View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0200_1D_low_2 (Length: 674)

Name: NF0200_1D_low_2
Description: NF0200_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0200_1D_low_2
NF0200_1D_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-674)||(23333190-23333847)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 23333847 - 23333190
Alignment:
Q  17 ggacatcacgaagttgaccgataaaattgtgtgccagaatgcagctgaagcagtactcccccaaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333847 ggacataacgaagttgaccgataaaattgtgtgccggaatgcagctgaagcagtactccccccaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 23333748  T
Q  117 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttacctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333747 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttgcctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 23333648  T
Q  217 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatgaaacaatcattataatatg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23333647 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatggaacaatcattataatatg 23333548  T
Q  317 ctgaattacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgacagggcataagataaattgc 416  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  23333547 ctgacttacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgatggggcataagataaattgc 23333448  T
Q  417 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaagtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgccgtatttt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23333447 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaggtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgctgtatttt 23333348  T
Q  517 ttcttatggagtctttctatcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 616  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333347 ttcttatggagtctttctgtcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 23333248  T
Q  617 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaa 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333247 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaa 23333190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1818 times since January 2019
Visitors: 2393