View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0203_low_1 (Length: 436)

Name: NF0203_low_1
Description: NF0203
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0203_low_1
NF0203_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (28-429)||(38306358-38306748)
chr8 (28-428)||(38313690-38314089)
chr8 (46-430)||(38325962-38326347)
chr8 (28-411)||(38317099-38317483)
chr8 (30-430)||(38321196-38321597)
chr8 (28-411)||(38300449-38300833)
chr8 (28-411)||(38309096-38309480)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (28-345)||(38849928-38850246)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 429
Target Start/End: Original strand, 38306358 - 38306748
Alignment:
Q  28 ccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaaga 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306358 ccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaaga 38306457  T
Q  128 tgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgaccca 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||            |||||    
T  38306458 tgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatgggcaagtttaagaaatattgggatgagcatagtgttgttcttgcaatgg------------accca 38306545  T
Q  228 cggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaactc-atccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctat 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38306546 cggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaactcgatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctat 38306645  T
Q  327 ttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactccgagtcttcatc 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  38306646 ttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactctgagtctttatc 38306745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 28 - 428
Target Start/End: Original strand, 38313690 - 38314089
Alignment:
Q  28 ccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaaga 127  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  38313690 ccaacatgattaatggcgcaacacatcctacttccaacttgtatttttcgcaagtttggaaacttcaatgtgttttagttgatagtttgggagatgaaga 38313789  T
Q  128 tgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgaccca 227  Q
    |||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38313790 tgaatttgtagcgagaatggctaaaagtatgatgggcaagtttaagaaatattgggatgagta--gtgttgttcttgcaatgggagcagttcttgaccca 38313887  T
Q  228 cggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaactc-atccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctat 326  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38313888 cggatgaaattttcaagattggctgcttgttactcaaaactagatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctat 38313987  T
Q  327 ttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactccgagtcttcatc 426  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38313988 ttgccaagtactctagcaaaagtacttcttctagggtgcaaacaactatttagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactctgagtcttcatc 38314087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 46 - 430
Target Start/End: Original strand, 38325962 - 38326347
Alignment:
Q  46 caacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaagatgaagttatagcgagaat 145  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  38325962 caacgcatcctacttccaatttgtaatttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgctactttgggagatgaagatgaagttataaagagaat 38326061  T
Q  146 ggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgacccacggatgaaattctcaagg 245  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| | |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||      
T  38326062 ggctgaaaggatgatgagcaagtttgacaaattttggaatgagtacagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggattaaattttcaaca 38326161  T
Q  246 ttggctgattgttactcaaaac-tcatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagca 344  Q
    |||||| ||||||||||||||| | || ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  38326162 ttggcttattgttactcaaaacttgatgcatcaacctgtgaaaggaagttgcaacaagtaaggacgaagttgtacatgctatttggcaagtattctagcc 38326261  T
Q  345 aaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactccgagtcttcatctcac 430  Q
    || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  38326262 aacgtacttcttctggcatgcaaagaactgttcagggccaatcttcgaccatgtcattgcaaaagaactccaagtctttatctcac 38326347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 28 - 411
Target Start/End: Original strand, 38317099 - 38317483
Alignment:
Q  28 ccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaaga 127  Q
    |||||||||| ||||   |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38317099 ccaacatgattaatgacacaacgcatcctacttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaaga 38317198  T
Q  128 tgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgaccca 227  Q
    | ||||||||  |||||||||| ||||||||||| |  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  38317199 taaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcgagtttgacaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgaccca 38317298  T
Q  228 cggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaac-tcatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctat 326  Q
    |||||||| || || | ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| || || | ||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||    
T  38317299 cggatgaagttttcgacgttggcttattgttactcaaaacttgatccatcaacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctat 38317398  T
Q  327 ttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |  ||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38317399 ttgacaagtattctagcaaaagcacttcttctggcctaaaaagaactactcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 38317483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 30 - 430
Target Start/End: Original strand, 38321196 - 38321597
Alignment:
Q  30 aacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaagatg 129  Q
    |||||||| |||||  || ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||    
T  38321196 aacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatg 38321295  T
Q  130 aagttatagcgagaatggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgacccacg 229  Q
    ||| ||||  |||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38321296 aagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacg 38321395  T
Q  230 gatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaac-tcatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctattt 328  Q
    |||||| || || |  |||||| ||||||||||||||| | ||   ||  | |||||| ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  38321396 gatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctattt 38321495  T
Q  329 gacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactccgagtcttcatctc 428  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||    
T  38321496 gacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctc 38321595  T
Q  429 ac 430  Q
    ||    
T  38321596 ac 38321597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 411
Target Start/End: Original strand, 38300449 - 38300833
Alignment:
Q  28 ccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaaga 127  Q
    |||||||||| ||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||| ||||||||||| ||||    
T  38300449 ccaacatgattaatgccacaacacatcctacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgccttttagttgattgtttgggagatcaaga 38300548  T
Q  128 tgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgaccca 227  Q
    ||||| ||||  |||||||||| |||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300549 tgaagatataaagagaatggctgaaaggatgctgaccaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgaccca 38300648  T
Q  228 cggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaac-tcatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctat 326  Q
     |||| ||  | ||||  |||||| ||||||||||||||| | || |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||    
T  38300649 aggattaagctttcaacattggctaattgttactcaaaacttgatgcatcaacacgtgaaaggaagttgcaacaagtaaagagcaagttgtacatgctat 38300748  T
Q  327 ttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| || | | |||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  38300749 ttgacaagtattctagcaaaagtactccttcttgcgtgcaaagaattatccaggaccaatcttctagcatgccatttcaagagaa 38300833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 411
Target Start/End: Original strand, 38309096 - 38309480
Alignment:
Q  28 ccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaaga 127  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  38309096 ccaacacgataaatggtgcaacacatcgtacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgataatttgggagatgaaga 38309195  T
Q  128 tgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgaccca 227  Q
    ||||| ||||  |||||||| | |||||||| ||   |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38309196 tgaagatataaagagaatggttgaaaggatgttgaccaagtttgagaaatattgggaagagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgaccca 38309295  T
Q  228 cggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaac-tcatccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctat 326  Q
     |||| ||  | || |  |||||| ||||||||||||||| | || ||||||| || ||| ||||||||||  ||||||| |  ||||||||||||||||    
T  38309296 aggataaagctttccacattggcttattgttactcaaaacttaatgcatcaacctgcgaaaggaagttgcagcaagtaaagagcaagttgtacatgctat 38309395  T
Q  327 ttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 411  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||  |||||| |||||||||||   ||||||||||||||||    
T  38309396 ttcacaagaattcttgcaaaagtacttcttctggcgtgcaaagaacaattcaggaccaatcttctagtgtgccattgcaaaagaa 38309480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 7e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 38850246 - 38849928
Alignment:
Q  28 ccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaaga 127  Q
    |||||||||| ||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38850246 ccaacatgattaatagcacaacacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaaga 38850147  T
Q  128 tgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatggggaagtttaagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgaccca 227  Q
    ||||| ||||  || ||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38850146 tgaagatataaagaaaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgaccca 38850047  T
Q  228 cggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaact-catccatcaacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaaaacaaagttgtacatgctat 326  Q
    |||||||| ||  |||  |||||| ||||||| ||||||||  || ||||||| |||||| ||||| | ||  ||||||| | |||||||| ||||||||    
T  38850046 cggatgaagtttacaaccttggcttattgttattcaaaactggatgcatcaacctgtgaaaggaagctacagcaagtaaagagaaagttgtgcatgctat 38849947  T
Q  327 ttgacaagtattctagcaa 345  Q
    |||| ||| ||||| ||||    
T  38849946 ttgagaagcattctggcaa 38849928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1612 times since January 2019
Visitors: 2392