, 42409 - 42507
Alignment:
Q  174 tcggacaacatgcaatatctgcctgaaatcaccacctaaaactattgtcattccaccaaaaggtctaaactcatttagaggatcattcttggacatgat 272  Q
    |||| ||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  42409 tcgggcaacaggaaatatctgcataaaatcaccacctaaaactactgtcattccaccaaaaggtttaagcacgtttaggggatcattcttggacatgat 42507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 48895 - 48709
Alignment:
Q  1 gttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtactgatgatgcactcaatctcatattaacagtaagc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||           || ||||    
T  48895 gttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgtaggtaccgaagatgcatccaat-----------agcaagc 48807  T
Q  101 ctcaacatattacaataagcacatatctttgatgaattgattgatgcatcaacaat-tcctgcctcgatccttttcggacaacatgcaatatctgcct 197  Q
    ||||| | |||||||||||  ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||  || ||| ||||  || |||||||||||||||||||||    
T  48806 ctcaaaacattacaataagtccatatctttgacgaattgaccgaggcatcaacaatatctggcatcgttcctcctcagacaacatgcaatatctgcct 48709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1993 times since January 2019
Visitors: 2396