View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0212_low_1 (Length: 1110)

Name: NF0212_low_1
Description: NF0212
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0212_low_1
NF0212_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (72-1016)||(3724066-3725018)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 72 - 1016
Target Start/End: Complemental strand, 3725018 - 3724066
Alignment:
Q  72 gagatgaacccaataaaattaaactcagatggttgtaatcttaatctagtaagtgtattagtcaaatttcaactcatgtcttattttttctatgcatttc 171  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  3725018 gagatgaaaccaataaaattaaactcagatggttgtaatcttaatctagtaagtgtattagtcaaattttaactcatgtcgtatttttgctatgcatttc 3724919  T
Q  172 tctcccatcccatgatagacttctatttagctcctcctcaaatatctaacaatcttaaaagttttgttccaatgaggtgtaagaaaacaggaatatattt 271  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3724918 tctcccatcccatgatagacttttatttagctcctcctcaaatatccaacaatcttaaaagttttgttccaatgaggtgtaagaaaacaggaatatattt 3724819  T
Q  272 gatgtatatttctacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagtttgtcacacctactaacatacacacccgactactagtgtaaaatctacttgtactcagg 371  Q
    |||||||| ||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3724818 gatgtatagttctacacttttttgtttctttttt-attagtttgtcacacctactaacatacacacacgactactagtgtaaaatctacttgtattcagg 3724720  T
Q  372 ttttgtatttaactagaatgtaagtcatcacctatgaatgaataaaatgttggctatataaaagatgcaatgttagggcaaatttttattcnnnnnnnnn 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||             
T  3724719 ttttgtatttaactagaatgtaagtcatcacctatgaatggataaaatgttggatatataaaagatgcaatgttagggcaaaaattttttcaaaaaaaaa 3724620  T
Q  472 nnntgttagggcaagttaagcgtgttttttatatctaacat-----------ttagttcttaagttgtcaggcatataactattaactacatcttttgtt 560  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3724619 a--tgttagggcaagttaagcgtgttttttatatctaacatgtatttaacgtttagttcttaagctgtcaagcatataactattaactacatcttttgtt 3724522  T
Q  561 atttacaaatgtggtcatgacannnnnnnctctatgtttcttccgttgctccaaaggttgtaaagcctagctccaattacagtaaagtggaagtgttaaa 660  Q
    ||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3724521 atttacaaatgtggtcatgacatttttttctctatgtttctttcgttgctccaaaggttgtaaagcctagctccaattacagtaaagtggaagtgttaac 3724422  T
Q  661 tacccataatgttgtcaagtaagccataccaatggttgtttgcattgaatctatttctatttgtatcaaataacgctaattctaaaaccattattgtaca 760  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3724421 tacccagaatgttgtcaagtaagccataccaatggttgtttgcattgaatctatttctatttgtatcaaataacgctaattctaaaaccattattgtaca 3724322  T
Q  761 taaactgcaggaattcgagtaagactatcttctttggagttgaatcttaaatttgctttgatggctcatgcctgtatttatggtcaatatttctgcatca 860  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3724321 taaactgcaggaattcgagtaagactatcttctctggagttgaatcttaaatttgctttgatggctcatgcctgtatttatggtcaatagttctgcatca 3724222  T
Q  861 ggaaaactagagagagttgaatcaactccaaggaaaaaatgtttcattgttatagggatcaatacagctttcagtagcaggaaacgaagagattctgttc 960  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3724221 ggaaaactagagagagttgaatcaactccaaggaaaaaatgtttcattgttatagggatcaatacagcttttagtagcaggaaacgaagagattctgttc 3724122  T
Q  961 gaggaacttggatgccacaaggtggttcaatgatatttcagtgtatccttgttttt 1016  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3724121 gaggaacttggatgccacaaggtggttcaatgatatttcagtgtatccttgttttt 3724066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1199 times since January 2019
Visitors: 2389